Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-24T12:47:24Z No. of bitstreams: 1 Maria Zilderlania Alves.pdf: 802465 bytes, checksum: 50bccde0568d4d4f957001a618583593 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T12:47:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria Zilderlania Alves.pdf: 802465 bytes, checksum: 50bccde0568d4d4f957001a618583593 (MD5) Previous issue date: 2009-03-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The black rot of pineapple fruit (Chalara paradoxa), is considered the main postharvest disease in the world. In this work we analyzed the influence of the inoculation method (disc and suspension), temperature (10, 15, 20, 25, 30 and 35 ºC), period of exposure to humidity (0, 6, 12, 24, 36 hours), and of the inoculums concentration (10, 102, 103, 104, 105, 106 and 107 conidia/mL) of three isolates of C. paradoxa (CFM-1183, CFM-1188 and CFM-1029) on the severity of the disease. It was also evaluated the effect of plant extracts in terms of physical and chemical changes. Three treatments were applied (plant extracts, Ecolife® and a fungicide) in concentrations of 25% (D1), 50% (D2), 75% (D3) and 100% (D4) for the plant extracts and 50, 100, 150, 200, 300 μL.mL-1 for the Ecolife® (citric extract) and a fungicide. Healthy pineapples were disinfected and immersed in a solution of the different treatments for five minutes. After 24 hours, inoculation with wounding on pineapple fruit with suspension of C. paradoxa in the concentration of 106 conidia/mL. After inoculation, fruits were kept in a moist chamber for 24 h. The severity was evaluated 5 days after inoculation. The diameter of the lesion in two diametrically opposite directions was measured. For the physiochemical factors of the treated fruits, it was evaluated tenors of vitamin C (mg of ascorbic acid.100 mg-1), titratable acidity(ATT), total soluble sugars (SST) and pH. Before the results obtained all isolates were found to be pathogenic. No significant differences in the method of inoculation and area of inoculation of the pineapple (stalk and equatorial), inoculated with wounds were observed. There was a significant influence of the inoculums concentration of C. paradoxa in the severity of the disease, being larger in the concentrations 106 and 107 conidia /mL. The establishment of the disease, may occur under 25 °C and 24 h of humidity period. All tested extracts showed fungitoxic properties. The treatments caused no significant changes in levels of TSS and TTA. There was a significant reduction in levels of vitamin C and pH compared to the control but remained within an acceptable for commercialization. / A podridão negra do fruto do abacaxizeiro é considerada a principal doença pós-colheita do abacaxizeiro no mundo, respondendo por perdas elevadas em frutas destinadas ao consumo in natura e a industria. Neste trabalho foi analisada a influência do método de inoculação (disco de micélios e suspensão de conídios), da temperatura (10, 15, 20, 25, 30 e 35 o C), do período de molhamento (0, 6, 12, 24, 36 horas em câmara úmida) e da concentração de inóculo (10, 102, 103, 104, 105, 106 e 107 conídios/mL) de três isolados de C. paradoxa (CMM-1183, CMM-1188 e CMM-1029) sobre a severidade da doença, assim como ensaios para avaliar o efeito de extratos vegetais no controle da doença e as alterações físico-químicas das frutas. Os extratos de alho, cebola, melão-de-São-Caetano, alecrim, gengibre e da polpa e casca do abacaxi foram aplicados nas concentrações de 25%, 50%, 75%, e 100% para os extratos vegetais e 50; 100; 150; 200; 300 μL.mL-1 para o Ecolife® (extrato cítrico) e para o prochloraz. As frutas foram desinfestadas e submetidas à imersão em solução dos tratamentos por um período de cinco minutos. Após 24 horas foi realizada inoculação com ferimento sobre o abacaxi com suspensão de C. paradoxa na concentração de 106 conídios/mL. A testemunha constou de frutas imersas em água destilada. Após a inoculação, as frutas foram mantidas em câmara úmida por 24 h. A severidade foiavaliada cinco dias após a inoculação. O diâmetro da lesão foi medido em dois sentidos opostos. Para os fatores físico-químicos da fruta tratada foram avaliados teores de ácido ascórbico (vitamina C), acidez total titulável (ATT), sólidos solúveis totais (SST) e pH. Diante dos resultados obtidos verificou-se que todos os isolados de C. paradoxa testados mostraram-se patogênicos ao abacaxi cv. Perola. Os isolados de C. paradoxa não apresentaram diferença significativa quanto aos métodos de inoculações (disco e suspensão) e às regiões de inoculação no abacaxi (peduncular e equatorial). Houve uma influência significativa quanto à concentração do inóculo de C. paradoxa na severidade da doença, sendo maior nas concentrações 106 e 107 con./mL. Quanto às condições ótimas para o estabelecimento da doença, estas se situam em 25 °C e 24 h de período de molhamento. Todos os extratos testados demonstraram propriedades antifúngicas. Os tratamentos com extratos vegetais não causaram alteração nos teores de SST e ATT. Ocorreu uma redução significativa nos teores de vitamina C e pH quando comparados com as testemunhas, permanecendo, no entanto dentro da faixa aceitável para a comercialização.

Marcadores moleculares RAPDs, previamente localizados no mapa genético de Brassica oleracea, foram utilizados para localizar genes de resistência a Xanthomonas campestris pv. Campestres, agente causal da podridão negra das crucíferas, e raça 2 de Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans, agente causal da murcha de fusarium. Os marcadores utilizados para identificar genes de resistência a X. campestris pv. Campestres também foram utilizados para detectar regiões genômicas que controlam as características morfológicas cor de pétalas e tempo de florescimento. A ligação entre estas características e resistência também foi estudada. Para avaliação da resistência a X. campestris pv. Campestres e características morfológicas, foram utilizadas 500 plântulas F2 oriundas do cruzamento entre a linhagem resistente Badger Inbred-16 e a linhagem suscetível "fast cycling" LC201. Para avaliação da resistência a Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans raça 2, foram utilizadas progênies F3 derivadas do cruzamento entre a linhagem resistente OSU Cr-7 e LC201. A resistência a X. campestris pv. Campestres foi avaliada por inoculação de folhas quaternárias e avaliação da área foliar lesionada plotada em uma curva de distribuição. Foram selecionadas 56 plantas de cada extremo da curva de distribuição fenotípica, as quais foram avaliadas para as características morfológicas. Para avaliação da resistência a Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans, procedeu-se a inoculação de raízes de plântulas e classificação das mesmas quanto à resistência de acordo com a presença ou não de sintomas. As análises estatísticas empregadas para detectar associações entre as características avaliadas e genótipos nos locos marcadores foram feitas pelo teste U de Mann Whitney para X. campestris pv. Campestres e análises de variância para Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans. Nas análises para X. campestris pv. Campestres, foram encontradas associações entre seis locos marcadores e QRLs e entre dois marcadores e as características tempo de florescimento e cor de pétalas. Também foi detectada ligação entre a característica cor de pétalas e resistência. Um teste de correlação, utilizado para verificar a ligação detectando QRLs distintos. Não foi encontrada nenhuma associação entre genes de resistência à raça 2 de Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans e marcadores e o gene de resistência à raça 1 / RAPDs molecular markers previously located in the genetic map of Brassica oleracea were used to localize resistance genes to Xanthomonas campestris pv. campestris, causal agent of crucifer black rot, and to race 2 of Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans, agent of fusarium wilt. The markers used to identify resistance genes to X. campestris pv. campestris were also used to detect genomic regions that control the morphological traits petal color and flowering time. The Iinkage between these traits and resistance was also studied. For evaluation of resistance to X. campestris pv. campestris and morphological traits, 500 F2 seedlings originated from crosses between the resistante line Badger Inbred-16 and susceptible line fast cycling LC201 were used. For evaluation of resistance to race 2 of F. oxysporum f. sp. conglutinans, 3 progenies derived from a cross between the resistance line OSU Cr-7 and LC201 were used. Resistance to X. campestris pv. campestris was evaluated by inoculation of quaternary expanded leaves and assessment of lesion area plotted in a distribution curve. Then 56 plants were selected from each extreme of the phenotypic distribution curve, which were evaluated for morphological traits. For resistance evaluation to race 2 of F. oxysporum f. sp. conglutinans, seedling roots were inoculated and they were classified in resistante or susceptible by presence or absence of disease symptons, repectively. The statistical analyses used to detect association among traits and genotype in the locus marker were performed by the Mann Whitney U test for X. campestris pv. campestris and by analysis of variance to F. oxysporum f. sp. conglutinans. In the analyses for X. campestris pv. campestris, association were found among six locus markers and QRLs, and among two markers and the traits flowering time and petal color. It was also detected a linkage between the trait petal color and resistance. A correlation test used to verify the linkage among markers, detected two linked marker groups detecting different QRLs. Association were not found among resistance genes to race 2 of F. oxysporum f. sp. conglutinans and markers and resistance gene to race 1

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 704373 bytes, checksum: cce9ca57dac417c0fb3d6c8baa3a4af9 (MD5) Previous issue date: 2010-12-15 / An investigation was carried on observing the potential antagonism of 324 resident bacteria in the phylloplane of collards, grouped in: those producing fluorescent pigments; those forming endospores; and other antagonists. They were tested against alternaria leaf spot, caused by Alternaria brassicicola, and black rot, caused by Xanthomonas campestris pv. campestris. The selection was based on screening tests by means of in vitro and in vivo experiments in a greenhouse using mass selection and confirmation of the potential of biocontrol agents. Ten isolated one were selected for the control of each pathogen. In order to study the mechanism involved in biocontrol, 20 isolated ones were characterized using different mechanisms of antagonism to reduce black rot and alternaria leaf spot. The strain UFV-215 gave the control for Alternaria leaf spot and the isolate UFV-247 for black rot. Both strains were consistent in vitro tests and to reduce both diseases on cabbage. Both bacteria showed efficiency as biocontrol agents against the diseases in greenhouse experiments, showing great potential for utilization under field conditions. / Investigou-se o potencial antagônico de 324 bactérias residentes do filoplano da couve, agrupadas em produtoras de pigmentos fluorescentes, formadoras de endósporo e outras como antagonistas contra Alternaria brassicicola, agente causal da alternariose e Xanthomonas campestris pv. campestris, agente causal da podridão negra das brássicas. A seleção baseou-se em testes de seleção in vitro e experimentos in vivo em casa de vegetação, em duas etapas: seleção massal e confirmação da potencialidade dos agentes de biocontrole. Selecionaram-se dez isolados para o controle de cada patógeno. Para estudar o mecanismo envolvido no biocontrole, caracterizaram-se os 20 isolados em relação a diferentes mecanismos de antagonismo para controlar a alternariose e a podridão negra. Como mais promissores no experimento em casa de vegetação, destacaram-se o isolado UFV-215 para o controle da alternariose e o UFV-247 para o controle da podridão negra. Observou-se que os dois isolados foram compatíveis em testes in vitro e no controle das duas doenças em plantas de couve. Ambas as bactérias selecionadas apresentaram eficiência como agentes de biocontrole contra as doenças em estudo, em experimentos em casa de vegetação, demonstrando grande potencial para utilização no campo.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-28T12:12:51Z No. of bitstreams: 1 Edilaine Alves de Melo.pdf: 1863538 bytes, checksum: 476bedde1fcd3c589dccc20a040c7c20 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-28T12:12:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Edilaine Alves de Melo.pdf: 1863538 bytes, checksum: 476bedde1fcd3c589dccc20a040c7c20 (MD5) Previous issue date: 2016-07-27 / The black rot (Xanthomonas campestris pv. campestris) has caused great losses on brassica crops in the state of Pernambuco, Brazil. The knowledge of genetic diversity of this pathogen, population structure and pathogenic variability in the producing areas are very important because it will support disease control strategies, mainly the development and use of resistant cultivars. The objectives of the present study were: a) to analyze the genetic structure of populations of 159 isolates of Xanthomonas campestris pv. campestris from the state of Pernambuco, through genomic profiles of BOX-PCR; b) to infer phylogenetic relationship among these isolates and other X. campestris pathovars (aberrans, armoraciae, raphani, barbareae e incanae) using the MLSA technique with six housekeep genes (atpD, dnaK, gyrB, rpoD, tpiA e fyuA). The 159 isolates of brassica (broccoli, cabbage-leaf, cauliflower and cabbage) were obtained from the main producing cities of Pernambuco. Through the genotyping of BOX-PCR showed a high variability of X. campestris pv. campestris. Population analysis revealed a high richness of haplotypes and genetic diversity of this bacteria. It was possible to observe the migration of these haplotypes between cities. There were strong indications of random mating and therefore high recombinogenic capacity in this species. It was not observed the structure of populations related to cities or hosts. Also have not existed genetic differentiation among populations and the analysis of molecular variance (AMOVA) showed that most of the variation was within subpopulations. The MLSA analysis demonstrated a high diversity in X. campestris pv. campestris isolates revealing two groups in this patovar, its close relationship with patovar aberrans, and its distinction from pathovars raphani, barbareae and incanae. / A podridão negra, causada pela bactéria Xanthomonas campestris pv. campestris, tem causado grandes perdas aos cultivos de brássicas no estado de Pernambuco, Brasil. Portanto, é de extrema importância obter conhecimentos sobre a diversidade genética e estrutura de população do patógeno que forneçam dados relevantes para direcionar as estratégias de controle da podridão negra em brássicas, principalmente o desenvolvimento e uso de cultivares resistentes ao patógeno. O presente estudo teve como objetivos: a) analisar a estrutura genética de populações de 159 isolados de Xanthomonas campestris pv. campestris do estado de Pernambuco, utilizando perfis genômicos de BOX-PCR; b) inferir relações filogenéticas entre isolados de X. campestris pv. campestris do estado de Pernambuco e outros patovares da espécie (aberrans, armoraciae, raphani, barbareae e incanae) através de seis genes housekeeping (atpD, dnaK, gyrB, rpoD, tpiA e fyuA) utilizando a técnica MLSA. Os 159 isolados de brássicas (brócolis, couve-comum, couve-flor e repolho) foram obtidos dos principais municípios produtores no estado de Pernambuco. A genotipagem através de BOX-PCR revelou uma alta variabilidade de X. campestris pv. campestris. Análises de populações revelaram uma alta riqueza de haplótipos e diversidade genética dessa bactéria. Foi possível observar a migração desses haplótipos entre municípios. Houve forte indício de acasalamento aleatório e, consequentemente, alta capacidade recombinogênica dessa espécie. Não foi possível observar a estrutura das populações para municípios ou hospedeiros. Também não existiu diferenciação genética entre as populações e a análise de variância molecular (AMOVA) demonstrou que grande parte da variação ocorreu dentro das subpopulações. As análises MLSA demonstraram uma alta diversidade para os isolados de X. campestris pv. campestris revelando dois grupos desse patovar, o estreito relacionamento do mesmo com o patovar aberrans, e a distinção do patovar campestris dos patovares raphani, barbareae e incanae.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-12-20Bitstream added on 2014-06-13T19:03:06Z : No. of bitstreams: 1 seabrajunior_s_dr_botfca.pdf: 725253 bytes, checksum: 63ae443c8f6290ceb25a9148ff0290f4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O brócolis (Brassica oleracea var. italica) é uma espécie exigente em nutrientes, destacando-se os elementos nitrogênio e potássio, que são exigidos em maiores quantidades pelas plantas, podendo influenciar na produção, qualidade e também na severidade de diversas doenças. Com o objetivo de estudar os efeitos desses elementos na severidade da podridão negra, causado por Xanthomonas campestris pv. Campestri (Xcc) e a sua influência na produção de brócolis tipo inflorescência única, foi realizado o experimento no Departamento de Produção Vegetal/Horticultura da FCA/UNESP - Botucatu. O delineamento utilizado foi em parcela subdividida com fatorial na subparcela, em blocos casualisados com quatro repetições. Na parcela avaliou-se a influência da inoculação (plantas não inoculadas e inoculadas com Xcc) e na subparcela avaliou-se o fatorial 4 x 4, doses de potássio (0, 275, 550 e 825 kg ha-1) e nitrogênio (0, 150, 300 e 450 kg ha-1). O híbrido de brócolis utilizado foi o BRO68 (Rogers). A semeadura foi realizada em 18/02/2004 e as plântulas foram transplantadas aos 33 dias após semeadura (DAS) em vasos de dez litros, sob ambiente protegido. Realizou-se a inoculação pelo método de palito (64 DAS) e as colheitas foram realizadas de 28/05/2004 a 12/06/2004 (99 aos 114 DAS). As adubações foram realizadas no plantio, pela incorporação ao solo de 45% da dose de potássio e 10% da dose de nitrogênio de cada tratamento e em cobertura, aplicados via fertirrigação (55% do potássio e 90% do nitrogênio). Foram avaliadas a severidade da Xcc através do PANC (porcentagem da altura necrosada do caule) e porcentagem das folhas retidas nas plantas (FR), produção e diâmetro das cabeças, teores de macronutrientes, no momento da inoculação e na colheita... / Broccoli is one vegetable specie that demand fertilizers, mainly nitrogen and potassium are required in higher quantity, which can have influence in yields, quality and severity level of diseases. Evaluated the influence of nitrogen and potassium fertilizations in black rot (Xanthomonas campestris pv. campestris) severity and broccoli yields, in the Departamento de Produção Vegetal/Horticultura - FCA/UNESP - Botucatu country, São Paulo State, Brazil. The experimental design was split plot with factorial in plot, in randomized blocks with four replicants. In the plot was evaluated the influence of inoculation (plant no inoculated or inoculated with Xcc (Xanthomonas campestris v. campestris) with four replications, considering potassium rates (0, 275, 550 and 825 kg ha-1) and nitrogen rates (0, 150, 300 and 450 kg ha-1). Hybrid BRO 68 (Rogers) was seeded in 18/02/2004 and transplanted in 33 days after seeding (DAS) for pot with 10 liters of capacity in plastic house conditions. The Xcc inoculation was made using toothpick methods (64 DAS) and the harvesting occurs in 28/05/2004 to 12/06/2004 (99 to 114 DAS). Incorporated in soil before planting with 45% potassium rate and 10% nitrogen rate of each treatment, and after planting fertilization was in fertirrigation system (55% potassium and 90% nitrogen). The severity of Xcc was evaluated with a PANC (percentage of necrosed height of the stem) method and the percentage of leaf kept in plants, the broccoli yield and the diameter of head, macronutrients ratios, was assessment during inoculations and the harvesting. The results showed that interactions among of three factors did not have significance for neither characteristics, potassium x nitrogen fertilizers interactions was significance to yield, head diameter, and PANC and macronutrients ratios (N, P, K, Ca and Mg)...(Complete abstract click electronic access below)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Xanthomonas campestris pv. campestris is a phytopathogenic bacterium, the causative agent of black rot in crucifers. For the control of plant pathogens diseases, there is the use of bacteria with activity antagonistic to the pathogen. Recent studies show that Bacillus species have on X. campestris a strong biological control. One of the mechanisms of this control is the production of secondary metabolites by these species. The objective of this work was to select bacteria X. campestris and antagonists to evaluate the antimicrobial activity of extracellular filtered bacteria (FEB) antagonist activity. To this, 257 bacteria isolated from a suppressive soil. They were evaluated in vitro antagonist activity by the technique of double layer. Ninety-two isolates (44.6%) were able to inhibit growth of the target pathogen (X.campestris). Of the 92 isolates selected on double layer of the test, 51 (55.43%) showed inhibition of growth of X. campestris on the inhibition assays with FEB in liquid medium. Thirteen of 50% or more inhibited the growth of the target pathogen, and the FEB-8, FEB-31-FEB 68, FEB 74-FEB-87 and were able to inhibit 100% growth of X. campestris. The FEB isolated TC-DT08, belonging to the genus Paenibacillus, it was used for in vivo tests in plant farming kale. The artificial inoculation kale with X. campestris pretreated with FEB-08 showed that the bacterium loses the ability to colonize and cause the cabbage black rot, indicating the potential use of this isolate to protect kale butter infection by X. campestris. / Xanthomonas Campestris. pv campestris é uma bactéria fitopatogênica, agente causal da podridão negra em crucíferas. Dentre os mecanismos para o controle de doenças de fitopatógenos, destaca-se o uso de bactérias com atividade antagonista ao patógeno. Estudos recentes mostram que espécies de Bacillus exercem sobre X. Campestris um forte controle biológico. Um dos mecanismos deste controle é a produção de metabólitos secundários por essas espécies. O objetivo deste trabalho foi selecionar bactérias antagonistas a X. campestris e avaliar a atividade antimicrobiana dos filtrados extracelulares das bactérias (FEB) com atividade antagonista. Para isso, 257 bactérias isoladas de solos supressivos foram avaliadas quanto a atividade antagonista in vitro pela técnica da dupla camada. Noventa e dois isolados (44,6%) foram capazes de inibir o crescimento do fitopatógeno alvo (X.campestris). Dentre os 92 isolados selecionados no teste da dupla-camada, 51 (55,43%) apresentaram inibição do crescimento da X. campestris nos ensaios de inibição com os FEB em meio líquido. Treze destes inibiram 50% ou mais do crescimento do fitopatógeno-alvo, sendo que os FEB-08, FEB-31, FEB-68, FEB-74 e FEB-87 foram capazes de inibir 100% do crescimento de Xanthomonas campestris. O FEB do isolado TC-DT08, pertencente ao gênero Paenibacillus, foi utilizado para testes in vivo em plantas de couve-manteiga, em condições de casa de vegetação. A inoculação artificial de couve-manteiga com X. campestris pré-tratada com o FEB-8 demonstrou que a bactéria perde a habilidade de colonizar a couve e causar a podridão negra, o que indica o potencial do uso deste isolado para proteger a couve-manteiga da infecção por X. campestris.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-04-10T13:40:20Z No. of bitstreams: 1 fabianotouzdjianpinheirotavora.pdf: 2717332 bytes, checksum: ef7258702d1bc7c43c78dae666bfb284 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-04-11T11:35:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 fabianotouzdjianpinheirotavora.pdf: 2717332 bytes, checksum: ef7258702d1bc7c43c78dae666bfb284 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-11T11:35:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fabianotouzdjianpinheirotavora.pdf: 2717332 bytes, checksum: ef7258702d1bc7c43c78dae666bfb284 (MD5) Previous issue date: 2017-03-03 / A bactéria fitopatogênica Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) consiste no agente causal da podridão negra que acomete todas as variedades comerciais do gênero Brassica, sendo responsável por perdas significativas na brassicultura nacional e mundial. O objetivo deste trabalho consistiu em traçar o perfil proteômico de dois isolados de Xcc, distintos quanto à virulência, utilizando um sistema in vitro para a identificação de proteínas diferencialmente abundantes relacionadas aos mecanismos de virulência. Inicialmente, curvas de crescimento bacteriano foram desenvolvidas afim de se determinar o momento apropriado para a coleta e extração de proteínas. Os isolados Xcc51 e XccY21 foram cultivados em dois meios de cultura distintos, sendo um nutricionalmente rico (NYG) e outro capaz de induzir a transcrição de genes relacionados à virulência (meio mínimo – XVM1), até atingirem a fase exponencial máxima de crescimento bacteriano (OD600nm = 0,8 em meio NYG e OD600nm = 0,58 em meio XVM1). As proteínas totais dos isolados foram extraídas usando fenol, precipitadas com acetato de amônio em metanol, digeridas com tripsina e analisadas pela técnica 2DnanoUPLC/MSE, utilizando a plataforma de identificação e quantificação de proteínas Protein Lynx Global Server (PLGS). Os dados obtidos foram comparados com sequências depositadas no banco de dados XGB (The Xanthomonas Genome Browser). Foram identificadas mais de 600 proteínas no proteoma total de ambos os isolados de Xcc, revelando a expressão de proteínas exclusivas, bem como um perfil diverso de proteínas aumentadas e diminuídas entre os isolados durante o cultivo nos dois meios. Com o auxílio do software BLAST2GO, foi realizada uma análise baseada na ontologia dos produtos gênicos. Os resultados obtidos evidenciam que durante a condição de indução de genes de patogenicidade, o isolado mais virulento Xcc51 se destacou pela abundância de importantes proteínas relacionadas à infecção bacteriana, como bfeA, TonB, ompP6, clpB, tig, acvB, quando comparado à quantidade exibida no isolado XccY21. Os dados proteômicos gerados pelo presente estudo apresentaram um interessante rol de proteínas diferencialmente aumentadas e supostamente relacionadas à patogenicidade e virulência de Xcc, o qual poderá nortear futuras investigações quanto aos mecanismos moleculares envolvidos na patogênese dessa fitobactéria. / The phytopathogenic bacterium Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) consist in the black rot disease causal agent, which affects all Brassica genus commercial varieties. This disease results in significant losses for brassicultures worldwide. The present study aimed to analyze the proteomic profile of two distinct Xcc isolates, employing an in vitro system for the identification of differentially abundant proteins, related to pathogenicity and virulence mechanisms. Initially, bacterial growth curves were assessed to determine the appropriate stage for protein extraction. Xanthomonas isolates Xcc51 and XccY21 were cultured in two distinct mediums, a nutritionally rich medium (NYG) and a minimal medium - XVM1, capable of inducing the transcription of pathogenicity genes, until they reached maximum exponential growth phase (OD600nm = 0.8 A. and OD600nm = 0.52 A., respectively). Total proteins were extracted using phenol/ammonium acetate, trypsin digested and analyzed by 2DnanoUPLC/MSE, coupled with Protein Lynx Global Server (PLGS). Xanthomonas Genome Browser database was used, leading to the identification of more than 600 proteins and revealing the expression of unique proteins as well as diverse profiles of increased and decreased proteins. Blast2GO software was applied to analyze gene ontology. Results suggest that during pathogenicity inducing condition, the isolate Xcc51 increases the abundance of crucial infection-related proteins such as bfeA, TonB, ompP6, clpB, acvB, when compared to XccY21 which could explain its higher virulence. The proteomic data showed by the present study delivered a list of interesting proteins presumably related with pathogenicity and virulence of Xcc, which could guide future investigations on molecular mechanisms involved in this phytobacterium pathogenesis.

Vinte e um isolados de Xanthomonas campestris pv. citri (Xcc), provenientes de cinco municípios do RS, foram cultivados em meio de cultura CYE (casitone, 1; extrato de levedura, 0,35; glicerol, 2; ágar, 15 g/1), com zero, 16, 32, 40, 48 , 64 , 80 , 96 , 112 e 128x10-2 nM de CuS04. A concentração mínima inibitória (CMI) de CuS04 foi de 40x10-2 nM para todos os isolados. O clone pCuR2.A de X. campestris pv. vesicatoria, associado com resistência ao cobre, foi utilizado como sonda para detecção de homologia com o ADN total de Xcc. Não houve hibridização com o ADN total de nenhum dos 21 isolados. Quando o ADN plasmidial de 16 isolados foi digerido com as enzimas de restrição HindIII e BamHI, fragmentos, variando de 9 a 10 kb e 4 a 5 kb, respectivamente, foram detectados com maior frequência. Os plasmídeos apresentaram grande polimorfismo, porém a análise de grupos hierárquicos indicou a formação de pelo menos três grupos distintos. O uso de perfis de restrição para identificação de Xcc dependerá da escolha de perfis realmente representativos de cada grupo para viabilizar comparações. A relação entre a virulência de Xcc com o perfil de restrição plasmidial não foi confirmada. / Twenty one isolates of Xanthomonas campestris pv. citri (Xcc ), from five counties of RS, were grown on CYE (casitone, 1; yeast extract, 0. 35; glycerol, 2; agar 15 g per liter ) culture amended with zero, 16, 32, 40, 48, 64, 80, 96, 112 and 128x10-2 mM CuS04. The CuS04 minimum inhibitory concentration (CMI) was 40x10-2 mM to all isolates . The pCuR2.A clone of X. campestris pv. vesicatoria, associated with copper resistance, was used as a probe to detect homology with total DNA of Xcc. No hibridization with DNA of the 21 isolates was found. When hybridization with total DNA of 16 isolates was digested with Hind III and Bam HI restriction enzymes, fragments, ranging from 9 to 10 kb and 4 to 5 kb, respectively, were detected more frequently. There was great polymorphism among plasmids, and the a nalysis of hierarquical groups showed at least three distinct groups. The use of DNA restriction profile to ide ntify Xcc depends on a representative profile of each group to allow comparinsons. The relationship betweem virulence of Xcc and the plasmid DNA restriction profile was not confirmed.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1101546 bytes, checksum: 470ffe81811565bb509698fba48cfb51 (MD5) Previous issue date: 2012-02-13 / It was aimed to evaluate the efficiency of semi-selective media, for pathogenicity tests and primers specificity for detection of Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc). For execution of experiments, we used 29 strains received from different regions in Brazil. For confirmation of the identity of the strains we carried out xanthomonadins production test, asparagine utilization, analysis of the 16S rDNA genes region of bacterial genome and pathogenicity tests. Of the 29 strains, 24 were identified as belonging to Xanthomonas genus. None of the strains induced hypersensitivity reaction (HR) in inoculated plants and only 14 strains induced typical symptoms of black rot in collard. The NSCAA medium was the uniquely to support the growth of all strains, whereas mCS20ABN, YTSA-CC and Xan-D media allowed the growth of most of strains. Except of X03 strain, the XCR/XCF and HrcCR2/HrcCF2 primers allowed the amplification and visualization of bands of expected size to Xcc. / Avaliou-se a eficiência de meios de cultura semi-seletivos, de testes de patogenicidade e a especificidade de primers para a detecção de Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc). Para a execução dos experimentos, foram utilizados 29 isolados recebidos de diferentes regiões do Brasil. Para a confirmação da identidade dos isolados foram realizados os testes de produção de xantomonadinas e de utilização de asparagina, análise da região 16s do genoma bacteriano e testes de patogenicidade. Dos 29 isolados, 24 foram identificados como pertencentes ao gênero Xanthomonas. Nenhum dos isolados induziu HR nas plantas inoculadas e apenas 14 isolados induziram sintomas típicos da podridão negra em couve. O meio NSCAA foi o único capaz de suportar o crescimento de todos os isolados, enquanto os meios mCS20ABN, YTSA-CC e Xan-D permitiram o crescimento da maioria dos isolados. À exceção do isolado X03, os primers XCR/XCF e HrcCR2/HrcCF2 permitiram a amplificação e visualização das bandas de tamanhos esperados para Xcc.

Vinte e um isolados de Xanthomonas campestris pv. citri (Xcc), provenientes de cinco municípios do RS, foram cultivados em meio de cultura CYE (casitone, 1; extrato de levedura, 0,35; glicerol, 2; ágar, 15 g/1), com zero, 16, 32, 40, 48 , 64 , 80 , 96 , 112 e 128x10-2 nM de CuS04. A concentração mínima inibitória (CMI) de CuS04 foi de 40x10-2 nM para todos os isolados. O clone pCuR2.A de X. campestris pv. vesicatoria, associado com resistência ao cobre, foi utilizado como sonda para detecção de homologia com o ADN total de Xcc. Não houve hibridização com o ADN total de nenhum dos 21 isolados. Quando o ADN plasmidial de 16 isolados foi digerido com as enzimas de restrição HindIII e BamHI, fragmentos, variando de 9 a 10 kb e 4 a 5 kb, respectivamente, foram detectados com maior frequência. Os plasmídeos apresentaram grande polimorfismo, porém a análise de grupos hierárquicos indicou a formação de pelo menos três grupos distintos. O uso de perfis de restrição para identificação de Xcc dependerá da escolha de perfis realmente representativos de cada grupo para viabilizar comparações. A relação entre a virulência de Xcc com o perfil de restrição plasmidial não foi confirmada. / Twenty one isolates of Xanthomonas campestris pv. citri (Xcc ), from five counties of RS, were grown on CYE (casitone, 1; yeast extract, 0. 35; glycerol, 2; agar 15 g per liter ) culture amended with zero, 16, 32, 40, 48, 64, 80, 96, 112 and 128x10-2 mM CuS04. The CuS04 minimum inhibitory concentration (CMI) was 40x10-2 mM to all isolates . The pCuR2.A clone of X. campestris pv. vesicatoria, associated with copper resistance, was used as a probe to detect homology with total DNA of Xcc. No hibridization with DNA of the 21 isolates was found. When hybridization with total DNA of 16 isolates was digested with Hind III and Bam HI restriction enzymes, fragments, ranging from 9 to 10 kb and 4 to 5 kb, respectively, were detected more frequently. There was great polymorphism among plasmids, and the a nalysis of hierarquical groups showed at least three distinct groups. The use of DNA restriction profile to ide ntify Xcc depends on a representative profile of each group to allow comparinsons. The relationship betweem virulence of Xcc and the plasmid DNA restriction profile was not confirmed.