Resumo: Este trabalho propõe aprofundar as avaliações dos sistemas preditores de função de proteína que utilizam como dado de entrada a sequência de uma proteína, podendo na sua conclusão determinar qual a melhor estratégia de predição. Foram selecionados os seguintes sistemas preditores Blast2GO, InterProScan, Panther Score, Pfam scan e ScanProsite. Os critérios utilizados para a seleção dos sistemas foram: 1- compor o conjunto de sistemas relatados em revisões literárias sobre predição de função de proteína, 2- possuir número de citações superior a 500, 3- ser sistema com a última atualização em menos de 3 anos e 4- análises automatizadas sem interação humana. Os 12 conjuntos de sequências selecionados foram: 690 sequências de proteínas enzimáticas, 487 sequências não enzimáticas, 85 sequências proteicas bifuncionais, 358 sequências proteicas de Aminergic GPCR, 412 sequências proteicas de NHR e 153 sequências proteicas de "Secretinlike", 927 sequências proteicas de enolase, 262 sequências proteicas de crotonase, 389 sequências proteicas de haloacid dehalogenase, 145 sequências proteicas de vicinal oxygen chelate, 145 sequências proteicas de radical SAM and 863 sequências proteicas de padrão-ouro. Os resultados obtidos mostram divergências entre os resultados dos sistemas avaliados. São observadas diferenças entre nível de descrição da função, grafias distintas para uma mesma anotação e divergência de classificação. Os programas que apresentaram maior semelhança foram o Panther Score e o ScanProsite, embora a semelhança média entre os diferentes conjuntos testados seja inferior a 40%. O com maior acurácia foi o Blast2GO, mas com a acurácia máxima de 34%. Não houve nenhuma sequência em a classificação foi unanime para os 5 programas testados.

O avanço tecnológico dos laboratórios de biologia molecular tem proporcionado um grande aumento no volume de seqüências de nucleotídeos armazenadas em bancos de dados biológicos, introduzindo o desafio de pesquisar eficientemente estes dados. Neste contexto, a árvore de sufixo é um método de acesso utilizado por muitas aplicações que envolvem pesquisa em dados biológicos. Entretanto, o custo de construção das árvores de sufixo é alto devido ao tamanho da estrutura de indexação gerado e à necessidade da árvore de sufixo caber em memória principal para ser construída com complexidade linear em relação ao tempo. Esta dissertação propõe o Perseus, uma nova técnica para tratar árvores de sufixo persistentes. A técnica Perseus apresenta os seguintes diferenciais. Ela introduz uma abordagem que realiza a construção de árvores de sufixo persistentes cujos tamanhos podem exceder a capacidade da memória principal. Além disso, ela provê um algoritmo que constrói árvores de sufixo por meio do particionamento destas árvores somente quando necessário. Esta construção também permite que o usuário escolha quais subseqüências de uma seqüência devem ser indexadas, de acordo com os requisitos particulares de suas aplicações. Por fim, a técnica proposta também introduz um algoritmo de casamento exato que permite a busca por uma seqüência de consulta em árvores de sufixo que podem estar particionadas. A validação do Perseus foi realizada por meio de testes de desempenho considerando genomas de vários organismos, os quais possuem diferentes ordens de magnitude de tamanho. Os resultados obtidos foram comparados com a técnica Trellis+, a qual representa o estado da arte nesta linha de pesquisa. Os testes indicaram que o Perseus construiu árvores de sufixo mais rapidamente do que o Trellis+, reduzindo o tempo total gasto na construção em até 24%. Perseus também criou árvores de sufixo mais compactas, atingindo uma redução média de 27% no espaço de memória secundária utilizado. Já com relação ao tempo total gasto no processamento de consultas, Perseus sempre produziu os melhores resultados, respondendo consultas em média 49% mais rápido do que o seu principal concorrente. Com relação à indexação de subseqüências escolhidas pelo usuário, comparando os resultados obtidos com o Trellis+, os testes mostraram que Perseus proveu uma redução no tempo de construção de árvores de sufixo de 97% na média e uma redução no tempo gasto no processamento de consultas de genes de 93% na média / Due to the technological advances in molecular biology laboratories, biological databases are extremely voluminous and tend to become more voluminous as data on new genome organisms are available. This introduces the challenge of searching nucleotide sequences efficiently. The suffix tree is an access method used for several applications that search for these data. However, the cost of building suffix trees is high, since they are extremely large data structures and they should fit in the main memory to be constructed in linear time. In this masters thesis, we propose the Perseus, a novel technique that handles persistent suffix trees. The Perseus introduces the following distinctive good properties. It is based on an approach that constructs persistent suffix trees whose sizes may exceed the main memory capacity. Furthermore, it provides an algorithm that allows for users to indicate which substrings of the input string should be indexed, according to the requirements of their applications. Moreover, it proposes an extended exact matching algorithm that searches for a query string into suffix trees that may be partitioned. The Perseus was validated through performance tests using genomes of several organisms of different sizes. The results were compared with the Trellis+ technique, which represents the state-of-the-art in this field. The tests showed that the Perseus reduced the time spent on constructing suffix trees by 24%. The Perseus also constructed compacter suffix trees, providing an average reduction in the secondary memory storage of 27%. Furthermore, the Perseus reduced the time spent on query processing of nucleotide sequences by up to 49%. As for the functionality of indexing substrings according to the users requirements, the Perseus greatly improved the query performance in comparison to the Trellis+. The results showed that the Perseus reduced the time spent on constructing suffix trees by 97% on average and the time spent on query processing of genes by 93% on average

Orientador : Prof. Dr. Fábio de Oliveira Pedrosa / Co-Orientador: Prof. Dr. Roberto Tadeu Raittz / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 16/02/2012 / Bibliografia: fls. 81-86 / Resumo: O propósito da anotação é identificar sequências de DNA codificadoras de RNAs ou proteínas, esse processo é importante porque atribuem funções moleculares aos produtos gênicos. Para isso, são utilizadas ferramentas computacionais de anotação de genes que usam alinhamentos de sequência de proteína ou de DNA com o propósito de identificar genes homólogos e utilizar as informações de banco de dados de domínio público para inferir a função do gene. Embora sejam técnicas eficientes, elas podem estar sujeitas a erros quando realizada sem curadoria de um perito, em particular quando ocorre inexistência de grau de similaridade significativo de uma sequência comparada com outras sequências ou quando o banco de dados é composto por sequências parciais. Além disso, a taxa de erro de anotação pode ser significativamente aumentada quando a sequência de proteína de consulta é nova, compartilhando nenhuma semelhança com qualquer sequência disponível em bases de dados. Por esses motivos, neste trabalho desenvolveu-se uma ferramenta para verificar anotação de genes em genomas completos de bactérias, o programa Bioinformatics Tool Based on Bacterial Genomes Comparison (BOBBLES). Ele realiza a verificação da predição de genes computacionalmente propostos pelo programa Hybrid-Gene Finder (HGF). O programa BOBBLES compara a anotação de um genoma de referência completo de bactérias com os genes identificados pelo programa HGF. Este programa utiliza duas abordagens de comparação de sequências, uma utilizando pesquisas de similaridade de sequência através do programa BlastP e a outra utilizando o programa SILA. Ambas as abordagens servem para decidir se as sequências sugeridas pelo programa HGF foram anotadas corretamente. Para testar a ferramenta BOBBLES, utilizou-se um conjunto composto por 14 genomas bacterianos completos. Foram encontrados 365 novos genes e 101 genes com melhor ou similar grau alinhamento em fase de leitura diferente do genoma de referência, resultando em uma porcentagem de acerto de aproximadamente 76 % para esse conjunto de genomas, utilizando o alinhamento das sequências com o programa SILA. Já com o alinhamento realizado pelo programa Blastp obteve-se 529 novos genes. No entanto, o tempo médio estimado de execução do programa BOBBLES tendo em seu algoritmo a ferramenta SILA é de pelo menos cinco vezes mais rápido do que utilizando o programa BlastP. Essa diferença de tempo é justificada pelo fato do programa SILA realizar os alinhamentos das sequências com indexação recursiva em um banco de dados local, o banco de dados de proteínas não redundantes do NCBI, conhecido por NR. / Abstract: The annotation purpose is to identify DNA sequences coding for proteins or RNAs, this process is important because it gives the molecular function for the genes products. For that, it's used Gene Annotation tools using protein or DNA sequences alignments to identify homologous genes and use information from the public database to infer gene function. Although these are efficient techniques, they can be error-prone when performed without curation of an expert, particularly in cases of similarity sequence with no degree of similarity with other sequences that may be relevant or when the database is composed by partial sequences. In addition, annotation error rate can be significantly increased when it's a new query protein sequence, sharing no similarity with any available sequence in databases. Therefore, this work has developed a tool to verify genes annotation in complete bacterial genomes, the Bioinformatics Tool Based on Bacterial Genomes Comparison program (BOBBLES). It realizes the computationally gene prediction performed by Hybrid-Gene Finder (HGF). The BOBBLES compares a previous complete bacterial genome annotation with the genes identified by HGF program. This program uses two sequence comparison approaches, the first one using the BlastP program, and another approach using the SILA program, to decide whether they were recorded correctly. The BOBBLES was tested using a set composed of 14 complete bacterial genomes. These tests obtained 365 new genes and 101 genes with better or similar alignment in process of reading different from the reference genome, resulting in 76% of correct results for genomes set which used the alignment of sequences with the SILA program. But using the BlastP program, 529 new genes were obtained. However, the estimated average execution time for the BOBBLES program using SILA program was at least five times faster than using the BlastP program. This time difference is justified by the fact that the SILA program performs the alignments of the sequences with recursive indexing into a local database, the NCBI's non-redundant protein sequence (NR) database.

O avanço tecnológico dos laboratórios de biologia molecular tem proporcionado um grande aumento no volume de seqüências de nucleotídeos armazenadas em bancos de dados biológicos, introduzindo o desafio de pesquisar eficientemente estes dados. Neste contexto, a árvore de sufixo é um método de acesso utilizado por muitas aplicações que envolvem pesquisa em dados biológicos. Entretanto, o custo de construção das árvores de sufixo é alto devido ao tamanho da estrutura de indexação gerado e à necessidade da árvore de sufixo caber em memória principal para ser construída com complexidade linear em relação ao tempo. Esta dissertação propõe o Perseus, uma nova técnica para tratar árvores de sufixo persistentes. A técnica Perseus apresenta os seguintes diferenciais. Ela introduz uma abordagem que realiza a construção de árvores de sufixo persistentes cujos tamanhos podem exceder a capacidade da memória principal. Além disso, ela provê um algoritmo que constrói árvores de sufixo por meio do particionamento destas árvores somente quando necessário. Esta construção também permite que o usuário escolha quais subseqüências de uma seqüência devem ser indexadas, de acordo com os requisitos particulares de suas aplicações. Por fim, a técnica proposta também introduz um algoritmo de casamento exato que permite a busca por uma seqüência de consulta em árvores de sufixo que podem estar particionadas. A validação do Perseus foi realizada por meio de testes de desempenho considerando genomas de vários organismos, os quais possuem diferentes ordens de magnitude de tamanho. Os resultados obtidos foram comparados com a técnica Trellis+, a qual representa o estado da arte nesta linha de pesquisa. Os testes indicaram que o Perseus construiu árvores de sufixo mais rapidamente do que o Trellis+, reduzindo o tempo total gasto na construção em até 24%. Perseus também criou árvores de sufixo mais compactas, atingindo uma redução média de 27% no espaço de memória secundária utilizado. Já com relação ao tempo total gasto no processamento de consultas, Perseus sempre produziu os melhores resultados, respondendo consultas em média 49% mais rápido do que o seu principal concorrente. Com relação à indexação de subseqüências escolhidas pelo usuário, comparando os resultados obtidos com o Trellis+, os testes mostraram que Perseus proveu uma redução no tempo de construção de árvores de sufixo de 97% na média e uma redução no tempo gasto no processamento de consultas de genes de 93% na média / Due to the technological advances in molecular biology laboratories, biological databases are extremely voluminous and tend to become more voluminous as data on new genome organisms are available. This introduces the challenge of searching nucleotide sequences efficiently. The suffix tree is an access method used for several applications that search for these data. However, the cost of building suffix trees is high, since they are extremely large data structures and they should fit in the main memory to be constructed in linear time. In this masters thesis, we propose the Perseus, a novel technique that handles persistent suffix trees. The Perseus introduces the following distinctive good properties. It is based on an approach that constructs persistent suffix trees whose sizes may exceed the main memory capacity. Furthermore, it provides an algorithm that allows for users to indicate which substrings of the input string should be indexed, according to the requirements of their applications. Moreover, it proposes an extended exact matching algorithm that searches for a query string into suffix trees that may be partitioned. The Perseus was validated through performance tests using genomes of several organisms of different sizes. The results were compared with the Trellis+ technique, which represents the state-of-the-art in this field. The tests showed that the Perseus reduced the time spent on constructing suffix trees by 24%. The Perseus also constructed compacter suffix trees, providing an average reduction in the secondary memory storage of 27%. Furthermore, the Perseus reduced the time spent on query processing of nucleotide sequences by up to 49%. As for the functionality of indexing substrings according to the users requirements, the Perseus greatly improved the query performance in comparison to the Trellis+. The results showed that the Perseus reduced the time spent on constructing suffix trees by 97% on average and the time spent on query processing of genes by 93% on average

Coorientadora: Profa. Dra. Rose Adele Monteiro / Orientador : Prof. Dr. Luiz Antônio Pereira Neves / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 27/02/2012 / Bibliografia: fls. 61-64 / Resumo: Atualmente, com as inúmeras tecnológicas disponíveis para sequenciamento de transcritos, o problema consiste no número de ferramentas computacionais para a análise de dados. Neste trabalho apresentamos o desenvolvimento do Genetic Transcript Analyzer (GTA), uma nova ferramenta para comparação de resultados da análise de expressões gênicas por RNA-Seq para diferentes amostras, gerando informações mais ricas a partir de dados brutos no formato BAM ou SAM. O sistema proposto é freeware e foi desenvolvido utilizando a linguagem de programação Java® com auxílio da ferramenta SamTools®, uma biblioteca Java para leitura de arquivos no formato SAM e BAM (Heng li et al, 2009). As validações do sistema deram-se através de entrevistas de satisfação dos usuários e comparações diretas com programas de planilhas eletrônicas e também com comparações descritivas com outros softwares disponíveis que possuam módulos semelhantes ao aqui proposto. O resultado desta pesquisa foi o desenvolvimento de uma solução simples e prática para analisar os resultados de sequenciamentos realizados por máquinas de sequenciamento da nova geração através do método Rna-Seq. / Abstract: Nowadays, with a large number of technological tools available, the bottleneck has moved from collection to data analysis. This paper presents the development of the GTA (Genetic Transcript Analyzer), a new tool for comparing biological samples and analysis of statistical data, comparing their gene expression and generating richer information from the raw data type coming from sorted BAM files. The proposed system is freeware and was designed and built using the Java® language with the tool Samtools®, a Java library for reading files in SAM and BAM files(Heng li et al, 2009) . The system validations are made through user satisfactions interviews and direct comparisons with the program actually used by the professional, the Microsoft Excel and also descriptive comparison with others softwares that can make genetic data comparisons . As result we had developed a new computer software able to analyze the results of the new high output machines that works with Rna-Seq.

Ácaros fitoseídeos são eficientes predadores de ácaros pragas em algumas culturas. A precisa identificação das espécies é o passo inicial na seleção de inimigos naturais em um projeto de controle biológico. Os ácaros são geralmente identificados com base nas características morfológicas, mas aspectos biológicos e ecológicos, e mais recentemente características moleculares vêm sendo usadas nesse processo. Populações dos fitoseídeos identificados como Euseius citrifolius Denmark & Muma provenientes de Arroio do Meio-RS, Campinas-SP e Petrolina-PE, e Euseius concordis (Chant) procedentes de Arroio do Meio, Jaguariúna-SP, Petrolina, Pontes e Lacerda-MT e Viçosa-MG foram estudados em relação a morfologia, compatibilidade reprodutiva e características moleculares. A caracterização morfológica correspondeu as medições de estruturas de fêmeas e machos. A compatibilidade reprodutiva foi avaliada através de cruzamentos e retrocruzamentos homogâmicos e heterogâmicos. A caracterização molecular foi realizada com o seqüenciamento dos espaços internos transcritos (ITS1 e ITS2) do DNA ribossomal. Relações significativas foram observadas dentro de cada população entre o comprimento médio das setas e as respectivas amplitudes de variação. Ambos os sexos de E. citrifolius de Petrolina e E.concordis de Jaguariúna tiveram algumas setas mais curtas que as demais populações da mesma espécie; esta última diferiu marcadamente da população de Petrolina. A comparação das medições das estruturas de cada população e dos espécimes tipo de E. citrifolius e E. concordis confirmaram a identificação morfológica preliminar das populações ao nível de espécie. Medições de machos resultantes de cruzamentos heterogâmicos indicaram que essas espécies se reproduzem por pseudo-arrenotoquia. Incompatibilidade parcial foi observada nos cruzamentos heterogâmicos envolvendo fêmeas de E. citrifolius de Petrolina; descendentes produziram poucos ovos e inviáveis quando retrocruzadas com machos das populações parentais. Machos de Petrolina produziram descendentes viáveis quando cruzados com fêmeas de Arroio do Meio e Campinas. Não ocorreu oviposição nos cruzamentos e retrocruzamentos heterogâmicos envolvendo fêmeas de E. concordis de Petrolina. Nos cruzamentos heterogâmicos envolvendo machos de Petrolina a oviposição foi reduzida e somente machos (viáveis) foram produzidos. Cruzamentos de fêmeas de Pontes e Lacerda e machos de Jaguariúna e vice-versa produziram somente machos. Entretanto o fluxo gênico entre essas populações seria possível indiretamente, através de cruzamentos entre essas populações e a população de Arroio do Meio. Populações de Arroio do Meio, Jaguariúna, Pontes e Lacerda e Viçosa pertencem a mesma espécie. Maior variação entre as populações foi observada no espaçador ITS1. O seqüenciamento dos espaçadores ITS1 e ITS2 permitiu discriminar entre os grupos de populações identificadas como E. citrifolius de E. concordis. O seqüenciamento dos ITSs pode ser aplicado como uma ferramenta complementar na identificação de fitoseídeos. Apesar do fato de que alguns tipos de diferenças foram sempre observadas nesta tese entre a população de Petrolina identificada preliminarmente como E. concordis, não é conveniente descrever esta população como uma nova espécie, devido a dificuldade em separar indivíduos dessa população daqueles das populações identificadas como E.concordis. Para uma conclusão, é sugerido que outros estudos de cruzamentos sejam conduzidos com populações morfologicamente identificadas como E. concordis coletadas entre Petrolina e Viçosa, e que a caracterização molecular envolvendo o gene citocromo oxidase seja conduzida. / Phytoseiidae mites are efficient predators of pest mites on several crops. Precise identification is the initial step in the selection of natural enemies in a biological control project. Mites are usually identified by their morphology, but biological and ecological aspects and, more recently, molecular characteristics have also been used in this process. Populations of phytoseiid mites identified as Euseius citrifolius Denmark & Muma from Arroio do Meio-RS, Campinas-SP and Petrolina-PE, and E. concordis (Chant) from Arroio do Meio, Jaguariúna-SP, Petrolina Pontes e Lacerda-MT and Viçosa-MG were studied in relation to morphology, reproductive compatibility and molecular characteristics. Morphological characterization corresponded to measurements of structures of females and males. Reproductive compatibility was evaluated by homogamic and heterogamic crosses and backcrosses. Molecular characterization was done by sequencing the internal transcribed spacers of the ribosomal DNA (ITS1 and ITS2). Significant relationships were observed within each population between mean setal lengths and the respective ranges. Both sexes of E. citrifolius from Petrolina and E. concordis from Jaguariúna had some setae shorter than other populations of the same species; the latter differed most markedly from the Petrolina population. A comparison of the measurements of structures for each population and type specimens of E. citrifolius and E. concordis confirmed the preliminary morphological identification of the populations at species level. Measurements of males resulting from heterogamic crosses indicated that both species reproduce by pseudo-arrhenotoky. Partial incompatibility was observed in heterogamic crosses involving females of E. citrifolius from Petrolina; progeny produced just few, unviable eggs when backcrossed with males of the parental populations. Males from Petrolina produced viable offspring when crossed with females from Arroio do Meio or Campinas. No eggs were produced in heterogamic crosses and backcrosses involving females of E. concordis from Petrolina. In heterogamic crosses involving males from Petrolina, oviposition was reduced and only (viable) males were produced. Crosses of females from Pontes e Lacerda and males from Jaguariúna and vice-versa produced only male progeny. However, gene flow between those population could be possible indirectly, through crosses between those populations and Arroio do Meio population. Populations from Arroio do Meio, Jaguariúna, Pontes e Lacerda and Viçosa belong to a same species. Most of the molecular variation between populations was observed in ITS1. The sequencing of ITS1 and ITS2 allowed the discrimination between the group of populations identified as E. citrifolius from that identified as E. concordis. With the information presently available, sequencing of ITSs can be applied as a complementary tool to identify phytoseiids. Despite the fact that some type of differences were always observed in this thesis between the Petrolina population preliminarily identified as E. concordis and the remaining populations, it is not convenient to describe such population as a new species presently, given the difficulty in separating individuals from that population from those of populations identified as E. concordis. For a conclusion, it is suggested that other crossing studies be conducted with populations morphologically identifiable as E. concordis collected between Petrolina and Viçosa, and that the characterization of the cytochrome oxidase gene be conducted.

Ácaros fitoseídeos são eficientes predadores de ácaros pragas em algumas culturas. A precisa identificação das espécies é o passo inicial na seleção de inimigos naturais em um projeto de controle biológico. Os ácaros são geralmente identificados com base nas características morfológicas, mas aspectos biológicos e ecológicos, e mais recentemente características moleculares vêm sendo usadas nesse processo. Populações dos fitoseídeos identificados como Euseius citrifolius Denmark & Muma provenientes de Arroio do Meio-RS, Campinas-SP e Petrolina-PE, e Euseius concordis (Chant) procedentes de Arroio do Meio, Jaguariúna-SP, Petrolina, Pontes e Lacerda-MT e Viçosa-MG foram estudados em relação a morfologia, compatibilidade reprodutiva e características moleculares. A caracterização morfológica correspondeu as medições de estruturas de fêmeas e machos. A compatibilidade reprodutiva foi avaliada através de cruzamentos e retrocruzamentos homogâmicos e heterogâmicos. A caracterização molecular foi realizada com o seqüenciamento dos espaços internos transcritos (ITS1 e ITS2) do DNA ribossomal. Relações significativas foram observadas dentro de cada população entre o comprimento médio das setas e as respectivas amplitudes de variação. Ambos os sexos de E. citrifolius de Petrolina e E.concordis de Jaguariúna tiveram algumas setas mais curtas que as demais populações da mesma espécie; esta última diferiu marcadamente da população de Petrolina. A comparação das medições das estruturas de cada população e dos espécimes tipo de E. citrifolius e E. concordis confirmaram a identificação morfológica preliminar das populações ao nível de espécie. Medições de machos resultantes de cruzamentos heterogâmicos indicaram que essas espécies se reproduzem por pseudo-arrenotoquia. Incompatibilidade parcial foi observada nos cruzamentos heterogâmicos envolvendo fêmeas de E. citrifolius de Petrolina; descendentes produziram poucos ovos e inviáveis quando retrocruzadas com machos das populações parentais. Machos de Petrolina produziram descendentes viáveis quando cruzados com fêmeas de Arroio do Meio e Campinas. Não ocorreu oviposição nos cruzamentos e retrocruzamentos heterogâmicos envolvendo fêmeas de E. concordis de Petrolina. Nos cruzamentos heterogâmicos envolvendo machos de Petrolina a oviposição foi reduzida e somente machos (viáveis) foram produzidos. Cruzamentos de fêmeas de Pontes e Lacerda e machos de Jaguariúna e vice-versa produziram somente machos. Entretanto o fluxo gênico entre essas populações seria possível indiretamente, através de cruzamentos entre essas populações e a população de Arroio do Meio. Populações de Arroio do Meio, Jaguariúna, Pontes e Lacerda e Viçosa pertencem a mesma espécie. Maior variação entre as populações foi observada no espaçador ITS1. O seqüenciamento dos espaçadores ITS1 e ITS2 permitiu discriminar entre os grupos de populações identificadas como E. citrifolius de E. concordis. O seqüenciamento dos ITSs pode ser aplicado como uma ferramenta complementar na identificação de fitoseídeos. Apesar do fato de que alguns tipos de diferenças foram sempre observadas nesta tese entre a população de Petrolina identificada preliminarmente como E. concordis, não é conveniente descrever esta população como uma nova espécie, devido a dificuldade em separar indivíduos dessa população daqueles das populações identificadas como E.concordis. Para uma conclusão, é sugerido que outros estudos de cruzamentos sejam conduzidos com populações morfologicamente identificadas como E. concordis coletadas entre Petrolina e Viçosa, e que a caracterização molecular envolvendo o gene citocromo oxidase seja conduzida. / Phytoseiidae mites are efficient predators of pest mites on several crops. Precise identification is the initial step in the selection of natural enemies in a biological control project. Mites are usually identified by their morphology, but biological and ecological aspects and, more recently, molecular characteristics have also been used in this process. Populations of phytoseiid mites identified as Euseius citrifolius Denmark & Muma from Arroio do Meio-RS, Campinas-SP and Petrolina-PE, and E. concordis (Chant) from Arroio do Meio, Jaguariúna-SP, Petrolina Pontes e Lacerda-MT and Viçosa-MG were studied in relation to morphology, reproductive compatibility and molecular characteristics. Morphological characterization corresponded to measurements of structures of females and males. Reproductive compatibility was evaluated by homogamic and heterogamic crosses and backcrosses. Molecular characterization was done by sequencing the internal transcribed spacers of the ribosomal DNA (ITS1 and ITS2). Significant relationships were observed within each population between mean setal lengths and the respective ranges. Both sexes of E. citrifolius from Petrolina and E. concordis from Jaguariúna had some setae shorter than other populations of the same species; the latter differed most markedly from the Petrolina population. A comparison of the measurements of structures for each population and type specimens of E. citrifolius and E. concordis confirmed the preliminary morphological identification of the populations at species level. Measurements of males resulting from heterogamic crosses indicated that both species reproduce by pseudo-arrhenotoky. Partial incompatibility was observed in heterogamic crosses involving females of E. citrifolius from Petrolina; progeny produced just few, unviable eggs when backcrossed with males of the parental populations. Males from Petrolina produced viable offspring when crossed with females from Arroio do Meio or Campinas. No eggs were produced in heterogamic crosses and backcrosses involving females of E. concordis from Petrolina. In heterogamic crosses involving males from Petrolina, oviposition was reduced and only (viable) males were produced. Crosses of females from Pontes e Lacerda and males from Jaguariúna and vice-versa produced only male progeny. However, gene flow between those population could be possible indirectly, through crosses between those populations and Arroio do Meio population. Populations from Arroio do Meio, Jaguariúna, Pontes e Lacerda and Viçosa belong to a same species. Most of the molecular variation between populations was observed in ITS1. The sequencing of ITS1 and ITS2 allowed the discrimination between the group of populations identified as E. citrifolius from that identified as E. concordis. With the information presently available, sequencing of ITSs can be applied as a complementary tool to identify phytoseiids. Despite the fact that some type of differences were always observed in this thesis between the Petrolina population preliminarily identified as E. concordis and the remaining populations, it is not convenient to describe such population as a new species presently, given the difficulty in separating individuals from that population from those of populations identified as E. concordis. For a conclusion, it is suggested that other crossing studies be conducted with populations morphologically identifiable as E. concordis collected between Petrolina and Viçosa, and that the characterization of the cytochrome oxidase gene be conducted.