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Sistemática e filogenia do gênero Gymnodactylus Spix, 1825 (Squamata: Gekkota: Phyllodactylidae) com base em caracteres morfológicos e moleculares / Sistematics and phylogeny of the genus Gymnodactylus Spix, 1825 (Squamata: Gekkota: Phyllodactylidae) based on morphological and molecular data

Silva Junior, José Cassimiro da 31 August 2010 (has links)
O gênero Gymnodactylus inclui até o momento cinco espécies: G. amarali, amplamente distribuído pelo cerrado do Brasil Central; G. darwinii restrito à Mata Atlântica, desde o nordeste do estado de São Paulo até o seu limite setentrional no estado do Rio Grande do Norte; G. geckoides, endêmico da Caatinga, no nordeste do Brasil; G. guttulatus, conhecido somente dos campos rupestres do norte do segmento sul da Cadeia do Espinhaço; e G. vanzolinii, recentemente descrito e conhecido apenas para o município de Mucugê, Chapada Diamantina, Bahia, no norte do segmento setentrional da Cadeia do Espinhaço. Neste trabalho o gênero foi revisto sistematicamente com base em caracteres morfológicos e moleculares. Cerca de 1400 exemplares de aproximadamente 280 localidades foram estudados para 30 caracteres morfológicos e para seqüências parciais dos genes RAG1, PDC (nucleares), 16S (ribossomal) e cyt b (mitocondrial), totalizando 2146 pares de bases, abrangendo 25 localidades. Para os dados moleculares, foram realizadas análises de Máxima Parcimônia utilizando-se o programa PAUP, além de análises de inferência Bayesiana utilizando- se MrBayes. Ainda, foram realizadas análises destes genes individualmente envolvendo amostragens mais robustas. Tanto análises independentes para cada gene quanto análises combinando apenas os genes nucleares foram realizadas utilizando-se as duas abordagens filogenéticas. A definição das espécies de Gymnodactylus aqui reconhecidas foi principalmente orientada pela combinação dos dados genéticos e caracteres morfológicos qualitativos estudados, embora dados distribucionais e caracteres quantitativos também tenham sido considerados. Dados merísticos e xii de proporções morfométricas foram tratados estatisticamente no intuito de verificar se estas variáveis corroboram os agrupamentos reconhecidos com o estudo molecular. A análise combinada dos genes recuperou o monofiletismo do gênero Gymnodactylus com altos índices de suporte. Dois clados foram evidenciados com altos índices de suporte: um aqui chamado de grupo geckoides (G. amarali, G. geckoides e uma terceira linhagem reconhecida como espécie nova) e o grupo darwinii (G. darwinii, G. guttulatus, G. vanzolinii, e três outras linhagens, também reconhecidas como espécies boas). Todas as espécies reconhecidas são descritas e diagnosticadas e apresentada uma chave para sua identificação. A variação dos caracteres morfológicos é apresentada para todas assim como uma lista sinonímica detalhada com base no exame extensivo da literatura e dos tipos examinados. São descritas como novas sem que lhes seja atribuído um nome formal: (1) no grupo geckoides, uma população da região do vale do Peruaçu, noroeste do estado de Minas Gerais; (2) no grupo darwinii exemplares provenientes de Grão Mogol, sul do segmento setentrional da Cadeia do Espinhaço e de duas outras linhagens da Mata Atlântica, uma de ocorrência entre a região do rio Doce e a Baía de Todos os Santos, e outra a nordeste desta baía. G. vanzolinii é recuperado em posição basal no grupo darwinii nas análises combinadas ou individuais de alguns dos genes, porem o monofiletismo de G. darwinii lato sensu não é recuperado o que levou ao reconhecimento das novas linhagens da Mata Atlântica. Gymnodactylus darwinii fica, portanto, restrito ao sudeste do Brasil, ocorrendo do norte do estado de São Paulo até a região do rio Doce. Com base na distribuição e ecologia das espécies reconhecidas são apresentadas hipóteses para explicar a origem e diferenciação do gênero e de suas principais linhagens. / The genus Gymnodactylus includes until now five species: G. amarali, widely distributed in the Cerrado biome (savannah) of central Brazil, G. darwinii restricted to Atlantic Rain Forest, from the northeastern São Paulo state to the limits of the Atlantic Rain Forest in Rio Grande do Norte state, G. geckoides, endemic to Caatinga, northeastern Brazil; G. guttulatus, known only from the campos rupestres (rocky meadows) from the north of the meridional segment of the Espinhaço range, and G. vanzolinii, recently described and known only from the Mucugê municipality, Chapada Diamantina, Bahia, north of the septentrional segment of the Espinhaço. In this study the genus was systematically reviewed based on morphological and molecular data. About 1,400 specimens from approximately 280 localities for 30 morphological characters, and, partial sequences of the genes RAG1, PDC (nuclear), 16S (ribosomal) and cyt b (mitochondrial), totaling 2,146 base pairs covering 25 localities were studied. For the molecular data, Maximum Parsimony analyses were performed using the program PAUP, and Bayesian inferences using MrBayes. Also, these genes were analyzed individually involving a more robust data set. Both independent analyses for each gene as well analysis combining only the nuclear genes were performed. The species recognition was mainly guided by the combination of genetic data and qualitative morphological characters, although distributional data and quantitative traits were also considered. Meristic data and morphometric ratios were statistically analyzed in order to verify xiv whether these variables corroborate the groups recovered in the molecular study. The combined analysis of the genes recovered the monophyly of the genus Gymnodactylus with high support. Two clades were evident both highly supported: a clade here called \"geckoides\" group (G. amarali, G. geckoides and a third lineage recognized here as a good species) and the \"darwinii\" one (G. darwinii, G. guttulatus, G. vanzolinii, and three other clades, also recognized as good species). All recognized species are described and diagnosed and a key for their identification presented. The variation of morphological characters is given for all species recognized as well as a detailed synonymy list based on an extensive survey of the literature and some types examined. Described as new without yet without a formal name are: (1) in \"geckoides\" group, a population of the Peruaçu valley region, northwest of Minas Gerais state, (2) in the group \"darwinii\", specimens from Grão Mogol municipality, south of the northern segment of the Espinhaço Range and two other clades from the Atlantic Rain Forest, one occurring between the region of the Rio Doce and Todos os Santos bay, and another to the north of this bay. Gymnodactylus vanzolinii is recovered in a basal position in the group \"darwinii\" either in combined or single analysis of some genes, but the monophyly of G. darwinii lato sensu is not recovered which led to the recognition of new species to the Atlantic Rain Forest. G. darwinii is therefore restricted to southeastern Brazil, occurring from northern São Paulo state to the Rio Doce region. Based on the distribution and ecology of the species here recognized, hypotheses to explain the origin and differentiation of the genus and its main lineages are presented.
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Sistemática e filogenia do gênero Gymnodactylus Spix, 1825 (Squamata: Gekkota: Phyllodactylidae) com base em caracteres morfológicos e moleculares / Sistematics and phylogeny of the genus Gymnodactylus Spix, 1825 (Squamata: Gekkota: Phyllodactylidae) based on morphological and molecular data

José Cassimiro da Silva Junior 31 August 2010 (has links)
O gênero Gymnodactylus inclui até o momento cinco espécies: G. amarali, amplamente distribuído pelo cerrado do Brasil Central; G. darwinii restrito à Mata Atlântica, desde o nordeste do estado de São Paulo até o seu limite setentrional no estado do Rio Grande do Norte; G. geckoides, endêmico da Caatinga, no nordeste do Brasil; G. guttulatus, conhecido somente dos campos rupestres do norte do segmento sul da Cadeia do Espinhaço; e G. vanzolinii, recentemente descrito e conhecido apenas para o município de Mucugê, Chapada Diamantina, Bahia, no norte do segmento setentrional da Cadeia do Espinhaço. Neste trabalho o gênero foi revisto sistematicamente com base em caracteres morfológicos e moleculares. Cerca de 1400 exemplares de aproximadamente 280 localidades foram estudados para 30 caracteres morfológicos e para seqüências parciais dos genes RAG1, PDC (nucleares), 16S (ribossomal) e cyt b (mitocondrial), totalizando 2146 pares de bases, abrangendo 25 localidades. Para os dados moleculares, foram realizadas análises de Máxima Parcimônia utilizando-se o programa PAUP, além de análises de inferência Bayesiana utilizando- se MrBayes. Ainda, foram realizadas análises destes genes individualmente envolvendo amostragens mais robustas. Tanto análises independentes para cada gene quanto análises combinando apenas os genes nucleares foram realizadas utilizando-se as duas abordagens filogenéticas. A definição das espécies de Gymnodactylus aqui reconhecidas foi principalmente orientada pela combinação dos dados genéticos e caracteres morfológicos qualitativos estudados, embora dados distribucionais e caracteres quantitativos também tenham sido considerados. Dados merísticos e xii de proporções morfométricas foram tratados estatisticamente no intuito de verificar se estas variáveis corroboram os agrupamentos reconhecidos com o estudo molecular. A análise combinada dos genes recuperou o monofiletismo do gênero Gymnodactylus com altos índices de suporte. Dois clados foram evidenciados com altos índices de suporte: um aqui chamado de grupo geckoides (G. amarali, G. geckoides e uma terceira linhagem reconhecida como espécie nova) e o grupo darwinii (G. darwinii, G. guttulatus, G. vanzolinii, e três outras linhagens, também reconhecidas como espécies boas). Todas as espécies reconhecidas são descritas e diagnosticadas e apresentada uma chave para sua identificação. A variação dos caracteres morfológicos é apresentada para todas assim como uma lista sinonímica detalhada com base no exame extensivo da literatura e dos tipos examinados. São descritas como novas sem que lhes seja atribuído um nome formal: (1) no grupo geckoides, uma população da região do vale do Peruaçu, noroeste do estado de Minas Gerais; (2) no grupo darwinii exemplares provenientes de Grão Mogol, sul do segmento setentrional da Cadeia do Espinhaço e de duas outras linhagens da Mata Atlântica, uma de ocorrência entre a região do rio Doce e a Baía de Todos os Santos, e outra a nordeste desta baía. G. vanzolinii é recuperado em posição basal no grupo darwinii nas análises combinadas ou individuais de alguns dos genes, porem o monofiletismo de G. darwinii lato sensu não é recuperado o que levou ao reconhecimento das novas linhagens da Mata Atlântica. Gymnodactylus darwinii fica, portanto, restrito ao sudeste do Brasil, ocorrendo do norte do estado de São Paulo até a região do rio Doce. Com base na distribuição e ecologia das espécies reconhecidas são apresentadas hipóteses para explicar a origem e diferenciação do gênero e de suas principais linhagens. / The genus Gymnodactylus includes until now five species: G. amarali, widely distributed in the Cerrado biome (savannah) of central Brazil, G. darwinii restricted to Atlantic Rain Forest, from the northeastern São Paulo state to the limits of the Atlantic Rain Forest in Rio Grande do Norte state, G. geckoides, endemic to Caatinga, northeastern Brazil; G. guttulatus, known only from the campos rupestres (rocky meadows) from the north of the meridional segment of the Espinhaço range, and G. vanzolinii, recently described and known only from the Mucugê municipality, Chapada Diamantina, Bahia, north of the septentrional segment of the Espinhaço. In this study the genus was systematically reviewed based on morphological and molecular data. About 1,400 specimens from approximately 280 localities for 30 morphological characters, and, partial sequences of the genes RAG1, PDC (nuclear), 16S (ribosomal) and cyt b (mitochondrial), totaling 2,146 base pairs covering 25 localities were studied. For the molecular data, Maximum Parsimony analyses were performed using the program PAUP, and Bayesian inferences using MrBayes. Also, these genes were analyzed individually involving a more robust data set. Both independent analyses for each gene as well analysis combining only the nuclear genes were performed. The species recognition was mainly guided by the combination of genetic data and qualitative morphological characters, although distributional data and quantitative traits were also considered. Meristic data and morphometric ratios were statistically analyzed in order to verify xiv whether these variables corroborate the groups recovered in the molecular study. The combined analysis of the genes recovered the monophyly of the genus Gymnodactylus with high support. Two clades were evident both highly supported: a clade here called \"geckoides\" group (G. amarali, G. geckoides and a third lineage recognized here as a good species) and the \"darwinii\" one (G. darwinii, G. guttulatus, G. vanzolinii, and three other clades, also recognized as good species). All recognized species are described and diagnosed and a key for their identification presented. The variation of morphological characters is given for all species recognized as well as a detailed synonymy list based on an extensive survey of the literature and some types examined. Described as new without yet without a formal name are: (1) in \"geckoides\" group, a population of the Peruaçu valley region, northwest of Minas Gerais state, (2) in the group \"darwinii\", specimens from Grão Mogol municipality, south of the northern segment of the Espinhaço Range and two other clades from the Atlantic Rain Forest, one occurring between the region of the Rio Doce and Todos os Santos bay, and another to the north of this bay. Gymnodactylus vanzolinii is recovered in a basal position in the group \"darwinii\" either in combined or single analysis of some genes, but the monophyly of G. darwinii lato sensu is not recovered which led to the recognition of new species to the Atlantic Rain Forest. G. darwinii is therefore restricted to southeastern Brazil, occurring from northern São Paulo state to the Rio Doce region. Based on the distribution and ecology of the species here recognized, hypotheses to explain the origin and differentiation of the genus and its main lineages are presented.
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Ecologia t?rmica e tr?fica de popula??o de Phyllopezus periosus Rodrigues, 1986 (Squamata, Phyllodactylidae) em ?rea protegida na Caatinga

Palmeira, Cristiane Nikely Silva 17 April 2017 (has links)
Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-07-04T11:53:11Z No. of bitstreams: 1 CristianeNikelySilvaPalmeira_DISSERT.pdf: 2490218 bytes, checksum: 22c80c02ea8594490ac6e43c595615ac (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-07-11T11:53:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CristianeNikelySilvaPalmeira_DISSERT.pdf: 2490218 bytes, checksum: 22c80c02ea8594490ac6e43c595615ac (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-11T11:53:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CristianeNikelySilvaPalmeira_DISSERT.pdf: 2490218 bytes, checksum: 22c80c02ea8594490ac6e43c595615ac (MD5) Previous issue date: 2017-04-17 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Dentre as fam?lias de lagartos que habitam o semi?rido brasileiro, destaca-se Phyllodactylidae, e nesta, em especial o g?nero Phyllopezus, com as esp?cies P. pollicaris e P. periosus. A primeira possui distribui??o ampla na Caatinga e em outras forma??es abertas brasileiras, enquanto que P. periosus ? end?mica e com distribui??o restrita a algumas ?reas de Caatinga. Diante destes fatos, este estudo teve como objetivos registrar e analisar a ecologia t?rmica, dieta e modo de forrageamento de P. periosus, na tentativa de identificar fatores que possam influenciar a aparente distribui??o relictual desta esp?cie na Caatinga. Foram realizadas duas excurs?es nos meses de julho e outubro de 2015, com dura??o de dez dias cada ? Esta??o Ecol?gica do Serid? (ESEC Serid?), Unidade de Conserva??o da Caatinga no Estado do Rio Grande do Norte. Foram coletados 45 esp?cimes de P. periosus para os quais foram mensuradas a temperatura corporal do lagarto e as temperaturas ambientais (substrato e ar); todos os esp?cimes foram soltos em seguida. Para an?lise da dieta e comportamento alimentar foi utilizada a t?cnica de regurgita??o for?ada do alimento, al?m de grava??es das descri??es observadas sobre a atividade de forrageamento dos lagartos. Phyllopezus periosus utilizou como h?bitat, principalmente, os afloramentos rochosos com fendas, apresentou h?bito noturno com tend?ncia bimodal, e picos de atividades das 18:00 ?s 20:59 h e de 01:00 at? as 04:59 h. N?o houve diferen?a significativa na temperatura corporal entre machos e f?meas, por?m os juvenis apresentaram temperatura do corpo mais elevada que os adultos. A temperatura m?dia corporal de 28,5 ? 2,1?C foi influenciada pelas temperaturas das vari?veis analisadas, por?m apresentou maior rela??o com a temperatura do substrato, demonstrando que esta esp?cie ? tigmot?rmica. Quanto ? dieta, nos 31 est?magos com conte?do foram identificadas 107 presas pertencentes a 19 categorias de itens alimentares. Houve diferen?a na composi??o da dieta entre esp?cimes adultos e juvenis, mas n?o entre os sexos. Os indiv?duos observados passaram em m?dia 1,72 ? 1,94% do tempo em movimento (PTM) e apresentaram cerca de 0,37 ? 0,32 movimento por minuto (MPM), indicando modo de forrageamento do tipo senta-e-espera ou ?de espreita?. A predomin?ncia de cerca de 91% dos lagartos no uso do habitat ?grandes afloramentos rochosos com fendas profundas? pode constituir um dos fatores que contribuem para a distribui??o relictual de P. periosus. / Among the families of lizards that inhabit the Brazilian semiarid, Phyllodactylidae stands out, and in this, especially the genus Phyllopezus, with the species P. pollicaris and P. periosus. The first one has a wide distribution in the Caatinga and in other open Brazilian formations, while P. periosus is endemic and with restricted distribution to some Caatinga areas. Given these facts, this study aimed to record and analyze the thermal ecology, diet and mode of foraging behavior of P. periosus, in an attempt to identify factors that may influence the apparent relictual distribution of this species in the Caatinga. Two excursions were carried out in the months of July and October de 2015, with a duration of ten days each, to the Serid? Ecological Station (ESEC Serid?), Caatinga Conservation Unit in the State of Rio Grande do Norte. Forty-five specimens of P. periosus were collected for which the body temperature of the lizard and the environmental temperatures (substrate and air) were measured; all specimens were then released. For each specimen of P. periosus collected were measured the body temperature of the lizard and the environmental temperatures (substrate and air). For the analysis of the diet and feeding behavior was used the technique of forced regurgitation of the food, as well as recordings of the descriptions observed on the foraging activity of the lizards. Phyllopezus periosus used as habitat rocky outcrops with crevices, presented a nocturnal habit with a bimodal tendency, with peaks from 18:00 to 20:59 h and from 01:00 to 04:59 h. There was no significant difference in body temperature between males and females, but juveniles had higher body temperature than adults. The mean body temperature of 28.5 ? 2.1 ?C was influenced by the temperatures of the analyzed variables, but showed a higher relation with the temperature of the substrate, demonstrating that this species is tigmothermic. In the diet, of the 31 stomachs with content, 107 prey belonging to 19 categories of food items were identified. There was a difference in diet composition between adult and juvenile specimens, but not between the sexes. The observed individuals spent on average 1.72 ? 1.94% of the time in movement (PTM) and presented about 0.37 ? 0.32 movements per minute (MPM), indicating the mode of foraging of the type sit-and-wait or ?lurking?. The predominance of about 91% of lizards in habitat use "large rocky outcrops with deep cracks" may be one of the contributing factors for the relictual distribution of P. periosus.

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