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Mapeamento de genes de resistência à ferrugem e de QTLs envolvidos na resistência à septoriose em soja / Mapping resistance genes to soybean rust and QTLs involved in brown spot resistance in soybean

Brogin, Rodrigo Luis 21 October 2005 (has links)
A ocorrência de doenças em soja tem aumentado nos últimos anos, provocando grandes perdas em plantios comerciais e exigindo respostas rápidas da pesquisa para desenvolvimento e aplicação de técnicas de controle. Mais de 40 doenças afetam a cultura da soja em todo o mundo e dentre elas estão a ferrugem asiática (Phakopsora pachyrhizi Sydow) e a septoriose ou mancha parda (Septoria glycines Hemmi). Estas doenças estão disseminadas em praticamente todas as regiões produtoras de soja do Brasil. Os objetivos desse trabalho foram mapear o gene que confere resistência a P. pachyrhizi presente na cultivar de soja FT-2 e QTLs envolvidos na resistência a S. glycines, utilizando uma população de plantas F2 derivada do cruzamento entre as cultivares FT-2 (resistente) e Davis (suscetível). Marcadores microssatélites foram testados nos genitores, sendo os polimórficos utilizados para genotipar as plantas da geração F2. Progênies F3:2 e F4:2 foram obtidas e avaliadas para reação às doenças. Para a ferrugem da soja foram detectados cinco marcadores associados ao caráter, sendo que dois deles (Satt079 e Satt307) flanqueiam o gene dominante de resistência, que foi mapeado no grupo de ligação C2 da soja. Uma eficiência de seleção de 100% foi obtida com o uso simultâneo destes dois últimos marcadores, indicando que os mesmos podem ser ferramentas úteis para a seleção assistida de genótipos homozigóticos resistentes. Para a mancha parda, análises de regressão e de variância foram realizadas para identificar associações significativas entre marcadores e QTLs devido a efeitos aditivos e não aditivos do caráter. Foi realizado, também, o mapeamento por intervalo dos QTLs. As análises de regressão detectaram maior número de marcadores ligados a QTLs do que o mapeamento por intervalo; houve concordância entre os resultados dos dois métodos em apenas um caso, no qual o marcador Satt277, pertencente ao grupo de ligação C2, foi relacionado significativamente ao caráter. / The occurrence of soybean diseases that causes large yield losses in commercial fields has increased in recent years forcing research to face the challenge of providing quick responses to develop control techniques. More than 40 diseases affect soybeans worldwide, among them the Asian rust (Phakopsora pachyrhizi Sydow) and brown spot (Septoria glycines Hemmi). These diseases are spread in practically all Brazilian soybean cropping areas. The objectives of this work was to map the resistance gene to P. pachyrhizi and the QTLs involved in the resistance to S. glycines in the soybean cultivar FT-2, using an F2 plant population derived from the cross between FT-2 (resistant) and Davis (susceptible). SSR markers were tested in the parents and those showing polymorphism were used to screen plants of the F2 generation. F3:2 and F4:2 progenies were evaluated for disease reaction. Five markers associated to soybean rust resistance were detected and two (Satt079 and Satt307) are flanking a dominant resistance gene that was mapped in the C2 soybean linkage group. An efficiency of 100% was obtained with the simultaneous use of those markers for selection, which indicated that they could be useful in marker-assisted selection of resistant homozygous genotypes. For brown spot resistance, regression analyses and ANOVAs were performed to identify significant associations between markers and resistance QTL’s showing additive and non-additive effects. The interval mapping of the QTL’s was also performed. The regression analyses detected more markers linked to QTL’s than the interval analyses. Only the Satt277 marker (soybean linkage group C2) was significantly associated to the trait by both detection methods.
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Inibidores de proteinase do tipo Bowman-Birk: evolução molecular, expressão na superfície de fagos filamentosos e seu papel na interação planta-inseto. / Bowman-birk proteinase inhibitors: molecular evolution, phage-display and its role on plant-insect interactions.

José, Márcia Ometto de Mello Alves 27 November 2002 (has links)
Os inibidores inibidores de serino proteinases do tipo Bowman-Birk (BBI) possuem dois sítios ativos e são encontrados em plantas das famílias Fabaceae e Poaceae. Neste trabalho foi apresentada a estrutura primária e o padrão de expressão de 14 seqüências expressas (EST, expressed sequence tags) de BBI putativos encontradas no banco de dados do "Projeto Transcriptoma da Cana-de-açúcar" (SUCEST). Estas quatorze seqüências foram utilizadas em conjunto com outras 87 seqüências de BBI previamente descritas e depositadas no banco de dados "GenBank" para a construção de árvores filogenéticas da família BBI. A análise filogenética mostrou que os BBI de monocotiledôneas e dicotiledôneas podem ser claramente separados em diferentes grupos e a topologia das árvores filogenéticas sugere um padrão evolutivo diferente das famílias de BBI em plantas. Os inibidores de dicotiledôneas são bem conservados e acumularam diferenças sutis durante a evolução. Em contrapartida, os inibidores de monocotiledôneas são altamente variáveis, indicando a ocorrência de um processo evolutivo interessante, baseado em eventos de duplicação intragênica e mutação. Dois inibidores de serino proteinases, um de tripsina e outro de quimotripsina, derivados do gene que codifica o inibidor Bowman-Birk de soja, foram expressos na superfície do fago filamentoso M13 e utilizados para a construção de bibliotecas de variantes. Para tal foram feitas mutações em quatro aminoácidos do sítio ativo destes inibidores e duas bibliotecas de expressão na superfície de fagos filamentosos foram construídas. Posteriormente, estas bibliotecas foram utilizadas para a seleção de variantes que melhor interagiam com a tripsina bovina e de Diatraea saccharalis e com as enzimas digestivas presentes no extrato intestinal desta praga. Os variantes selecionados foram seqüenciados, analisados e caracterizados. Os resultados mostraram que a técnica de expressão na superfície de fagos filamentosos foi eficiente para selecionar novos inibidores. Além disto, com as mutações realizadas, foi possível transformar a alça de inibição de quimotripsina em uma alça de inibição de tripsina. / The Bowman-Birk inhibitors (BBIs) are double headed inhibitors of serine proteinase found in plants from Fabaceae and Poaceae families. We describe the primary structure and the gene expression profile of 14 putative BBIs from the sugarcane expressed sequence tag (SUCEST) database and show how we used these newly discovered sequences together with 87 previously described BBI sequences from the "GenBank" database to construct phylogenetic trees for the BBI family. Phylogenetic analysis revealed that BBI-type inhibitors from monocotyledonous and dicotyledonous plants could be clearly separated into different groups, while the overall topology of the BBI tree suggests a different pattern of evolution for BBI families in flowering plants. We also found that BBI proteinase inhibitors from dicotyledonous plants were well conserved, accumulating only slight differences during their evolution. In addition, we found that BBIs from monocotyledonous plants were highly variable, indicating an interesting process of evolution based on internal gene duplications and mutation events. Two serine-type proteinase inhibitors, a trypsin and a chymotrypsin, both derived from the soybean Bowman-Birk inhibitor, were expressed on the surface of a filamentous phage. Site mutations were made in four positions of the reactive sites of these inhibitors and two phage-display libraries were constructed. Later, these libraries were used to select better ligands to the bovine and Diatraea saccharalis trypsin and to the midgut enzymes of this insect pest. The selected variants were sequenced, analyzed and characterized. The results showed that the phage-display technique is efficient to select new proteinase inhibitors. Furthermore, it was possible to modify the chymotrypsin loop into a trypsin loop using the library constructed by the insertion of a degenerated primer.
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Identificação de marcadores moleculares ligados a gene de resistência ao vírus do mosaico (PRSV-W) em melão (Cucumis melo L.). / Identification of molecular markers linked to a resistance gene to prsv-w in melon (Cucumis melo L).

Teixeira, Ana Paula Matoso 17 September 2004 (has links)
A importância da cultura do meloeiro é crescente no Brasil, sobretudo na região Nordeste, tanto pelo volume comercializado como por ser estabelecida geralmente em pequenas propriedades. Diversas enfermidades acometem esta cultura, destacando-se as viroses. Dentre estas, o mosaico, causado pelo Papaya ringspot virus - estirpe melancia (PRSV-W) é das mais importantes. Dentre as estratégias de controle desta doença, o emprego de cultivares resistentes apresenta-se como um método prático e eficiente. O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores moleculares do tipo AFLP ligados ao gene Prv1 de resistência a PRSV-W em melão que futuramente pudessem ser utilizados em seleção assistida por marcadores. Para isto, foram analisadas duas linhagens quase-isogênicas (LQI-R e LQI-S) do tipo Amarelo CAC contrastantes para resistência ao vírus e uma linhagem do tipo Charentais doadora do gene de resistência. A LQI resistente foi obtida através de cruzamento entre a linhagem doadora do gene (LRD) e a linhagem recorrente (LQI-S), seguido de cinco retrocruzamentos de plantas resistentes com a linhagem recorrente. A porcentagem do genoma do parental recorrente recuperado na LQI-R foi de aproximadamente 98,44%. Polimorfismos entre as linhagens resistentes e a suscetível foram considerados marcadores candidatos ligados ao gene de reistência Prv1. Para análise de co-segregação entre gene e marcadores candidatos, foi utilizada uma população RC1F1, fenotipada para resistência a PRSV-W, obtida a partir do cruzamento entre as LQIs. Para cálculo da distância entre o gene e os marcadores foi utilizada fórmula de Kosambi para porcentagens de indivíduos recombinantes maiores que 1% e para porcentagens menores admitiu-se ser a distância em centiMorgans equivalente a esta porcentagem. A técnica AFLP em conjunto com a utilização de linhagens quase-isogênicas mostrou-se eficiente na detecção de marcadores moleculares em melão. Para digestão do DNA, foram utilizadas três combinações diferentes de enzimas de restrição (EcoRI/MseI, HindIII/MseI e PstI/MseI), sendo avaliados perfis eletroforéticos gerados a partir da amplificação com 474 combinações diferentes de iniciadores. Aproximadamente 28.700 fragmentos foram analisados, sendo verificada diversidade genética de 8,6% (2462 fragmentos polimórficos) entre as linhagens quase-isogênicas e a linhagem doadora Charentais. Apenas três fragmentos mostraram-se polimórficos na análise da população RC1F1, estando ligados ao gene de resistência a PRSV-W, de acordo com o teste de co-segregação. Os fragmentos EA270 e HF155 mostramse ligados entre si e estão localizados a uma distância aproximada de 40,9 cM do gene Prv1, enquanto o fragmento EK190 mostrou-se ligado ao gene a uma distância de 0,526 cM. Pela sua proximidade ao gene Prv1, o marcador EK190 pode ser utilizado em programas de seleção assistida por marcadores moleculares visando o melhoramento de linhagens com resistência ao vírus PRSV-W. / The growing importance of melon in Brazil is due to the increased production, especially in the Northern region, where crops are established in small properties. Several diseases affect melons. Among the viruses, the mosaic, caused by Papaya ringspot virus - type watermelon (PRSV-W) is the most important. The use of resistant cultivars is a practical and effective method of disease control. The objective of this work was to identify AFLP markers linked to the Prv1 gene that confers resistance to PRSV-W, that in the future could be used in marker assisted selection. Two near isogenic lines (LQI-R and LQI-S) of the Amarelo CAC type that differ with respect to the presence of Prv1 and one Charentais type line donor of the resistance gene were analyzed. The resistant LQI was obtained through the crossing between the donor line (LRD) and the recurrent line (LQI-S), followed by five backcrosses between resistant plants and the recurrent line. The percentage of recurrent parental genome recovered in the LQI-R was approximately 98.44%. Polymorphisms between resistant and susceptible lines were considered as candidate markers linked to the Prv1 resistance gene. An RC1F1 population obtained from a cross between the LQIs lines and screened for resistance to PRSV-W was used in co-segregation analyses. The distance between markers and resistance gene was calculated using the Kosambi equation for recombination fractions higher than 1%. For lower values, the percentage of recombinants was considered equal to the distance in centiMorgans. The AFLP technique combined with the use of nearisogenic lines seemed to be efficient in detecting molecular markers in melon. DNA digestion was performed with three combinations of different enzymes (EcoRI/MseI, HindIII/MseI and PstI/MseI), and electrophoretic profiles of fragments obtained from 474 combinations of different primers were evaluated. Approximately 28,700 fragments were analyzed. Genetic diversity was estimated as 8.6% (2,462 polymorphic fragments) between near-isogenic lines and the donor Charentais line. Only three fragments were found to be polymorphic and linked to the resistance gene. The markers EA270 and HF155 are linked to each other and located 40.9 cM of the Prv1 gene. The fragment EK190 is linked to the same gene with a distance of 0.526 cM. Because EK190 fragment is very close to the resistance gene, it is a suitable marker to be used in marker-assisted selection aiming to develop melon cultivars resistant to PRSV-W.
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Identificação de marcadores moleculares ligados a gene de resistência ao vírus do mosaico (PRSV-W) em melão (Cucumis melo L.). / Identification of molecular markers linked to a resistance gene to prsv-w in melon (Cucumis melo L).

Ana Paula Matoso Teixeira 17 September 2004 (has links)
A importância da cultura do meloeiro é crescente no Brasil, sobretudo na região Nordeste, tanto pelo volume comercializado como por ser estabelecida geralmente em pequenas propriedades. Diversas enfermidades acometem esta cultura, destacando-se as viroses. Dentre estas, o mosaico, causado pelo Papaya ringspot virus - estirpe melancia (PRSV-W) é das mais importantes. Dentre as estratégias de controle desta doença, o emprego de cultivares resistentes apresenta-se como um método prático e eficiente. O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores moleculares do tipo AFLP ligados ao gene Prv1 de resistência a PRSV-W em melão que futuramente pudessem ser utilizados em seleção assistida por marcadores. Para isto, foram analisadas duas linhagens quase-isogênicas (LQI-R e LQI-S) do tipo Amarelo CAC contrastantes para resistência ao vírus e uma linhagem do tipo Charentais doadora do gene de resistência. A LQI resistente foi obtida através de cruzamento entre a linhagem doadora do gene (LRD) e a linhagem recorrente (LQI-S), seguido de cinco retrocruzamentos de plantas resistentes com a linhagem recorrente. A porcentagem do genoma do parental recorrente recuperado na LQI-R foi de aproximadamente 98,44%. Polimorfismos entre as linhagens resistentes e a suscetível foram considerados marcadores candidatos ligados ao gene de reistência Prv1. Para análise de co-segregação entre gene e marcadores candidatos, foi utilizada uma população RC1F1, fenotipada para resistência a PRSV-W, obtida a partir do cruzamento entre as LQIs. Para cálculo da distância entre o gene e os marcadores foi utilizada fórmula de Kosambi para porcentagens de indivíduos recombinantes maiores que 1% e para porcentagens menores admitiu-se ser a distância em centiMorgans equivalente a esta porcentagem. A técnica AFLP em conjunto com a utilização de linhagens quase-isogênicas mostrou-se eficiente na detecção de marcadores moleculares em melão. Para digestão do DNA, foram utilizadas três combinações diferentes de enzimas de restrição (EcoRI/MseI, HindIII/MseI e PstI/MseI), sendo avaliados perfis eletroforéticos gerados a partir da amplificação com 474 combinações diferentes de iniciadores. Aproximadamente 28.700 fragmentos foram analisados, sendo verificada diversidade genética de 8,6% (2462 fragmentos polimórficos) entre as linhagens quase-isogênicas e a linhagem doadora Charentais. Apenas três fragmentos mostraram-se polimórficos na análise da população RC1F1, estando ligados ao gene de resistência a PRSV-W, de acordo com o teste de co-segregação. Os fragmentos EA270 e HF155 mostramse ligados entre si e estão localizados a uma distância aproximada de 40,9 cM do gene Prv1, enquanto o fragmento EK190 mostrou-se ligado ao gene a uma distância de 0,526 cM. Pela sua proximidade ao gene Prv1, o marcador EK190 pode ser utilizado em programas de seleção assistida por marcadores moleculares visando o melhoramento de linhagens com resistência ao vírus PRSV-W. / The growing importance of melon in Brazil is due to the increased production, especially in the Northern region, where crops are established in small properties. Several diseases affect melons. Among the viruses, the mosaic, caused by Papaya ringspot virus – type watermelon (PRSV-W) is the most important. The use of resistant cultivars is a practical and effective method of disease control. The objective of this work was to identify AFLP markers linked to the Prv1 gene that confers resistance to PRSV-W, that in the future could be used in marker assisted selection. Two near isogenic lines (LQI-R and LQI-S) of the Amarelo CAC type that differ with respect to the presence of Prv1 and one Charentais type line donor of the resistance gene were analyzed. The resistant LQI was obtained through the crossing between the donor line (LRD) and the recurrent line (LQI-S), followed by five backcrosses between resistant plants and the recurrent line. The percentage of recurrent parental genome recovered in the LQI-R was approximately 98.44%. Polymorphisms between resistant and susceptible lines were considered as candidate markers linked to the Prv1 resistance gene. An RC1F1 population obtained from a cross between the LQIs lines and screened for resistance to PRSV-W was used in co-segregation analyses. The distance between markers and resistance gene was calculated using the Kosambi equation for recombination fractions higher than 1%. For lower values, the percentage of recombinants was considered equal to the distance in centiMorgans. The AFLP technique combined with the use of nearisogenic lines seemed to be efficient in detecting molecular markers in melon. DNA digestion was performed with three combinations of different enzymes (EcoRI/MseI, HindIII/MseI and PstI/MseI), and electrophoretic profiles of fragments obtained from 474 combinations of different primers were evaluated. Approximately 28,700 fragments were analyzed. Genetic diversity was estimated as 8.6% (2,462 polymorphic fragments) between near-isogenic lines and the donor Charentais line. Only three fragments were found to be polymorphic and linked to the resistance gene. The markers EA270 and HF155 are linked to each other and located 40.9 cM of the Prv1 gene. The fragment EK190 is linked to the same gene with a distance of 0.526 cM. Because EK190 fragment is very close to the resistance gene, it is a suitable marker to be used in marker-assisted selection aiming to develop melon cultivars resistant to PRSV-W.
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Inibidores de proteinase do tipo Bowman-Birk: evolução molecular, expressão na superfície de fagos filamentosos e seu papel na interação planta-inseto. / Bowman-birk proteinase inhibitors: molecular evolution, phage-display and its role on plant-insect interactions.

Márcia Ometto de Mello Alves José 27 November 2002 (has links)
Os inibidores inibidores de serino proteinases do tipo Bowman-Birk (BBI) possuem dois sítios ativos e são encontrados em plantas das famílias Fabaceae e Poaceae. Neste trabalho foi apresentada a estrutura primária e o padrão de expressão de 14 seqüências expressas (EST, expressed sequence tags) de BBI putativos encontradas no banco de dados do "Projeto Transcriptoma da Cana-de-açúcar" (SUCEST). Estas quatorze seqüências foram utilizadas em conjunto com outras 87 seqüências de BBI previamente descritas e depositadas no banco de dados "GenBank" para a construção de árvores filogenéticas da família BBI. A análise filogenética mostrou que os BBI de monocotiledôneas e dicotiledôneas podem ser claramente separados em diferentes grupos e a topologia das árvores filogenéticas sugere um padrão evolutivo diferente das famílias de BBI em plantas. Os inibidores de dicotiledôneas são bem conservados e acumularam diferenças sutis durante a evolução. Em contrapartida, os inibidores de monocotiledôneas são altamente variáveis, indicando a ocorrência de um processo evolutivo interessante, baseado em eventos de duplicação intragênica e mutação. Dois inibidores de serino proteinases, um de tripsina e outro de quimotripsina, derivados do gene que codifica o inibidor Bowman-Birk de soja, foram expressos na superfície do fago filamentoso M13 e utilizados para a construção de bibliotecas de variantes. Para tal foram feitas mutações em quatro aminoácidos do sítio ativo destes inibidores e duas bibliotecas de expressão na superfície de fagos filamentosos foram construídas. Posteriormente, estas bibliotecas foram utilizadas para a seleção de variantes que melhor interagiam com a tripsina bovina e de Diatraea saccharalis e com as enzimas digestivas presentes no extrato intestinal desta praga. Os variantes selecionados foram seqüenciados, analisados e caracterizados. Os resultados mostraram que a técnica de expressão na superfície de fagos filamentosos foi eficiente para selecionar novos inibidores. Além disto, com as mutações realizadas, foi possível transformar a alça de inibição de quimotripsina em uma alça de inibição de tripsina. / The Bowman-Birk inhibitors (BBIs) are double headed inhibitors of serine proteinase found in plants from Fabaceae and Poaceae families. We describe the primary structure and the gene expression profile of 14 putative BBIs from the sugarcane expressed sequence tag (SUCEST) database and show how we used these newly discovered sequences together with 87 previously described BBI sequences from the "GenBank" database to construct phylogenetic trees for the BBI family. Phylogenetic analysis revealed that BBI-type inhibitors from monocotyledonous and dicotyledonous plants could be clearly separated into different groups, while the overall topology of the BBI tree suggests a different pattern of evolution for BBI families in flowering plants. We also found that BBI proteinase inhibitors from dicotyledonous plants were well conserved, accumulating only slight differences during their evolution. In addition, we found that BBIs from monocotyledonous plants were highly variable, indicating an interesting process of evolution based on internal gene duplications and mutation events. Two serine-type proteinase inhibitors, a trypsin and a chymotrypsin, both derived from the soybean Bowman-Birk inhibitor, were expressed on the surface of a filamentous phage. Site mutations were made in four positions of the reactive sites of these inhibitors and two phage-display libraries were constructed. Later, these libraries were used to select better ligands to the bovine and Diatraea saccharalis trypsin and to the midgut enzymes of this insect pest. The selected variants were sequenced, analyzed and characterized. The results showed that the phage-display technique is efficient to select new proteinase inhibitors. Furthermore, it was possible to modify the chymotrypsin loop into a trypsin loop using the library constructed by the insertion of a degenerated primer.
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Mapeamento de genes de resistência à ferrugem e de QTLs envolvidos na resistência à septoriose em soja / Mapping resistance genes to soybean rust and QTLs involved in brown spot resistance in soybean

Rodrigo Luis Brogin 21 October 2005 (has links)
A ocorrência de doenças em soja tem aumentado nos últimos anos, provocando grandes perdas em plantios comerciais e exigindo respostas rápidas da pesquisa para desenvolvimento e aplicação de técnicas de controle. Mais de 40 doenças afetam a cultura da soja em todo o mundo e dentre elas estão a ferrugem asiática (Phakopsora pachyrhizi Sydow) e a septoriose ou mancha parda (Septoria glycines Hemmi). Estas doenças estão disseminadas em praticamente todas as regiões produtoras de soja do Brasil. Os objetivos desse trabalho foram mapear o gene que confere resistência a P. pachyrhizi presente na cultivar de soja FT-2 e QTLs envolvidos na resistência a S. glycines, utilizando uma população de plantas F2 derivada do cruzamento entre as cultivares FT-2 (resistente) e Davis (suscetível). Marcadores microssatélites foram testados nos genitores, sendo os polimórficos utilizados para genotipar as plantas da geração F2. Progênies F3:2 e F4:2 foram obtidas e avaliadas para reação às doenças. Para a ferrugem da soja foram detectados cinco marcadores associados ao caráter, sendo que dois deles (Satt079 e Satt307) flanqueiam o gene dominante de resistência, que foi mapeado no grupo de ligação C2 da soja. Uma eficiência de seleção de 100% foi obtida com o uso simultâneo destes dois últimos marcadores, indicando que os mesmos podem ser ferramentas úteis para a seleção assistida de genótipos homozigóticos resistentes. Para a mancha parda, análises de regressão e de variância foram realizadas para identificar associações significativas entre marcadores e QTLs devido a efeitos aditivos e não aditivos do caráter. Foi realizado, também, o mapeamento por intervalo dos QTLs. As análises de regressão detectaram maior número de marcadores ligados a QTLs do que o mapeamento por intervalo; houve concordância entre os resultados dos dois métodos em apenas um caso, no qual o marcador Satt277, pertencente ao grupo de ligação C2, foi relacionado significativamente ao caráter. / The occurrence of soybean diseases that causes large yield losses in commercial fields has increased in recent years forcing research to face the challenge of providing quick responses to develop control techniques. More than 40 diseases affect soybeans worldwide, among them the Asian rust (Phakopsora pachyrhizi Sydow) and brown spot (Septoria glycines Hemmi). These diseases are spread in practically all Brazilian soybean cropping areas. The objectives of this work was to map the resistance gene to P. pachyrhizi and the QTLs involved in the resistance to S. glycines in the soybean cultivar FT-2, using an F2 plant population derived from the cross between FT-2 (resistant) and Davis (susceptible). SSR markers were tested in the parents and those showing polymorphism were used to screen plants of the F2 generation. F3:2 and F4:2 progenies were evaluated for disease reaction. Five markers associated to soybean rust resistance were detected and two (Satt079 and Satt307) are flanking a dominant resistance gene that was mapped in the C2 soybean linkage group. An efficiency of 100% was obtained with the simultaneous use of those markers for selection, which indicated that they could be useful in marker-assisted selection of resistant homozygous genotypes. For brown spot resistance, regression analyses and ANOVAs were performed to identify significant associations between markers and resistance QTL’s showing additive and non-additive effects. The interval mapping of the QTL’s was also performed. The regression analyses detected more markers linked to QTL’s than the interval analyses. Only the Satt277 marker (soybean linkage group C2) was significantly associated to the trait by both detection methods.
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Reação de acessos de Capsicum spp. a Colletotrichum sp., agente causal da antracnose das Solanáceas. / Reaction of accesses of Capsicum spp. to Colletotrichum sp., causal agent of anthracnose.

Pereira, Mônica Juliani Zavaglia 04 March 2005 (has links)
A importância do cultivo de espécies do gênero Capsicum vem crescendo nos últimos anos no Brasil, e consequentemente, a ocorrência de doenças torna-se um problema relevante. A antracnose é a mais comum e destrutiva doença de Capsicum no Brasil e em vários países, podendo ocasionar perdas de até 100%. Seu controle usando resistência genética seria altamente desejável. O objetivo deste trabalho foi (i) caracterizar a reação à antracnose de 90 acessos de Capsicum annuum, 30 de C. baccatum, 16 de C. chinense e um de C. frutescens; (ii) estabelecer a correlação da reação à antracnose entre plântulas e frutos de Capsicum e; (iii) avaliar a reação à antracnose das progênies F3RC1 (C.annuum x C. chinense - resistente) x C. annuum e F2RC2 [(C. annuum x C. chinense) x C. annuum] x C. annuum. Para as inoculações, foram utilizados quatro isolados do fungo Colletotrichum sp. provenientes de pimentão e um isolado de pimenta, obtidos de folhas e frutos doentes. As suspensões de inóculo foram preparadas na concentração de 1 x 106 conídios/ml, separadamente para cada isolado. Após ajustada a concentração das suspensões, estas foram misturadas, a fim de reduzir efeitos de possível variabilidade patogênica dos isolados. O delineamento utilizado foi inteiramente casualizado com 20 repetições para plântulas e 15 repetições para frutos verdes destacados. Os ensaios foram conduzidos duas vezes. Nas inoculações das plântulas, foi adicionado 5% de caldo de cana à suspensão, como fonte exógena de energia ao patógeno. A inoculação nas plântulas foi realizada no estádio de primeira folha verdadeira completamente expandida, pela aspersão da suspensão de esporos até o ponto de escorrimento. As plântulas foram mantidas em câmara úmida por 24 horas antes e 72 horas após a inoculação. O ensaio foi instalado em sala climatizada com temperatura de 26 +/- 2°C e fotoperíodo de 12 horas. Foi avaliada a severidade de doença, usando uma escala de notas e também a incidência da doença, com base na percentagem de plântulas doentes. A inoculação nos frutos foi realizada pela deposição de uma gota de 20 µl da suspensão de esporos na parte mediana dos frutos. Posteriormente, com o auxílio de uma agulha entomológica, foi realizado um ferimento abaixo da gota. Os frutos inoculados foram mantidos em câmara úmida durante o período de avaliação. As avaliações foram realizadas pela mensuração do diâmetro médio das lesões, período latente, velocidade de crescimento da lesão e incidência. Baseando-se na avaliação dos frutos para classificação da reação, identificou-se apenas um acesso de C. annuum como resistente (n°233 - Jalapeno), um de C. baccatum (n°222 - BGH 4176) e dois de C. chinense (n°105 - Bode e n°141 - Pimenta n°2). Os demais acessos foram suscetíveis. Não houve correlação entre a reação de plântulas e frutos. As plântulas apresentaram menor quantidade de doença, em relação aos frutos. As progênies F3RC1 (3G, 4A, 4B, 4F, 4H, 5H, 6B, 6F, 8B, 8E, 8F, 9B, 9D, 9E, 9J, 10A, 13D, 13F, 14A, 14C, 16D, 16I, 17B, 19B) e as progênies F2RC2 (33F e 40G) não apresentaram lesões no estádio de frutos. Avançou-se geração nas progênies com reação de resistência em frutos, e suas populações F4RC1 e F3RC2 foram avaliadas no estádio de plântulas. Constatou-se variabilidade para a reação de antracnose nestas populações, com expressão de menor severidade e possibilidade de obter cultivares de pimentas e pimentões resistentes à antracnose. / Capsicum cultivation is an increasing activity in Brasil, and, in conseqüence, disease occurence is becoming more frequent. Anthracnose is the most common and desctructive disease of Capsicum in Brasil and other countries. Losses of 100% due to the disease are very frequent. Control of anthracnose using genetic resistance can be very suitable. The aim of this work was (i) to describe the reaction of 90 accesses of Capsicum annuum, 30 of C. baccatum, 16 of C. chinense and one of C. frutescens to anthracnose (ii) to establish the correlation of the reaction to anthracnose between seedlings and fruits of Capsicum and (iii) to evaluate the reaction to anthracnose of the progenies F3RC1 (C.annuum x C. chinense - resistant) x C. annuum and F2RC2 [(C. annuum x C. chinense - resistant) x C. annuum] x C. annuum. Four isolates of Colletotrichum sp. from pepper and one isolate from hot pepper were used for the inoculations, at a concentration of 1 x 106 spores/ml. After adjustment of the concentration of each suspension, they were mixed, in order to reduce possible effects of pathogenic variability among the isolates. The experimental design used was of completely randomized blocks with 20 and 15 replications for seedlings and green-ripe fruits inoculations, respectively. For the inoculation in seedlings, sugarcane juice at 5% was added to the spore suspensions, which were sprayed on the leaves of the seedlings at one-leaf stage. The seedlings were kept in a moist chamber for 24 hours before and 72 hours after the inoculation, at 26 +/-2°C and 12 hours photoperiod, inside a growth chamber. To evaluate anthracnose on the inoculated plants, disease incidence and disease severity were considered. The last variable was rated based on a 1 to 5 scale, according to the amount of disease on the seedlings. The fruits were inoculated with a 20 µl droplet of the spore suspensions. After depositing the inoculum, the fruits were wounded with a needle at the inoculation point and kept at 24 +/- 2°C, inside covered plastic containers. The evaluation was done based on lesions diameter, latent period, growth rate of lesions and incidence. The fruits evaluations were used for classifying the accesses reactions. Only one access of C. annuum (n°233 - Jalapeno), one of C. baccatum (n°222 - BGH 4176) and two of C. chinense (n°105 - Bode and n°141 - Pimenta n°2) were considered resistant. The remaining accesses varied in degrees of susceptibility. Positive correlation between levels of disease in seedlings and fruits were not significant. The seedlings showed less amount of disease in relation to fruits. The progenies 3G, 4A, 4B, 4F, 4H, 5H, 6B, 6F, 8B, 8E, 8F, 9B, 9D, 9E, 9J, 10A, 13D, 13F, 14A, 14C, 16D, 16I, 17B, 19B (population F3RC1) and 33F and 40G (F2RC2) did not show lesions at the fruit stage. Generations were advanced in this population and populations F4RC2 and F3RC2 were evaluated at seedling stage. These seedlings showed variability for reaction to anthracnose, with lower severity, suggesting possibility of selection for resistance in Capsicum varieties.
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Reação de acessos de Capsicum spp. a Colletotrichum sp., agente causal da antracnose das Solanáceas. / Reaction of accesses of Capsicum spp. to Colletotrichum sp., causal agent of anthracnose.

Mônica Juliani Zavaglia Pereira 04 March 2005 (has links)
A importância do cultivo de espécies do gênero Capsicum vem crescendo nos últimos anos no Brasil, e consequentemente, a ocorrência de doenças torna-se um problema relevante. A antracnose é a mais comum e destrutiva doença de Capsicum no Brasil e em vários países, podendo ocasionar perdas de até 100%. Seu controle usando resistência genética seria altamente desejável. O objetivo deste trabalho foi (i) caracterizar a reação à antracnose de 90 acessos de Capsicum annuum, 30 de C. baccatum, 16 de C. chinense e um de C. frutescens; (ii) estabelecer a correlação da reação à antracnose entre plântulas e frutos de Capsicum e; (iii) avaliar a reação à antracnose das progênies F3RC1 (C.annuum x C. chinense - resistente) x C. annuum e F2RC2 [(C. annuum x C. chinense) x C. annuum] x C. annuum. Para as inoculações, foram utilizados quatro isolados do fungo Colletotrichum sp. provenientes de pimentão e um isolado de pimenta, obtidos de folhas e frutos doentes. As suspensões de inóculo foram preparadas na concentração de 1 x 106 conídios/ml, separadamente para cada isolado. Após ajustada a concentração das suspensões, estas foram misturadas, a fim de reduzir efeitos de possível variabilidade patogênica dos isolados. O delineamento utilizado foi inteiramente casualizado com 20 repetições para plântulas e 15 repetições para frutos verdes destacados. Os ensaios foram conduzidos duas vezes. Nas inoculações das plântulas, foi adicionado 5% de caldo de cana à suspensão, como fonte exógena de energia ao patógeno. A inoculação nas plântulas foi realizada no estádio de primeira folha verdadeira completamente expandida, pela aspersão da suspensão de esporos até o ponto de escorrimento. As plântulas foram mantidas em câmara úmida por 24 horas antes e 72 horas após a inoculação. O ensaio foi instalado em sala climatizada com temperatura de 26 +/- 2°C e fotoperíodo de 12 horas. Foi avaliada a severidade de doença, usando uma escala de notas e também a incidência da doença, com base na percentagem de plântulas doentes. A inoculação nos frutos foi realizada pela deposição de uma gota de 20 µl da suspensão de esporos na parte mediana dos frutos. Posteriormente, com o auxílio de uma agulha entomológica, foi realizado um ferimento abaixo da gota. Os frutos inoculados foram mantidos em câmara úmida durante o período de avaliação. As avaliações foram realizadas pela mensuração do diâmetro médio das lesões, período latente, velocidade de crescimento da lesão e incidência. Baseando-se na avaliação dos frutos para classificação da reação, identificou-se apenas um acesso de C. annuum como resistente (n°233 – Jalapeno), um de C. baccatum (n°222 – BGH 4176) e dois de C. chinense (n°105 – Bode e n°141 – Pimenta n°2). Os demais acessos foram suscetíveis. Não houve correlação entre a reação de plântulas e frutos. As plântulas apresentaram menor quantidade de doença, em relação aos frutos. As progênies F3RC1 (3G, 4A, 4B, 4F, 4H, 5H, 6B, 6F, 8B, 8E, 8F, 9B, 9D, 9E, 9J, 10A, 13D, 13F, 14A, 14C, 16D, 16I, 17B, 19B) e as progênies F2RC2 (33F e 40G) não apresentaram lesões no estádio de frutos. Avançou-se geração nas progênies com reação de resistência em frutos, e suas populações F4RC1 e F3RC2 foram avaliadas no estádio de plântulas. Constatou-se variabilidade para a reação de antracnose nestas populações, com expressão de menor severidade e possibilidade de obter cultivares de pimentas e pimentões resistentes à antracnose. / Capsicum cultivation is an increasing activity in Brasil, and, in conseqüence, disease occurence is becoming more frequent. Anthracnose is the most common and desctructive disease of Capsicum in Brasil and other countries. Losses of 100% due to the disease are very frequent. Control of anthracnose using genetic resistance can be very suitable. The aim of this work was (i) to describe the reaction of 90 accesses of Capsicum annuum, 30 of C. baccatum, 16 of C. chinense and one of C. frutescens to anthracnose (ii) to establish the correlation of the reaction to anthracnose between seedlings and fruits of Capsicum and (iii) to evaluate the reaction to anthracnose of the progenies F3RC1 (C.annuum x C. chinense - resistant) x C. annuum and F2RC2 [(C. annuum x C. chinense - resistant) x C. annuum] x C. annuum. Four isolates of Colletotrichum sp. from pepper and one isolate from hot pepper were used for the inoculations, at a concentration of 1 x 106 spores/ml. After adjustment of the concentration of each suspension, they were mixed, in order to reduce possible effects of pathogenic variability among the isolates. The experimental design used was of completely randomized blocks with 20 and 15 replications for seedlings and green-ripe fruits inoculations, respectively. For the inoculation in seedlings, sugarcane juice at 5% was added to the spore suspensions, which were sprayed on the leaves of the seedlings at one-leaf stage. The seedlings were kept in a moist chamber for 24 hours before and 72 hours after the inoculation, at 26 +/-2°C and 12 hours photoperiod, inside a growth chamber. To evaluate anthracnose on the inoculated plants, disease incidence and disease severity were considered. The last variable was rated based on a 1 to 5 scale, according to the amount of disease on the seedlings. The fruits were inoculated with a 20 µl droplet of the spore suspensions. After depositing the inoculum, the fruits were wounded with a needle at the inoculation point and kept at 24 +/- 2°C, inside covered plastic containers. The evaluation was done based on lesions diameter, latent period, growth rate of lesions and incidence. The fruits evaluations were used for classifying the accesses reactions. Only one access of C. annuum (n°233 – Jalapeno), one of C. baccatum (n°222 – BGH 4176) and two of C. chinense (n°105 – Bode and n°141 – Pimenta n°2) were considered resistant. The remaining accesses varied in degrees of susceptibility. Positive correlation between levels of disease in seedlings and fruits were not significant. The seedlings showed less amount of disease in relation to fruits. The progenies 3G, 4A, 4B, 4F, 4H, 5H, 6B, 6F, 8B, 8E, 8F, 9B, 9D, 9E, 9J, 10A, 13D, 13F, 14A, 14C, 16D, 16I, 17B, 19B (population F3RC1) and 33F and 40G (F2RC2) did not show lesions at the fruit stage. Generations were advanced in this population and populations F4RC2 and F3RC2 were evaluated at seedling stage. These seedlings showed variability for reaction to anthracnose, with lower severity, suggesting possibility of selection for resistance in Capsicum varieties.

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