The aim of this study was to determine the species composition of questing ixodid ticks on the vegetation in intensive breeding enclosures for sable antelopes (Hippotragus niger), on which strategic tick control is practiced, and to compare it with that of questing ixodid ticks in a multi-species herbivore enclosure surrounding the breeding enclosures, and where no tick control is practiced. A total of eight ixodid tick species were collected namely, Amblyomma hebraeum, Amblyomma marmoreum, Haemaphysalis elliptica, Rhipicephalus appendiculatus, Rhipicephalus decoloratus, Rhipicephalus evertsi evertsi, Rhipicephalus simus and Rhipicephalus zambeziensis. A. marmoreum was only collected in the intensive breeding enclosures and H. elliptica only in the multiple herbivore species enclosure, whilst the remaining tick species were collected in both enclosures. The study was also designed to determine the abundance, seasonal abundance and proportion of ixodid tick larvae collected in the sable antelope breeding enclosures as well as in the multi-species herbivore enclosure and to compare the population dynamics of tick species in the respective enclosures with particular emphasis on R. decoloratus. R. decoloratus accounted for 65.4% of the total number ticks collected in the sable enclosures, whilst it represented only 24.3% of the total number of ticks collected in the multi-species herbivore camp. R. decoloratus was more abundant than A. hebraeum and R. appendiculatus in the woodlands of the sable antelope enclosures whilst R. decoloratus and R. evertsi evertsi were more abundant in grassland habitats of the sable antelope enclosures than both A. hebraeum and R. appendiculatus. R. decoloratus larvae were collected throughout the year with peak collections in November 2012 and between October and December 2013 in the sable breeding enclosures, and in April and May 2012 and February and April 2013 in the multi-species herbivore enclosure. The numbers of R. decoloratus larvae collected in the sable breeding enclosures increased significantly during the study period (p≤0.020). / Dissertation (MSc)--University of Pretoria, 2014. / gm2014 / Veterinary Tropical Diseases / unrestricted

First part of this diploma thesis informs the reader about the topic issues of the lands-cape, Czech border regions, countryside, rekreology and recreation, free time and tourism (Czech and foreign; urban and rural). This work presents in his next part to the reader complex analysis of the interest area and a list of the main attractions of the Rýmařovsko microregion which are from the author's point of view for local tourism and his further development the most important. Issues of the influence of tourism on the development of the chosen area in relation to the protection of nature and landscape were discussed by using a questionnaire survey which was filled in by the mayors of individual villages of the Rýmařovsko mikroregion. The specific landscape measure - Hledačka pod věží on the cadastral territory Nová Ves in the village Dolní Moravice - was designed on the basis of this questionnaire. The purpose of this measure is, due to the high recreational use of the area, the emergence of a new type of unpretentious but experience tourism. Technical and drawing documentation, indicative price calculations and possibilities of financing were prepared for this specific landscape measure. The diploma thesis does also not forget the opportunities for promotion including a leaflet design.

Vector-borne diseases are an increasing global threat to humans due to climate changes, elevating the risk of infections transmitted by mosquitos, ticks, and other arthropod vectors. Ixodes ricinus, a common tick in Europe, transmits dangerous tick-borne pathogens to humans. Tick-borne encephalitis (TBE) is a vector-borne disease caused by TBE virus (TBEV). Climate change has contributed to increased tick abundance and incidence of tick-borne diseases, and between 10,000 and 15,000 human TBE cases are reported annually in Europe and Asia. TBEV shows a patchy geographical distribution pattern where each patch represents a natural focus. In nature, TBEV is maintained within the tick-rodent enzootic cycle. Co-feeding is the main route for TBEV transmission from infected to uninfected ticks and for maintenance within the natural foci. The increasing number of TBE cases in Scandinavia highlights the importance of characterizing additional TBEV sequences and of identifying novel natural foci, and in this work we sequenced and phylogenetically characterized four TBEV strains: Saringe-2009 (from a blood-fed nymph), JP-296 (from a questing adult male), JP-554 (from a questing adult male), and Mandal-2009 (from a pool of questing nymphs, n = 10). Mandal-2009 represents a TBEV genome from a natural focus in southern Norway. Saringe-2009 is from a natural endemic focus in northern Stockholm, Sweden, and JP-296 and JP-554 originate from a natural focus “Torö” in southern Stockholm. In addition, we have studied the effect of different biotic and abiotic factors on population dynamics of I. ricinus in southern Stockholm and observed significant spatiotemporal variations in tick activity patterns. Seasonal synchrony of immature stages and total tick abundance are important factors for the probability of horizontal transmission of TBEV among co-feeding ticks. We found that the probability of co-occurrence of larvae, nymphs, and female adults was highest during early summer whereas increasing vegetation height and increasing amounts of forest and open water around the study sites had a significant negative effect on co-occurrence of larvae, nymphs, and female adults. The proximal part of the 3 ́non-coding region (3 ́NCR) of TBEV contains an internal poly(A) tract, and genomic analysis of Saringe-2009 revealed variability in the poly(A) tract indicating the existence of different variants within the TBEV pool of Saringe-2009. Like other RNA viruses, TBEV exists as swarms of unique variants called quasispecies. Because Saringe-2009 came from an engorged nymph that had been feeding on blood for >60 h, we propose that Saringe-2009 represents a putative shift in the TBEV pool when the virus switches from ectothermic/tick to endothermic/mammalian environments. We investigated the role of poly(A) tract variability in replication and virulence of TBEV by generating two infectious clones of the TBEV strain Toro-2003, one with a short/wild-type (A)3C(A)6 poly(A) tract and one with a long (A)3C(A)38 poly(A) tract. The infectious clone with the long poly(A) tract showed poor replication in cell culture but was more virulent in C57BL/6 mice than the wild-type clone. RNA folding predictions of the TBEV genomes suggested that insertion of a long poly(A) tract abolishes a stem loop structure at the beginning of the 3 ́NCR. Next generation sequencing (NGS) analysis of the TBEV genomes after passaging in cell culture and/or mouse brain revealed molecular determinants and quasispecies structure that might contribute to the observed differences in virulence. Our findings suggest that the long poly(A) tract imparts instability to the TBEV genome resulting in higher quasispecies diversity that in turn contributes to TBEV virulence. Phylogenetic analysis of Saringe-2009, JP-296, JP-554, and Mandal-2009 predicted a strong evolutionary relationship among the four strains. They clustered with Toro-2003, the first TBEV strain from Torö, demonstrating a Scandinavian clade. Except for the proximal part of the 3 ́NCR, TBEV is highly conserved in its genomic structure. Genomic analysis revealed that Mandal-2009 contains a truncated 3 ́NCR similar to the highly virulent strain Hypr, whereas JP-296 and JP-554 have a genomic organization identical to Toro-2003, the prototypic TBEV strain from the same natural focus. NGS revealed significantly higher quasispecies diversity for JP-296 and JP-554 compared to Mandal-2009. In addition, single nucleotide polymerphism (SNP) analysis showed that 40% of the SNPs were common between quasispecies populations of JP-296 and JP-554, indicating the persistence and maintenance of TBEV quasispecies within the natural focus. Taken together, these findings indicate the importance of environmental factors for the occurrence pattern of the different life-stages of the tick vector, which are important for the persistence of TBEV in nature. Our findings also show that the selection pressure exerted by specific host also affects the population structure of the TBEV quasispecies. In addition, our results further demonstrate that the evolution of quasispecies has effect on TBEV virulence in mice. / Vektorburna sjukdomar är ett växande globalt hot mot både människor och djur. De pågående klimatförändringarna kan leda till förhöjda risker för infektioner överförda av myggor, fästingar och andra leddjursvektorer. Ixodes ricinus är en vanlig fästing i Europa som överför fästingburna patogener som är farliga för människor. Fästingburen encefalit (TBE) är en vektorburen sjukdom som orsakas av TBE-virus (TBEV). De pågående klimatförändringarna har bidragit till en ökning både av vektorn och sjukdomsfrekvensen. Mellan 10 000 och 15 000 mänskliga TBE-fall rapporteras årligen i Europa och Asien. Den geografiska fördelningen av TBEV visar ett ojämnt fördelningsmönster där viruset är koncentrerat till vissa fokusområden. TBEV återfinns i naturen i en livscykel där viruset hela tiden överförs mellan fästingar och däggdjur. Spridningen sker dels från en infekterad fästing till ett ryggradsdjur när fästingen äter på värddjuret. Spridning mellan fästingar sker troligen främst genom så kallad “co-feeding”, det vill säga att flera fästingar suger blod samtidigt från samma värddjur. Viruset kan då passera från en infekterad fästing, genom värddjuret till oinfekterade fästingar. Virus kan identifieras och studeras med genetiska metoder. Det ökande antalet TBE-fall i Skandinavien styrker vikten av att hitta och karakterisera ytterligare TBEV-stammar och identifiera nya naturliga fokusområden. Vi har sekvenserat och fylogenetiskt beskrivit fyra TBEV-stammar: Saringe-2009 (blodfylld nymf), JP-296 (födosökande vuxen hane), JP-554 (födosökande vuxen hane) och Mandal-2009 (födosökande nymfer, n = 10). Mandal-2009 är ett TBEV från ett naturligt fokusområde i södra Norge. Saringe-2009 kommer från ett naturligt fokusområde i norra Stockholms län, Sverige. JP-296 och JP-554 härstammar från Torö som är ett naturligt fokusområde i södra Stockholms län, Sverige. Förutom den genetiska sekvenseringen av TBEV har vi också studerat effekten av olika biotiska och abiotiska faktorer på populationsdynamik av I. ricinus i södra Stockholm och observerade variation i fästingsaktivitetsmönster både temporalt och spatialt. Förekomstmönster av fästinglarver, nymfer och vuxna honor, och det totala antalet fästingar är viktiga faktorer för sannolikheten för horisontell överföring av TBEV mellan fästingar. Vi fann att sannolikheten för synkron förekomst av larver, nymfer och honor var högst under försommaren. Vegetationshöjd, mängden skog och mängd öppet vatten runt undersökningsområden hade signifikanta negativa effekter på sannolikheten för att larver, nymfer och honor skulle förekomma samtidigt. Den variabla delen av den icke-kodande 3 ́regionen (3'NCR) av TBEV-genomet innehåller ofta en intern poly(A)-sekvens. Liksom andra RNA-virus, förekommer TBEV som så kallade ”quasispecies” vilka definieras som grupper av olika genetiska varianter av virus. Genom analysen av TBEV-stam Saringe-2009 avslöjades variation i poly(A)-sekvensen vilket indikerar förekomst av ”quasispecies”. Eftersom Saringe-2009 kom från en blodfylld nymf som hade sugit blod i > 60 timmar, föreslår vi att Saringe-2009 visar en förändring i ”quasispecies”-poolen när viruset överförs från exoterm fästingmiljö till endoterm däggdjursmiljö. Vi undersökte poly(A)-ekvensens variabilitet och dess roll vid replikering och för virulens hos TBEV, genom att skapa två infektiösa kloner av Torö-2003 stammen; en med en kort/vild-typ (A)3C(A)6 poly(A)-sekkvens, och en med en lång (A)3C(A)38 poly(A)-sekvens. Den infektiösa klonen med lång poly(A)-sekvens replikerade sämre än vildtypklonen i cellkultur, men (A)3C(A)38 poly(A) var mer virulent i C57BL/6-möss än (A)3C(A)6 poly(A). Datasimulering av TBEV-genomets sekundär-RNA-struktur visade att de längre poly(A)-sekvenserna påverkar veckningen av en specifik sekundärstruktur (SL14) i början av 3 ́NCR. Djupsekvenseringsanalys av TBEV-gnomen avslöjade skillnader för specifika gener och ”quasispecies”-strukturen efter passering i cellkultur och/eller mushjärna. Dessa förändringar föreslås bidra till de observerade skillnaderna i virulens. Våra resultat indikerar att den långa poly(A)-sekvensen ger instabilitet i TBEV-genomet, vilket resulterar i ökad mångfald av ”quasispecies”-populationen som i sin tur kan bidra till TBEV-virulens. Fylogenetisk analys av Saringe-2009, JP-296, JP-554 och Mandal-2009 visade på ett nära släktskap mellan de fyra skandinaviska TBEV-stammarna. De nya stammarna formerade ett kluster med en tidigare TBEV-stam identifierad på Torö (Toro-2003), vilket skapade ett skandinaviskt klad. Genetisk analys visade att Mandal-2009 innehåller en trunkerad 3 ́NCR som liknar den högvirulenta stammen HYPR. JP-296 och JP-554 hade däremot samma genetiska struktur som den längre Torö-2003 stammen från samma fokusområde. Djupsekvensering visade höge mångfald av ”quasispecies”-populationen för JP-296 och JP- 554 jämfört med Mandal-2009. Analys av enkel nukleotid polymorfism (SNP) visade att 40 % av alla SNP var gemensamma mellan ”quasispecies”-populationen för JP-296 och JP-554. Detta indikerar att TBEV-”quasispecies”-strukturen kan vara konserverad för närbesläktade virus vilken kan leda till att den bevaras inom specifika fokusområden. Sammantaget så visar dessa studier att miljöfaktorer påverkar förekomsten av fästingvektorn och dess olika livsstadier, vilket är en bakomliggande faktor för utbredning av TBEV i naturliga fokusområden. Det visar även på att värdmiljön påverkar strukturen för ”quasispecies”-populationen. Dessutom visar våra studier att evolution och utveckling av ”quasispecies”-strukturen kan påverka virulensen för TBEV i möss.

The main aim of this diploma thesis is to create quests by which children of younger school age get acquainted with the environment of Hluboká Zoo. It includes methodological materials for teachers. Quests were created based on theoretical and practical knowledge. Their aim is to arouse interest in nature. As a teaching aid, it can be used not only by the school but also by the general public for educational and educational purposes. The thesis also contains information about Questing, outdoor games, leisure, out-of-school teaching and training in zoos.

This paper investigates Herman Melville’s quest for spiritual stability and certainty in his novel Moby-Dick. The analysis establishes a philosophical tradition of doubt towards the Bible, outlining the philosophies of Thomas Hobbes, Benedict de Spinoza, David Hume, Thomas Paine and John Henry Newman. This historical survey of spiritual uncertainty establishes the issue of uncertainty that Melville writes about in the nineteenth century. Having assessed the issue of doubt, I then analyze Melville’s use of metaphorical charts, which his characters use to resolve this issue. Finally, I present Melville’s philosophical findings as he expresses them through the metaphor of whaling. Here, I also scrutinize Melville’s depiction of nature, as well as his presentation of the dichotomy between contemplative and active questing, as represented by the characters Ishmael and Ahab.