This thesis is devoted to the models that are suitable for modelling spatial data. For this purpose, random fields with finite index set are used. Based on the neighbourhood relationship a spatial weight matrix is introduced which describes spatial dependencies. A recognition and testing of spatial dependence is mentioned and it is applied for macroeconomic indicators in the Czech Republic. Spatial models originated from generalization of usual time series models are subsequently combined with linear regression models. The parameter estimators are derived for selected models by three different methods. These methods are ordinary least squares, maximum likelihood and method of moments. Theoretical asymptotic results are supplemented by a simulation study that examines the performance of estimators for finite sample size. Finally, a short illustration on real data is demonstrated. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)

Eukaryotní DNA se váže kolem nukleozomů, čím ovplyvnuje vyšši strukturu DNA a přístup k vazebním mistům pro všeobecní transkripční faktory a oblasti genů. Je proto důležité vědet, kde se nukleozomy vážou na DNA, a jak silná tato vazba je, abychom mohli porozumět mechanizmům regulace genů. V rámci projektu byla implementována nová metoda pro predikci nukleozomů založená na rozšíření Skrytých Markovových modelů, kde jako trénovací a testovací sada posloužila publikována data z Brogaard et al. (Brogaard K, Wang J-P, Widom, J. Nature 486(7404), 496-501 (2012). doi:10.1038/nature11142). Správne predikováno bylo zhruba 50% nukleozomů, co je porovnatenlný výsledek s existujícimi metodami. Okrem toho byla provedena řada experimentů popisující vlastnosti sekvencí nukleozomů a ich organizace.

Deep neural networks have been a leading research topic within the machine learning field for the past few years. The introduction of graphical processing units (GPUs) and hardware advances made possible the training of deep neural networks. Previously the training procedure was impossible due to the huge amount of training samples required. The new trained introduced architectures have outperformed the classical methods in different classification and regression problems. With the introduction of 5G technology, related to low-latency and online applications, the research on decreasing the computational cost of deep learning architectures while maintaining state-of-art performance has gained huge interest. This thesis focuses on the use of Self Size-estimating Feedforward Network (SSFN), a feedforward multilayer network. SSFN presents low complexity on the training procedure due to a random matrix instance used in its weights. Its weight matrices are trained using a layer-wise convex optimization approach (a supervised training) combined with a random matrix instance (an unsupervised training). The use of deterministic transforms is explored to replace random matrix instances on the SSFN weight matrices. The use of deterministic transforms automatically reduces the computational complexity, as its structure allows to compute them by fast algorithms. Several deterministic transforms such as discrete cosine transform, Hadamard transform and wavelet transform, among others, are investigated. To this end, two methods based on features’ statistical parameters are developed. The proposed methods are implemented on each layer to decide the deterministic transform to use. The effectiveness of the proposed approach is illustrated by SSFN for object classification tasks using several benchmark datasets. The results show a proper performance, similar to the original SSFN, and also consistency across the different datasets. Therefore, the possibility of introducing deterministic transformations in machine learning research is demonstrated. / Under de senaste åren har djupa neurala nätverk varit det huvudsakliga forskningsområdet inom maskininlärning. Införandet av grafiska processorenheter (GPU:er) och hårdvaruutveckling möjliggjorde träning av djupa neurala nätverk. Tidigare var träningsförfarandet omöjligt på grund av den enorma mängd datapunkter som krävs. De nya tränade arkitekturerna har överträffat de klassiska metoderna i olika klassificerings- och regressionsproblem. Med introduktionen av 5G-teknik, som hör samman med låg fördröjning och onlineapplikationer, har forskning om att minska beräkningskostnaderna för djupinlärningsarkitekturer utan att tappa prestandan, fått ökat intresset. Denna avhandling fokuserar på användningen av Self Size Estimating Feedforward Network (SSFN), ett feedforward multilayer-nätverk. SSFN har låg komplexitet i träningsproceduren på grund av en slumpmässig matrisinstans som används i dess vikter. Dess viktmatriser tränas med hjälp av en lagervis konvex optimeringsstrategi (en övervakad träning) i kombination med en slumpmässig matrisinstans (en oövervakad träning). Användningen av deterministiska transformationer undersöks för att ersätta slumpmässiga matrisinstanser på SSFN-viktmatriserna. Användningen av deterministiska transformationer ger automatiskt en minskning av beräkningskomplexiteten, eftersom dess struktur gör det möjligt att beräkna dem med snabba algoritmer. Flera deterministiska transformationer som diskret cosinustransformation, Hadamardtransformation och wavelettransformation undersöks bland andra. För detta ändamål utvecklas två metoder som baseras på statistiska parametrar i indatans olika dimensioner. De föreslagna metoderna implementeras på varje lager för att bestämma den deterministiska transform som ska användas. Effektiviteten av det föreslagna tillvägagångssättet illustreras med SSFN för objektklassificering med hjälp av flera dataset. Resultatet visar ett korrekt beteende, likt den ursprungliga SSFN, och konsistenta resultat över de olika dataseten. Därmed demonstreras möjligheten att införa deterministiska transformationer i maskininlärningsforskning.