Les effets de différentes activités anthropiques (vignoble, cuverie) sur les populations fongiques du raisin au vin ont été étudiés. Afin de caractériser ces effets, il était nécessaire d’avoir accès à la diversité globale des populations (pyroséquençage et IR-TF) mais également à la diversité intraspécifique (IR-TF). La spectroscopie a ainsi été validée pour sa capacité à caractériser la population globale et à discriminer les souches pour trois espèces de levures non-Saccharomyces (NS). Pour la première fois, il est démontré que la baie de raisin constitue une source limitée pour les levures NS alors que la cuverie semble constituer une source importante; l’air étant un vecteur important de dissémination de ces levures. De plus, la persistance et la réimplantation des levures NS dans le moût l’année suivante ont été démontrées. Les activités anthropiques étudiées modifient la diversité fongique. Une biodiversité plus faible pour les raisins de la modalité biologique a été mesurée pour les 3 millésimes considérés. Les populations fongiques sont ensuite fortement remaniées par l’étape de pressurage/clarification et l’influence de la flore de cuverie est confirmée. L’ajout de SO2 modifie les dynamiques des populations et favorise la domination de l’espèce S. cerevisiae. L’analyse chimique non-ciblée des vins montre pour la première fois que ces derniers peuvent être discriminés à la fin de la fermentation alcoolique en fonction de la protection phytosanitaire, que ces fermentations aient eu lieu en présence ou non de SO2. Ainsi, l'existence dans les vins de signatures de diversité chimique et microbiologique liées au mode de protection au vignoble est mise en évidence. / The effects of different anthropogenic activities (vineyard, winery) on fungal populations from grape to wine were studied. To characterize these effects, it was necessary to access to the overall diversity of populations (pyrosequencing and spectroscopy FT-IR) but also to intra-specific diversity (FT-IR). Spectroscopy FT-IR has been validated for their ability to characterize the global population and to discriminate the strains for three species of non-Saccharomyces yeasts (NS). For the first time, it is shown that the grape berry is a limited source for NS yeasts while the winery seems to be a significant source; the air is an important vector for dissemination of these yeasts. In addition, persistence of NS yeast strains from year to year in the winery has been demonstrated. The studied anthropogenic activities modify the fungal diversity. Thus, lower biodiversity of grapes from organic modality was measured for the three vintages considered. The pressing / clarification step revises strongly fungal populations and the influence of the winery flora is confirmed. The addition of SO2 changes the population dynamics and favors the dominance of the species S. cerevisiae. The non-targeted chemical analysis shows, for the first time, that these wines can be distinguished at the end of the alcoholic fermentation (with or without SO2) depending on plant protection. Thus, the existence in wines of chemical and microbiological signatures associated with vineyard protection mode is highlighted.