Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2014-08-13T18:01:02Z : No. of bitstreams: 1 000748011_20150228.pdf: 573819 bytes, checksum: 3344da0365a81a0bf0b11e133955fde8 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-03T12:45:21Z: 000748011_20150228.pdf,Bitstream added on 2015-03-03T12:45:57Z : No. of bitstreams: 1 000748011.pdf: 3605502 bytes, checksum: f4aa4b916761c5c5f0617ddd061382d8 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente etiológico do cancro cítrico, uma doença severa que afeta plantas de citros em todo o mundo e para a qual não há uma forma eficaz de controle. A obtenção do genoma de Xac sem dúvida representou um marco nos estudos deste microrganismo, porém, muito pouco ainda se sabe sobre alguns de seus processos essenciais como replicação e segregação do material genético, septação, divisão e crescimento celular. A segregação cromossômica é um processo essencial em todas as células vivas. Esse processo envolve uma precisa replicação e particionamento do cromossomo para garantir uma fiel transmissão da informação genética para as células filhas. Esses mecanismos veem sendo extensivamente caracterizados em eucariotos, porém ainda não são muito bem compreendidos em procariotos. Contudo, relatos recentes mostraram que bactérias possuem um sistema tipo mitótico no qual a sequência parS é ligada a ParB e puxada por ParA durante a segregação cromossômica. Nesse trabalho foi identificado e caracterizado um ativo sistema tipo ParAB/parS no fitopatógeno Xac. Várias evidências moleculares e citológicas indicam que ParAB/parS está envolvido no particionamento cromossômico de Xac: i) ParB-GFP localiza-se em um único cluster nas bordas do nucleoide; ii) ParB pode interagir com sequências de ligação parS in vitro e in vivo e realizar spreading lateral, sugerindo a formação de um complexo centromérico ParB/parS; iii) a dinâmica de ParB/parS sugere um modelo assimétrico de segregação cromossômica em Xac; iv) enquanto a super expressão de ParA e ParB não alteram a morfologia celular, mutações em parB acarretam na filamentação celular, formação de células em cadeias e sem nucleoide, prejudicando a segregação cromossômica e/ou divisão celular; v) a localização subcelular de ParBGFP e ZapA-mCherry evidenciam o envolvimento entre segregação ... / The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a severe disease that affects citrus plants worldwide. An effective control for the citrus canker is not available yet, and the elimination of infected plants continues to be the recommended practice to control the disease. Although the genome sequence of Xac has been available for almost a decade, its biology is not well known and there is a lack in the literature of studies concerning chromosome segregation and cell division of this plant pathogen. Chromosome segregation is an essential process to all living cells. This process involves a precise replication and partitioning of the chromosome in order to obtain a faithful transmission of hereditary information to the daughter cells. These mechanisms have been extensively characterized in eukaryotes but are still not well understood in prokaryotes. However, recent reports have shown that bacteria have a mitotic-like system in which the parS sequence is bound by ParB and pulled by ParA during chromosome segregation. In this work it was identified and characterized an active ParAB/parS system in the Xac plant pathogen. Several molecular and cytological evidence indicate that ParAB/parS is involved in chromosome partitioning in Xac: i) ParB-GFP localizes into a single cluster at the edges of the nucleoid, as shown for other ParB-like factors; ii) ParB can interact with parS binding sites in vitro and in vivo through a nucleation mechanism followed by lateral spreading, suggesting the formation of a ParB/parS centromerelike complex; iii) ParB/parS dymanic suggests an asymmetric model of chromosome segregation; iv) whereas the overexpression of both ParA and ParB does not cause any cell morphology defect, a parB mutation renders cells filamentous and often anucleate, which suggests impaired chromosome segregation and/or cell division; v) ParB-GFP and ZapA-mCherry (marker for the Z-ring) localization ...

Orientador : Henrique Ferreira / Coorientador: Luis Vitor Silva do Sacramento / Banca: José Belasque Junior / Banca: Luis Octávio Regasini / Banca: Fernando Rogério Pavan / Banca: Franklin Behlau / Resumo: A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico asiático, uma severa doença que afeta todos os cultivares das principais áreas produtores ao redor do mundo. Até o momento não há nenhum tratamento capaz de combater o cancro cítrico. Dessa forma, a erradicação de plantas infectadas constitui a única medida de controle efetivo para evitar a disseminação da doença. Com o programa de erradicação sob ameaça e um claro risco de que Xac torne-se endêmica na principal área produtora de laranja no mundo, há uma necessidade urgente para o desenvolvimento de novas estratégias para o combate do cancro. Neste trabalho foi avaliada a atividade de galatos de alquila para a prevenção do crescimento de Xac. Estes ésteres desempenham um potencial de atividade anti-Xac similar ao da kanamicina (controle positivo), como observado pelo teste Resazurin Microtiter Assay (REMA). O tratamento de Xac com estas substâncias induziram alteração na morfologia celular, e a investigação de possíveis alvos intracelulares usando linhagens de Xac com o septo e centrômero marcados, apontaram para um alvo comum envolvido com a segregação cromossômica/divisão. Além disso, a inoculação artificial de citros com Xac pré-tratada com galatos de alquila demonstraram que a bactéria perde a habilidade de colonizar o hospedeiro, o que é uma evidência a favor do potencial destes ésteres em proteger plantas contra a infecção de Xac. No intuito de determinar o mecanismo de ação, alguns experimentos foram realizados em Bacillus subtillis. Os galatos de alquila também mostraram-se ativos contra B. subtillis. A localização de FtsZ foi rapidamente perturbada após o tratamento, o que sugere que as substâncias possam ter a maquinaria de divisão celular como alvo. Quando estudados in vitro, as substâncias afetaram FtsZ formando estruturas que podiam ser facilmente sedimentadas em alta velocidade, ... / Abstract: The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of asiatic citrus canker, a severe disease that affects all the cultivars of citrus in the main citrus producing areas worldwide. There is no curative treatment for citrus canker. Thus, the eradication of infected plants constitutes the only effective control for the spread of disease. Since the eradication program is under threat, and with a clear risk of Xac becoming endemic in the main orange producing area worldwide, there is an urgent need for the development of new strategies to fight citrus canker. In this work, were evaluated the potential use of alkyl galates to prevent Xac growth. These esters displayed a potent anti-Xac activity similar to kanamycin (positive control) as observed by the Resazurin Microtiter Assay (REMA). Treatment of Xac with these compounds induced altered cell morphology, and investigation of the possible intracellular targets using Xac strains labeled for septum and centromere pointed to a common target involved with chromosome segregation and cell division. Furthermore, artificial inoculation of citrus with Xac pre-treated with alkyl galates showed that the bacterium loses the ability to colonize its host, which argued in favor of the potential of these esters to protect citrus plants against Xac infection. In attempt to determine their mechanism of action some experiments were performed in Bacillus subtillis. Alkyl gallates were also active against B. subtilis and the FtsZ localization is rapidly perturbed after the treatment, which suggested that the compounds may target the cell division machinery. When studied in vitro, the alkyl gallates affected FtsZ by forming structures that could easily be spun down at high velocity, independent of the presence of nucleotide. These structures seem to be specific since the BSA (bovine serum albumin) protein did not sediment in the presence of the alkyl gallates. Also, GTP hydrolysis, an indicator ... / Doutor

Orientador : Henrique Ferreira / Banca: José Belasque Junior / Banca: Celson Eduardo Benedetti / Banca: Maria Célia Bertolini / Banca: Franklin Behlau / Resumo: A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente etiológico do cancro cítrico, uma doença severa que afeta plantas de citros em todo o mundo e para a qual não há uma forma eficaz de controle. A obtenção do genoma de Xac sem dúvida representou um marco nos estudos deste microrganismo, porém, muito pouco ainda se sabe sobre alguns de seus processos essenciais como replicação e segregação do material genético, septação, divisão e crescimento celular. A segregação cromossômica é um processo essencial em todas as células vivas. Esse processo envolve uma precisa replicação e particionamento do cromossomo para garantir uma fiel transmissão da informação genética para as células filhas. Esses mecanismos veem sendo extensivamente caracterizados em eucariotos, porém ainda não são muito bem compreendidos em procariotos. Contudo, relatos recentes mostraram que bactérias possuem um sistema tipo mitótico no qual a sequência parS é ligada a ParB e puxada por ParA durante a segregação cromossômica. Nesse trabalho foi identificado e caracterizado um ativo sistema tipo ParAB/parS no fitopatógeno Xac. Várias evidências moleculares e citológicas indicam que ParAB/parS está envolvido no particionamento cromossômico de Xac: i) ParB-GFP localiza-se em um único cluster nas bordas do nucleoide; ii) ParB pode interagir com sequências de ligação parS in vitro e in vivo e realizar spreading lateral, sugerindo a formação de um complexo centromérico ParB/parS; iii) a dinâmica de ParB/parS sugere um modelo assimétrico de segregação cromossômica em Xac; iv) enquanto a super expressão de ParA e ParB não alteram a morfologia celular, mutações em parB acarretam na filamentação celular, formação de células em cadeias e sem nucleoide, prejudicando a segregação cromossômica e/ou divisão celular; v) a localização subcelular de ParBGFP e ZapA-mCherry evidenciam o envolvimento entre segregação ... / Abstract: The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a severe disease that affects citrus plants worldwide. An effective control for the citrus canker is not available yet, and the elimination of infected plants continues to be the recommended practice to control the disease. Although the genome sequence of Xac has been available for almost a decade, its biology is not well known and there is a lack in the literature of studies concerning chromosome segregation and cell division of this plant pathogen. Chromosome segregation is an essential process to all living cells. This process involves a precise replication and partitioning of the chromosome in order to obtain a faithful transmission of hereditary information to the daughter cells. These mechanisms have been extensively characterized in eukaryotes but are still not well understood in prokaryotes. However, recent reports have shown that bacteria have a mitotic-like system in which the parS sequence is bound by ParB and pulled by ParA during chromosome segregation. In this work it was identified and characterized an active ParAB/parS system in the Xac plant pathogen. Several molecular and cytological evidence indicate that ParAB/parS is involved in chromosome partitioning in Xac: i) ParB-GFP localizes into a single cluster at the edges of the nucleoid, as shown for other ParB-like factors; ii) ParB can interact with parS binding sites in vitro and in vivo through a nucleation mechanism followed by lateral spreading, suggesting the formation of a ParB/parS centromerelike complex; iii) ParB/parS dymanic suggests an asymmetric model of chromosome segregation; iv) whereas the overexpression of both ParA and ParB does not cause any cell morphology defect, a parB mutation renders cells filamentous and often anucleate, which suggests impaired chromosome segregation and/or cell division; v) ParB-GFP and ZapA-mCherry (marker for the Z-ring) localization ... / Doutor

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5330.pdf: 10406044 bytes, checksum: 695afbbdb7dfb4b1b7234ade1618ebae (MD5) Previous issue date: 2013-07-25 / Universidade Federal de Sao Carlos / Xyloglucanases (Xghs) are important enzymes involved in xyloglucan modification and degradation. Xanthomonas campestris (Xcc) is a phytopathogenic bacterium which produces a large number of glycosyl hydrolases (GH), but has only one family 74 GH (Xcc-Xgh). A Xcc-Xgh xyloglucan-specific endo-β-1,4-glucanase from family GH74 has been cloned from the Xanthomonas campestris by expression cloning in E. coli. The recombinant enzyme was purified by resin another Ni-NTA column and gel permeation chromatography. The recombinant Xcc-Xgh is stable at pH of 5.3 and temperature below 40°C; the specific activity this enzyme were determined such as 9.31U/mg protein. This enzyme was purified and crystallized. Diffraction datasets were collected for native enzyme and its two complexs with glucose at maximum resolution of 2.0, 2.1 and 2.7 Å, respectively. Data were indexed in the hexagonal crystalline system with unit-cell parameters a=b=153.4 and c=84.9 Å. Data scaling indicated that crystals belong to either space group P61 or its enantiomorph P65. Translation search in molecular replacement calculations solved the space group ambiguity (P61) and the structure refinement is currently in progress. That elucidation of the three-dimensional structure by SAXS and Crystallography of this enzyme will increase our understanding of structure function relationships of the GH74 family members and might provide new structural insights about xyloglucanases mode of action on xyloglucan polysaccharides. / Xiloglucanases (Xghs) são enzimas envolvidas na degradação da parede celular vegetal pela modificação do polissacarídeo xiloglucano. Xanthomonas campestris (Xcc) é uma bactéria fitopatogênica que produz um grande número de hidrolases de glicosídeos (GH) e apenas uma GH da família 74. Uma xiloglucanase Xcc-Xgh da família GH 74 foi clonada e expressa de forma heteróloga em E. coli. A enzima recombinante foi purificada por cromatografia de afinidade Ni-NTA e separação por exclusão molecular. Essa enzima tem maior estabilidade funcional na temperatura 40 °C e pH 5,3; é específica para a hidrólise de xiloglucano e sua atividade específica determinada foi 9,31U/mg. Por meio de espalhamento de raios-X a baixo ângulo (SAXS) foi possível determinar para duas diferentes construções desta enzima, uma com mutação e outra sem mutação, as curvas de estabilidade térmica diferentes para cada uma delas; isso reforça a estreita relação entre estrutura e função da presente enzima. Após a cristalização, conjuntos de dados de difração foram coletados para a enzima na forma apo e dois complexos com glicose na resolução máxima de 2,0, 2,1 e 2,7 Å, respectivamente. Os dados foram indexados no sistema cristalino hexagonal, com os parâmetros de célula unitária a=b =153,4 Å e c=84,9 Å. Os resultados do escalonamento indicam que os cristais pertencem ao grupo espacial P61 ou o seu enantiômero P65. A determinação estrutural por substituição molecular deixou claro que o verdadeiro grupo espacial é P61. Os ligantes de glicose obtidos por soaking com glicose pura e produtos da hidrólise de xiloglucano podem estar correlacionados com a atividade catalítica desta enzima. A determinação da estrutura tridimensional, como também os resultados funcionais, contribuem para a compreensão da maquinaria molecular das enzimas membros da família GH 74 e lança novas perspectivas estruturais sobre o modo de ação das xiloglucanases em polissacarídeos de xiloglucano.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:07:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7918_1.pdf: 1662838 bytes, checksum: 846b1d7f9d693fe83fe523ac443a666f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A goma xantana é sem dúvida um dos mais importantes biopolímeros comerciais obtidos por fermentação através da bactéria Xanthomonas campestris pv. campestris. O seu êxito no mercado deve-se, sem dúvida, às suas características reológicas e de estabilidade, sendo empregada nas indústrias de alimentos, petrolífera e petroquímica, agroquímica e farmacêutica. As fontes de carbono preferenciais para a produção da xantana são a glicose, o amido e a sacarose. Entretanto, alguns trabalhos de pesquisa sugerem fontes alternativas para a produção da goma. O soro de leite, resultante da fabricação de queijos, vem sendo estudado para a produção da xantana. O emprego de resíduos industriais em bioprocessos permite a utilização de substratos de baixo custo, agregando valor comercial e minimizando os graves problemas de impacto ambiental. Neste trabalho, foram utilizadas sete linhagens da bactéria Xanthomonas campestris pv. campestris com o objetivo de avaliar a produção da goma xantana tendo como substrato o soro de leite suplementado com sais minerais. Para produção de goma foi selecionada a linhagem da bactéria Xanthomonas campestris pv. campestris LFR-4. Com a linhagem selecionada, foi avaliado os parâmetros capazes de influenciar o rendimento do processo e os nutrientes essenciais ao meio de soro de leite. Os experimentos foram conduzidos em fermentador BIOSTAT B (B. Braun Biotech Internacional) com 2 L de capacidade útil contendo 1500mL de meio de produção. O biorreator é do tipo tanque agitado, equipado com rotor de disco de seis pás, controles de aeração, temperatura, pH e antiespumante. Com relação ao estudo realizado para avaliar a potencialidade de produção de xantana, foram levados em consideração os parâmetros fator de conversão de substrato em produto Yp/s=0,62g/g μmax=0,030h, viscosidade final do mosto fermentado de 2.981,38 cP. A linhagem LFR-4 exibiu capacidade viscosificante de 214.8 cP/g.L-1. O mosto fermentado apresentou comportamento típico para fluido pseudoplastico. Os resultados obtidos sugerem que a linhagem selecionada apresenta potencial para produção de xantana tendo como substrato o soro de leite

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-11-03T16:17:32Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 584533 bytes, checksum: fd4ac14e1e677e1fdd9f3ee4f74281df (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-03T16:17:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 584533 bytes, checksum: fd4ac14e1e677e1fdd9f3ee4f74281df (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os vírus que infectam bactérias são denominados bacteriófagos, sendo também referidos como “fagos”. Os bacteriófagos que infectam bactérias fitopatogênicas, tem despertado crescente interesse devido ao seu potencial para o biocontrole. A bactéria Gram negativa Xanthomonas campestris pv. campestris, é o agente causal da podridão negra das brássicas (Brassicaceae), sendo responsável por perdas econômicas, resultantes do difícil controle. Assim, este trabalho teve como objetivo realizar o isolamento e a caracterização biológica e molecular de bacteriófagos infectando Xanthomonas campestris pv. campestris. Para isso, plantas da família Brassicaceae apresentando sintomas da podridão negra e solo rizosférico, foram coletados em campos de cultura em Coimbra-MG e triados para a presença de bacteriófagos adotando a técnica de formação de placas de lise por meio da sobrecamada de ágar. Das nove amostras analisadas, uma amostra apresentou placas de lise persistente nos quatro ciclos de propagação. O fago foi denominado Xacp1 e apresentou cabeça icosaédrica de aproximadamente 30 ± 5 nm de diâmetro e uma cauda curta com 6 ± 0,2 nm de comprimento e 7 ± 0,2 nm de diâmetro. O bacteriófago possui ácido nucleico composto por uma única molécula de DNA fita dupla (dsDNA) com tamanho estimado em 65 Kpb. De acordo com a morfologia e tipo de genoma, o bacteriófago Xacp1 foi classificado na família Podoviridae (Ordem Caudovirales). A sequencia do genoma completo do fago está sendo analisada e será utilizada para estudar o relacionamento filogenético com outros bacteriófagos que infectam Xanthomonas campestris. O bacteriófago mostrou capacidade em infectar apenas isolados de Xanthomonas vcampestris pv. campestris no teste de susceptibilidade, apresentando placas de lise com coloração, tamanho e formato padrão. Isolados bacterianos relacionados e não relacionados a Xanthomonas campestris pv. campestres não foram suscetíveis à infecção. Em conjunto esses resultados demostram que Xacp1 apresentou características ideais de especificidade e virulência que motivam futuros estudos para sua utilização como uma ferramenta biotecnológica para a utilização no biocontrole da podridão negra em brássicas. / Viruses that infect bacteria are termed bacteriophages, and also referred to as “phage”, or “bacteriovírus”. The bacteriophages that infect bactéria plant pathogens, has attracted increasing interest due to its potential for biocontrol. The gram-negative bacterium Xanthomonas campestris pv. campestris is causal agent of black rot of crucifers (Brassicaceae), accounting for economic losses resulting from difficult to control. This study had objective perform the isolation and molecular characterization of biological and bacteriophage infecting Xanthomonas campestris pv. campestris. For this, plants of the family Brassicaceae showing symptoms of black rot and rhizosphere soil were collected in crop fields in Coimbra-MG and screened for the presence bacteriophage adopting the technique of forming plaques by agar overlay. The analyzed nine samples, one sample showed signs of Persistent lysis in four cycles of the spread. The phage was named φXacp1 and icosahedral head showed approximately 30 ± 5 nm in diameter and a tail short-± 5 nm in length and 0.7 ± 0.3 4 nm diameter. The bacteriophage has nucleic acid consists of a single double stranded DNA molecule (dsDNA) with size estimated at 65 kbp. According to the morphology and type of genome, bacteriophage φXacp1 scored in Podoviridae family (Order Caudovirales). The sequence the complete genome of the phage is being analyzed and will be used to study the phylogenetic relationships with other bacteriophages that infect Xanthomonas campestris. The bacteriophage showed ability to infect only Xanthomonas campestris pv. campestris in susceptibility testing, presenting plaques staining, size and pattern shape. Isolated bacterial related and unrelated to Xanthomonas campestris. Country were not susceptible to infection. viiTogether these results demonstrate that φXacp1 presented ideal characteristics of specificity and virulence that motivate future studies for its use as a biotechnological tool for use in biocontrol of black rot in crucifers.

Orientador : Yoko Bomura Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-19T10:10:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AzevedoRamos_GeorgiadeBarrose_M.pdf: 3986274 bytes, checksum: c85d819b46e5da1cb8f47c2291a0834f (MD5) Previous issue date: 1994 / Mestrado / Genetica / Mestre em Ciências Biológicas

Made available in DSpace on 2017-07-10T17:37:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Meirieli_Nunes.pdf: 901193 bytes, checksum: d63c3c2da32297b8ebfb98726e565477 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The aim of this study was to evaluate the effects of the application of chemical and alternative products in the control of anthracnose and bacterial blight common and the agronomic characteristics of the bean. The experimental design was a randomized block design with eight treatments and four replications. The treatments were: control; Trichoderma asperellum; Copper hydroxide; Trifloxystrobin + Prothioconazole; Trifloxystrobin + tebuconazole; + Thiophanate methyl ester; Pyraclostrobin and Fentin Hydroxide, for both experiments (crop harvest of the waters and dry), all applied in V4 and R6 stage. The cultivar used was the IPR Tangara. Compared to control plants treated with copper hydroxide, the two growing seasons, in general, they had less severe in the pods, both anthracnose and for the common bacterial blight. Plants treated with T. asperellum, the two growing seasons, in general, showed the severity pods for both anthracnose and for the common bacterial blight similar plants that have been treated with Trifloxystrobin + Prothioconazole fungicides, Trifloxystrobin + Tebuconazole, thiophanate + Methyl, Fentin hydroxide and Pyraclostrobin. During the spring, plants treated with Trifloxystrobin + Prothioconazole showed higher grain yield, although not differ from other fungicides. During the spring, plants were treated with T. asperellum and plants that have been treated with fungicides, were statistically similar productivity except the plants treated with Trifloxystrobin + Prothioconazole. In the season of drought, plants treated with Trifloxystrobin + Tebuconazole, Thiophanate Methyl +, Pyraclostrobin Hydroxide and Fentin had higher grain yield, but did not differ from other chemical treatments and plants that have been treated with T. asperellum / O objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos da aplicação de produtos químicos e alternativo no controle da antracnose e crestamento bacteriano comum e nas características agronômicas do feijoeiro. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados, com oito tratamentos e quatro repetições. Os tratamentos utilizados foram: Testemunha; Trichoderma asperellum; Hidróxido de cobre; Trifloxistrobina + Protioconazol; Trifloxistrobina + tebuconazol; Tiofanato + Metílico; Piraclostrobina e Hidróxido de Fentina, para ambos os experimentos (safra das aguas e safra da seca), todos aplicados no estádio V4 e R6. A cultivar utilizada foi a IPR Tangara. Em relação a testemunha, plantas tratadas com Hidróxido de Cobre, nas duas épocas de cultivo, de maneira geral, apresentaram menor severidade nas vagens, tanto para a antracnose, como para o crestamento bacteriano comum. Plantas tratadas com T. asperellum, nas duas épocas de cultivo, de maneira geral, apresentaram severidade nas vagens, tanto para a antracnose, como para o crestamento bacteriano comum semelhante as plantas que foram tratadas com os fungicidas Trifloxistrobina + Protioconazol, Trifloxistrobina + Tebuconazol, Tiofanato + Metílico, Hidróxido de Fentina e Piraclostrobina. Na safra das águas, plantas tratadas com Trifloxistrobina + Protioconazol, apresentaram maior produtividade de grãos, apesar de não diferir dos demais fungicidas. Na safra das águas, plantas que foram tratadas com T. asperellum e plantas que foram tratadas com fungicidas, tiveram produtividade estatisticamente semelhante, exceto as plantas tratadas com Trifloxistrobina + Protioconazol. Na safra da seca, plantas tratadas com Trifloxistrobina + Tebuconazol, Tiofanato + Metílico, Piraclostrobina e Hidróxido de Fentina apresentaram maior produtividade de grãos, porém não diferiu dos demais tratamentos químicos e das plantas que foram tratadas com T. asperellum

Orientadores: Carlos Henrique Inácio Ramos, Celso Eduardo Benedetti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-20T16:30:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mendonca_YurideAbreu_D.pdf: 5998927 bytes, checksum: dad9a44995521aa0e68ad9507bd61765 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: As bactérias patogênicas gram-negativas desenvolveram estratégias sofisticadas para infectar seus hospedeiros, utilizando sistemas de secreção especializados para translocar proteínas de virulência através da membrana das células eucarióticas para o citoplasma. Para que este processo seja eficiente, estas proteínas de virulência devem estar parcialmente enoveladas ou mesmo desenoveladas para que possam ser transportadas para o interior das células hospedeiras através desses sistemas de secreção. Uma vez dentro das células alvo, as proteínas de virulência são encaminhadas ao seu estado nativo e ativadas pela própria maquinaria de enovelamento da célula hospedeira. As proteínas responsáveis em auxiliar o enovelamento protéico nas células são as chaperonas, denominadas classicamente de proteínas de choque térmico (Hsps). Plantas, por serem organismos sésseis, são muito mais vulneráveis a fatores de estresse biótico e abiótico, tornando o papel das Hsps ainda mais relevante para a homeostase protéica e viabilidade celular. O estudo das proteínas da família Hsp90 é muito difundido devido ao seu papel fundamental desempenhado nas situações de infecção e em diferentes tipos de estresse. Neste trabalho, a proteína recombinante Hsp90 de laranja doce (Citrus sinesis) foi clonada e purificada com o objetivo de estudar o mecanismo geral de infecção do fitopatógeno bacteriano de espécies de citros Xanthomonas citri (Xac). Investigou-se a interação, combinando técnicas de western blot e ensaios de pull-down, entre a Hsp90 e todas as quatro variantes da PthA, principal fator de virulência de Xac, e as co-chaperonas da Hsp90 de laranja ciclofilina (Cyp) e uma proteína tiorredoxina-"like? (TDX). Estas proteínas já foram descritas por se apresentarem reguladas positivamente na laranja doce durante a infecção com Xac, apontando para um possível papel da Hsp90 na formação de um complexo de enovelamento capaz de ativar as proteínas de virulência de Xac no interior das células infectadas. Além disso, investigamos a estrutura e função da Hsp90 de laranja doce que apresentou-se enovelada e solúvel, como medido por dicroísmo circular (CD), espectroscopia de fluorescência intrínseca e espalhamento de luz dinâmico (DLS). A Hsp90 se apresentou como um dímero em solução com um raio de Stokes de 62 Å, e altamente resistente á desnaturação por temperatura, como medido por CD. A proteína mostrou-se funcional, como medido pela sua capacidade de proteger a agregação da citrato sintase in vitro em um ensaio de espalhamento de luz. O estudo do efeito de nucleotídeos na conformação e função da Hsp90 através de CD, fluorescência intrínseca e de espalhamento de raios-X a baixos ângulos (SAXS) mostram alterações na conformação da proteína na presença destes ligantes / Abstract: Gram-negative bacterial pathogens, which have developed sophisticated strategies to infect hosts, use specialized secretion systems to secrete and translocate virulence proteins across the eukaryotic cell membrane into the cytoplasm. The translocation process depends on unfolded or partially folded virulence proteins to be transportated through the secretion system into the target inner cell where they are folded by the host chaperone machinery. Auxiliary proteins are responsible to help folding in cells and are known as molecular chaperones, or heat shock proteins (HSPs). Plants, being sessile organisms, are much more vulnerable to biotic and abiotic stress factors, making the role of HSPs even more important for protein homeostasis and cell viability. The study of the Hsp90 family is widespread due to the key role played in situations of infection and under various types of stress. In this work, an Hsp90 sweet orange (Citrus sinesis) was cloned and purified in order to study the general mechanism of infection of the bacterial pathogen of citrus species, Xanthomonas citri (Xac). First, we investigated the interaction, by combining immunostaining and pull-down assays, between Hsp90 and all four variants of PthA, the major virulence factor of Xac, and the orange Hsp90 cochaperonas cyclophilin (Cyp) and a thioredoxin-like protein (TDX). These proteins have been described to be upregulated in sweet orange during infection with Xac, pointing to a possible role of Hsp90 in the formation of a folding complex able to activate the virulence proteins of Xac inside the infected cells. Furthermore, we took to investigate the structure and function of the Hsp90 from sweet orange, which was folded and soluble as measured by circular dichroism (CD), intrinsic fluorescence spectroscopy and dynamic light scattering (DLS). Hsp90 was a dimer in solution with a Stokes radius of about 62 Å, tolerating up to 90 °C without denaturation, as measured by CD. The protein was functional, as measured by its ability to protect the aggregation of citrate synthase in an light scattering assay. The study of the effect of nucleotides on the conformation and function of Hsp90 by CD, intrinsic fluorescence and small-angle X-ray scattering (SAXS) show evidence of conformation modulation by ATP and ADP / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-12-20Bitstream added on 2014-06-13T19:03:06Z : No. of bitstreams: 1 seabrajunior_s_dr_botfca.pdf: 725253 bytes, checksum: 63ae443c8f6290ceb25a9148ff0290f4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O brócolis (Brassica oleracea var. italica) é uma espécie exigente em nutrientes, destacando-se os elementos nitrogênio e potássio, que são exigidos em maiores quantidades pelas plantas, podendo influenciar na produção, qualidade e também na severidade de diversas doenças. Com o objetivo de estudar os efeitos desses elementos na severidade da podridão negra, causado por Xanthomonas campestris pv. Campestri (Xcc) e a sua influência na produção de brócolis tipo inflorescência única, foi realizado o experimento no Departamento de Produção Vegetal/Horticultura da FCA/UNESP - Botucatu. O delineamento utilizado foi em parcela subdividida com fatorial na subparcela, em blocos casualisados com quatro repetições. Na parcela avaliou-se a influência da inoculação (plantas não inoculadas e inoculadas com Xcc) e na subparcela avaliou-se o fatorial 4 x 4, doses de potássio (0, 275, 550 e 825 kg ha-1) e nitrogênio (0, 150, 300 e 450 kg ha-1). O híbrido de brócolis utilizado foi o BRO68 (Rogers). A semeadura foi realizada em 18/02/2004 e as plântulas foram transplantadas aos 33 dias após semeadura (DAS) em vasos de dez litros, sob ambiente protegido. Realizou-se a inoculação pelo método de palito (64 DAS) e as colheitas foram realizadas de 28/05/2004 a 12/06/2004 (99 aos 114 DAS). As adubações foram realizadas no plantio, pela incorporação ao solo de 45% da dose de potássio e 10% da dose de nitrogênio de cada tratamento e em cobertura, aplicados via fertirrigação (55% do potássio e 90% do nitrogênio). Foram avaliadas a severidade da Xcc através do PANC (porcentagem da altura necrosada do caule) e porcentagem das folhas retidas nas plantas (FR), produção e diâmetro das cabeças, teores de macronutrientes, no momento da inoculação e na colheita... / Broccoli is one vegetable specie that demand fertilizers, mainly nitrogen and potassium are required in higher quantity, which can have influence in yields, quality and severity level of diseases. Evaluated the influence of nitrogen and potassium fertilizations in black rot (Xanthomonas campestris pv. campestris) severity and broccoli yields, in the Departamento de Produção Vegetal/Horticultura - FCA/UNESP - Botucatu country, São Paulo State, Brazil. The experimental design was split plot with factorial in plot, in randomized blocks with four replicants. In the plot was evaluated the influence of inoculation (plant no inoculated or inoculated with Xcc (Xanthomonas campestris v. campestris) with four replications, considering potassium rates (0, 275, 550 and 825 kg ha-1) and nitrogen rates (0, 150, 300 and 450 kg ha-1). Hybrid BRO 68 (Rogers) was seeded in 18/02/2004 and transplanted in 33 days after seeding (DAS) for pot with 10 liters of capacity in plastic house conditions. The Xcc inoculation was made using toothpick methods (64 DAS) and the harvesting occurs in 28/05/2004 to 12/06/2004 (99 to 114 DAS). Incorporated in soil before planting with 45% potassium rate and 10% nitrogen rate of each treatment, and after planting fertilization was in fertirrigation system (55% potassium and 90% nitrogen). The severity of Xcc was evaluated with a PANC (percentage of necrosed height of the stem) method and the percentage of leaf kept in plants, the broccoli yield and the diameter of head, macronutrients ratios, was assessment during inoculations and the harvesting. The results showed that interactions among of three factors did not have significance for neither characteristics, potassium x nitrogen fertilizers interactions was significance to yield, head diameter, and PANC and macronutrients ratios (N, P, K, Ca and Mg)...(Complete abstract click electronic access below)