Texte remanié de: Doctoral Th.--États-Unis.

Submitted by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-29T13:54:15Z No. of bitstreams: 1 DIS_MAURICIO_BOFF_DE_AVILA_COMPLETO.pdf: 2632464 bytes, checksum: 1a170d33bfad88ea8a7aba65cb0f4bea (MD5) / Approved for entry into archive by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-29T13:54:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DIS_MAURICIO_BOFF_DE_AVILA_COMPLETO.pdf: 2632464 bytes, checksum: 1a170d33bfad88ea8a7aba65cb0f4bea (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-29T13:54:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_MAURICIO_BOFF_DE_AVILA_COMPLETO.pdf: 2632464 bytes, checksum: 1a170d33bfad88ea8a7aba65cb0f4bea (MD5) Previous issue date: 2017-03-20 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Microorganisms, in general, are the major agents of disease in humans. Data from the Brazilian Ministry of Health show bacterial diseases as the main causes of death in the country. In the therapy of these organisms, antibiotics are considered the most successful chemotherapy methods of 21st century medicine, as they represent the first, and only, line of combat against bacterial diseases. The development of new antibiotic drugs is becoming increasingly necessary, as bacterial resistance rates become higher each year. At this point, shikimate pathway is attractive to this type of research, since it is considered an essential pathway for the maintenance of these organisms in the environment, besides being absent in animals. The pathway is responsible for the formation of chorismate, precursor of aromatic amino acids (Phe, Trp and Tyr), folic acid and ubiquinones in the groups of organisms that presents it. The third reaction of the shikimate biosynthetic pathway is performed by the enzyme DHQD. In this step the reversible dehydration of the DHQ molecule is performed aiming to transform into 3-dehydroshikimate, the focus reaction of this study. In the search for new DHQD inhibitors, docking simulations were performed against the three-dimensional structure of a target protein, since it is a process that seeks to find, among possible orientations/conformations of a ligand in the active site, the one that presents the lower binding energy and, consequently, greater affinity. In addition to the docking simulations, machine learning methods were used to formulate polynomial scoring functions, based on the MVD scoring functions, which were able to predict protein/binder affinity. At the end of all the simulations and tests carried out throughout the project, we conclude that the Polscore56 equation was the most skilled to predict the affinity between the active site of DHQD and tested compounds. For this polynomial, the results of test set (? = 0,900; p-value = 0,037), AUC (74,686%), EF1 (540) and EF2 (159,23) were, in most of the categories evaluated, the best, confirming the formulated hypotheses on the equation and indicating it for further studies with the enzyme. / Microrganismos, em geral, apresentam-se como os principais agentes de doen?as em seres humanos. Dados do Minist?rio da Sa?de Brasileiro demonstram doen?as bacterianas como as principais causas de morte no pa?s. Na terap?utica desses organismos, os antibi?ticos s?o considerados os m?todos quimioter?picos de maior sucesso da medicina do s?culo XXI, pois representam a primeira, e ?nica, linha de combate contra doen?as bacterianas. O desenvolvimento de novas drogas antibi?ticas torna-se cada vez mais necess?rio, uma vez que os ?ndices de resist?ncia bacteriana se tornam mais altos a cada ano. Nesse ponto, a rota metab?lica do chiquimato ? atraente a esse tipo de pesquisa, por ser considerada uma via essencial para a manuten??o desses organismos no ambiente, al?m de estar ausente em animais. A via ? respons?vel pela forma??o do corismato, precursor de amino?cidos arom?ticos (Phe, Trp e Tyr), ?cido f?lico e ubiquinonas nos grupos de seres vivos onde est? presente. A terceira rea??o da via biossint?tica do chiquimato ? realizada pela enzima DHQD. Nesse passo ? realizada a desidrata??o revers?vel da mol?cula DHQ visando transform?-la em 3-desidrochiquimato, rea??o foco desse estudo. Na busca por novos inibidores de DHQD foram realizadas simula??es de docking de pequenos ligantes contra a estrutura tridimensional de uma prote?na alvo, pois ? um processo onde se visa encontrar, entre as poss?veis orienta??es/conforma??es de um ligante no s?tio ativo, aquela que apresenta a menor energia de liga??o e, consequente, maior finidade. Al?m das simula??es de docking, foram realizados m?todos de Aprendizagem de M?quina na formula??o de fun??es escores polinomiais, a partir de fun??es escores presentes no MVD, que fossem capazes de prever a afinidade entre prote?na/ligante. Ao final de todas as simula??es e testes realizados ao longo do projeto, chegamos ? conclus?o de que a equa??o Polscore56 apresentou-se como a mais h?bil para prever a afinidade entre o s?tio ativo de DHQD com compostos testados. Para esse polin?mio os resultados de test set (? = 0,900; p-value = 0,037), AUC (74,686%), EF1 (540) e EF2 (159,23) foram, na maioria das categorias avaliadas, os melhores, confirmando as hip?teses formuladas sobre a equa??o e indicando-a para estudos posteriores com a enzima.

Submitted by PPG Letras (letraspg@pucrs.br) on 2018-06-12T13:10:31Z No. of bitstreams: 1 Disserta??o_ Joana Paim da Luz.pdf: 3695641 bytes, checksum: 6a5e3a119df6d2f32296071f3b7bf759 (MD5) / Approved for entry into archive by Sheila Dias (sheila.dias@pucrs.br) on 2018-06-22T17:17:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Disserta??o_ Joana Paim da Luz.pdf: 3695641 bytes, checksum: 6a5e3a119df6d2f32296071f3b7bf759 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-22T17:25:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Disserta??o_ Joana Paim da Luz.pdf: 3695641 bytes, checksum: 6a5e3a119df6d2f32296071f3b7bf759 (MD5) Previous issue date: 2018-01-25 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Dyslexia is a learning disorder of neurobiological origin, which is characterized by an unexpected difficulty when decoding written texts, due to an unsatisfactory learning of the alphabetical principle and a deficient graphological-phonemic association. The ways dyslexia affects writing skills have been scientifically explored so as to investigate linguistic aspects associated with spelling and classes of words used by subjects who suffer from dyslexia. Quantitative studies focused on measuring the structure of their texts are unknown. The main objective of this study was to identify patterns of textual connectivity in good readers, bad readers and dyslexic children, based on the analysis of graph measures extracted from their texts and Machine Learning techniques. Essentially, it sought to investigate (a) whether the type of transcription of the texts - corrected or original - and the normalization of the graph attributes by the number of words of each text interfere significantly in sorting the children in their fluency and schooling groups; (b) whether there is significant differences among good readers?, bad readers? and the dyslexic participants? graph attributes; (c) whether measures of each year of data collection converge to similar values and if they are significantly different among the years; (d) whether the graph attributes obtained with Speech Graphs, when associated with Machine Learning techniques, can predict reading fluency levels and, specifically, developmental dyslexia. The hypotheses for the questions listed were all affirmative. To verify them, texts produced by 181 children and adolescents from the ACERTA Project were transcribed and divided in two experimental groups: Ambulatory (N = 52, all dyslexic) and Schools (N = 129, subdivided into good, medium and bad readers). These transcribed texts served as input for Speech Graphs software, which extracted graph attributes representative of the structure of each text. Descriptive and inferential statistical analyzes revealed (a) the prevalence of significance among graphs attributes extracted from non-normalized original transcripts (63.07% significance between analyzes); (b) patterns of textual connectivity by each reading fluency group and (c) patterns of textual connectivity by year of data collection based on significant differences found in five graphs attributes - nodes, edges, largest connected component, density and average smallest path; (d) 2016 as the best year to sort the children in their reading fluency groups by making use of SVM classifiers, considering they reached the highest accuracy (85%), recall (83%), precision (85%) and F1 score (83%) when sorting good readers and dyslexic children texts, based on 2016 graph measures. These findings provide evidences that indicate the possibility to explore and improve a new methodological frame to assess reading fluency through written texts and based on Graph Theory. / A dislexia ? um transtorno de aprendizagem de natureza neurobiol?gica, caracterizado por uma inesperada dificuldade em decodificar e compreender textos escritos, decorrente de um aprendizado insatisfat?rio do princ?pio alfab?tico e de uma associa??o grafo-fon?mica deficit?ria. A explora??o cient?fica da express?o escrita de disl?xicos tem se dedicado, em grande medida, a investigar aspectos lingu?sticos associados ? ortografia e ?s classes de palavras empregadas por sujeitos com dislexia. Estudos de natureza quantitativa focados em mensurar a estrutura dos textos deste grupo cl?nico s?o desconhecidos. O principal objetivo do presente trabalho foi identificar padr?es de conectividade textual em bons leitores, maus leitores e disl?xicos, a partir da an?lise de medidas de grafo extra?das de suas produ??es textuais e de t?cnicas de Aprendizado de M?quina. Essencialmente, buscou-se investigar (a) se o tipo de transcri??o dos textos - corrigidos ou originais - e a normaliza??o das medidas de grafo pelo n?mero de palavras interferem significativamente na classifica??o das crian?as entre grupos de flu?ncia e escolaridade; (b) se h? diferen?as significativas entre os atributos do grafo dos bons leitores, maus leitores e disl?xicos; (c) se as medidas de cada ano de coleta de dados convergem para valores semelhantes e se s?o significativamente diferentes entre os anos; (d) se os atributos de grafo obtidos com a utiliza??o do Speech Graphs, quando associados ?s t?cnicas de Aprendizado de M?quina, podem prever n?veis de flu?ncia de leitura e, especificamente, a dislexia de desenvolvimento. As hip?teses, para as quest?es listadas, eram todas afirmativas. Para verific?-las, os textos produzidos por 181 crian?as e adolescentes do Projeto ACERTA foram transcritos e divididos em dois grupos experimentais: Ambulat?rio (N = 52, todos disl?xicos) e Escolas (N = 129, subdividido em leitores bons, m?dios e maus leitores). Esses textos transcritos serviram de entrada para o software Speech Graphs, que extraiu atributos de grafo representativos da estrutura de cada texto. As an?lises estat?sticas descritivas e inferenciais revelaram (a) a preval?ncia de signific?ncia dos atributos de grafo extra?dos de transcri??es originais n?o normalizadas (63,07% de signific?ncia entre an?lises); (b) padr?es de conectividade textual por grupo de flu?ncia de leitura e (c) padr?es de conectividade textual por cada ano de coleta de dados com base em diferen?as significativas encontradas em cinco atributos de grafo: n?s, arestas, maior componente conectado, densidade e caminho menor m?dio; (d) 2016 como o melhor ano para classificar as crian?as em seus grupos de flu?ncia de leitura fazendo uso de classificadores SVM, considerando que eles alcan?aram a maior acur?cia (85%), revoca??o (83%), precis?o (85%) e pontua??o F1 ( 83%) ao classificar textos de bons leitores e de crian?as disl?xicas, com base em medidas de grafo de 2016. Estas descobertas fornecem evid?ncias que indicam a possibilidade de se explorar e aprimorar um novo aparato te?rico-metodol?gico para avaliar a flu?ncia de leitura, a partir de textos escritos e com base na Teoria dos Grafos.

Made available in DSpace on 2016-04-04T18:27:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcos de Toledo Benassi.pdf: 2077139 bytes, checksum: fb6293f043c90566fbb8dea6710e711c (MD5) Previous issue date: 1997-06-24 / Pontif?cia Universidade Cat?lica de Campinas / In our contemporary society the computer has been used in a wide range of activities, in which man can set up relationships with this machine. This man-machine interactions have been studied by several sciences, that contribute with the understanding of these interactions, aiming to build better computer software s interfaces. The hypertext is a kind of software that can organize the information in a non-linear way, using a particular interface to allow the access to its contents. The aim of this research was to understand how subjects interact with a hypertext system created for this work, in order to determine the style of interaction: linear, non-linear or a blend of both. In addition, another aim was to correlate these categories of interactions with answers gave by the subjects to some questions, in order to verify if some relationship can be established among the quality of the answers and the interaction style. Using the X2 test was possible to conclude that the group of subjects used the non-linear style of interaction. The Spearman s rs coefficient found no significant correlations among the quality of subjects answers and the interaction style. / O computador tem se introduzido na sociedade contempor?nea em uma grande variedade de atividades, nas quais o homem com ele estabelece rela??es, quer sejam de trabalho que de lazer. Estas intera??es homem-m?quina tem sido objeto de estudo de um conjunto de ci?ncias, que contribuem para a compreens?o de como estas intera??es se processam, visando aprimorar as interfaces oferecidas pelos programas de computador para sua utiliza??o. Um dos muitos tipos de programas dispon?veis ? o hipertexto, que permite uma modalidade n?o-linear de organiza??o de informa??es, provendo uma interface peculiar para o acesso ao seu conte?do. Este trabalho teve como objetivo a compreens?o das modalidades de intera??o estabelecidas por sujeitos com um hipertexto criado para esta pesquisa, visando determinar se esta seria linear, n?o-linear ou indiferenciada. Adicionalmente, foram tra?adas correla??es entre quest?es respondidas pelo sujeitos visando verificar a exist?ncia de rela??es entre sua qualidade e a modalidade predominante de intera??o do grupo de sujeitos com o produto. Atrav?s do registro automatizado das intera??es e posterior an?lise estat?stica utilizando-se a prova de X2, verificou-se que o grupo de sujeitos estabeleceu, no contexto experimental desta pesquisa, uma intera??o predominantemente n?o-linear, interagindo com o hipertexto explorando a peculiaridade da m?dia. Utilizando-se o coeficiente Rn de Spearman foi tra?ada a correla??o entre este padr?o predominante de intera??o e a qualidade da resposta, n?o se obtendo resultados estatisticamente significativos.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 461465.pdf: 5428729 bytes, checksum: d0627f774922501baa685975c40465f5 (MD5) Previous issue date: 2014-08-22 / A common concern in many fields of knowledge involves problems of low quality data, such as noise and missing data. In the machine learning area, for example, missing data has generated serious problems in the knowledge extraction process, hiding important information about the dataset, skewing results and affecting the accuracy of the induced models. In order to deal with these problems, much has been discussed in the literature about missing values treatment strategies, either by preprocessing tasks or by the implementation of robust algorithms to missing data. In this thesis, we introduce a new evolutionary algorithm for induction of regression trees, including multiple strategies in its evolutionary cycle for dealing with missing data. Aiming to make a comparative analysis, we evaluated six traditional regression algorithms over 10 public datasets artificially modified to present different levels of missing data. Results from the experimental analysis show that the proposed solution presents a good trade-off between model interpretability and predictive performance, especially for datasets with more than 40% of missing data. / Uma preocupa??o comum em muitas ?reas do conhecimento envolve problemas de baixa qualidade de dados, tais como ru?dos e dados ausentes. Na ?rea de aprendizado de m?quina, por exemplo, dados ausentes t?m gerado s?rios problemas no processo de extra??o de conhecimento, ocultando importantes informa??es sobre o dataset, enviesando resultados e afetando o desempenho preditivo dos modelos induzidos. Para lidar com esse problema, muito tem se discutido na literatura sobre estrat?gias de tratamento, seja por pr?-processamento ou por meio do desenvolvimento de algoritmos robustos a dados ausentes. Neste trabalho, prop?e-se um novo algoritmo evolutivo para indu??o de ?rvores de regress?o, agregando em seu ciclo evolutivo m?ltiplas estrat?gias para lidar com dados ausentes. Com o objetivo de fazer uma an?lise comparativa, foram avaliados 6 tradicionais algoritmos de regress?o, considerando para tanto, 10 datasets artificialmente modificados para manterem diferentes n?veis de dados ausentes. Resultados da an?lise experimental mostram que a solu??o proposta apresenta uma boa rela??o custo-benef?cio entre compreensibilidade dos modelos e desempenho preditivo, especialmente para as bases de dados com mais de 40% de dados ausentes.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:48:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ReginaRP_DISSERT.pdf: 1401966 bytes, checksum: 6823e0f79e0b8c97c1c944a55bbfe9c4 (MD5) Previous issue date: 2012-05-21 / In the world we are constantly performing everyday actions. Two of these actions are frequent and of great importance: classify (sort by classes) and take decision. When we encounter problems with a relatively high degree of complexity, we tend to seek other opinions, usually from people who have some knowledge or even to the extent possible, are experts in the problem domain in question in order to help us in the decision-making process. Both the classification process as the process of decision making, we are guided by consideration of the characteristics involved in the specific problem. The characterization of a set of objects is part of the decision making process in general. In Machine Learning this classification happens through a learning algorithm and the characterization is applied to databases. The classification algorithms can be employed individually or by machine committees. The choice of the best methods to be used in the construction of a committee is a very arduous task. In this work, it will be investigated meta-learning techniques in selecting the best configuration parameters of homogeneous committees for applications in various classification problems. These parameters are: the base classifier, the architecture and the size of this architecture. We investigated nine types of inductors candidates for based classifier, two methods of generation of architecture and nine medium-sized groups for architecture. Dimensionality reduction techniques have been applied to metabases looking for improvement. Five classifiers methods are investigated as meta-learners in the process of choosing the best parameters of a homogeneous committee. / No universo cotidiano estamos constantemente realizando a??es. Duas dessas a??es s?o frequentes e de grande import?ncia: classificar (distribuir por classes) e tomar decis?o. Quando nos deparamos com problemas com um grau de complexidade relativamente alto, tendemos a buscar outras opini?es, geralmente de pessoas que tenham certo conhecimento ou at? mesmo, na medida do poss?vel, sejam especialistas no dom?nio do problema em quest?o, de forma que nos ajudem no processo de tomada de decis?o. Tanto no processo de classifica??o quanto em um processo de tomada de decis?o, somos orientados pela considera??o das caracter?sticas envolvidas no problema espec?fico. A caracteriza??o de um conjunto de objetos faz parte do processo de tomada de decis?o em geral. Em Aprendizado de M?quina essa classifica??o acontece atrav?s de um algoritmo de aprendizado e a caracteriza??o ? aplicada ?s bases de dados. Os algoritmos de classifica??o podem ser empregados individualmente ou em forma de comit?s de m?quinas. A escolha dos melhores m?todos a serem utilizados na constru??o de um comit? ? uma tarefa bastante ?rdua. Neste trabalho, ser?o investigadas t?cnicas de meta-aprendizagem na sele??o dos melhores par?metros de configura??o de comit?s homog?neos para aplica??es em problemas diversos de classifica??o. Tais par?metros s?o: o classificador base, a arquitetura e o tamanho desta arquitetura. Foram investigados nove tipos de indutores candidatos a classificador base, dois m?todos de gera??o de arquitetura e tr?s grupos de tamanho m?dio para arquitetura, pequeno, m?dio e grande. Ante um desempenho fraco no processo de meta-aprendizagem foram aplicadas t?cnicas de redu??o de dimensionalidade ?s metabases e seis novos crit?rios de tamanho m?dio da arquitetura foram estabelecidos. Cinco m?todos classificadores s?o investigados como meta-aprendizes no processo de escolha dos melhores par?metros de um comit? homog?neo.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:20:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RuyterABS_TESE.pdf: 2473279 bytes, checksum: 20d47ea3f2ce3231dce944c0fcd73edb (MD5) Previous issue date: 2013-12-16 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / As one of the most important cities in the state of Pernambuco, Petrolina is settled in the Pernabucanian backwoods, a place that still holds its own traditions and manners. Petrolina s economy is mainly based on primary activities. It s politics is run by Family groups which preserve themselves and remain in power, using the clientelism, which could be said as a give and get practice. That means that the suffrage is a currency to exchange benefits. The present study analyses facts occurred in the political history of the Coelho s Family, which still dominates the local Politics. They persist as heirs of the old system of Coronelism that is maintaining their power structuring a political machine, which is able to make them unbeatable for over fifty years. Despite of a family internal division, it benefits all of them, directly or indirectly. Based on empirical observation, we set a brief historical of the Coelho s family facts, in order to demonstrate the range of their power through the ancestry, which is to say we ve described the local political labyrinths. Our metodological choices were driven by the comprehensive sociology, through the Weberian ideal types, in order to find the answers for the historical, social and political conformation of the facts, in consonance with the reality. According to that, we ve studied the Coelho s political trajectory from 1968 to 2012, considering the election periods. Commonplace: where a new generation becomes active subjects on a new apprenticeship, moral and intellectual. After all, they are all family heirs / Como uma das mais importantes do Estado, Petrolina ? uma cidade do sert?o pernambucano encravada numa regi?o que ainda guarda tradi??es e costumes pr?prios. Sua economia ?, predominantemente, prim?ria. E a pol?tica ? movida por grupos familiares, que se sucedem no poder, mantidos pelas pr?ticas clientel?sticas, cuja tradu??o t?cita ? dando que se recebe . Ou seja, o voto ? a moeda de troca para a percep??o dos benef?cios. O Estudo analisa fatos da pol?tica na fam?lia Coelho e a sua persistente domina??o atrav?s dos herdeiros de um antigo sistema baseado no coronelismo, que d?o continuidade ao poder local com a estrutura??o de uma m?quina politica, capaz de faz?-los quase imbat?veis eleitoralmente durante mais de meio s?culo. Apesar de ter havido uma divis?o intrafamiliar, todos s?o beneficiados diretos e indiretamente. Atrav?s de observa??es emp?ricas estabelecemos um pequeno hist?rico que nos desse a ideia do alcance desse poder atrav?s dos ancestrais, que simplesmente v?o listando eventos que penetram nos labirintos das pr?ticas politicas locais. A presente pesquisa opta pela metodologia da sociologia compreensiva atrav?s dos tipos ideais de Max Weber, na busca de respostas para as forma??es hist?rica, social e pol?tica dos fatos, em conson?ncia com a realidade atual. Com base nisso, o recorte temporal contempla a trajet?ria pol?tica da fam?lia Coelho, nos per?odos eleitorais, entre os anos de 1986 e 2012. Lugar Comum: onde uma nova gera??o torna-se tamb?m sujeito de uma nova aprendizagem, moral e intelectual. Afinal de contas, eles s?o herdeiros familiares

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:56:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MeikaIM.pdf: 766418 bytes, checksum: 87a604688aa5cd2c4f6aba8237c67210 (MD5) Previous issue date: 2005-12-13 / One of the most important goals of bioinformatics is the ability to identify genes in uncharacterized DNA sequences on world wide database. Gene expression on prokaryotes initiates when the RNA-polymerase enzyme interacts with DNA regions called promoters. In these regions are located the main regulatory elements of the transcription process. Despite the improvement of in vitro techniques for molecular biology analysis, characterizing and identifying a great number of promoters on a genome is a complex task. Nevertheless, the main drawback is the absence of a large set of promoters to identify conserved patterns among the species. Hence, a in silico method to predict them on any species is a challenge. Improved promoter prediction methods can be one step towards developing more reliable ab initio gene prediction methods. In this work, we present an empirical comparison of Machine Learning (ML) techniques such as Na??ve Bayes, Decision Trees, Support Vector Machines and Neural Networks, Voted Perceptron, PART, k-NN and and ensemble approaches (Bagging and Boosting) to the task of predicting Bacillus subtilis. In order to do so, we first built two data set of promoter and nonpromoter sequences for B. subtilis and a hybrid one. In order to evaluate of ML methods a cross-validation procedure is applied. Good results were obtained with methods of ML like SVM and Na?ve Bayes using B. subtilis. However, we have not reached good results on hybrid database / Um dos grandes desafios da Bioinform?tica ? manipular e analisar os dados acumulados nas bases de dados mundiais. A express?o dos genes em procariotos ? iniciada quando a enzima RNA polimerase une-se com uma regi?o pr?xima ao gene, chamada de promotor, onde ? localizado os principais elementos regulat?rios do processo de transcri??o. Apesar do crescente avan?o das t?cnicas experimentais (in vitro) em biologia molecular, caracterizar e identificar um n?mero significante de promotores ainda ? uma tarefa dif?cil. Os m?todos computacionais existentes enfrentam a falta de um n?mero adequado de promotores conhecidos para identificar padr?es conservados entre as esp?cies. Logo, um m?todo para prediz?-los em qualquer organismo procari?tico ainda ? um desafio. Neste trabalho, apresentamos uma compara??o emp?rica de t?cnicas individuais de aprendizado de m?quina, tais como: Classificador Bayesiano Ing?nuo, ?rvores de Decis?o, M?quinas de Vetores de Suporte, Redes Neurais do tipo VotedPerceptron, PART e k-Vizinhos Mais Pr?ximos e sistemas multiclassificadores (Bagging e Adaboosting) e Modelo Oculto de Markov ? tarefa de predi??o de promotores procariotos em Bacilos subtilis. Utilizamos a valida??o cruzada para avaliar todos os m?todos de AM. Para esses testes, foram constru?das base de dados com seq??ncias de promotores e n?o-promotores do Bacillus subtilis e uma base de dados h?brida. Os m?todos de AM obtiveram bons resultados com o SVM e o Na?ve Bayes. N?o conseguimos entretanto, obter resultados relevantes para a base de dados h?brida

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-01-12T13:24:40Z No. of bitstreams: 1 HulianeMedeirosDaSilva_DISSERT.pdf: 1790198 bytes, checksum: 7bff972160b98509ed9a2c86472d6cd2 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-01-16T14:40:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 HulianeMedeirosDaSilva_DISSERT.pdf: 1790198 bytes, checksum: 7bff972160b98509ed9a2c86472d6cd2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-16T14:40:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 HulianeMedeirosDaSilva_DISSERT.pdf: 1790198 bytes, checksum: 7bff972160b98509ed9a2c86472d6cd2 (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / O presente trabalho est? inserido na linha de pesquisa de aprendizado de m?quina, que ? um campo de pesquisa associado ? Intelig?ncia Artificial e dedicado ao desenvolvimento de t?cnicas que, permitem ao computador aprender com experi?ncias passadas. Em aprendizado de m?quina, h? diferentes tarefas de aprendizado que pertencem a determinado paradigma de aprendizado, entre elas podemos citar agrupamento de dados, que pertencente ao paradigma de aprendizado n?o supervisionado. Diversos algoritmos de agrupamento v?m sendo utilizados com sucesso em diferentes aplica??es. No entanto, cada algoritmo possui suas pr?prias caracter?sticas e limita??es, que podem gerar diferentes solu??es para um mesmo conjunto de dados. Dessa forma, combinar v?rios m?todos de agrupamento (comit?s de agrupamento), capaz de aproveitar as caracter?sticas de cada algoritmo ? uma abordagem bastante utilizada na tentativa de superar as limita??es de cada t?cnica de agrupamento. Nesse contexto, diversas abordagens t?m sido propostas na literatura no intuito de otimizar, ou seja, de melhorar cada vez mais as solu??es encontradas. Dessa forma, o objetivo deste trabalho ? propor uma abordagem para otimiza??o de comit?s de agrupamento, por meio da fun??o consenso, utilizando t?cnicas inspiradas na natureza. Essa abordagem consiste na forma??o de um comit? de agrupamento heterog?neo, de modo que as parti??es iniciais s?o combinadas por um m?todo que utilizada o algoritmo de otimiza??o Coral Reefs Optimization com o m?todo de co-associa??o, resultando em uma parti??o final. Essa estrat?gia ? avaliada atrav?s dos ?ndices de avalia??o de agrupamento, Dunn, Calinski-Harabasz, Dom e Jaccard, no intuito de analisar a viabilidade da abordagem proposta. Finalmente, o desempenho da abordagem proposta ? comparado com duas outras abordagens, s?o elas: algoritmo gen?tico com o m?todo de co-associa??o e o m?todo de co-associa??o tradicional. Essa compara??o ? feita atrav?s da utiliza??o de testes estat?sticos, especificamente teste de Friedman.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-06-13T19:26:36Z No. of bitstreams: 1 ThiagoTavaresDasNeves_TESE.pdf: 3326782 bytes, checksum: 44c70cc10ce9a343ec5825a6ce666d74 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-06-16T19:41:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ThiagoTavaresDasNeves_TESE.pdf: 3326782 bytes, checksum: 44c70cc10ce9a343ec5825a6ce666d74 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-16T19:41:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ThiagoTavaresDasNeves_TESE.pdf: 3326782 bytes, checksum: 44c70cc10ce9a343ec5825a6ce666d74 (MD5) Previous issue date: 2016-08-26 / O objetivo deste trabalho ? explorar as diversas sensibilidades e formas de afetar e ser afetado, n?o s? compreendendo os afetos no plano dos sujeitos, mas tamb?m os assumindo como fluxos de passagens para formas distintas de express?o e conex?o. Nas festas de m?sica eletr?nica, os afetos s?o produzidos e potencializados tamb?m por meio das m?quinas musicais e sociais que agem diretamente sobre o corpo e alteram o processo de sociabilidade. Os afetos, os corpos e as m?quinas funcionam aqui como operadores conceituais para entender as dimens?es sociais, culturais e filos?ficas das festas de m?sica eletr?nica. Afeto ? entendido aqui sob a ?tica de Spinoza (1677/2010) como afec??o do corpo: uma a??o, uma pot?ncia de agir que pode ser aumentada ou diminu?da. Os afetos nas festas de m?sica eletr?nica podem ser provocados pela a??o da m?sica sobre os indiv?duos, dos participantes entre si ou potencializados por meio das drogas, especialmente o ecstasy. Spinoza (1677/2010) tra?a duas defini??es sobre o corpo: na cin?tica, o corpo est? diretamente ligado ? rela??o de velocidades e lentid?es, movimento e repouso, ? essa rela??o de velocidades e lentid?es que formar? o corpo. J? a outra defini??o ? din?mica, todo corpo se define por certo poder de ser afetado. Os afetos s?o potencializados tamb?m atrav?s das m?quinas que agem diretamente sobre o corpo. As m?quinas s?o entendidas tamb?m como extens?es do corpo humano, sistemas de fluxos e cortes com capacidade de produ??o e cria??o. As m?quinas podem ser artificiais, humanas e sociais. Gilles Deleuze (2010), F?lix Guattari (1988) e Edgar Morin (2008) s?o os principais suportes te?ricos para pensar o conceito de m?quina. A partir dessa premissa, ? poss?vel a conex?o entre m?quinas artificiais e humanas nas festas m?sica eletr?nica, nas quais foram percebidos diferentes tipos de afeta??es: corporais, sonoras, sociais e maqu?nicas. A afeta??o est? diretamente ligada ao conceito de Spinoza (1677/2010) de afetos e afec??es. Remete n?o s? ao estado do corpo quando afeta e ? afetado, mas tamb?m ? a??o, ? transforma??o que o corpo sofre/age quando ? afetado ou afeta. Afeta??o corresponde a todo o processo afetivo. As afeta??es podem ser corporais, quando o corpo ? afetado por outro corpo humano; sonoras, quando o corpo ? afetado por qualquer est?mulo sonoro; sociais quando o corpo humano se conecta com outro corpo humano ou artificial e maqu?nicas, quando o corpo ? afetado por m?quinas. O recorte emp?rico abrange dois festivais de m?sica eletr?nica, o King festival em Recife e o Dream Valley em Florian?polis e festas de m?sica eletr?nica situadas em Natal, especialmente a PAJUX. O m?todo de pesquisa trata-se de uma cartografia complexa, na qual mesclo o m?todo cartogr?fico proposto por Deleuze e Guattari (1995) com apoio na epistemologia da complexidade de Edgar Morin (2007a). / The aim of this study is to explore the various sensitivities and ways of affecting and being affected, not only comprising the affections in the plane of the subjects, but also taking as passages flows for different forms of expression and connection. In electronic music parties, affections are produced also potentiated by the musical and social machines that act directly on the body and alter the process of sociability. Affections, bodies and machines work here as conceptual operators to understand the social, cultural and philosophical dimensions of electronic music parties. Affection is seen here from the perspective of Spinoza (1677/2010) as a condition of the body, an action, a power of action that can be increased or decreased. Affections in electronic music parties can be triggered by the music action on individuals, the participants each other or potentiated through drugs, especially ecstasy, which act directly on the body. Spinoza (1677/2010) traces two definitions about the body: the kinetics, the body is directly connected to the relations of speeds and slowness, motion and rest, is this relation of speeds and slowness that will form the body. Already the other definition is dynamic, whole body is defined by a certain power of being affected. The affects are enhanced also through the machines that act directly on the body. The machines are also seen as extensions of the human body, cut flow systems with capacity of production and creation. The machines can be artificial, human and social. Gilles Deleuze (2010), Felix Guattari (1988) and Edgar Morin (2008) are the main theoretical support to think the concept of machine. From this premise, is possible the connection between artificial and human machines in electronic music parties, which were perceived different kinds of affectations: bodily, sonorous, social and machinic. The affectation is directly linked to the concept of Spinoza (1677/2010) of feelings and affections. Refers not only to the state of the body when it affects and is affected, but also to action, the transformation that the body suffers / acts when it is affected or affects. Affectation corresponds to all the affective process. The affectations can be bodily, when the body is affected by another body; sonorous, when the body is affected by any sound stimulus; social, when the human body connects with another human body or artificial and machinic, when the body is affected by machines. The empirical cut covers two electronic music festivals, the King festival in Recife and the Dream Valley in Florianopolis and electronic music parties located in Natal, especially PAJUX. The research method it is a complex cartography, which was blended the cartographic method proposed by Deleuze and Guattari (1995) with support in the epistemology of complexity of Edgar Morin (2007a).