Flera olika arter av mjölksyrabakterier som ingår i släktena Lactobacillus och Bifidobacterium har hittats hos bin och i deras honung. Idag finns ingen effektiv metod för identifiering av bakterierna. Syftet med detta projekt är att utveckla en metod för snabb identifiering genom att hitta lämpliga primers till olika mjölksyrabakterier och därmed få fram en Polymeraskedjereaktion (PCR) metod. Ribosomal ribonukleinsyra (rRNA) generna eller 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ISR) används ofta vid design av primers, som därefter används i PCR för att identifiera olika bakterier. Deoxiribonukleinsyra (DNA) visualiseras i agarosgelen med hjälp av SYBRgreen I som fluorescens på ultraviolett (UV)-ljusbord. I detta projekt har 16S rRNA och 16S-23S rRNA ISR amplifierats i enkel PCR och multiplex PCR och visualiserats i agarosgel i försök att identifiera mjölksyrabakterierna. 16S rRNA har visat sig ha mycket liten variation mellan bakterierna och ansågs därför inte lämplig att använda för identifiering av närbesläktade arter. 16S-23S rRNA ISR visade större variation, fram för allt mellan lactobacillerna och bifidobakterierna. Gruppering av bakterierna med hjälp av multiplex PCR gjordes med viss framgång, med undantag av några bakterier som inte hamnade i den förväntade gruppen. Dock behövs fler försök för att stödja dessa resultat. / Several different lactic acid bacterium (LAB) species from the genera Lactobacillus and Bifidobacterium was discovered in bees and in their honey. Today there is no rapid and reliable method to identify these LAB. Therefore a rapid polymerase chain reaction (PCR) method to identify the LAB is needed. The aim of this project is to find primers suitable for the different LAB. Ribosomal ribonucleic acid (rRNA) genes or 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ISR) are often used to designing of primers followed by PCR assays, for identification of different bacteria. To visualize deoxyribonucleic acid (DNA) in agarose gels, SYBRgreen I was used as fluorescence and then viewed under ultraviolet (UV) light. In this project the 16S rRNA and 16S-23S rRNA ISR was used as a target in a PCR and a multiplex PCR amplification. The PCR product was analyzed in agarose gel in an attempt to identify the LAB. 16S rRNA sequence have to little variation and is not suitable to identify closely related species. 16S-23S rRNA ISR sequence exhibits greater variations, especially between Lactobacillus and Bifidobacterium. Differentiation of the bacteria into groups by multiplex PCR was done with good result, except for some of the bacteria that did not end up in the expected group. More studys is needed to support these results.

Helicobacter pylori-infektion är en av de ledande orsakerna till utvecklingen av maligniteter i ventrikeln. Tillämpning av pålitliga analytiska metoder är därför väsentlig för en korrekt diagnostik och behandling av infektionen. Syftet med studien var att ge en översikt av icke-invasiva metoder som tillämpas för påvisning av H. pylori och utvärdera vilken metod som är bäst lämpad, med avseende på metodens prestandaegenskaper och det kliniska tillståndet hos patienten. En systematisk litteraturöversikt utfördes, genom sökning efter vetenskapliga artiklar med inklusions- och exklusionskriterier i databaserna PubMed och CINAHL. Utvalda artiklar kvalitetsgranskades och 20 studier inkluderades i resultatet. Sammanställt hade fecesantigentester en sensitivitet och specificitet på 92,64% respektive 91,47%, antikroppstester hade 97,20% respektive 81,59%, urea utandningstester hade 91,40% respektive 91,70% och polymeraskedjereaktionen hade 75,45% respektive 98,30%. Därutöver hade kliniska tillstånd såsom atrofisk gastrit, intestinal metaplasi och gastrointestinal blödning en negativ påverkan på metodernas diagnostiska tillförlitlighet. Studien konstaterade att beträffande metodens prestanda är fecesantigentester mest lämpliga för påvisning av H. pylori- infektion. Vid allvarligare kliniska åkommor bör minst två icke-invasiva diagnostiska metoder tillämpas för att säkerställa pålitliga resultat. / Helicobacter pylori infection is one of the leading causes of ventricular pathologies. Reliable analytic methods are therefore crucial for the correct diagnosis and treatment of the infection. The aim of this study was to provide an overview of non-invasive diagnostic methods used for the detection of H. pylori and to evaluate which method is most suitable, considering its performance and the clinical condition of the patient. A systematic literature review was conducted, searching peer-reviewed research articles with inclusion and exclusion criteria on the databases PubMed and CINAHL. An assessment of the selected articles quality resulted in the inclusion of 20 articles. Overall, stool antigen tests had a sensitivity and specificity of 92,64% and 91,47% respectively, antibody tests 97,20% and 81,59% respectively, urea breath tests 91,40% and 91,70% respectively, and the polymerase chain reaction 75,45% and 98,30% respectively. Furthermore, conditions such as atrophic gastritis, intestinal metaplasia and gastrointestinal bleeding had a negative impact on the diagnostic accuracy of the methods. This study concluded that, regarding the methods performance, stool antigen tests are more suitable for detecting a H. pylori infection. With the mentioned clinical conditions, at least two non- invasive diagnostic methods should be used to ensure reliable results.

Bakgrund: Den pågående pandemin COVID-19 orsakas av viruset SARS-CoV-2. Sedan december 2020 har nya varianter av viruset med betydande genetiska förändringar upptäckts, gemensamt benämnt varianter av särskild betydelse eller variants of concern (VOC). Just nu är det tre VOC som bevakas särskilt; B.1.1.7 (först upptäckt i Storbritannien), B.1.351 (först upptäckt i Sydafrika) respektive P.1 (först upptäckt i Brasilien). Den tidigaste statistiken från Folkhälsomyndigheten om förekomsten av VOC i Region Dalarna är från februari 2021. Förekomsten av VOC innan dess är fortfarande okänd. I regionen delas analysering av prover vid misstanke om COVID-19 in i de olika kategorierna patienter, vårdpersonal, smittspårning och allmänhet. Befintlig statistik om förekomsten av VOC grundar sig nästan enbart på förekomsten bland allmänhetens prover. Syfte: Syftet med denna studie var att undersöka förekomsten av SARS-CoV-2 varianter av särskild betydelse i prover tagna från patienter, vårdpersonal och smittspårningar under december 2020-januari 2021 i Region Dalarna. Studien syftade också till att undersöka när spridningen av respektive VOC kan ha startat i regionen. Metod: Provmaterialet bestod av SARS-CoV-2 positiva prov tagna inom analyskategorierna under tidsperioden. Prover analyserades med RT-PCR och smältkurvsanalys för detektion av VOC-karaktäristiska mutationer. Resultat: Ett fåtal fall av B.1.1.7 detekterades redan i december och en stigande andel av B.1.1.7 påvisades inom analyskategorierna under januari, som tecken på att en regional spridning kan ha startat vid tidpunkten. Endast ett fåtal fall av B.1.351 och/eller P.1 detekterades inom analyskategorierna under tidsperioden, vilket tyder på att en regional spridning av dessa ännu inte hade startat i januari. / Background: The ongoing pandemic COVID-19 is caused by the virus SARS-CoV-2. Since December 2020 new variants of the virus with significant mutations have been discovered, referred to as variants of concern (VOC). At the point, the occurrence of three VOC is especially monitored; B.1.1.7 (discovered in UK), B.1.351 (discovered in South Africa) and P.1 (discovered in Brazil). The earliest statistics about the occurrence of VOC in Region Dalarna, Sweden, is from February 2021 and the occurrence before that is still unknown. In the region analysis of specimen in case of suspected COVID-19 is divided into the different categories patients, healthcare-staff, infection tracing and public. Existing statistics is based almost exclusively on the occurrence of VOC in specimen from the public. Aim: The aim of this study was to examine the occurrence of SARS-CoV-2 VOC among specimens collected from patients, healthcare staff and infection tracing in Region Dalarna during December 2020-January 2021. The study also aimed to examine when the spread of each VOC started in the region. Method: SARS-CoV-2 positive specimen collected within the categories during the time was analyzed with RT-PCR and melting curve analysis for detection of VOC-characteristic mutations. Results: A few cases of B.1.1.7 was detected already in December and an increased percentage of B.1.1.7 was detected within the categories during January, suggesting that a regional spread started at the time. Only a few cases of B.1.351 and/or P.1 was detected within the categories, suggesting that a regional spread of these had not yet started in January.