Thesis (Ph. D.)--University of Hawaii at Manoa, 1996. / Includes bibliographical references (leaves 81-86). / Microfiche. / xi, 86 leaves, bound ill. 29 cm

Gottingen, Univ., Diss., 2003. / Computerdatei im Fernzugriff.

Halle, Wittenberg, Universiẗat, Diss., 2005.

Halle, Wittenberg, Universiẗat, Diss., 2002.

Göttingen, Universiẗat, Diss., 2003.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:48:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4388_1.pdf: 626983 bytes, checksum: 03353f7f9f78525329c28639adb99489 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2002 / O gênero Bacillus é um dos mais utilizados no biocontrole de doenças de plantas. São microrganismos encontrados facilmente em solos e plantas, que formam esporos tolerantes ao calor e à dessecação, o que facilita sua comercialização e estoque. O principal mecanismo de ação desses organismos no controle de fitopatógenos é a produção de substâncias antimicrobianas, entre as quais os lipopeptídeos, que apresentam também atividade hemolítica. Dentre os fitopatógenos que sofrem inibição por Bacillus spp., está a bactéria Xanthomonas campestris pv. campestris, causadora da podridão negra das crucíferas, doença de abrangência mundial, responsável por grandes perdas nas plantações de couve, repolho, nabo, rabanete, entre outras. Pesquisas anteriores mostraram que Bacillus spp. epifíticos, isolados de rabanete e couve, apresentam alta eficiência no controle da podridão negra em couve e repolho no campo. O presente estudo teve como objetivos a investigação de mecanismo de antibiose de oito isolados de Bacillus: B. subtilis R14, B. megaterium pv. cerealis RAB7, B. megaterium pv. cerealis C211, B. megaterium C116, Bacillus sp. RAB9, B. cereus C240, Bacillus sp. C11 e B. cereus C210, contra nove linhagens de X. campestris pv. campestris e a participação de lipopeptídeos neste mecanismo. Além disso, para os Bacillus que apresentaram resultados positivos de antibiose, foram realizados estudos de fermentação para acompanhar o crescimento e a produção de substâncias bioativas e tensoativas. Para o estudo de antibiose, foram realizados testes de atividade dos oito isolados contra as linhagens fitopatógenas de X. campestris pv. campestris, pelo método de difusão em ágar. Para verificar a produção de lipopeptídeos pelos Bacillus, foram realizados testes de hemólise em meio ágar sangue a 30o C e a 37o C. As fermentações foram realizadas em frascos de Fernbach, contendo 500 mL de meio de cultura a base de glicose e (NH4)2SO4, em mesa agitadora, a 150 rpm e 30°C. Os testes de atividade antimicrobiana se apresentaram positivos para todas as linhagens de X. campestris pv. campestris frente a quatro dos isolados de Bacillus testados: B. subtilis R14, B. megaterium pv. cerealis RAB7, B. megaterium C116 e B. cereus C210, os quais foram também os que apresentaram halos de hemólise, principalmente a 37o C. Os isolados, B. subtilis R14 e B. megaterium pv. cerealis RAB7 se mostraram os mais eficientes no antagonismo contra as linhagens de X. campestris pv. campestris. A correlação observada entre a atividade antimicrobiana e a atividade hemolítica indica que lipopeptídeos estão envolvidos no mecanismo de antibiose dos isolados investigados. Nos estudos de fermentação, observou-se a produção de substâncias bioativas e surfactantes durante a fase de crescimento de B. subtilis R14, B. megaterium pv. cerealis RAB7 e B. megaterium C116. Assim como nos testes em meio sólido, maiores atividades antimicrobianas foram observadas nos cultivos de B. subtilis R14 e B. megaterium pv. cerealis RAB7

Orientador: Yoko Bomura Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-20T23:02:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Goncalves_EdmilsonRicardo_M.pdf: 5158224 bytes, checksum: 2cf44d2fe907ed007785df44b1d64ccf (MD5) Previous issue date: 1996 / Mestrado / Ciencias Biologicas / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Adilma Regina Pippa Scamparini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-22T02:20:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Baiocco_LucianaMaria_M.pdf: 7798200 bytes, checksum: 1c26356ffd5e16165e9de5aba9002f23 (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: Inóculos liofilizados de Xanthomonas campestris pv. manihotis linhagem nº 280 foram produzidos visando à preservação da viabilidade celular e à manutenção da capacidade de produção de goma xantana pelo microrganismo liofilizado. No estudo de culturas liofilizadas não é possível avaliar somente um parâmetro isoladamente, uma vez que o processo de obtenção dos inóculos liofilizados envolve inúmeras etapas, todas com considerável grau de letalidade. Desta maneira, foram determinados os efeitos das condições de crescimento, dos diferentes meios de suspensão e de reidratação das células na taxa de sobrevivência do inoculo após a liofilização. A utilização do meio YM padrão como meio de cultivo e de suspensão das células e o uso de solução de leite desnatado reconstituído 10% como fluido de reidratação do inoculo liofilizado resultou na mais alta taxa de viabilidade celular obtida neste estudo. Nestas condições, foi obtido 80% de sobrevivência celular após a liofilização. Com a inoculação da cultura liofilizada em meio de fermentação contendo 2,0 g/l de sacarose foram produzidos 12,89 g/l de goma xantana, representando um aumento significativo na produção deste exopolissacarídeo em relação à produção de goma xantana através de inóculos convencionais líquido e por alçada. A viabilidade das células liofilizadas foi melhor preservada quando os inóculos foram armazenados a -20°C. O armazenamento em dessecador à temperatura ambiente comprometeu a taxa de sobrevivência das culturas ocasionando uma baixa recuperação de células viáveis. Testes de viabilidade realizados após 12 meses de preservação mostraram que as culturas liofilizadas, mesmo as armazenadas em dessecador à temperatura ambiente não sofreram deterioração morfológica, permanecendo estáveis. Não foi detectado também o aparecimento de sublinhagens mutantes formadoras de colônias de menor diâmetro. / Abstract: Freeze-dried inocula were produced from Xanthomonas campesiris pv. manihotis 280 strain to have in view the preservation of cell viability and its capability to produce xanthan gum by freeze-dried microorganism. During production of freeze-dried cultures it was not possible evaluate only one parameter, because the process to obtain the freeze-dried inocula involved several steps which presented a moderated lethal rate. It was determinated the effects of growth conditions and different suspending and rehydration fluids on the inocula survival rate after lyophilization. When YM broth was used as growth and cell suspension media and skim milk 10% used as rehydration fluid the highest viability rate was found. From this cultural conditions it was found approximately 80.33% of survival rate. When this freeze-dried inocula was inoculated in fermentation media containing 2% sucrose it was produced 12,89 g of xanthan gum per liter of broth. This data indicates a significant increase in the exopolysaccharide production. The viability of freeze-dried cells showed good preservation when the inocula were stored at -20°C. The storage at room temperature (25°C) compromised the culture survival rate occasionating a lower recovery of viable cells. Viability tests carried out after 12 months of preservation demonstrated that the freeze-dried culture stored at -20°C and at room temperature did not presented any morphological modification. It was not found any mutant strain capable to form smaller colonies. / Mestrado / Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador : Yoko Bomura Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-17T07:16:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Destefano_SuzeteAparecidaLanza_M.pdf: 4200957 bytes, checksum: d8139299f2330031ae4745a3d7086b85 (MD5) Previous issue date: 1989 / Resumo: A bactéria xanthomonas campestris é uma bactéria fitopatogênica responsável pela podridão negra em crucíferas e produtora da goma xantana. Este trabalho foi realizado com o objetivo de se avaliar diversos mutantes quanto à auxotrofia, fitopatogenicidade e aumento de viscosidade após a introdução do transposon Tn5 em um mutante SmR de Xanthomonas campestris (NRLL B-1459). Os estudos revelaram que nenhum mutante auxotrófico foi detectado. Foram realizados testes de fitopatogenicidade ¿in vivo". Este método permitiu a seleção de mutantes não patogênicos num período de tempo bem menor que o teste ¿in vivo¿. Estes mutantes foram, posteriormente, testados "in vivo¿, para confirmação dos dados. De um total de 581 clones testados, foi detectada uma freqüência de aproximadamente 2% de mutantes não patogênicos. Para o teste de viscosidade, foram testados 90 recombinantes, selecionados apenas pela característica mucóide apresentada por suas colônias. Dentre estes, foram selecionados cinco recombinantes que apresentaram altos valores de viscosidade. Eles foram submetidos a testes de viscosidade. Eles foram submetidos a testes de viscosidade à várias rotações do viscosímetro, de temperatura e pH e comparados com a goma keltrol, utilizada comercialmente. Foi verificado que os recombinantes apresentaram comportamentos diferentes. No teste à várias rotações e em pH 6.5 os recombinantes 228, 526, 501 e o parental SmR não apresentaram diferenças em relação à goma padrão. Já os recombinantes 432 e 434 apresentaram diferenças significativas. No teste de temperatura todos os recombinantes e o parental SmR foram similares ao comportamento da goma Keltrol. No teste de viscosidade em pH 1.0 foi verificado que os valores de viscosidade da goma produzida pelos recombinantes pela SmR sofreram um decréscimo muito grande, em relação ao padrão. Em pH 11.0, os recombinantes 432, 526 e o parental SmR apresentaram comportamentos semelhantes ao padrão, sendo que o mesmo não foi verificado com os recombinantes 228, 434 e 501 / Abstract: Xanthomas campestris is phytopathogenic bacteria which causes the black rot in crucifers and produces the xanthan gum. The purpose of this study was obtain several different mutants in respect with three characteristics auxotrophy phytopathogenicity and viscosity after the introduction of transposon Tn5 in a mutant SmR OF Xanthomonas campestris (NRRL B-1459). No auxotrophic mutant could be detected. Phytopathogenicity tests performed ¿in vitro¿ enabled nonpathogenic mutants selection in a shorter period of time than the usual ¿in vivo¿ tests. These mutants were, then, tested "in vitro¿ to confirm the results obtained. Five hundred eighty-one (581) recombinants were tested and a frequency of 2% lost the phytopathogenicity characteristic was detected. Ninety (90) recombinants, selected by their mucoid characteristic, were tested for the viscosity broth culture. Among them, five recombinants showing the highest values of viscosity broth culture. Among them, five recombinants showing the highest values of viscosity were analysed in different rotation behaviour compared to the Keltrol gum, except for the strain 432 wich showed similarity in most characteristics / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Ciências Biológicas

O esgotamento das fontes de combustíveis fósseis e questões ambientais têm gerado grandes preocupações para a sociedade, e alternativas sustentáveis e eficientes para solucionar e trazer inovações na produção de biocombustíveis estão cada vez mais próximas. O uso de biomassa pode ser uma vantajosa opção, mas para isso, é necessária a degradação das moléculas constituintes de sua parede celular a açúcares fermentáveis. A biotecnologia tem melhorado e aumentado as opções para suprir fontes sustentáveis e preservação do meio ambiente. A transformação de biomassa na escala industrial para produção de bioetanol depende da capacidade de otimizar o processo de hidrólise enzimática da celulose utilizando enzimas de complexo celulolítico, principalmente de fontes bacterianas e fungos filamentosos. Dessa forma, estudamos a principal endoglucanase de Xanthomonas campestris pv. Campestris ATCC33913, que foi inicialmente identificada através de zimogramas e espectrometria de massas que mostrou boa cobertura de sequência e purificada utilizando passos de precipitação com sulfato de amônio seguida do uso de uma coluna de exclusão molecular. Esta enzima teve seus parâmetros cinéticos determinados, mostrando-se ativa para diversos substratos testados e também grande estabilidade para variações de pH e temperatura, com condições ótimas de pHótimo = 7.0 e Tótima = 45°C. Além da caracterização enzimática, a posição relativa entre o domínio catalítico e de ligação da celulose (CBM) da Endoglucanase por SAXS também foram determinadas, e ainda, para finalizar os estudos estruturais, a estrutura cristalográfica do domínio catalítico da enzima foi determinada com resolução de 2.8Å, contendo quatro moléculas por unidade assimétrica. / The exhaustion of fossil fuels and the environment issues related have been generated many concerns for the society and searching for sustainable and effective alternative are being done in order to solve and bring innovations for biofuel production. Biomass can be a good alternative, but, for the success, it will be necessary degrading the cellular wall molecules into fermentable sugar. Biotechnology has improved and increased options in order to supply sustainable sources and environment preservation. The biomass transformation for bioethanol production, at the industrial scale, depends on the capacity of optimize the enzymatic hydrolysis of cellulose using enzymes of the cellulolytic complex, mainly produced by bacteria and filamentous fungi. We have studied the main endoglucanase of Xanthomonas campestris pv. Campestris ATCC33913 which has been initially identified by zymograms and mass spectrometry with high coverage sequence, and purified using precipitation with ammonium sulfate followed by size exclusion column. This enzyme had its kinetic parameters determined showing activity for the substrates tested and also has showed stability for pH and temperature changes, with optimal conditions of pHopt = 7.0 and Topt = 45°C. Following this enzymatic characterization, the relative position of the catalytic domain and cellulose binding domain (CBM) was determined by SAXS. In order to complete the structural studies, the crystallographic structure of the catalytic domain has been determined with 2.8Å of resolution, showing four molecules by asymmetric unity.