Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-graduação em Biologia Animal, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-06-08T15:55:30Z No. of bitstreams: 1 LeonardoFerreiraMachado.pdf: 9351753 bytes, checksum: a6626d2c196586f8a37235fe0c4bb877 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-15T15:26:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LeonardoFerreiraMachado.pdf: 9351753 bytes, checksum: a6626d2c196586f8a37235fe0c4bb877 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-15T15:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LeonardoFerreiraMachado.pdf: 9351753 bytes, checksum: a6626d2c196586f8a37235fe0c4bb877 (MD5) / Os objetivos da presente dissertação foram construir árvores filogenéticas e aplicar técnicas de datação molecular e reconstrução de áreas ancestrais para os roedores Oryzomyini do Clado “D”, com ênfase nas formas tetralofodontes, um grupo pouco compreendido na literatura especializada. Métodos de máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferências bayesianas foram aplicados em 98 caracteres morfológicos e 4515 pares de bases de cinco fragmentos de DNA. As análises mostraram que táxons tetralofodontes não formam um grupo monofilético. Dentre os táxons viventes, Pseudoryzomys é irmão de Holochilus e Lundomys mais basal em relação à maioria das espécies do clado “D”. Análises de parcimônia e bayesiana demonstraram que o fóssil H. primigenus não agrupa com os demais Holochilus e é basal em relação aos fósseis Carletonomys e Noronhomys, fazendo com que Holochilus seja parafilético. A maioria das divergências entre os táxons estudados ocorreram durante o Plioceno e em menor número no Pleistoceno e Mioceno. O ancestral comum mais recente do clado “D” possuía distribuição Cis e Trans-Andina e gêneros com distribuição atual ao norte do Panamá possuem ancestrais com distribuição Cis-Andina. Propomos que a identidade taxonômica de H. primigenus deve ser revista e que molares tetralofodontes surgiram mais de uma vez no clado “D”. Alternativamente, discutimos que caracteres morfológicos tradicionalmente tidos como homólogos entre os tetralofodontes devem ser reavaliados. As divergências estimadas indicam que as grandes planícies da América do Sul durante o Plioceno foram favoráveis à diversificação principalmente dos gêneros tetralofodontes do clado “D”. Além disso, eventos de soerguimento da porção norte dos Andes podem ter desempenhado um papel vicariante na diversificação das espécies dos gêneros estudados, ou que estes se diversificaram na América do Sul e migraram para a América do Norte após a formação do istmo do Panamá. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Our objectives were to construct phylogenetic trees, to apply molecular dating techniques and ancestral area analyses to Oryzomyini clade “D”, emphasizing the poorly known tetralophodont forms. We applied maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference to 98 morphological characters and 4,515 base pairs from five DNA fragments. We found that tetralophodont genera do not form a monophyletic group. Among living taxa, Pseudoryzomys is sister to Holochilus, and Lundomysis basal to most species in clade “D”. The fossil H. primigenus does not group with living Holochilus and is basal to the fossils Carletonomys and Noronhomys, making Holochilus paraphyletic. Most divergences occurred during the Pliocene, and others during the Miocene and Pleistocene. The most recent common ancestor of clade “D” had Cis and Trans-Andean distribution, while genera currently distributed to the north of Panama show ancestral Cis-Andean distribution. We propose that the taxonomic identity of H. primigenus should be reviewed, and that tetralophodont molars appeared more than once in clade “D”. Alternatively, molar characters traditionally identified as homologies among tetralophodont genera should be reassessed. The most estimated divergences were placed in the Pliocene. Therefore, we hypothesized that great Plains in South America during the Pliocene may have especially favored the diversification of tetralophodont genera from clade “D”. In addition, uplift events in northern Andes may have played a vicariant role in the diversification of the species in the studied genera, or that the lineages diversified in the South America ant dispersed to North and Central America after the Panama land bridge formation.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Zoologia, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-10-07T18:49:24Z No. of bitstreams: 1 2016_ThaizArmond.pdf: 1429793 bytes, checksum: 39242723ddd458169ce07c04023b59e8 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-21T15:21:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_ThaizArmond.pdf: 1429793 bytes, checksum: 39242723ddd458169ce07c04023b59e8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-21T15:21:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_ThaizArmond.pdf: 1429793 bytes, checksum: 39242723ddd458169ce07c04023b59e8 (MD5) / O Cerrado é um bioma brasileiro com alta riqueza de espécies e endemismo, sendo considerado um hotspot de biodiversidade. Apesar da sua importância ecológica, este bioma é continuamente transformado pelas ações humanas, colocando em risco a conservação de muitas espécies que compõem a sua fauna e flora. Nesta situação se enquadram os roedores do gênero Clyomys, que apresentam hábitos coloniais e semi-fossoriais, e cuja distribuição no Cerrado, apesar de ampla, é descontínua. Não existe consenso entre os pesquisadores em relação ao número de espécies dentro do gênero. Para alguns autores ao menos duas espécies são encontradas, C. bishopi no estado de São Paulo e C. laticeps nas demais localidades, enquanto que para outros o gênero possui apenas uma única espécie (C. laticeps). Os marcadores moleculares mitocondriais e nucleares são importantes ferramentas para a análise da variação e estrutura genética existente dentro das espécies e em suas populações, e podem ser utilizados para a resolução de questões relacionadas à definição de status taxonômico. Para esclarecer dúvidas com relação a filogeografia do gênero Clyomys avaliamos, por análises genéticas, 33 indivíduos provenientes de várias localidades distribuídas por quase toda a sua área de ocorrência. A análise de sequências mitocondriais (Citocromo b – CytB; Citocromo c Oxidase Subunidade I - COI) e nucleares (Fator de von Willebrand – vWF, Receptor do Hormônio de Crescimento – GHR e, Beta Fibrinogênio – BFIB) utilizando métodos filogenéticos baseados em máxima verossimilhança e inferência bayesiana mostraram uma possível separação do gênero Clyomys em três espécies, uma ocorrendo em São Paulo, uma na região central do Brasil e a outra na região do Pantanal. Esses resultados foram corroborados com altas probabilidades encontradas nas análises do BP&P. A datação da divergência dessas potenciais espécies sugere que isto tenha ocorrido no Pleistoceno, sendo que a divergência da linhagem próxima ao pantanal ocorreu primeiro. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Brazilian biome Cerrado is characterized by high species richness and endemism, and it’s considered a biodiversity hotspot. Despite its ecological importance, this biome is constantly changing due to human actions which strongly affects the conservation of many species. Clyomys, composed by colonial and semi-fossorial rodents, clearly fits in this situation. This genus has a large but discontinuous distributions over Cerrado area and there is no consensus among researchers regarding the number of species within the genus. Some authors consider two species, C. bishopi in São Paulo and C. laticeps in other locations, while for others Clyomys has only one species, C. laticeps. Molecular markers are important tools to access population genetic structure and it’s a powerful tool for species delimitation. Thus, we used mitochondrial an nuclear sequences from 33 individuals sampled in almost all known Clyomys range to evaluate the taxonomic status within the genus. The mitochondrial (Cytochrome b - CytB; Cytochrome c Oxidase Subunit I - COI) and nuclear (von Willebrand Factor - vWF, Growth Hormone Receptor - GHR and Beta Fibrinogen - BFIB) sequences were analyzed using phylogenetic methods based on maximum likelihood and Bayesian Inference. This analyses indicated a possible split into three species within Clyomys: one in São Paulo, one in central Brazil and another in the Pantanal. These results were corroborated by BAPS genetic clustering analysis and by a high probability for three distinct species in BP&P analyzes. Molecular dating based on *Beast species tree analysis indicated a recent speciation of these potential three species during Pleistocene in which the Pantanal lineage diverged first.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Zoologia, 2016. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-08-15T20:53:45Z No. of bitstreams: 1 2017_LeonardoFerreiraMachado_PARCIAL.pdf: 3742030 bytes, checksum: 2daea5b27775cab71d509626539de6e0 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-09-05T21:28:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_LeonardoFerreiraMachado_PARCIAL.pdf: 3742030 bytes, checksum: 2daea5b27775cab71d509626539de6e0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-05T21:28:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_LeonardoFerreiraMachado_PARCIAL.pdf: 3742030 bytes, checksum: 2daea5b27775cab71d509626539de6e0 (MD5) Previous issue date: 2017-09-05 / Os domínios morfoclimáticos da Caatinga e do Cerrado possuem características únicas tanto em termos climáticos, quanto físicos e biológicos. Apresentam ambientes e fitofisionomias particulares que sofreram alterações históricas em seus limites de distribuição geográfica em consequência de mudanças climáticas, eventos geológicos e até mesmo devido a ocupação humana e efeitos de queimadas. Apesar deste passado dinâmico, a história evolutiva e a diversificação dos organismos com distribuição nestes ambientes são pouco exploradas em estudos modernos que utilizam sequências de DNA e métodos biogeográficos, filogeográficos e de demografia histórica. Esta condição é ainda mais evidente em relação aos roedores e marsupiais de pequeno porte, que apesar de serem os grupos de mamíferos com maior diversidade de espécies da América do Sul, são pouco representados em investigações sobre suas diversificações e relações históricas com o Cerrado e a Caatinga. É neste contexto que a presente tese procura contribuir. Foram utilizadas sequências de DNA e métodos filogenéticos e filogeográficos para investigar a relação entre a diversificação de espécies de pequenos mamíferos com a evolução de seus habitats inseridos em fitofisionomias do Cerrado e Caatinga. O primeiro capítulo explora hipóteses filogenéticas e biogeográficas no gênero Phyllomys e contém a descrição de uma nova espécie com distribuição em matas de galerias do Cerrado e áreas de transição com a Floresta Atlântica. Além disso, com base em análise de distribuição ancestral de Phyllomys e outros gêneros distribuídos na Amazônia, é proposta uma hipótese de que habitats apropriados para a ocorrência de ratos de espinho arborícolas se estendiam na atual região sul e central do Cerrado promovendo uma conexão entre Amazônia e Floresta Atlântica durante o Mioceno. O segundo capítulo investiga as relações filogeográficas entre populações de Gracilianus agilis da Caatinga e Cerrado. Propõe que as alterações demográficas sofridas por esta espécie tem relação com a evolução das Matas Secas da região e que G. agilis pode abrigar mais de uma espécie. Por último, o terceiro capítulo avalia se houve alterações demográficas ao longo do tempo em populações de Calomys tener e propõe que eventos de fogo e a ocupação humana na região do Cerrado são fatores que alteram a paisagem natural, criando habitats que possibilitaram o crescimento populacional desta espécie. / The morphoclimatic domains of Cerrado and Caatinga are unique in terms of biotic, climatic, and geological features. The phytophysiognomies of Cerrado and Caatinga suffered multiple changes in theirs geographic distribution during the last millions years as a consequence of climatic and geologic modifications, fire in natural environments, and pre-historic human settlements. However, the diversification and historical evolution of organisms distributed in these regions are poorly studied. This is much more clearly if one tries to find Cerrado and Caatinga biogeographical studies based in small mammals (rodents and marsupials) as models, and using modern phylogenetic and phylogeographic methods. In this thesis, I used DNA sequences and phylogenetic and phylogeographic methods to investigate small mammals evolution and theirs relationship with the Cerrado and Caatinga phytofisiognomies. The first chapter propose phylogenetic and biogeographic hypothesis for the genus Phyllomys. It contains a description of a new species of Phyllomys and a hypothesis of past link between Amazon and Atlantic forest of South America through where the central/southern Cerrado biome is today. The second chapter investigates phylogeographical relationships of Gracilinanus agilis populations distributed in the Cerrado and Caatinga. I propose that historical expansions and retractions of dry forests of Cerrado and Caatinga are drivers for the diversification of this species, and that populations under G. agilis may represent more than one species. The third chapter focus on historical demographic changes in populations of Calomys tener. The results indicates that burning in natural areas, as well as the pre-historic human settlements may have favored the population expansion of Calomys tener during the late Quaternary.