Thèses (M.Sc.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2002. / Titre de l'écran-titre (visionné le 20 juin 2006). Publié aussi en version papier.

Thèse (M. Sc.)--Université Laval, 2006. / Bibliogr.: f. 89-98. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Th.--Méd.--Reims, 1981. N°: 1.

BACKGROUND: In the United States, implementation of the 7-valent conjugate vaccine into childhood immunization schedules has had an effect on the burden of pneumococcal disease in ail ages of the population. In order to evaluate the impact in Canada, it is essential to have an estimate of the burden of pneumococcal disease before routine use of the vaccine. METHODS: The incidence and costs of pneumococcal disease in the Canadian population in 2001 were estimated from various sources, including published studies, provincial databases, and expert opinion. RESULTS: In 2001, there was an estimated 565 000 cases of pneumococcal disease in the Canadian population, with invasive infections representing 0.7% of cases, pneumonia 7.5%, and acute otitis media 91.8%. There was a total 3000 deaths, mainly as a result of pneumonia and largely attributable to the population > 65 years of age. There was 54 330 life years lost due to pneumococcal disease, and 37 430 quality-adjusted life years lost due to acute disease, long-term sequelae and deaths. Societal costs were estimated at $193 million, with 82% borne by the health System and 18% borne by families. Invasive pneumococcal infections represented 17% of the costs, and non-invasive infections represented 83%, with approximately half of the latter proportion attributable to acute otitis media and myringotomy. CONCLUSION: The burden of pneumococcal disease before routine use of the pneumococcal conjugate vaccine was significant in ail age groups of the Canadian population. This estimate will provide a baseline for further analysis of the direct and indirect impacts of the vaccine. / PROBLÉMATIQUE : Aux États-Unis, l'ajout du vaccin pneumococcique conjugué 7-valent au calendrier d'immunisation régulier des enfants a eu un effet sur le fardeau des maladies pneumococciques et ce, dans toutes les tranches d'âge de la population. Il importe, afin de mesurer cet impact au Canada, d'estimer le fardeau des maladies pneumococciques avant que l'usage de ce vaccin ne soit répandu. MÉTHODOLOGIE : L'incidence des maladies pneumococciques parmi la population canadienne et les coûts qui y sont associés ont été estimés à partir de données provenant de plusieurs sources, telles que des publications scientifiques, des banques de données provinciales et les avis de plusieurs experts. RÉSULTATS : En 2001, on estimait à 565 000 le nombre de cas d'infections pneumococciques parmi la population canadienne. Les infections invasives représentaient 0,7 % des cas, les pneumonies, 7,5 % et les otites moyennes aiguës, 91,8 %. On recensait 3 000 décès résultant essentiellement de pneumonies, principalement parmi la population âgée de 65 ans et plus. Au total, les infections pneumococciques étaient responsables de 54 330 années perdues, et les infections aiguës, les séquelles à long terme et les décès étaient à l'origine d'une perte de 37 430 années de vie de pleine qualité. Les coûts sociétaux ont été estimés à 193 millions de dollars, supportés à 82 % par le système de santé et à 18% par les familles. Les infections invasives et les infections non invasives représentaient 17 % et 83 % des coûts, respectivement. Près de la moitié du coût des infections non invasives était attribuable aux otites moyennes aiguës et aux myringotomies. CONCLUSION : Avant l'introduction de l'usage régulier de vaccin conjugué 7-valent, le fardeau des maladies pneumococciques était significatif dans tous les groupes d'âge de la population canadienne. Les résultats de cette étude constituent une base de référence pour les analyses futures des impacts directs et indirects du vaccin.

Mémoire de sage-femme : Médecine : Nancy 1 : 2009. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr.

Thèse d'exercice : Médecine. Médecine générale : Paris 12 : 2006. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. f. 66-69.

L'éclosion de cas de pneumonie sévère causée par le S. pneumoniae de type 1 avait motivé la réalisation d'une campagne d'immunisation de masse avec le vaccin polysaccharidique 23-valent, et plus 83 % de la cible étaient vaccinés. L'objectif de ce travail est d'évaluer l'impact de cette campagne chez le groupe d'âge 10-64 ans au Nunavik. Le devis de l'étude consistait en une analyse d'une série d'observations pendant les périodes pré-épidémique, épidémique et post-intervention. Les bases de données des maladies à déclaration obligatoire et des hospitalisations sont utilisées pour identifier 24 cas d'infections invasives et 405 cas d'hospitalisation attribués au S. pneumoniae. La modélisation de Poisson a été utilisée pour les analyses, et les tests de Wald, du Chi2 et Fisher pour les inférences statistiques. L'incidence des IIP était de 3,7 par 100 000 personnes-mois entre janvier 1997 et décembre 2004. Un taux d'incidence élevé était surtout observé pendant la période épidémique (11,0 par 100 000 personnes-mois) contrairement aux périodes pré-épidémique et post intervention où de faibles taux ont été constatés (respectivement 1,8 et 1,7 par 100 000). Le sérotype 1 était totalement absent avant l'épidémie. L'incidence des IIP liées au sérotype 1 a fortement diminué après l'intervention. Il en était de même pour tous les sérotypes inclus dans le vaccin. L'incidence des hospitalisations augmentait avec l'âge (p<0,001) et était plus élevée chez les femmes (p=0,021). Le taux d'hospitalisation observé pendant la période épidémique n'a pas diminué de manière significative après l'intervention, aussi bien pour l'ensemble des hospitalisations que pour les hospitalisations en diagnostic principal, en analyse univariée et en multivariée. A la suite de la campagne d'immunisation de masse, l'incidence des IIP liées aux sérotypes inclus dans le VPP-23v a sensiblement diminué, contrairement au taux d'hospitalisation. / An outbreak of severe pneumonia caused by type 1 S. pneumoniae prompted a mass immunization campaign using the 23-valent pneumococcal polysaccharide vaccine, and more than 83 % of the target population was vaccinated. The objective of this study is to evaluate, among the age group 10-64 years, the impact of the mass immunization campaign using. The study consisted of an analysis of a series of observations during the preepidemic, epidemic and post-intervention periods. Denominalized databanks of reportable diseases and hospitalizations were used to identify 24 cases of invasive infections and 405 cases of hospitalization attributed to S. pneumoniae. The statistical unit was the monthly frequency of invasive pneumococcal infections, or hospitalizations related to the pneumoeoccus. Poisson modelization of the rates was used for the analyses, and the Wald, Chi2 and Fisher tests for the statistical inferences. The incidence of invasive pneumococcal infections was 3.7 per 100 000 person-months between January 1997 and December 2004. An elevated incidence rate was especially observed during the epidemic period (11.0 per 100 000 person-months) compared to preepidemic and post-intervention periods where weak rates were observed (1.8 and 1.7 per 100 000 persons, respectively). The epidemic was attributed to serotype 1 which was completely absent previously. The incidence of IPI caused by serotype 1 diminished significantly after the intervention. The same situation prevailed for ail serotypes included in the vaccine. The incidence of hospitalizations increased with age (p<0.001) and were higher among women (p=0.021). The increase in the hospitalization rate observed during the epidemic period did not diminish significantly after the intervention, for both the totality of the diagnoses and the principal diagnoses, using univariate and multivariate analyses. After the mass immunization campaign, the incidence of invasive infections caused by serotypes included in the vaccine diminished markedly; however, there was no significant effect observed on the hospitalizations related to the pneumoeoccus.

Les bactéries des microbiotes vivent avec l'homme une interaction mutualiste et tout facteur perturbant l'une ou l'autre des parties peut rompre l'équilibre établi engendrant diverses modifications des interactions. Les staphylocoques sont des bactéries opportunistes prévalentes et diverses au sein du microbiote des enfants. Deux modèles complémentaires et d'intérêt clinique majeur ont été utilisés dans le but de 1) décrire la dynamique d'implantation du microbiote digestif chez le très grand prématuré et la transmission de bactéries pathogènes dont les staphylocoques à coagulase négative par voie digestive via le lait maternel, 2) rechercher et caractériser des bactéries opportunistes présentant une résistance aux antibiotiques émergente dans une niche écologique complexe en prenant l'exemple de Staphylococcus aureus de sensibilité diminuée aux glycopeptides (GISA/hGISA) dans les voies respiratoires au cours de la mucoviscidose.Staphylococcus epidermidis est l'espèce prédominante dans les selles des nouveau-nés prématurés. Le lait maternel même pasteurisé est porteur de staphylocoques à coagulase négative. Au niveau des populations, un répertoire d'espèces similaire est retrouvé dans le lait cru, le lait pasteurisé, les selles et le sang. L'étude des cas montre une clonalité entre des souches du lait avant pasteurisation, des selles et du sang. La transmission du streptocoque du groupe B par le biais du lait maternel lors des infections tardives est un exemple de l'hypothèse physiopathologique proposée.Cinq cas de souches S. aureus GISA/hGISA dans le microbiote respiratoire des sujets atteints de mucoviscidose sont décrits. Ces résistances retrouvées chez 4,7% des patients atteints de mucoviscidose et colonisés/infectés par S. aureus ont des caractéristiques atypiques, 3 souches sur 8 étant méticillinosensibles. De plus, les facteurs de risque d'acquisition et de sélection classiquement décrits pour S. aureus GISA/hGISA ne sont pas systématiquement présents, suggérant un rôle particulier de la niche pathologique constituée par les voies respiratoires des patients atteints de mucoviscidose dans l'émergence de ces souches.La dynamique de transmission et d'émergence de pathogènes opportunistes au sein des microbiotes est un élément de connaissance considérable pour améliorer la prévention des infections et anticiper de la prise en charge chez de patients de plus en plus fragiles. / Staphylococci are prevalent opportunistic bacteria in children' microbiota. Two models were used in order to 1) describe the dynamic of colonization of the digestive microbiota in premature neonate and the transmission of pathogenic bacteria as coagulase negative staphylococci from the gastrointestinal tract via breast milk, 2) search and characterize opportunistic bacteria with emerging antibiotic resistance in a complex microbiota with the example of Staphylococcus aureus with reduced susceptibility to glycopeptides in respiratory tract in cystic fibrosis.

La découverte d'un contexte génétique chez les streptocoques – codant un petit peptide hydrophobe (SHP) et un régulateur transcriptionnel appartenant à la famille Rgg –, suivi de l'étude d'un de ces loci chez S. thermophilus LMD-9, a conduit à l'hypothèse que les protéines régulatrices Rgg en association avec une phéromone putative SHP pourraient intervenir dans un mécanisme de type quorum-sensing (QS) chez les bactéries à Gram positif. La première partie de ma thèse a consisté à confirmer cette hypothèse sur le locus shp/rgg1358 de S. thermophilus LMD-9, espèce contenant le plus grand nombre de systèmes SHP/Rgg dans son génome. Pour ceci, les étapes impliquées dans un mécanisme de QS ont été étudiées : la sécrétion, la maturation et la détection à une concentration seuil de la phéromone, sa réimportation à l'intérieur de la cellule, son interaction avec un régulateur transcriptionnel et enfin l'interaction de la protéine régulatrice à l'ADN. Par l'utilisation d'approches génétiques et biochimiques, nous avons démontré l'existence d'un nouveau mécanisme de QS impliquant pour la première fois un régulateur transcriptionnel Rgg et une phéromone SHP, importée à l'intérieur de la cellule par le transporteur d'oligopeptides AmiCDEF. Le rôle de la protéase membranaire, Eep, a également été démontré dans la maturation de la phéromone, dont la forme mature a été déterminée par spectrométrie de masse et validée in vivo. Dans un second temps, nous avons exploré la fonctionnalité de ce nouveau mécanisme sur d'autres loci shp/rgg, dans le but d’étudier l'existence d’éventuels phénomènes de cross-talk entre les bactéries. L'étude de nouveaux loci, en système hétérologue chez S. thermophilus LMD-9, a permis d'étendre la fonctionnalité du mécanisme à deux systèmes SHP/Rgg de streptocoques pathogènes, à savoir S. agalactiae et S. mutans. En parallèle à ce travail de caractérisation, l'identification des régulons des systèmes SHP/Rgg a été entreprise. La construction d'un arbre phylogénétique des protéines Rgg-like a permis d'identifier 68 systèmes SHP/Rgg, que nous avons classés en trois groupes. L'analyse des régions promotrices des gènes shp a conduit à l'identification d'un site putatif de liaison des protéines Rgg à l'ADN spécifiques de chaque groupe SHP/Rgg. Une approche in silico a ensuite été menée afin de rechercher, dans les génomes séquencés de streptocoques, les gènes cibles putatifs. Alors que des cibles proximales ont été détectées pour les groupes II et III, des cibles distales ont été identifiées dans les groupes I et II. Actuellement, la validation de certaines cibles est en cours au laboratoire. A l'avenir, ce travail pourrait permettre le développement de petits peptides permettant d'optimiser l'utilisation de S. thermophilus en industries laitières et de réduire la virulence des streptocoques pathogènes. / The discovery of a genetic context – encoding a small hydrophobic peptide (SHP) and a transcriptional regulator belonging to the Rgg family (in nearly all streptococcal genomes) –, following by the study of one of this loci in S. thermophilus LMD-9, led to the hypothesis that the regulatory proteins Rgg in association with a putative pheromone SHP could define a novel quorum-sensing (QS) regulatory mechanism in Gram-positive bacteria. The first part of my PhD consisted to validate this hypothesis. For this purpose, we analyzed the SHP/Rgg system in all the steps that are commonly involved in QS mechanisms: (i) secretion of the putative pheromone, (ii) maturation of the pheromone, (iii) capture of the pheromone from the external environment at a threshold concentration, (iv) importation of the pheromone inside the cell and (v) interaction of the transcriptional regulator to the promoter regions of targeted genes. Experimentally, we focused on the so-called shp/rgg1358 locus of S. thermophilus LMD-9, which is the streptococcal species containing the largest number of shp/rgg pairs in its genome. By using genetic and biochemistry approaches, we uncovered a new QS mechanism that involves the pheromone SHP, the oligopeptide transporter AmiCDEF for the uptake of the pheromone and the transcriptional regulator Rgg for the control of target gene expression. Furthermore, we showed that the membrane protease Eep participates in the production of the mature pheromone, which has been identified by mass spectrometry. Once characterized, the second part of my PhD was to explore the functionality of this new QS system in other streptococcal strain or species, in order to determine if cross-reactivity phenomenon between streptococci can occur. By using heterologous expression in S. thermophilus LMD-9, we extended the functionality of the SHP/Rgg system to two pathogenic streptococcal species, i.e. S. agalactiae and S. mutans. The last part of my PhD consisted in identifying the regulon of all SHP/Rgg systems. Following the construction of a phylogenetic tree of the Rgg-like proteins in low GC Gram-positive bacteria, we identified 68 SHP/Rgg systems that we classified in three groups. Analyzing the promoter regions of all shp genes led to the identification of a putative Rgg DNA binding site specific to each SHP/Rgg group. An in silico approach was used to scan all sequenced streptococcal genomes for the three identified patterns. Whereas proximal target genes were detected for groups II and III, distal target genes were found in groups I and II. In addition, we uncovered that putative Rgg DNA binding sites can be localized in coding or non-coding region. Currently, validations are in progress. To sum-up, my PhD studies provided evidences that the Rgg proteins in association with small peptide pheromones define a new QS mechanism that seems to regulate the expression of distal and proximal genes in a species-dependent manner. Important insights should be obtained concerning a putative crosstalk among streptococci that involves the SHP/Rgg QS system. My studies may constitute a basis for the development of small peptides to optimize the use of S. thermophilus in dairy factories and reduce the virulence of pathogenic streptococci.

L’hidrosadénite suppurée (HS) ou maladie de Verneuil, est une maladie cutanée orpheline fréquente qui touche 1 % de la population générale. Elle se manifeste par des lésions inflammatoires récidivantes ou chroniques des plis axillaires, inguinaux et périnéaux. La sévérité clinique de la maladie varie selon les patients. Les lésions les moins sévères (lésions de stade 1 dans la classification de sévérité clinique de Hurley) sont des nodules inflammatoire centimétriques pouvant évoluer vers l’abcédation. Les lésions les plus sévères (lésions de stade 2 et 3 de Hurley) sont des lésions suppurées étendues et chroniques. Sur le plan histologique, la lésion primitive de l’HS semble être une hyperplasie de l’épithélium du follicule pileux. La physiopathologie de la maladie est mal connue et probablement multifactorielle, incluant des facteurs génétiques, hormonaux, infectieux et dys-immunitaires. Il a été montré récemment qu’une antibiothérapie à large spectre pouvait permettre d’obtenir une rémission clinique prolongée des lésions inflammatoires de l’HS. Objectif du travail : L’objectif principal de ce travail était d’identifier par des techniques de culture classique et de métagénomique bactérienne les espèces ou les flores bactériennes spécifiquement associées aux lésions d’HS des trois stades de sévérité clinique. Résultats : Nous avons identifié par culture bactérienne deux profils bactériens lésionnels. Le premier était représenté par Staphylococcus lugdunensis, et plus rarement par d’autres espèces bactériennes de la flore cutanée commensale (Propionibacterium acnes, staphylocoques à coagulase négative et Staphylococcus aureus). Le second correspondait à une flore anaérobie composée de bactéries anaérobies stricts, d’Actinomycetes et de streptocoques du groupe milleri. L’approche métagénomique a permis d’identifier les germes anaérobies stricts associés aux lésions : des cocci à Gram positif de la flore cutanée (principalement Anaerococcus spp., Peptoniphilus spp., Finegoldia spp.) des bacilles à Gram négatif anaérobies n’appartenant pas à la flore cutanée (Prevotella spp., Porphyromonas spp., Fusobacterium spp), Veillonellaceae et Corynebacteriaceae. Ce profil était caractéristique des lésions suppurées chroniques de stade 2 et 3 et était également associé à certaines lésions de stade 1. Les lésions des stades 2 et 3 présentaient une diversité bactérienne supérieure à celle des lésions de stade 1, avec un nombre plus élevé de taxons très minoritaires dans la flore cutanée (Fusobacteria, Bacteroidetes, Peptococcaceae, Erysipelotrichales). Conclusion : Cette étude démontre que certaines espèces bactériennes sont spécifiquement associées aux lésions d’HS. Ces espèces sont impliquées dans des infections cutanées, mais aussi dans des infections sévères, ce qui témoigne de leur pathogénicité. L’efficacité des antibiotiques chez les patients et les résultats de cette étude suggèrent qu’un processus infectieux participe à la présentation clinique de l’HS. Notre hypothèse est que ces infections surviennent en raison d’une anomalie primitive de la barrière cutanée folliculaire. / Hidradenitis suppuratiav (HS) is an orphan skin inflammatory disease disease characterized by chronic or recurrent inflammatory lesions localized in the armpits, the inguinal and perineal folds. With a 1% prevalence of a general population, HS is an public health issue. The clinical severity of the disease is heterogeneous among patients. Most patients present the mild form of the disease with inflammatory nodules and abscesses (Hurley stage 1 lesions). More severe patients show extended chronically suppurating lesions (Hurley stage 2 and Hurley stage 3 lesions). The primary histological lesion of HS is characterized by epidermal follicular hyperplasia and perifollicular inflammation. The physiopathology of HS remains unclear. HS is probably a multifactorial disease, involving genetical, immunological and infectious factors. Indeed, wide-spectrum antibiotic treatments can significantly improve or induce prolonged clinical remissions of HS inflammatory lesions. Objective: The main objective of this work was to identify the bacterial species or flora specifically associated with Hurley stage 1, 2 and 3, using prolonged aerobic and anaerobic culture and bacterial metagenomics (454 sequencing of 16Sr DNA libraries). Results. Using bacterial culture, we identified two bacterial profiles associated with HS lesions . The first one was represented by Staphylococcus lugdunensis and rarely by other skin commensals (Propionibacterium acnes, coagulase negative staphylococci and Staphylococcus aureus). Results. The second one corresponded to a mixted anaerobic flora including strict anaerobes, Actinomycetes and milleri group streptococci. The metagenomic approach allowed to identify the anaerobic flora associated with lesions : Gram positive cocci from the cutaneous flora (mainly Anaerococcus spp., Peptoniphilus spp., Finegoldia spp.) and Gram negative rods which do not belong to the cutaneous microbiota (Prevotella spp., Porphyromonas spp., Fusobacterium spp), Veillonellaceae and Corynebacteriaceae. This profile was typically associated with Hurley stage 2 and 3 lesions but was also observed in Hurley stage 1 lesions. Hurley stage 2 and 3 lesions presented an increased bacterial diversity as compared to Hurley stage 1 lesions, with a higher number of taxa taxa rarely associated with normal skin microbiota (Fusobacteria, Bacteroidetes, Peptococcaceae, Erysipelotrichales). Conclusion. This study demonstrate that particular bacterial species are specifically associated with HS lesions. These species are cause soft tissue and skin infections, but also in severe infections arguing for their pathogenicity. These data provide a rationale for antibiotic use in HS, and suggests that the disease may be due to a primitive immune defect of the follicular skin barrier.