Dentre os répteis que ocorrem na Amazônia, os quelônios se destacam pela sua diversidade e importância econômica. Podocnemis expansa, conhecida popularmente como tartaruga-da-amazônia, é considerada o maior quelônio de água doce da América do Sul e tem sido explorada intensamente, por séculos, por inúmeras comunidades indígenas e ribeirinhas. O presente estudo teve como objetivo ampliar os conhecimentos acerca da ecologia populacional e da biologia reprodutiva de P. expansa no rio Javaés, Estado do Tocantins, no entorno do Parque Nacional do Araguaia (Ilha do Bananal). No primeiro capítulo desta dissertação foram investigados alguns aspectos da ecologia populacional. Os trabalhos em campo foram realizados entre os anos de 2004 e 2009 e os animais foram capturados pelos métodos de mergulho e arrasto de rede. Com os resultados obtidos, foi observado que a estrutura etária (baseada no comprimento da carapaça) dos indivíduos apresentou um padrão unimodal para os machos e um padrão não definido para as fêmeas. A população estudada era constituída basicamente por fêmeas jovens e machos adultos, apresentando uma razão sexual desviada para as fêmeas de 1:1,4 (:). A abundância relativa variou entre 0,4 e 8,6 animais/hora, dependendo do método de captura empregado, e a maioria dos animais (73,7%) encontrava-se concentrada em apenas um ponto específico do rio. No segundo capítulo, foram estudadas as relações alométricas entre o tamanho corpóreo da fêmea, seus rastros, as variáveis da ninhada e a forma dos ninhos em ambiente natural. O trabalho de campo foi realizado em uma praia de desova da área estudada, entre os meses de setembro e dezembro de 2008. Os resultados mostraram que o tamanho corpóreo da fêmea de P. expansa pode ser estimado em função do seu rastro, que fêmeas maiores deixam rastros maiores na areia, além de produzirem mais ovos (tamanho da ninhada) e com maior massa (massa da ninhada) do que fêmeas menores e que as variáveis largura da carapaça e massa da fêmea podem ser consideradas como confiáveis para estabelecer relações nos estudos de alometria com P. expansa. / Among the reptiles found in the Amazon, the turtles stand out because of its diversity and economic importance. Podocnemis expansa, popularly known as Amazon river turtle, is considered the largest freshwater turtle in South America and has been heavily exploited for centuries by many indigenous and riverine communities. This study aimed to expand the knowledge about the population ecology and the reproductive biology of P. expansa in the Javaés River, Tocantins State, around the Parque Nacional do Araguaia (Iha do Bananal). In the first chapter of this dissertation some aspects of population ecology were investigated. Fieldwork was carried out between 2004 and 2009, and the animals were captured by diving and trawling net. The age structure (based on carapace length) of the animals showed a unimodal pattern for males and not a standard defined for females. The population consisted mainly of young females and adult males, with a sex ratio of 1:1.4 (:), biased to females. The relative abundance varied between 0.4 and 8.6 animals per hour depending on the method of capture employed, and most animals (73.7%) was concentrated in a single specific point of the river. In the second chapter, the allometric relationships between female body size, their tracks, the clutch variables and nest form in natural environment were investigated. Fieldwork was carried out on a nest beach of the study area, between September and December 2008. Results indicated that P. expansa female body size can be estimated based on her track. Larger females leave larger foot tracks in the sand and produce more eggs (clutch size) with greater mass (clutch mass) than smaller females. Female carapace width and female body mass can be regarded as reliable to establish relationships in studies of allometry with P. expansa.

Hylaeamys yunganus, é um roedor da tribo Oryzomyini que apresenta amostras distribuídas ao longo das florestas tropicais da Amazônia e ocupa um amplo gradiente altitudinal, que se estende do nível do mar até altitudes ao redor de 2000m. Informações disponíveis na literatura sugerem que as populações de H. yunganus da Venezuela, Colômbia, Equador, Peru e oeste do Brasil apresentam grande tamanho corpóreo, enquanto que é característico das populações da Guiana Francesa, Guyana, Suriname e ao longo da região leste da Bacia Amazônica, um tamanho menor. Dentro deste contexto, considerando novas amostras disponíveis e novas abordagens metodológicas (morfológicas quantitativas e moleculares), o presente estudo buscou avaliar as diferenças entre as populações do leste e oeste de H. yunganus. Além disso, buscou verificar a existência de similaridade morfológica entre as populações da Amazônia oriental e da Amazônia ocidental com populações simpátricas de H. megacephalus e H. perenensis, respectivamente. Localidades geográficas próximas foram agrupadas com o propósito de obter amostras mais robustas para as análises estatísticas. As análises morfométricas e morfológicas foram conduzidas em indivíduos adultos de acordo com o desgaste dos molares e de ambos os sexos. Os caracteres morfométricos consistiram em 17 crânio-dentárias. As normalidades foram testadas uni e multivariadamente utilizando os testes de Kolmogorov- Smirnov e Kurtose de Mardia, respectivamente. As análises de variação geográfica basearam-se em diagramas Dice-Leraas, Análises de Componentes Principais e Análises Discriminantes. Utilizando um fragmento de 414 pb do gene mitocondrial do citocromo b foram realizadas árvores filogenéticas pelos métodos de Neighbour-Joining e Bayesiana. Foi também conduzida uma análise da rede de haplótipos para reconhecer os agrupamentos dos haplótipos na espécie. Ao longo da distribuição da espécie foram encontrados padrões de divergência baseados em dados morfológicos (nas análises uni e multivariadas). As populações do leste são menores em diversas dimensões cranianas que os indivíduos da porção oeste da distribuição. As análises moleculares revelam uma congruência parcial com as análises morfológicas: os indivíduos da porção oeste são mais próximos entre si e formam um clado divergente dos indivíduos do leste. A diferença existente é que o clado leste, tem a presença de espécimes de Potaro e Barima-Waini (Guiana), localidades que apresentam diferenças morfológicas tanto com o grupo leste como oeste, dependendo da análise estatística. Concluiu-se que existe variação geográfica em H. yunganus ao longo da distribuição na Amazônia, porém de forma gradual e não abrupta, entre as populações do leste e do oeste da Amazônia. / Hylaeamys yunganus is a rodent of the Oryzomyini tribe presenting samples distributed through the Amazon rainforests and occupies a wide altitudinal gradient, which extends from sea level up to ca. 2,000m. Information available in the literature suggests that populations of H. yunganus from Venezuela, Colombia, Ecuador, Peru and western Brazil have large body size, whereas populations from French Guiana, Guyana, Suriname and the eastern Amazon Basin have a smaller size. Within this context, considering new samples available and new methodological approaches (quantitative morphological and molecular), this study evaluated the differences between the eastern and western populations of H. yunganus. In addition, investigates the existence of morphological similarity between the populations of the eastern Amazon and the western Amazon with sympatric populations of H. megacephalus and H. perenensis, respectively. Close geographic locations were grouped in order to obtain samples for more robust statistical analysis. The morphometric and morphological analysis were conducted in adults according to the molar wear in both sexes. The morphometric characters consisted of 17 cranio-dental measurements. The normality was tested using univariate and multivariate tests of Kolmogorov- Smirnov and Mardi kurtosis, respectively. Geographic variation analysis was based on Dice- Leraas diagrams, Principal Components Analysis and Discriminant Analysis. Using a fragment of 414 bp of the mitochondrial cytochrome b gene were performed phylogenetic trees by the Neighbour-Joining and Bayesian methods. It was also conducted a haplotype network analysis in order to recognize groups of haplotypes in the species. Through the species distribuition divergent patterns were found in morphology (uni and multivariate analyses). The eastern populations presented smaller cranial dimentions than the western ones. The molecular analyses revealed partial congruence with this pattern. The western samples are close to each other forming a separated group from the eastern samples. The eastern clade has samples from Potaro and Barima-Waini (Guyana) that present mophological differences with the eastern group as well as with the western one, depending on the statistical analysis. In short, H. yunganus presents geographical variation through its distribution in a gradual pattern between the eastern and the western Amazon.

A inclusão de grupos genéticos na avaliação de reprodutores tem sido comumente empregada para a representação de possíveis diferenças genéticas entre os animais não contabilizadas pela ausência de informações de parentesco. Entretanto, a definição destes grupos ainda é arbitrária, sendo inexistentes trabalhos que avaliem as estratégias de agrupamento genético quanto aos seus efeitos sobre a eficiência de seleção. Dessa forma, o objetivo desta pesquisa foi comparar estratégias de agrupamento genético na predição de valores genéticos, determinando-se a estrutura adequada à avaliação genética. Para tanto, foram utilizados dados de peso ao nascimento, peso ao desmame, ganho de peso pós-desmame, circunferência escrotal e escore de musculosidade de uma população de bovinos compostos da raça Montana Tropical. Foram avaliadas as estratégias de agrupamento envolvendo safra de nascimento do animal (SAF); sexo do parental desconhecido (SEX); fazenda de nascimento do animal (FAZ); caminho de seleção (SEL); composição racial (RACA) safra de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (SAFSEX); fazenda de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (FAZSEX); safra e fazenda de nascimento do animal (SAFFAZ); e safra, fazenda de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (SAFFAZSEX). Para cada estratégia, foram realizadas cem análises para a predição de valores genéticos simulando-se a perda de informação de parentesco de 10, 30 e 50% dos indivíduos. Posteriormente, estes valores genéticos foram comparados aos obtidos em uma análise envolvendo a matriz de relacionamentos completa, de maneira a se estimar a eficiência de seleção e as correlações entre os valores genéticos e a classificação dos animais. As estratégias de SAF e RACA apresentaram eficiências de seleção e correlações altas independente da característica e amostra de animais com parentesco desconhecido consideradas, mostrando-se adequadas à avaliação e seleção de reprodutores. Perdas de seleção elevadas foram observadas para SAFFAZ e SAFFAZSEX, possivelmente devido à formação de muitos grupos com poucos animais, dificultando-se assim a estimativa dos efeitos dos grupos genéticos. A partir dos resultados é possível concluir que a definição da estratégia de agrupamento deve considerar as decisões vinculadas à seleção de reprodutores e o número de grupos genéticos formados, de forma que os mesmos representem as diferenças genéticas da população e permitam a adequada predição dos valores genéticos. / The inclusion of genetic groups in sire evaluation has been widely used to represent genetic differences among animals not accounted by the absence of parentage information. However, the definition of these groups is still arbitrary, and research assessing the effects of genetic grouping strategies on the selection efficiency is rare. Thus, the aim of this study was to compare genetic grouping strategies in breeding values prediction, determining the appropriate structure for the genetic evaluation. Data on birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, scrotal circumference and muscling score of Montana Tropical composite beef cattle population were used. Grouping strategies involving birth season of the animal (SAF), sex of the unknown parent (SEX), birth farm of the animal (FAZ), path selection (SEL), breed composition (RACA), birth season of the animal and sex of the unknown parent (SAFSEX), birth farm of the animal and sex of the unknown parent (FAZSEX), birth season and farm of the animal (SAFFAZ), and birth season and farm of the animal and sex of the unknown parent (SAFFAZSEX) were evaluated. For each strategy, one hundred analyses were performed to predict breeding values, simulating a loss of genealogy information of 10, 30 and 50% of individuals. Thereafter, these breeding values were compared to those obtained in an analysis involving the complete relationship matrix, in order to estimate the selection efficiency and the correlations between breeding values and animal rankings. The grouping strategies SAF and RACA showed high selection efficiencies and correlations, regardless of the trait and sample of animals with unknown parentage considered, and therefore, they are suitable for sire evaluation and selection. High selection losses were observed for SAFFAZ and SAFFAZSEX, possibly due to the formation of many groups with few animals, since this could lead to some confounding with other fixed effects and hamper the estimation effects of genetic groups. These results allow to conclude that the definition of grouping strategy must consider the decisions regarding the selection and the number of genetic groups formed, so that genetic groups represent the genetic differences in population and allow an adequate prediction of breeding values.

A alteração dos ecossistemas naturais e a criação de novos ambientes podem alterar significativamente o padrão de distribuição das espécies silvestres e a disponibilidade dos recursos naturais. A expansão agrícola pode ser considerada como uma das principais perturbações antrópicas responsáveis pela conversão das florestas nativas. Mamíferos de médio e grande porte são responsáveis por processos ecológicos determinantes na estrutura das comunidades. Estes possuem importantes funções na manutenção e regeneração das florestas e sua contínua provisão de bens e serviços ecossistêmicos. Dieta e uso do espaço estão intimamente relacionados ao potencial adaptativo das espécies. Seu estudo é útil na tentativa de avaliar a conservação das mesmas nos ambientes alterados. Neste contexto dois estudos envolvendo mamíferos de médio e grande porte foram conduzidos em paisagens agrícolas da Região do Alto Paranapanema, Estado de São Paulo. No primeiro estudo, entre setembro de 2008 e setembro de 2010, foi avaliada a freqüência de ocorrência das espécies deste grupo, em corpos dágua naturais e artificiais da Fazenda Três Lagoas, no município de Angatuba. Ambos os ambientes (açudes e riachos) estavam associados à plantação recente de Eucalipto. Foram detectadas 20 espécies no total (18 em açudes e 17 em riachos), sugerindo razoável riqueza de espécies para o ambiente em questão, no entanto os ambientes ripários (i.e., que abrigam os corpos dágua naturais) apontaram maior riqueza e abundância. Tais resultados reforçam a importância da presença de remanescentes florestais sob proteção legal na paisagem agrícola, para a conservação dos mamíferos de médio e grande porte. Além disto, os resultados sugerem aumento da capacidade de suporte do ambiente em função da manutenção dos açudes. O segundo estudo trata do uso de abrigos e dieta de Lontra longicaudis (Mammalia, Carnivora), mamífero carnívoro semi-aquático já considerado como espécie vulnerável. Entre agosto de 2008 e julho 2009, foi realizada a coleta mensal das fezes de lontra encontradas em trecho sob influência antrópica do rio Paranapanema. Os abrigos foram descritos e representados graficamente e a dieta foi quantificada por meio da análise de 60 amostras de fezes. Foram identificados 15 itens alimentares, sendo peixes das famílias Cichlidae e Loricariidae os itens mais comuns. A amplitude de nicho apontou a espécie como especialista (utilizando o índice padronizado de Levins), reforçando a importância do ambiente e fauna aquáticos para sua conservação. No entanto, os resultados sugerem, de forma geral, certa plasticidade de L. longicaudis em relação aos ambientes alterados. Ambos os estudos, sugerem a relevância de paisagens alteradas na conservação da biodiversidade, e a necessidade de inserção de tais áreas em planos de manejo e conservação. / The expansion of agricultural land is recognized as one of the most significant anthropic alterations within the natural ecosystems. The conversion of forest into agricultural landscapes can change biotic interactions and natural resources availability. Alterations as such can have consequences in respect to the ecosystems services which are provided by natural forested areas. Mammals are responsible for ecological processes which are determinant for the forest maintenance and regeneration. Diet and habitat use are essential tools to determine species conservation status and how it deals with human-driven ecological changes. Hence within this context, two studies took place in disturbed areas in Southern São Paulo State, Brazil. Both studies involve middle-to large sized mammals in agricultural landscapes at the Alto Paranapanema watershed. In the first study, during the period of August 2008 to July 2010, every two months, the frequency of occurrence of middle-to large sized mammals was surveyed and recorded around streams of remaining gallery forests and artificial reservoirs originally built for cattle water supply. Both habitats are associated with new Eucalyptus plantations. As a result a total of 20 species were detected, 18 around artificial reservoirs and 17 in streams of gallery forests. However streams of gallery forests showed significantly higher species richness and abundance than artificial reservoirs. These results outline the importance of maintaining protected native vegetation areas by law in such landscapes. Results also suggest that the artificial reservoirs may increase habitat carrying capacity for middle- to large-sized mammals in such circumstances. The second study reports the diet and use of shelters by the neotropical otter (Lontra longicaudis) in a disturbed area. Otters are semi-aquatic carnivores with a potentially functional role in freshwater ecosystems. During the period from August 2008 to July 2009, otter scats were collected monthly at Paranapanema River. The shelters were described and graphically represented and the diet was quantified by analyzing 60 scats. The niche breadth analysis classifies L. longicaudis as a specialist species according to the trophic niche amplitude index (Levins index). The most common items identified were fishes from the Cichlidae and Loricariidae families, probably because of the habits of such species which makes them an easier prey. Such results stress the importance of freshwater ecosystems for the neotropical otter conservation. Results also suggest the adaptative potential of L. longicaudis and that some disturbed areas may be significant for this species conservation. Both studies emphasize the relevance of such altered ecosystems and it insertion requirement on protection and conservation initiatives towards biodiversity conservation.

O gênero Mazama é composto por cinco espécies no Brasil. São animais de visualização dificultada por causa de comportamentos evasivos, o que torna as capturas e os estudos comportamentais quase impossíveis. Assim, o uso de metodologias não invasivas para estudos ecológicos e genéticos destas espécies se torna necessário. A análise do DNA fecal está dentro das técnicas mais promissoras para esse fim. Este estudo objetivou genotipar amostras fecais, de uma população de veado-mateiro (Mazama americana) para a obtenção de informações genéticas e ecológicas. Para tanto, foram coletadas, com auxílio de um cão farejador, georreferenciadas e estocadas em etanol absoluto, 52 amostras fecais de cervídeos. A coleta realizou-se em um fragmento (21o20S 47o17W) de 600 ha de floresta estacional semidecidual. Dessas amostras coletadas, 31% (n=16) foram classificadas como frescas e 69% (n=36) como não frescas. O DNA foi extraído em torno de 30 dias após a coleta, usando o kit comercial QIAamp® DNA Stool Mini Kit, seguindo o protocolo do fabricante. Das 52 amostras, 45 foram identificadas por PCR/RFLP como pertencentes a M. americana e as demais apresentaram problemas de amplificação e digestão, permanecendo sem identificação. Amplificaram-se por PCR cinco locos microssatélites, e o sucesso de amplificação, visualizado em gel de agarose, variou com o tamanho dos locos e com a classe das amostras. O sucesso de amplificação foi de 65% das amostras da categoria fresca e 35% das amostras da categoria não fresca. Encontrou-se uma correlação negativa (R= -0,82) entre o tamanho dos fragmentos dos locos de microssatélites e o sucesso de amplificação. Foi possível identificar o sexo do animal em 43,7% das amostras fecais, pela amplificação do gene da amelogenina. Os locos microssatélites amplificados foram analisados em sequenciador automático. Os eletroferogramas gerados pelo seqüenciador impossibilitaram a genotipagem da maioria dos locos e amostras, tornando inviável qualquer análise genética e ecológica com confiabilidade. Fica evidente a dificuldade de se trabalhar com a metodologia do DNA fecal para a identificação individual e sexagem de amostras obtidas de Cervídeos florestais em vida livre. Algumas melhorias metodológicas (coleta de amostras fecais frescas, seleção de iniciadores para locos menores e quantificação do DNA extraído por PCR em tempo real) são sugeridas para o aumento nos índices de sucesso na genotipgem em estudos futuros. / Mazama genus is composed by five species in Brazil. All of them are difficult to observe due to their evasive behaviors, what makes the captures and behavioral studies almost impossible. Thus, the use of non invasive methodologies is necessary to study the ecology and genetics of these species. The fecal DNA analysis is one of the most promising techniques for this purpose. This study aimed to genotype a Mazama americana population faecal samples for obtaining genetics and ecological information. For this, 52 deer faecal samples were collected in a 600ha seasonal semideciduos forest fragment (21o20S 47o17W), with the help of a detection dog, stored in ethanol and georeferenced. Of these samples 31% (n=16) was classified as fresh and 69% (n=36) as not fresh. About thirty days after the collection the DNA was extracted using the QIAamp® DNA Stool Mini Kit following the manufacturers instructions. From the 52 samples collected and extracted, 45 were identified by PCR/RFLP as M. americana and the others showed amplification and digestion problems, remaining without identification. Five microsatellite loci were amplified by PCR and the amplification success, visualized in agarose gel, varied with the loco size and age class. The amplifications success occurred in 65% of the fresh samples and in 35% of the non-fresh samples and a negative correlation (R= -0.82) was found between amplification success and loci sizes. It was possible to identify the animal sex in 43% of the samples by the amelogenin gene. The microsatellite loci amplifications were analyzed in an automatic sequencer. The majority of the samples and loci were impossible to genotype because of the quality of the elestroferograms, what made impossible any reliable genetic and ecological analysis. It is evident the difficulty to work with the faecal DNA methodology using field collected forests deer samples for individual and sexual identifications. Some methodological improvements (collect fresh samples, select primers for shorter loci and quantify the extracted DNA by real time PCR) are suggested to increase the genotyping success indexes in future studies

Dentre os répteis que ocorrem na Amazônia, os quelônios se destacam pela sua diversidade e importância econômica. Podocnemis expansa, conhecida popularmente como tartaruga-da-amazônia, é considerada o maior quelônio de água doce da América do Sul e tem sido explorada intensamente, por séculos, por inúmeras comunidades indígenas e ribeirinhas. O presente estudo teve como objetivo ampliar os conhecimentos acerca da ecologia populacional e da biologia reprodutiva de P. expansa no rio Javaés, Estado do Tocantins, no entorno do Parque Nacional do Araguaia (Ilha do Bananal). No primeiro capítulo desta dissertação foram investigados alguns aspectos da ecologia populacional. Os trabalhos em campo foram realizados entre os anos de 2004 e 2009 e os animais foram capturados pelos métodos de mergulho e arrasto de rede. Com os resultados obtidos, foi observado que a estrutura etária (baseada no comprimento da carapaça) dos indivíduos apresentou um padrão unimodal para os machos e um padrão não definido para as fêmeas. A população estudada era constituída basicamente por fêmeas jovens e machos adultos, apresentando uma razão sexual desviada para as fêmeas de 1:1,4 (:). A abundância relativa variou entre 0,4 e 8,6 animais/hora, dependendo do método de captura empregado, e a maioria dos animais (73,7%) encontrava-se concentrada em apenas um ponto específico do rio. No segundo capítulo, foram estudadas as relações alométricas entre o tamanho corpóreo da fêmea, seus rastros, as variáveis da ninhada e a forma dos ninhos em ambiente natural. O trabalho de campo foi realizado em uma praia de desova da área estudada, entre os meses de setembro e dezembro de 2008. Os resultados mostraram que o tamanho corpóreo da fêmea de P. expansa pode ser estimado em função do seu rastro, que fêmeas maiores deixam rastros maiores na areia, além de produzirem mais ovos (tamanho da ninhada) e com maior massa (massa da ninhada) do que fêmeas menores e que as variáveis largura da carapaça e massa da fêmea podem ser consideradas como confiáveis para estabelecer relações nos estudos de alometria com P. expansa. / Among the reptiles found in the Amazon, the turtles stand out because of its diversity and economic importance. Podocnemis expansa, popularly known as Amazon river turtle, is considered the largest freshwater turtle in South America and has been heavily exploited for centuries by many indigenous and riverine communities. This study aimed to expand the knowledge about the population ecology and the reproductive biology of P. expansa in the Javaés River, Tocantins State, around the Parque Nacional do Araguaia (Iha do Bananal). In the first chapter of this dissertation some aspects of population ecology were investigated. Fieldwork was carried out between 2004 and 2009, and the animals were captured by diving and trawling net. The age structure (based on carapace length) of the animals showed a unimodal pattern for males and not a standard defined for females. The population consisted mainly of young females and adult males, with a sex ratio of 1:1.4 (:), biased to females. The relative abundance varied between 0.4 and 8.6 animals per hour depending on the method of capture employed, and most animals (73.7%) was concentrated in a single specific point of the river. In the second chapter, the allometric relationships between female body size, their tracks, the clutch variables and nest form in natural environment were investigated. Fieldwork was carried out on a nest beach of the study area, between September and December 2008. Results indicated that P. expansa female body size can be estimated based on her track. Larger females leave larger foot tracks in the sand and produce more eggs (clutch size) with greater mass (clutch mass) than smaller females. Female carapace width and female body mass can be regarded as reliable to establish relationships in studies of allometry with P. expansa.

O gênero Mazama é composto por cinco espécies no Brasil. São animais de visualização dificultada por causa de comportamentos evasivos, o que torna as capturas e os estudos comportamentais quase impossíveis. Assim, o uso de metodologias não invasivas para estudos ecológicos e genéticos destas espécies se torna necessário. A análise do DNA fecal está dentro das técnicas mais promissoras para esse fim. Este estudo objetivou genotipar amostras fecais, de uma população de veado-mateiro (Mazama americana) para a obtenção de informações genéticas e ecológicas. Para tanto, foram coletadas, com auxílio de um cão farejador, georreferenciadas e estocadas em etanol absoluto, 52 amostras fecais de cervídeos. A coleta realizou-se em um fragmento (21o20S 47o17W) de 600 ha de floresta estacional semidecidual. Dessas amostras coletadas, 31% (n=16) foram classificadas como frescas e 69% (n=36) como não frescas. O DNA foi extraído em torno de 30 dias após a coleta, usando o kit comercial QIAamp® DNA Stool Mini Kit, seguindo o protocolo do fabricante. Das 52 amostras, 45 foram identificadas por PCR/RFLP como pertencentes a M. americana e as demais apresentaram problemas de amplificação e digestão, permanecendo sem identificação. Amplificaram-se por PCR cinco locos microssatélites, e o sucesso de amplificação, visualizado em gel de agarose, variou com o tamanho dos locos e com a classe das amostras. O sucesso de amplificação foi de 65% das amostras da categoria fresca e 35% das amostras da categoria não fresca. Encontrou-se uma correlação negativa (R= -0,82) entre o tamanho dos fragmentos dos locos de microssatélites e o sucesso de amplificação. Foi possível identificar o sexo do animal em 43,7% das amostras fecais, pela amplificação do gene da amelogenina. Os locos microssatélites amplificados foram analisados em sequenciador automático. Os eletroferogramas gerados pelo seqüenciador impossibilitaram a genotipagem da maioria dos locos e amostras, tornando inviável qualquer análise genética e ecológica com confiabilidade. Fica evidente a dificuldade de se trabalhar com a metodologia do DNA fecal para a identificação individual e sexagem de amostras obtidas de Cervídeos florestais em vida livre. Algumas melhorias metodológicas (coleta de amostras fecais frescas, seleção de iniciadores para locos menores e quantificação do DNA extraído por PCR em tempo real) são sugeridas para o aumento nos índices de sucesso na genotipgem em estudos futuros. / Mazama genus is composed by five species in Brazil. All of them are difficult to observe due to their evasive behaviors, what makes the captures and behavioral studies almost impossible. Thus, the use of non invasive methodologies is necessary to study the ecology and genetics of these species. The fecal DNA analysis is one of the most promising techniques for this purpose. This study aimed to genotype a Mazama americana population faecal samples for obtaining genetics and ecological information. For this, 52 deer faecal samples were collected in a 600ha seasonal semideciduos forest fragment (21o20S 47o17W), with the help of a detection dog, stored in ethanol and georeferenced. Of these samples 31% (n=16) was classified as fresh and 69% (n=36) as not fresh. About thirty days after the collection the DNA was extracted using the QIAamp® DNA Stool Mini Kit following the manufacturers instructions. From the 52 samples collected and extracted, 45 were identified by PCR/RFLP as M. americana and the others showed amplification and digestion problems, remaining without identification. Five microsatellite loci were amplified by PCR and the amplification success, visualized in agarose gel, varied with the loco size and age class. The amplifications success occurred in 65% of the fresh samples and in 35% of the non-fresh samples and a negative correlation (R= -0.82) was found between amplification success and loci sizes. It was possible to identify the animal sex in 43% of the samples by the amelogenin gene. The microsatellite loci amplifications were analyzed in an automatic sequencer. The majority of the samples and loci were impossible to genotype because of the quality of the elestroferograms, what made impossible any reliable genetic and ecological analysis. It is evident the difficulty to work with the faecal DNA methodology using field collected forests deer samples for individual and sexual identifications. Some methodological improvements (collect fresh samples, select primers for shorter loci and quantify the extracted DNA by real time PCR) are suggested to increase the genotyping success indexes in future studies

A alteração dos ecossistemas naturais e a criação de novos ambientes podem alterar significativamente o padrão de distribuição das espécies silvestres e a disponibilidade dos recursos naturais. A expansão agrícola pode ser considerada como uma das principais perturbações antrópicas responsáveis pela conversão das florestas nativas. Mamíferos de médio e grande porte são responsáveis por processos ecológicos determinantes na estrutura das comunidades. Estes possuem importantes funções na manutenção e regeneração das florestas e sua contínua provisão de bens e serviços ecossistêmicos. Dieta e uso do espaço estão intimamente relacionados ao potencial adaptativo das espécies. Seu estudo é útil na tentativa de avaliar a conservação das mesmas nos ambientes alterados. Neste contexto dois estudos envolvendo mamíferos de médio e grande porte foram conduzidos em paisagens agrícolas da Região do Alto Paranapanema, Estado de São Paulo. No primeiro estudo, entre setembro de 2008 e setembro de 2010, foi avaliada a freqüência de ocorrência das espécies deste grupo, em corpos dágua naturais e artificiais da Fazenda Três Lagoas, no município de Angatuba. Ambos os ambientes (açudes e riachos) estavam associados à plantação recente de Eucalipto. Foram detectadas 20 espécies no total (18 em açudes e 17 em riachos), sugerindo razoável riqueza de espécies para o ambiente em questão, no entanto os ambientes ripários (i.e., que abrigam os corpos dágua naturais) apontaram maior riqueza e abundância. Tais resultados reforçam a importância da presença de remanescentes florestais sob proteção legal na paisagem agrícola, para a conservação dos mamíferos de médio e grande porte. Além disto, os resultados sugerem aumento da capacidade de suporte do ambiente em função da manutenção dos açudes. O segundo estudo trata do uso de abrigos e dieta de Lontra longicaudis (Mammalia, Carnivora), mamífero carnívoro semi-aquático já considerado como espécie vulnerável. Entre agosto de 2008 e julho 2009, foi realizada a coleta mensal das fezes de lontra encontradas em trecho sob influência antrópica do rio Paranapanema. Os abrigos foram descritos e representados graficamente e a dieta foi quantificada por meio da análise de 60 amostras de fezes. Foram identificados 15 itens alimentares, sendo peixes das famílias Cichlidae e Loricariidae os itens mais comuns. A amplitude de nicho apontou a espécie como especialista (utilizando o índice padronizado de Levins), reforçando a importância do ambiente e fauna aquáticos para sua conservação. No entanto, os resultados sugerem, de forma geral, certa plasticidade de L. longicaudis em relação aos ambientes alterados. Ambos os estudos, sugerem a relevância de paisagens alteradas na conservação da biodiversidade, e a necessidade de inserção de tais áreas em planos de manejo e conservação. / The expansion of agricultural land is recognized as one of the most significant anthropic alterations within the natural ecosystems. The conversion of forest into agricultural landscapes can change biotic interactions and natural resources availability. Alterations as such can have consequences in respect to the ecosystems services which are provided by natural forested areas. Mammals are responsible for ecological processes which are determinant for the forest maintenance and regeneration. Diet and habitat use are essential tools to determine species conservation status and how it deals with human-driven ecological changes. Hence within this context, two studies took place in disturbed areas in Southern São Paulo State, Brazil. Both studies involve middle-to large sized mammals in agricultural landscapes at the Alto Paranapanema watershed. In the first study, during the period of August 2008 to July 2010, every two months, the frequency of occurrence of middle-to large sized mammals was surveyed and recorded around streams of remaining gallery forests and artificial reservoirs originally built for cattle water supply. Both habitats are associated with new Eucalyptus plantations. As a result a total of 20 species were detected, 18 around artificial reservoirs and 17 in streams of gallery forests. However streams of gallery forests showed significantly higher species richness and abundance than artificial reservoirs. These results outline the importance of maintaining protected native vegetation areas by law in such landscapes. Results also suggest that the artificial reservoirs may increase habitat carrying capacity for middle- to large-sized mammals in such circumstances. The second study reports the diet and use of shelters by the neotropical otter (Lontra longicaudis) in a disturbed area. Otters are semi-aquatic carnivores with a potentially functional role in freshwater ecosystems. During the period from August 2008 to July 2009, otter scats were collected monthly at Paranapanema River. The shelters were described and graphically represented and the diet was quantified by analyzing 60 scats. The niche breadth analysis classifies L. longicaudis as a specialist species according to the trophic niche amplitude index (Levins index). The most common items identified were fishes from the Cichlidae and Loricariidae families, probably because of the habits of such species which makes them an easier prey. Such results stress the importance of freshwater ecosystems for the neotropical otter conservation. Results also suggest the adaptative potential of L. longicaudis and that some disturbed areas may be significant for this species conservation. Both studies emphasize the relevance of such altered ecosystems and it insertion requirement on protection and conservation initiatives towards biodiversity conservation.

Hylaeamys yunganus, é um roedor da tribo Oryzomyini que apresenta amostras distribuídas ao longo das florestas tropicais da Amazônia e ocupa um amplo gradiente altitudinal, que se estende do nível do mar até altitudes ao redor de 2000m. Informações disponíveis na literatura sugerem que as populações de H. yunganus da Venezuela, Colômbia, Equador, Peru e oeste do Brasil apresentam grande tamanho corpóreo, enquanto que é característico das populações da Guiana Francesa, Guyana, Suriname e ao longo da região leste da Bacia Amazônica, um tamanho menor. Dentro deste contexto, considerando novas amostras disponíveis e novas abordagens metodológicas (morfológicas quantitativas e moleculares), o presente estudo buscou avaliar as diferenças entre as populações do leste e oeste de H. yunganus. Além disso, buscou verificar a existência de similaridade morfológica entre as populações da Amazônia oriental e da Amazônia ocidental com populações simpátricas de H. megacephalus e H. perenensis, respectivamente. Localidades geográficas próximas foram agrupadas com o propósito de obter amostras mais robustas para as análises estatísticas. As análises morfométricas e morfológicas foram conduzidas em indivíduos adultos de acordo com o desgaste dos molares e de ambos os sexos. Os caracteres morfométricos consistiram em 17 crânio-dentárias. As normalidades foram testadas uni e multivariadamente utilizando os testes de Kolmogorov- Smirnov e Kurtose de Mardia, respectivamente. As análises de variação geográfica basearam-se em diagramas Dice-Leraas, Análises de Componentes Principais e Análises Discriminantes. Utilizando um fragmento de 414 pb do gene mitocondrial do citocromo b foram realizadas árvores filogenéticas pelos métodos de Neighbour-Joining e Bayesiana. Foi também conduzida uma análise da rede de haplótipos para reconhecer os agrupamentos dos haplótipos na espécie. Ao longo da distribuição da espécie foram encontrados padrões de divergência baseados em dados morfológicos (nas análises uni e multivariadas). As populações do leste são menores em diversas dimensões cranianas que os indivíduos da porção oeste da distribuição. As análises moleculares revelam uma congruência parcial com as análises morfológicas: os indivíduos da porção oeste são mais próximos entre si e formam um clado divergente dos indivíduos do leste. A diferença existente é que o clado leste, tem a presença de espécimes de Potaro e Barima-Waini (Guiana), localidades que apresentam diferenças morfológicas tanto com o grupo leste como oeste, dependendo da análise estatística. Concluiu-se que existe variação geográfica em H. yunganus ao longo da distribuição na Amazônia, porém de forma gradual e não abrupta, entre as populações do leste e do oeste da Amazônia. / Hylaeamys yunganus is a rodent of the Oryzomyini tribe presenting samples distributed through the Amazon rainforests and occupies a wide altitudinal gradient, which extends from sea level up to ca. 2,000m. Information available in the literature suggests that populations of H. yunganus from Venezuela, Colombia, Ecuador, Peru and western Brazil have large body size, whereas populations from French Guiana, Guyana, Suriname and the eastern Amazon Basin have a smaller size. Within this context, considering new samples available and new methodological approaches (quantitative morphological and molecular), this study evaluated the differences between the eastern and western populations of H. yunganus. In addition, investigates the existence of morphological similarity between the populations of the eastern Amazon and the western Amazon with sympatric populations of H. megacephalus and H. perenensis, respectively. Close geographic locations were grouped in order to obtain samples for more robust statistical analysis. The morphometric and morphological analysis were conducted in adults according to the molar wear in both sexes. The morphometric characters consisted of 17 cranio-dental measurements. The normality was tested using univariate and multivariate tests of Kolmogorov- Smirnov and Mardi kurtosis, respectively. Geographic variation analysis was based on Dice- Leraas diagrams, Principal Components Analysis and Discriminant Analysis. Using a fragment of 414 bp of the mitochondrial cytochrome b gene were performed phylogenetic trees by the Neighbour-Joining and Bayesian methods. It was also conducted a haplotype network analysis in order to recognize groups of haplotypes in the species. Through the species distribuition divergent patterns were found in morphology (uni and multivariate analyses). The eastern populations presented smaller cranial dimentions than the western ones. The molecular analyses revealed partial congruence with this pattern. The western samples are close to each other forming a separated group from the eastern samples. The eastern clade has samples from Potaro and Barima-Waini (Guyana) that present mophological differences with the eastern group as well as with the western one, depending on the statistical analysis. In short, H. yunganus presents geographical variation through its distribution in a gradual pattern between the eastern and the western Amazon.

A inclusão de grupos genéticos na avaliação de reprodutores tem sido comumente empregada para a representação de possíveis diferenças genéticas entre os animais não contabilizadas pela ausência de informações de parentesco. Entretanto, a definição destes grupos ainda é arbitrária, sendo inexistentes trabalhos que avaliem as estratégias de agrupamento genético quanto aos seus efeitos sobre a eficiência de seleção. Dessa forma, o objetivo desta pesquisa foi comparar estratégias de agrupamento genético na predição de valores genéticos, determinando-se a estrutura adequada à avaliação genética. Para tanto, foram utilizados dados de peso ao nascimento, peso ao desmame, ganho de peso pós-desmame, circunferência escrotal e escore de musculosidade de uma população de bovinos compostos da raça Montana Tropical. Foram avaliadas as estratégias de agrupamento envolvendo safra de nascimento do animal (SAF); sexo do parental desconhecido (SEX); fazenda de nascimento do animal (FAZ); caminho de seleção (SEL); composição racial (RACA) safra de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (SAFSEX); fazenda de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (FAZSEX); safra e fazenda de nascimento do animal (SAFFAZ); e safra, fazenda de nascimento do animal e sexo do parental desconhecido (SAFFAZSEX). Para cada estratégia, foram realizadas cem análises para a predição de valores genéticos simulando-se a perda de informação de parentesco de 10, 30 e 50% dos indivíduos. Posteriormente, estes valores genéticos foram comparados aos obtidos em uma análise envolvendo a matriz de relacionamentos completa, de maneira a se estimar a eficiência de seleção e as correlações entre os valores genéticos e a classificação dos animais. As estratégias de SAF e RACA apresentaram eficiências de seleção e correlações altas independente da característica e amostra de animais com parentesco desconhecido consideradas, mostrando-se adequadas à avaliação e seleção de reprodutores. Perdas de seleção elevadas foram observadas para SAFFAZ e SAFFAZSEX, possivelmente devido à formação de muitos grupos com poucos animais, dificultando-se assim a estimativa dos efeitos dos grupos genéticos. A partir dos resultados é possível concluir que a definição da estratégia de agrupamento deve considerar as decisões vinculadas à seleção de reprodutores e o número de grupos genéticos formados, de forma que os mesmos representem as diferenças genéticas da população e permitam a adequada predição dos valores genéticos. / The inclusion of genetic groups in sire evaluation has been widely used to represent genetic differences among animals not accounted by the absence of parentage information. However, the definition of these groups is still arbitrary, and research assessing the effects of genetic grouping strategies on the selection efficiency is rare. Thus, the aim of this study was to compare genetic grouping strategies in breeding values prediction, determining the appropriate structure for the genetic evaluation. Data on birth weight, weaning weight, post-weaning weight gain, scrotal circumference and muscling score of Montana Tropical composite beef cattle population were used. Grouping strategies involving birth season of the animal (SAF), sex of the unknown parent (SEX), birth farm of the animal (FAZ), path selection (SEL), breed composition (RACA), birth season of the animal and sex of the unknown parent (SAFSEX), birth farm of the animal and sex of the unknown parent (FAZSEX), birth season and farm of the animal (SAFFAZ), and birth season and farm of the animal and sex of the unknown parent (SAFFAZSEX) were evaluated. For each strategy, one hundred analyses were performed to predict breeding values, simulating a loss of genealogy information of 10, 30 and 50% of individuals. Thereafter, these breeding values were compared to those obtained in an analysis involving the complete relationship matrix, in order to estimate the selection efficiency and the correlations between breeding values and animal rankings. The grouping strategies SAF and RACA showed high selection efficiencies and correlations, regardless of the trait and sample of animals with unknown parentage considered, and therefore, they are suitable for sire evaluation and selection. High selection losses were observed for SAFFAZ and SAFFAZSEX, possibly due to the formation of many groups with few animals, since this could lead to some confounding with other fixed effects and hamper the estimation effects of genetic groups. These results allow to conclude that the definition of grouping strategy must consider the decisions regarding the selection and the number of genetic groups formed, so that genetic groups represent the genetic differences in population and allow an adequate prediction of breeding values.