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Etude de la fiabilité des algorithmes self-convergeants face aux soft-erreurs / Study of reliability of self-convergent algorithms with respect to soft errorsMarques, Greicy Costa 24 October 2014 (has links)
Cette thèse est consacrée à l'étude de la robustesse/sensibilité d'un algorithme auto-convergeant face aux SEU's. Ces phénomènes appelés aussi bit-flips qui se traduit par le basculement intempestif du contenu d'un élément mémoire comme conséquence de l'ionisation produite par le passage d'une particule chargée avec le matériel. Cette étude pourra avoir un impact important vu la conjoncture de miniaturisation qui permettra bientôt de disposer de circuits avec des centaines à des milliers de cœurs de traitement sur une seule puce, pour cela il faudra faire les cœurs communiquer de manière efficace et robustes. Dans ce contexte les algorithme dits auto-convergeants peuvent être utilis afin que la communication entre les cœurs soit fiable et sans intervention extérieure. Une étude par injection de fautes de la robustesse de l'algorithme étudié a été effectuée, cet algorithme a été initialement exécuté par un processeur LEON3 implémenté dans un FPGA embarqué dans une plateforme de test spécifique. Les campagnes préliminaires d'injection de fautes issus d'une méthode de l'état de l'art appelée CEU (Code Emulated Upset) ont mis en évidence une certaine sensibilité aux SEUs de l'algorithme. Pour y faire face des modifications du logiciel ont été effectuées et des techniques de tolérance aux fautes ont été implémentés au niveau logiciel dans le programme implémentant l'algorithme. Des expériences d'injection de fautes ont été effectués pour mettre en évidence la robustesse face aux SEUs et ses potentiels « Tallons d'Achille » de l'algorithme modifié. L'impact des SEUs a été aussi exploré sur l'algorithme auto-convergeant implémenté dans une version hardware dans un FPGA. L'évaluation de cette méthodologie a été effectuée par des expériences d'injection de fautes au niveau RTL du circuit. Ces résultats obtenus avec cette méthode ont montré une amélioration significative de la robustesse de l'algorithme en comparaison avec sa version logicielle. / This thesis is devoted to the study of the robustness/sensitivity of a self-converging algorithm with respect to SEU's. These phenomenon also called bit-flips which may modify the content of memory elements as the result of the silicon ionization resulting from the impact of a charged particles. This study may have a significant impact given the conditions of miniaturization that will soon have circuits with hundreds to thousands of processing cores on a single chip, this will require make the cores communicate effectively and robust manner. In this context the so-called self-converging algorithm can be used to ensure that communication between cores is reliable and without external intervention. A fault injection study of the robustness of the algorithm was performed, this algorithm was initially executed by a processor LEON3 implemented in the FPGA embedded in a specific platform test. Preliminary fault injection from a method the state of the art called CEU showed some sensitivity to SEUs of algorithm. To cope with the software changes were made and techniques for fault tolerance have been implemented in software in the program implementing the self-converging algorithm. The fault injection experiments were made to demonstrate the robustness to SEU's and potential problems of the modified algorithm. The impact of SEUs was explored on a hardware-implemented self-converging algorithm in a FPGA. The evaluation of this method was performed by fault injection at RTL level circuit. These results obtained with this method have shown a significant improvement of the robustness of the algorithm in comparison with its software version.
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Implication de deux protéines de choc thermique<br />humaines HSP70 et HSP22 dans les voies de la<br />réparation de l'ADN : approche structurale et<br />fonctionnelleRénier, Wendy 03 October 2006 (has links) (PDF)
HSP22 et HSP70 sont des protéines d'origine humaine appartenant à la famille des Heat Shock<br />Proteins. Cette thèse décrit des travaux visant à déterminer l'implication de ces deux protéines humaines de<br />choc thermique HSP70 et HSP22, dans les voies de réparation de l'ADN après stress. Ces protéines<br />possèdent, comme leur nom le sous-entend, la capacité d'être surexprimées par la cellule après choc<br />thermique mais aussi après une grande variété d'autres stress et dans de nombreuses maladies (Tavaria M et<br />al, 1996). Pour mieux connaître ces protéines, une étude structurale a été initiée. Les structures<br />tridimensionnelles de ces protéines ne sont pas connues ou seulement partiellement (Osipiuk J et al, 1999).<br />Les essais de cristallisation des protéines furent arrêtés après l'obtention de clones. Des prédictions de<br />structures secondaires et tertiaires (obtenues à l'aide de la bioinformatique) concernant HSP70-1 (partie Cterminale)<br />et HSP22 furent alors réalisées, montrant une organisation en feuillets β pour le domaine de liaison<br />au substrat de HSP70-1 et pour le domaine α-cristallin de HSP22. Les résultats obtenus dans le cadre de<br />l'étude des HSP dans les voies de la réparation de l'ADN ont montré que les HSP70 inductibles par le stress<br />(HSP72 et HSP70-1) sont impliquées dans ces voies cellulaires après différents stress (rayonnement X et UV,<br />champ magnétique, péroxyde d'hydrogène, cis-platine). HSP72 et HSP70-1 sont phosphorylées par les<br />kinases apparentées à la famille des Phosphatydil-Inositol-3-kinases ATM, ATR et DNA-PK (Sarkaria JN et<br />al, 1998) après radiations ionisantes et réalisent à ce moment un déplacement en deux phases entre le<br />cytoplasme et le noyau ; elles sont impliquées dans les stades précoces de la réparation. La même démarche<br />de recherche a été adoptée pour HSP22. HSP22 apparaît comme étant impliquée dans les voies de la<br />réparation de l'ADN aussi et plus particulièrement dans les voies de la réparation des cassures double brin<br />après irradiation par rayonnement X (Paull TT et Gellert M, 1998 ; Lobrich M et Jeggo PA, 2005). HSP22<br />forme des foci dans les cellules âgées suggérant un rôle pour HSP22 dans le vieillissement cellulaire chez<br />l'humain comme chez la mouche drosophile (Morrow G et al 2004). Une nouvelle méthode d'imagerie<br />Diffraction Enhanced Imaging (DEI ; Chapman D et al, 1997), visant à l'acquisition d'une information<br />histologique, développée au synchrotron ESRF, a été testée d'un point de vue radiobiologique sur des cultures<br />primaires de fibroblastes et de chondrocytes. L'irradiation par cette méthode n'a pas présenté de différence en<br />comparaison avec une irradiation par une source conventionnelle de cellules humaines issues de culture<br />primaire, avec la même dose de rayonnement X (Rothkamm K et Lobrich M, 2003). Dans les cellules<br />glioblastomales de rat, la réponse HSP70 est augmentée dans les conditions de la thérapie « synchrotron PATPlat<br />» (c'est-à-dire en cas de photoactivation du platine à l'aide du rayonnement synchrotron (Corde S et al,<br />2003 ; Biston MC et al, 2004)).
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