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Structural and biochemical characterization of USP28 inhibition by small molecule inhibitors / Strukturelle und biochemische Charakterisierung der Hemmung von USP28 durch niedermolekulare Inhibitoren

Nair, Radhika Karal January 2024 (has links) (PDF)
Ubiquitination is an important post-translational modification that maintains cellular homeostasis by regulating various biological processes. Deubiquitinases (DUBs) are enzymes that reverse the ubiquitination process by catalyzing the removal of ubiquitin from a substrate. Abnormal expression or function of DUBs is often associated with the onset and progression of various diseases, including cancer. Ubiquitin specific proteases (USPs), which constitute the largest family of DUBs in humans, have become the center of interest as potential targets in cancer therapy as many of them display increased activity or are overexpressed in a range of malignant tumors or the tumor microenvironment. Two related members of the USP family, USP28 and USP25, share high sequence identities but play diverse biological roles. USP28 regulates cell proliferation, oncogenesis, DNA damage repair and apoptosis, whereas USP25 is involved in the anti-viral response, innate immunity and ER-associated degradation in addition to carcinogenesis. USP28 and USP25 also exhibit different oligomeric states – while USP28 is a constitutively active dimer, USP25 assumes an auto-inhibited tetrameric structure. The catalytic domains of both USP28 and USP25 comprise the canonical, globular USP-domain but contain an additional, extended insertion site called USP25/28 catalytic domain inserted domain (UCID) that mediates oligomerization of the proteins. Disruption of the USP25 tetramer leads to the formation of an activated dimeric protein. However, it is still not clear what triggers its activation. Due to their role in maintaining and stabilizing numerous oncoproteins, USP28 and USP25 have emerged as interesting candidates for anti-cancer therapy. Recent advances in small-molecular inhibitor development have led to the discovery of relatively potent inhibitors of USP28 and USP25. This thesis focuses on the structural elucidation of USP28 and the biochemical characterization of USP28/USP25, both in complex with representatives of three out of the eight compound classes reported as USP28/USP25-specific inhibitors. The crystal structures of USP28 in complex with the AZ compounds, Vismodegib and FT206 reveal that all three inhibitor classes bind into the same allosteric pocket distant from the catalytic center, located between the palm and the thumb subdomains (the S1-site). Intriguingly, this binding pocket is identical to the UCID-tip binding interface in the USP25 tetramer, rendering the protein in a locked, inactive conformation. Formation of the binding pocket in USP28 requires a shift in the helix α5, which induces conformational changes and local distortion of the binding channel that typically accommodates the C-terminal tail of Ubiquitin, thus preventing catalysis and abrogating USP28 activity. The key residues of the USP28-inhibitor binding pocket are highly conserved in USP25. Mutagenesis studies of these residues accompanied by biochemical and biophysical assays confirm the proposed mechanism of inhibition and similar binding to USP25. This work provides valuable insights into the inhibition mechanism of the small molecule compounds specifically for the DUBs USP28 and USP25. The USP28-inhibitor complex structures offer a framework to develop more specific and potent inhibitors. / Ubiquitinierung ist eine wichtige posttranslationale Modifikation, die die zelluläre Homöostase aufrechterhält, indem sie verschiedene biologische Prozesse reguliert. Deubiquitinasen (DUBs) sind Enzyme, die den Ubiquitinierungsprozess umkehren, indem sie die Entfernung von Ubiquitin von einem Substrat katalysieren. Eine abnorme Expression oder Funktion von DUBs wird häufig mit dem Auftreten und Fortschreiten verschiedener Krankheiten, einschließlich Krebs, in Verbindung gebracht. Ubiquitin-spezifische Proteasen (USPs), die im Menschen die größte Familie der DUBs bilden, sind als potenzielle Ziele in der Krebstherapie von besonderem Interesse, da viele von ihnen in bösartigen Tumoren oder deren Mikroumgebung abnormal aktiv oder überexprimiert sind. Die zwei eng verwandten Mitglieder der USP-Familie, USP28 und USP25, weisen eine hohe Sequenzidentität auf, sind aber an unterschiedlichen biologischen Prozessen beteiligt. USP28 reguliert die Zellproliferation, die Onkogenese, die Reparatur von DNA-Schäden und die Apoptose, während USP25 eine Rolle bei der antiviralen Reaktion, der angeborenen Immunität, dem ER-assoziierten Abbau und der Carcinogenese spielt. USP28 und USP25 weisen auch unterschiedliche oligomere Zustände auf. Während USP28 ein konstitutiv aktives Dimer bildet, tritt USP25 als auto-inhibiertes Tetramer auf. Strukturell bestehen die katalytischen Domänen sowohl von USP28 als auch von USP25 aus der kanonischen globulären USP-Domäne enthalten jedoch eine zusätzliche Insertion, die als „USP25/28 catalytic domain inserted domain (UCID)“ bezeichnet wird und die Oligomerisierung der Proteine vermittelt. Die Dissoziation des USP25 Tetramers in Dimere führt zu einem aktivierten USP25-Protein. Es ist jedoch immer noch nicht klar, was seine Aktivierung auslöst. Aufgrund ihrer Rolle bei der Aufrechterhaltung und Stabilisierung zahlreicher Onkoproteine haben sich USP28 und USP25 als interessante Kandidaten für die Entwicklung von Medikamenten in der Krebstherapie erwiesen. Jüngste Fortschritte in der Entwicklung von niedermolekularen Inhibitoren haben zur Entdeckung von relativ potenten Inhibitoren von USP28 und USP25 geführt. Diese Arbeit konzentriert sich auf die Strukturaufklärung von USP28 und die biochemische Charakterisierung von USP28/USP25, beide im Komplex mit Vertretern von drei der acht Verbindungsklassen, die als USP28/USP25-spezifische Inhibitoren bekannt sind. Die Kristallstrukturen von USP28 im Komplex mit den AZ-Verbindungen, Vismodegib und FT206 zeigen, dass alle Inhibitoren in einer ähnlichen Region an USP28 binden - einer allosterischen Tasche, die in der Nähe des katalytischen Zentrums liegt und sich zwischen der Handflächen- und der Daumen-Subdomäne befindet. Diese Bindungstasche ist identisch mit der Position, an der der „UCID-tip“ im USP25-Tetramer bindet und das Protein in eine verschränkte, inaktive Konformation versetzt. Die Bildung der Bindungstasche in USP28 erfordert eine Verschiebung der α5-Helix, die zu Konformationsänderungen und einer lokalen Verzerrung des Bindungskanalsführt, der normalerweise den C-terminus des Ubiquitin-Moleküls bindet und so die Katalyse verhindert und die Aktivität von USP28 hemmt. Die Schlüsselreste der USP28-Inhibitor-Bindungstasche sind in USP25 hoch konserviert. Mutagenese-Studien dieser Aminosäuren, begleitet von biochemischen und biophysikalischen Analysen, bestätigen den vorgeschlagenen Mechanismus der Hemmung und eine ähnliche Bindung der Inhibitoren an USP25. Diese Arbeit liefert wertvolle Einblicke in den Hemmungsmechanismus der Kleinmolekülverbindungen, die spezifisch für die DUBs USP28 und USP25 entwickelt worden sind. Die Strukturen der USP28-Inhibitor-Komplexe bieten eine Grundlage für die zukünftige Entwicklung spezifischerer und wirksamerer Inhibitoren.
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Sinnesupplevelse & Sinnesmarknadsföring : En fallstudie av spaanläggningen Yasuragi

Winther, Gabriella, Sjödal, Michelle January 2014 (has links)
Stärkta kundrelationer är viktigt för ett företags lönsamhet och när individuella upplevelser efterfrågas i allt större utsträckning behöver företag utveckla och differentiera sig genom Unique Selling Proposition. Allt mer forskning tyder på att utnyttjandet av de fem sinnena i företagets verksamhet samt marknadsföring kan vara nyckeln till differentiering. Det har blivit viktigare att ge konsumenterna en individuell och skräddarsydd upplevelse där sinnena har fått en allt större betydelse.Syftet med denna undersökning är att undersöka och analysera utnyttjandet av sinnesupplevelsen i marknadsföringen där vi har genomfört en fallstudie på SPA-hotellet Yasuragi. Vi delar även upp konsumentgruppen i två delar, affärsgäster och privatgäster, för att jämföra upplevelse och mottagandet av marknadsföringen. För att svara på syftet har författarna genomfört en enkätundersökning, en deltagande observation på Yasuragi och fyra djupintervjuer samt en mailintervju. Den teoretiska referensramen, empirin och analysen är uppdelad i tre delar utifrån begreppen Sinnesmarknadsföring, Upplevelser och konsumtion.Undersökningen har visat att Yasuragi har alla förutsättningar att arbeta med sinnesmarknadsföring då turismprodukten berör alla de fem sinnena. SPA-hotellet skulle kunna arbeta mer medvetet med denna form av marknadsföring då de nu sker mindre planerat. Som det ser ut just nu sker det ingen större differentiering i marknadsföringen mot affärsgäster och privatgäster. För att lyckas med sinnesmarknadsföring måste fokus ligga på att förmedla känslan och upplevelsen av en produkt/tjänst istället för själva fysiska produkten. Yasuragi måste förmedla sin sinnesupplevelse redan i marknadsföringen där de kan ge ett smakprov av upplevelsen.Genom att beröra så många sinnen som möjligt hos en individ ökar dess intresse samt involvering av en produkt/tjänst vilket också påverkar konsumentbeteendet. Genom vår egen framtagna modell kan man se att ett företags Unique Selling Proposition bör vara så anpassad som möjligt till de fem sinnena för att skapa en total sinnesupplevelse. Sinnesupplevelsen bör sedan marknadsföras till individen för att individen ska utföra ett köp. Sinnesmarknadsföring kan alltså bidra till en starkare relation mellan kund och företag samt till en mer lönsam verksamhet. / Strong customer relationships are important to a company 's profitability and when the demand for individual experiences increase it requires companies to develop and differentiate themselves through Unique Selling Proposition . Growing body of research suggests that the use of the five senses in the business and marketing can be the key to differentiation. It has become more important to provide consumers with an individual and tailor-made experience in which the senses have become increasingly important.The purpose of this study is to examine and analyze the utilization of sensory experience in marketing where we have conducted a case study on SPA hotel Yasuragi. We also divide the consumer group into two parts, the business guests and private guests, to compare the experience and the outcome of marketing. To answer this purpose, we have conducted a survey, a participant observation at Yasuragi and four in-depth interviews and a mail interview. The theoretical framework, empirical data and analysis is divided into three parts based on the concepts of Sensory Marketing, Experiences and Consumption.The study has shown that Yasuragi has every opportunity to work with sensory marketing as the tourism product stimulates all five senses. Yasuragi would be able to work more consciously with this form of marketing as it now occurs less planned. As it stands right now, there is not much differentiation in marketing to business guests and private guests. To succeed in sensory marketing focus must be on to convey the feeling and experience of a product / service instead of the actual physical product. Yasuragi must convey their sensory experience already in marketing where they can provide a taste of the experience.Touching as many senses as possible in an individual increases its interest and involvement of a product / service which also affects consumer behaviour. Through our own designed model, one can see that a company's Unique Selling Proposition should be as accessible as possible to the five senses to create a total sensory experience. Sensory experience should then be marketed to the individual who most likely will purchase. Sensory Marketing can also contribute to a stronger relationship between customer and company, as well as to a more profitable business.

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