Thesis (Ph.D)--Biology, Georgia Institute of Technology, 2010. / Committee Chair: Patricia Sobecky; Committee Member: Eric Stabb; Committee Member: Jim Spain; Committee Member: Roger Wartell; Committee Member: Thomas DiChristina. Part of the SMARTech Electronic Thesis and Dissertation Collection.

It is widely accepted within the software engineering community that the support for integration is necessary for requirement models. Several methodologies, such as the role-based software development, that have appeared in the literature are relying on some kind of integration. However, current integration techniques and their tools support are insufficient. In this research, we discuss our solution to the problem. More precisely, we present a general integration approach for scenario-based models, particularly for UML Sequence Diagrams, based on the colimit construction known from category theory. In our approach, Sequence Diagrams are represented by SD-graphs, a special kind of typed graphs. The merge algorithm for SD-graphs is an extension of existing merge operations on sets and graphs. On the one hand, the merge algorithm ensures traceability and guarantees key theoretical properties (e.g., “everything is represented and nothing extra is acquired” during the merge). On the other hand, our formalization of Sequence Diagrams as SD-graphs retains the graphical nature of Sequence Diagrams, yet is amenable to algebraic manipulations. Another important property of our process is that our approach is applicable to other kinds of models as long as they can be represented by typed graphs. A prototype Sequence Diagram integration tool following the approach has been implemented. The tool is not only a fully functional integration tool, but also served as a test bed for our theory and provided feedback for our theoretical framework. To support the discovery and specification of model relationships, we also present a list of high-level merge patterns in this dissertation. We believe our theory and tool are beneficial to both academia and industry, as the initial evaluation has shown that the ideas presented in this dissertation represent promising steps towards the more rigorous management of requirement models. We also present an approach connecting model transformation with source transformation and allowing an existing source transformation language (TXL) to be used for model transformation. Our approach leverages grammar generators to ease the task of creating model transformations and inherits many of the strengths of the underlying transformation language (e.g., efficiency and maturity). / Thesis (Ph.D, Computing) -- Queen's University, 2009-08-28 13:03:08.607

Univ., Diss--Saarbrücken. / Literaturverz. S. [313] - 356.

Zugl.: Trier, Univ., Diss., 2008.

Thesis (M. Sc.)--University of Canterbury, 2006. / Typescript (photocopy). "16 November 2006." Includes bibliographical references (leaves 99-112). Also available via the World Wide Web.

Alep, comme beaucoup d’autres villes dans le monde, est touchée par la mondialisation qui a suscité une dynamique métropolitaine ayant des effets sur l’organisation socio-spatiale de la ville. Ces effets ont connu une ampleur considérable dans les décennies qui ont précédé le déclenchement de la révolution et de la guerre, la ville se trouvant en pleine expansion avec un accroissement de population très rapide, tandis que les politiques d'aménagement mises en oeuvre ne se révélaient pas à la hauteur du phénomène avec une centralisation accrue des services et des équipements qui amplifiait l'exode rural. La présente recherche se base sur la complexité phénoménologique et prend en compte les facteurs dynamiques tels que l’interaction et l’évolution. La nouvelle lecture que nous proposons ici se base sur des principes de morphogenèse qui permettent d'expliquer la dynamique de la forme urbaine. / Aleppo, like many other cities in the world is affected by globalization, which has sparked a metropolitan dynamic with effects on the socio-spatial organization of the city. These effects have been considerable momentum in the decades preceding the outbreak of the revolution and the war, the city being in full expansion with rapid population growth, while development policies implemented will not revealed up to the phenomenon with greater centralization of services and equipment that amplifies the rural exodus. This research is based on the phenomenological complexity and take into account dynamic factors such as interaction and evolution. The new reading proposed here is based on the principles of morphogenesis that explain the dynamics of urban form.

Socrate dirait que le Dieu a créé la forme de la chaise, que les artisans fabriquent d’autres chaises d’après cette forme, et que les artistes créent des chaises artistiques d’après des chaises fabriquées par les artisans. Il y a une vérité dans ces idées. La chaise est la chaise, elle a une forme propre à elle. Elle ne prend pas la forme d’un piano, ni celle d’un lit. Ces idées conduisent à la définition, la forme, la fabrication, l’utilisation, la transformation et la signification de la chaise. On attribue, dès l’ancienne Égypte, deux fonctions à la chaise : une matérielle (s’asseoir) et une immatérielle (symboliser). Quand la chaise est utilisée dans l’activité sociale, politique ou artistique (transformée, détruite, reconstruite, etc.), elle est symbolique (elle symbolise), et c’est la seule condition dans laquelle la chaise peut dénoter et signifier. Entrons en contact avec la chaise pour qu’elle puisse signifier ! Un changement apparut à partir de la fin du XIXe siècle. Les designers ont conçu et fabriqué une grande diversité de chaises novatrices à la fois utilitaires et artistiques ou classiques dans leurs œuvres d’art. Bien que les designers aient cherché de nouvelles formes, leurs chaises étaient encore pourvues de la forme de base (pieds, siège et dossier) donnant la fonction fondamentale : s’asseoir. Il apparaît que la forme de la chaise soit déjà définie. Par qui la forme de la chaise fut-elle définie ? Par quoi la chaise signifie-t-elle ? / Socrates would say that the God created the form of the chair, that the craftsmen make other chairs according to this form, and that the artists create artistic chairs according to chairs made by the craftsmen. There is a truth in these ideas. The chair is the chair, it has its own form. It does not take the form of a piano, nor that of a bed. These ideas lead to the definition, the form, the manufacture, the use, the transformation and the significance of the chair. The human beings, from ancient Egypt, attributed two functions to the chair: one is material (sit) and the other is immaterial (symbolize). If the chair is used in a social, political or artistic activity (transformed, destroyed, rebuilt, etc.), it is symbolic (or symbolizing), this is the only condition where the chair can denote and signify. Get into contact with the chair so that it can mean! A change appeared from the end of the 19th century, designers designed and built a wide variety of innovative chairs, both utilitarian and artistic when the artists used simple and ordinary chairs or classical chairs in their art works. Although designers have sought new forms, but their chairs were still provided with the basic form (legs, seat and backrest) providing the fundamental function : sit. It appears that the form of the chair has already been defined. Who defined the form of the chair ? What does the chair mean?

De nombreuses espèces de moisissures (Aspergillus, Fusarium, Penicillium…) produisent des molécules toxiques appelées mycotoxines. Malgré des efforts agronomiques croissants, la contamination en mycotoxines dans les produits agricoles est toujours présente. Des stratégies de décontamination sont alors utiles pour limiter l’impact des mycotoxines sur la santé animale ou humaine. La première stratégie que nous avons étudiée est le piégeage par adsorption de mycotoxines sur des spores d’Aspergillus de la section Nigri. Nous avons démontré que les spores vivantes sont aussi efficaces que les spores inactivées à la chaleur, indiquant que les composés responsables de l’adsorption ne sont pas altérés par ce traitement. Le phénomène d’adsorption semble être principalement du à des interactions hydrophobes. Des études restent à faire sur l’efficacité d’un tel procédé in vivo et pour caractériser les composés responsables. La deuxième stratégie étudiée a été la biotransformation d’une mycotoxine particulière, la zéaralénone. Plusieurs microorganismes ont été testés. Parmi eux, il a été démontré que certaines espèces d’Aspergillus avaient la capacité de transformer la zéaralénone en zéaralénone-sulfate. La toxicité de ce composé a été évaluée par test de prolifération de cellules cancéreuses MCF-7. Ces cellules ont la particularité de proliférer en présence de composés oestrogéniques. Il a été montré que la zéaralénone-sulfate provoquait peu de prolifération chez ces cellules, suggérant une toxicité plus faible que la zéaralénone. Des études seront effectuées pour évaluer la stabilité d’un tel conjugué in vivo. / Several species of fungi (Aspergillus, Fusarium, Penicillium…) are producers of very hazardous mycotoxins. Despite the use of recommended agricultural practices to avoid mold development and mycotoxinogenesis during crop growth, harvesting and storage, contamination by mycotoxins still occurs. Decontamination procedures are useful to reduce the mycotoxin content of contaminated raw materials. The first strategy we studied was to decrease the bioavailability of mycotoxins trapping them with binding agents. For the first time, the adsorption of mycotoxins by conidia of black Aspergilli has been demonstrated. Heat-treated conidia are as efficient as living conidia, which demonstrates that the components involved in adsorption are not affected by heat-treatment. The adsorption phenomenon seems to involved hydrophobic interactions. Further in vivo studies are necessary to develop the application of such a decontamination process to contaminated raw materials and feeds. The second strategy studied was the biodegradation of zearalenone by microorganisms which could offer a pratical and efficient method to alleviate negative effects on animals. For the first time, some Aspergillus niger strains, isolated from grapes, have been shown to transform zearalenone to zearalenone-sulfate. To be sure that zearalenone biotransformation leads to a detoxification, the estrogenic toxicity of zearalenone-sulfate was determined by cell culture studies. An estrogen receptor positive breast cancer cell line (MCF-7) was used to confirm the lost of toxicity by E-screen assay. The test principle is based on the fact that MCF-7 cells proliferate in presence of estrogenic substances. Zearalenone-sulfate was less estrogenic than zearalenone. Further work will focus on the stability of the zearalenone-sulfate in vivo.

Au cours de processus thermomécaniques engendrant une transformation de phase dans les aciers, une déformation plastique importante peut se produire sous l’effet d’une contrainte appliquée, même si celle-ci est plus faible que la limite d’élasticité de la phase la plus molle. Ce phénomène s’appelle plasticité de transformation ou TRansformation Induced Plasticity (TRIP), et peut jouer un rôle important sur le contrôle des procédés de transformation industriels. Par exemple, au cours du refroidissement par trempe de produits semi-finis ou finis (plaques, tôles, roues, ...), ce phénomène peut affecter la planéité des produits plats et engendrer des contraintes résiduelles qui vont affecter la qualité finale de produits finis. Il s’avère donc important de prévoir cette plasticité de transformation induite par un chargement thermomécanique donné. Dans cette thèse, un modèle micromécanique de plasticité cristalline avec transformation de phase a été développé. Il s’appuie sur l’utilisation de la transformée de Fourier rapide (TFR) développée pour des milieux périodiques. L’expansion volumique induite par une transformation de phase de type diffusive (« Greewood-Johnson effet ») est prise en compte dans le modèle afin d’estimer la plasticité de transformation et le comportement mécanique pendant la transformation de phase. Les résultats obtenus par TFR ont confirmé l’existence d’une relation linéaire entre contrainte appliquée et déformation plastique induite par la transformation, lorsque la contrainte appliquée faible (c’est-à-dire inférieure à la moitié de la limite d’élasticité de la phase la plus molle). Lorsque la contrainte appliquée est plus élevée, le modèle prévoit que cette relation linéaire n’est plus valable, même si la déformation plastique de transformation augmente toujours avec la contrainte ; ceci est bon accord avec des observations expérimentales. L’interaction entre paramètres microstructuraux (tels que texture, morphologie et taille de grains, ...) et mécaniques (contrainte de rappel, sensibilité à la vitesse de déformation, ...) a été analysée. Il a été montré que tous ces paramètres doivent être pris en compte dans l’estimation de la plasticité de transformation. L’effet de l’écrouissage cinématique de la phase mère sur l’anisotropie de déformation induite a égalament été discuté. Par ailleurs, les résultats numériques obtenus par TFR ont été comparés à des résultats issus de modèles analytiques existants et à des mesures expérimentales. Compte tenu du bon accord entre résultats numériques et expérimentaux, les résultats obtenus par TFR ont servi référence pour améliorer les modèles analytiques existants ; ces nouveaux modèles simplifiés s’avèrent plus précis que ceux proposés auparavant. / During phase transformation in steels, when stress is applied, significant large strain can be observed even though the applied stress is much smaller than the yield stress of the softest phase. The phenomenon is called Transformation Plasticity or TRansformation Induced Plasticity (TRIP). Transformation plasticity is known to play an important role during steel producing processes. For example, during quenching process of plates, sheets, wheels and gear products, the phenomenon affects their shape and residual stresses which determines the quality of products. In this PhD thesis, a micromechanical model of crystal plasticity with phase transformation is developed. It takes advantage of the fast Fourier transform (FFT) numerical scheme for periodic media. Volume expansion along with phase transformation (Greenwood-Johnson effect) is taken into account in the model in order to evaluate the transformation plasticity and mechanical behaviour during phase transformation. The FFT results confirm linear relation between applied stress and transformation plastic strain, if the applied stress does not exceed a half the value of yield stress of the parent phase. For relatively large applied stresses, transformation plastic strain increases nonlinearly with respect to the applied stress. These results agree well with experimental ones. The metallurgical and mechanical interactions during phase transformation are also analysed, such as texture, grain morphology, grain size, back stress effect and viscoplastic deformation effect. It is shown that they cannot be neglected for estimating transformation plasticity. Among others, the role of kinematic hardening of the parent phase on the resulting strain anisotropy is discussed. Finally, the FFT numerical results have been compared with existing analytical models as well as experimental results. Moreover, these FFT computations have been used as references to develop new approximate analytical models. They are shown to improve on previous proposals. These new models were confirmed that they estimate well the transformation plasticity than other analytical models which have been treated in this PhD thesis.

The widespread use of synthetic drugs and as feed additives has resulted in the release of large amounts of biologically active chemicals into the environment. Exposure to environmentally relevant concentrations of chemicals can have severe effects on human health. Therefore, effective degradation of these synthetic, biologically active compounds is of paramount importance. Diphenhydramine (DPH) has been selected as a target compound for ultrasound remediation. The results demonstrated that ultrasound-induced degradation has potential applications in managing aqueous media contaminated with DPH. Atorvastatin and roxarsone have been selected as representative substrates for chloroperoxidase (CPO) catalyzed transformation of pollutants. These studies demonstrate atorvastatin and roxarsone can be degraded efficiently by CPO. The transformation products of each compound were identified and the mechanisms of CPO catalysis postulated. This study provides a foundation for assessing the feasibility of applying CPO in the remediation of water and soil contaminated with pharmaceuticals and feed additives.