Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-17T12:13:12Z No. of bitstreams: 1 Ana Paula Oliveira de Barros.pdf: 367370 bytes, checksum: b57c5dcbaa7059bc683b5b39d8f987f0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-17T12:13:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ana Paula Oliveira de Barros.pdf: 367370 bytes, checksum: b57c5dcbaa7059bc683b5b39d8f987f0 (MD5) Previous issue date: 2012-07-20 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The Agreste Meridional region of the State of Pernambuco is an important producer of cowpea and common bean in Brazil. In recent years has been recorded a substantial increase in the use of herbicides and incidence of Rhizoctonia canker in these crops. The objectives of this study were to evaluate the influence of herbicides use on saprophytic and pathogenic activities of Rhizoctonia spp. in soils of Agreste Meridional region, and determine the impact of herbicides use on populations and microbial activity in soils. Soil samples were collected in areas destined to the cultivation of these legumes, 15 areas with and 15 areas without history of herbicides use. In the samples were estimated saprophytic and pathogenic activity of Rhizoctonia, population densities of microorganisms and microbial community respiration. The areas subjected to herbicide application presented levels of the activity saprophytic and pathogenic activities significantly (P≤0.05) higher than areas without herbicides. Only 26.7% of the area without herbicide application presented saprophytic activity greater than 80%, while in the areas with herbicides the saprophytic activity ranged from 96.9% to 100%. In most (66.7%) areas without herbicides the pathogenic activity was ≤10%, while in most areas with herbicides (53.5%) showed pathogenic activity exceeding 30%. Trichoderma populations were not detected in the areas with herbicides, while in areas without herbicide reached the mean density of 1.4 x104 CFU g-1 soil. The densities of total culturable fungi and actinomycetes were also lower in soils treated with herbicides, while the populations of total culturable bacteria, fluorescent Pseudomonas, endospore-forming bacteria, oligotrophic bacteria and copiotrophic bacteria were not adversely affected by the use of herbicides. There was no significant difference (P>0.05) between areas with and without the application of herbicides on the respiration of the microbial community. / A mesorregião do Agreste Meridional do estado de Pernambuco é uma importante produtora de feijão-caupi e feijão-comum no Brasil. Nos últimos anos tem sido registrado um aumento substancial na utilização de herbicidas e na incidência da rizoctoniose nessas culturas. Os objetivos desse estudo foram avaliar a influência da utilização de herbicidas nas atividades saprofítica e patogênica de Rhizoctonia spp. em solos do Agreste Meridional, e determinar o impacto da utilização de herbicidas nas populações e na atividade microbiana nos solos. Foram efetuadas coletas de amostras de solo em áreas destinadas ao cultivo das leguminosas, sendo 15 áreas sem e 15 áreas com histórico de utilização de herbicidas. Nas amostras foram estimadas as atividades saprofítica e a patogênica de Rhizoctonia, as densidades populacionais de microrganismos e a respiração basal da comunidade microbiana. As áreas submetidas à utilização de herbicidas apresentaram níveis de atividade saprofítica e atividade patogênica significativamente (P≤0,05) superiores aos das áreas sem a aplicação de herbicidas. Apenas 26,7% das áreas sem aplicação de herbicidas apresentaram atividade saprofítica superior a 80%, enquanto nas áreas com aplicação de herbicidas a atividade saprofítica variou de 96,9% a 100%. Na maioria (66,7%) das áreas sem herbicidas a atividade patogênica foi ≤10%, enquanto nas áreas com herbicidas a maioria (53,5%) apresentou atividade patogênica superior a 30%. Não foram detectadas populações de Trichoderma nas áreas com herbicidas, enquanto nas sem herbicidas atingiu a densidade média de 1,4x104 UFC g-1 solo. As densidades populacionais de fungos cultiváveis totais e actinomicetos também foram inferiores em solos com herbicidas, enquanto as populações de bactérias cultiváveis totais, Pseudomonas do grupo fluorescente, bactérias formadoras de endósporo, bactérias oligotróficas e bactérias copiotróficas não foram afetadas negativamente pela utilização de herbicidas. Não houve diferença significativa (P>0,05) entre as áreas sem e com a aplicação de herbicidas quanto à respiração basal da comunidade microbiana.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-21T13:02:56Z No. of bitstreams: 1 Beatriz Meireles Barguil.pdf: 866270 bytes, checksum: c8c6c11db8a2c4bc261affc072520e23 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T13:02:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Beatriz Meireles Barguil.pdf: 866270 bytes, checksum: c8c6c11db8a2c4bc261affc072520e23 (MD5) Previous issue date: 2006-11-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The tropical flower crop has increased in several states of the Northeast region of Brazil based on the high acceptance of the product and it potencial as a profitable activity. The anthracnose caused by Colletotrichum spp. can affects many of these species influencing negatively the quantity and quality of the final product. The present work aimed: a) to characterize Colletotrichum isolates from tropical flowers by morphological, exoenzimes production, pathogenicity and molecular methods; b) to develop a diagrammatic key for anthracnose on torch ginger; c) to evaluate the response of anthurium cultivars, the effect of inoculation point quantity, and the different development stages on anthracnose development. All isolates presented Colletotrichum gloeosporioides characteristics, by morphological and molecular methods, excepted the DNA from C 23 and C 35 isolates that weren`t amplified with the specific primer. The conidia from the different isolates were hyaline, unicellular and cilindrical, and apressoria varied in shape and size, with dark brown color. The colony color varied from white to dark gray. All isolates showed enzymes activity on specific mediums. Thepathogenicity was variably between isolates. Six anthurium`s isolates and four heliconia`s isolates weren`t pathogenic when inoculated on their hosts. All isolates from torch ginger were pathogenic. Some of them showed cross-infection capacity. Genetic variability was verified by ap-PCR with three different primers. The diagrammatic key elaborated to evaluate anthracnose on torch ginger includ the levels 1, 2, 4, 8, 16, 32, 64, 82 and 92% of diseased bracts area. On the first evaluation without the key raters overestimated and underestimate the disease severity. With the diagrammatic key raters obtained better levels of accuracy and precision, with absolute errors concentrated around 10%. Raters showed good repeatability and high reproducibility of estimative by using the key compared to the no use of it. The lesion size development was influenced by espathe age on anthurium. On espathes on stage 1, where the esphathes still closed, the lesions were significantly bigger them espathes on 4 and 5 stages. Bigger lesions were observed with five points per wound on the two cultivars (cvs. Tropical and Cananéia) and isolates tested. Inoculation time not influenced the lesion size oncultivars tested. The incubation period (IP) was variable with cultivars and isolate. The smaller IP for Cg 1 were observed on Astral, Tropical, Netuno and Farao. On Sonate,for Cg 1 and on Farao and Midori for Cg . / O cultivo de flores tropicais tem-se expandido em vários estados do Nordeste do Brasil pela grande aceitação desses produtos pelo mercado consumidor e a perspectiva de um agronegócio de elevado retorno econômico. A antracnose causada por Colletotrichum spp. pode afetar várias espécies tropicais, comprometendo a quantidade e qualidade do produto final. Devido à carência de informações nesses patossistemas, o presente trabalho objetivou: a) Caracterizar através de morfologia, produção de exoenzimas, patogenicidade e análise molecular de isolados de Colletotrichum de flores tropicais; b) Elaborar uma escala diagramática para avaliação da severidade da antracnose em bastão do imperador; e c) Avaliar o comportamento de cultivares de antúrio, em diferentes fases de desenvolvimento e o efeito da quantidade de pontos de inoculação na severidade da antracnose quando infectadas com C. gloeosporioides. Todos os 37 isolados testados produziram conídios hialinos, unicelulares, retos e cilíndricos e apressórios de coloração marrom escuro e formato variável. A coloração das colônias variou de branco a cinza escuro. O DNA da maioria dos isolados foi amplificado com o oligonucleotídeo específico para a espécie C. gloeosporioides, confirmando os dados obtidos através das características morfológicas. O DNA dos isolados C 23 e C 35foi amplificado com os primers espécie-específicos para a confirmação da espécie. Todos os isolados produziram enzimas amilolíticas, lipolíticas e proteolíticas em meios de cultura específicos. A patogenicidade dos isolados foi variável. Seis isolados obtidos de antúrio e quatro isolados de helicônia não foram patogênicos quando inoculados nos respectivos hospedeiros, sendo que todos os isolados provenientes de bastão do imperador foram patogênicos. Alguns isolados de antúrio, bastão do imperador, helicônia e musa foram patogênicos quando em inoculações cruzadas. A variabilidade genética dos 37 isolados de Colletotrichum foi determinada com três oligonucleotídeos arbitrários. A escala diagramática elaborada para a antracnose em bastão do imperador apresenta níveis de 1, 2, 4, 8, 16, 32, 64, 82 e 92% de área lesionada da bráctea. A avaliação da severidade da antracnose em bastão do imperador sem a utilização dessa escala gerou resultados contraditórios onde os avaliadores tanto superestimaram como subestimaram a intensidade da doença. Com o emprego da escala, os avaliadores obtiveram melhores níveis de acurácia e precisão, com os erros absolutos concentrandose na faixa de 10%. Os avaliadores apresentaram boa repetibilidade e elevada reprodutibilidade das estimativas com a utilização da escala, o mesmo não sendo verificado sem a utilização dessa. Em antúrios, a idade da espata influenciou o desenvolvimento da lesão para os dois isolados avaliados. Em espatas no estádio 1, sem a completa abertura, as lesões formadas foram significativamente maiores do que aquelas formadas em espatas nos estádios 4 e 5. As maiores lesões causadas pelos isolados do patógeno foram formadas com cinco pontos de ferimento nas duas cultivares de antúrio (cvs. Tropical e Cananéia). A época de inoculação não influenciou no tamanho da lesão, nas duas cultivares avaliadas. Os menores períodos de incubação (PI) para o isolado Cg 1 foram observados nas cultivares Astral, Tropical, Netuno e Farao, diferindo significativamente nas demais cultivares. Nas cultivares Sonate, Astral, Tropical, Netuno e Farao foram observados os menores PI para o isolado Cg 2. A menor AACPD resultante da inoculação com Cg 1 foi observada em Sonate, que diferiu das demais cultivares. As menores AACPD ocasionadas pelo isolado Cg 2 foram observadas em Farao e Midori, que diferiram das cultivares Cananéia, Sonate, Tropical e Netuno.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-13T12:23:23Z No. of bitstreams: 1 Helenilza de Paula.pdf: 563470 bytes, checksum: 8516fe943f64533b1a028f0edced6282 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-13T12:23:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Helenilza de Paula.pdf: 563470 bytes, checksum: 8516fe943f64533b1a028f0edced6282 (MD5) Previous issue date: 2000-12-20 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Leaf blight, caused by Curvularia eragrostidis, is one of the main diseases of the yam in Brazilian Northeast, however studies on the pathogen variability are inexistent. In order to characterize the variability of C. eragrostidis, 42 strains obtained from yam fields in the Pernambuco State were evaluated in relation to epidemiological components, physiologic characteristics and sensibility to iprodione. In the epidemiological components study, yam plants, cv. Da Costa, were inoculated with strains of C. eragrostidis (1x104 conidia/ml) and evaluated daily for occurrence and severity of disease symptoms, to record incubation period (IP) and area under disease progress curve (AUDPC). Strains were evaluated “in vitro” for micelial growth rate (MGR), sporulation (SP) and germination of conidia (GER), as well as for sensitivity to iprodione, evaluated by the lethal dose which inhibited 50% of micelial growth (DL50) and percentage of inhibition of conidium germination (ICG). There were significant differences (P=0.05) among the strains of C. eragrostidis in relation to all variables, resulting in different similarity groups of strains according to the Scott-Knott test. There were no significant correlation (P=0.05) between the variables associated with disease (IP and AUDPC) and the other variables studied (MGR, SP, GER, DL50 and ICG). When all variables were analyzed by the Euclidean distance (single linkage), the 42 strains were gathered into seven similarity groups. Therefore, there is variability among the strains of C. eragrostidis, which causes leaf blight of yam in different planting areas in Pernambuc / A queima das folhas, causada por Curvularia eragrostidis, constitui uma importante doença do inhame no Nordeste brasileiro, embora inexistam estudos sobre a variabilidade do patógeno. Com o objetivo de analisar a variabilidade de C. eragrostidis, 42 isolados obtidos de áreas de plantio de inhame do Estado de Pernambuco foram avaliados em relação a componentes epidemiológicos, características fisiológicas e sensibilidade ao fungicida iprodione. No estudo dos componentes epidemiológicos, plantas de inhame (cv. Da Costa) com quatro meses de idade foram inoculadas com os isolados de C. eragrostidis (1x104 conídios/ml) e avaliadas diariamente quanto à presença e severidade dos sintomas de queima, sendo obtidos o período de incubação (PI) e a área abaixo da curva de progresso de doença (AACPD). Cada isolado foi também avaliado “in vitro” quanto a características fisiológicas como taxa de crescimento micelial (TCM), esporulação (ESP) e germinação de conídios (GER), assim como em relação à sensibilidade ao fungicida iprodione, avaliada pela dose do fungicida suficiente para inibir 50% do crescimento micelial (DL50) e pela porcentagem de inibição da germinação dos conídios (IGC). Foram constatadas diferenças significativas (P=0,05) entre os isolados de C. eragrostidis em relação a todas as variáveis avaliadas, sendo possível a separação dos isolados em diferentes grupos de similaridade pelo teste de Scott-Knott. Não foram constatadas correlações significativas (P=0,05) das variáveis associadas à doença (PI e AACPD) com as demais variáveis (TCM, ESP, GER, DL50 e IGC). Utilizando o conjunto das variáveis, a análise da distância Euclidiana por ligações simples permitiu a separação dos 42 isolados de C. eragrostidis em sete grupos de similaridade. Os resultados obtidos indicam a existência de variabilidade entre os isolados do patógeno causando queima das folhas em diferentes áreas de cultivo de inhame de Pernambuco.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-28T13:27:09Z No. of bitstreams: 1 Aricleia de Moraes Catarino.pdf: 1031221 bytes, checksum: 5bd0ffb507daa4b9b04ebd494fd2269c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-28T13:27:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aricleia de Moraes Catarino.pdf: 1031221 bytes, checksum: 5bd0ffb507daa4b9b04ebd494fd2269c (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / The grapevine (Vitis spp.) belongs to the family of Vitaceae, being the botanical species V. vinifera L. and V. labrusca L. the most and widely cultivated, due to their products consumed as fresh fruits, jam, juices and wines. Despite the high economical importance, several factors may severely affect this crop, including the diseases caused by viruses. This study aimed to verify the incidence of virus present in commercial vineyards of two producing areas in Northeastern Brazil and evaluate the efficiency of some molecular methods for detecting and identifying viral species associated with grapevine. Materials showing or not symptoms were collected from grapevine genotypes in vineyards of Pernambuco, Paraiba, Bahia and Rio Grande do Sul, Brazil, and Locorotondo, Province of Bari, of the Puglia Region, Italy. The first part of the work was conducted at the Virology Laboratory of the Embrapa Uva e Vinho, RS, Brazil. For the identification of viral agents in the samples collected in Brazil, the extraction of total RNA was performed, cDNAs were obtained and tested by real time RT-PCR, using primers and probes specific for the following viruses: Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV), Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine leafroll-associated virus 2, 3 e 4 (GLRaV-2, -3 e -4), Grapevine fleck virus (GFkV), Grapevine rupestris vein feathering virus (GRVFV) and Grapevine fanleaf virus (GFLV). DNA fragments, products of the RT-qPCR, corresponding to the CP gene of each virus were eluted, linked to pGEM-T Easy vector (Promega) and used to transform bacteria. The plasmid DNA was extracted from transformed bacterial colonies, confirming the presence of the cloned fragments, which were sequenced. The grapevine material collected in Locorotondo was processed at the Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante (CNR-IPSP) and at the Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti, Università degli Studi “Aldo Moro”. In order to detect in multiplex test the most relevant viruses involved in the aetiology of fanleaf degeneration and the complexes of leafroll and rugose wood of grapevine, amplification techniques based on Allele Specific Primer Extension (ASPE) were tested by using the obtained cDNAs. The results showed that the techniques aggregate some advantages, such as reduction in time and relative simplicity of implementation, completely eliminating the use of toxic reagents, such as the ethidium bromide. The use of multiplex facilitates amplification of multiple targets in a single reaction, reducing the time and cost of the analyzes. / A videira (Vitis spp.) pertence à família Vitaceae, sendo as espécies botânicas V. vinifera L. e V. labrusca L. cultivadas em maior escala devido seus produtos, consumidos na forma de frutos in natura, geleias, sucos e vinhos. Apesar da grande importância econômica, vários fatores podem comprometer a produção desta cultura, incluindo as doenças causadas por vírus. O presente trabalho teve como objetivos verificar a incidência de vírus presentes em vinhedos comerciais de duas áreas produtoras do Nordeste do Brasil e avaliar a eficiência de alguns métodos moleculares para detecção e identificação de espécies virais associadas à videira. Amostras, apresentando ou não sintomas, foram coletados de genótipos de videira em propriedades situadas em Pernambuco, Paraíba, Bahia e Rio Grande do Sul, Brasil, e em Locorotondo, Província de Bari, Região da Puglia, Itália. A primeira parte do trabalho foi conduzida no Laboratório de Virologia da Embrapa Uva e Vinho, RS, Brasil. Visando a identificação dos agentes virais, nas amostras coletadas no Brasil, foram realizadas as extrações do RNA total, obtidos os cDNAs e testados por PCR em Tempo Real, empregando-se primers e sondas, específicos para os seguintes vírus: Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV), Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine leafroll-associated virus 2, 3 e 4 (GLRaV-2, -3 e -4), Grapevine fleck virus (GFkV), Grapevine rupestris vein feathering virus (GRVFV) e Grapevine fanleaf virus (GFLV). Fragmentos de DNA, produtos da RTq-PCR, correspondentes ao gene da CP de cada vírus foram eluídos, ligados ao vetor pGEM-T Easy (Promega) e utilizados na transformação de bactéria. Foi extraído o DNA plasmidial das colônias bacterianas transformadas, confirmando-se a presença dos fragmentos clonados, os quais foram sequenciados. A segunda parte, realizada com o material coletado em Locorotondo, foi processada no Istituto per la Protezione Sostenibile delle Piante (CNR-IPSP) e no Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti, Università degli Studi “Aldo Moro”. Foram utilizadas, a partir de cDNAs obtidos, técnicas de amplificação baseadas na Allele Specific Primer Extension (ASPE), visando detectar em teste multiplex os vírus mais relevantes envolvidos na etiologia da degenerescência e nos complexos do enrolamento das folhas e do lenho rugoso da videira. Os resultados obtidos mostraram que as técnicas agregam algumas vantagens, como a redução no tempo e relativa simplicidade de execução, eliminando completamente o uso de reagentes tóxicos, a exemplo do brometo de etídeo. O uso de multiplex facilita a amplificação de múltiplos alvos em uma única reação, reduzindo o tempo e o custo das análises.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-12-01T12:56:42Z No. of bitstreams: 1 Evelyn Anly Ishikawa Hayashi.pdf: 995457 bytes, checksum: 6e8e0ab5195fade5b6ad359231618e69 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-01T12:56:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Evelyn Anly Ishikawa Hayashi.pdf: 995457 bytes, checksum: 6e8e0ab5195fade5b6ad359231618e69 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The yam (Dioscorea spp.) has an important socio-economic role in tropical and subtropical regions of Asia, Africa and the Americas including the Caribbean. In Brazil, it is a significant source of income and food for the local populations and family agriculture, especially in the Northeast region of the country. The crop yield is very affected by both abiotic factors and biotic agents, including fungi, nematodes and viruses. Diseases caused by viruses are important because the vegetative propagation of yam provides the accumulation and spread of these pathogens on successive crops. To date, the reported viruses in this crop belong to nine genera: Aureusvirus, Badnavirus, Carlavirus, Comovirus, Cucumovirus, Fabavirus, Macluravirus, Potexvirus and Potyvirus. The objective of the present work was to analyze, through the Next Generation Sequencing (NGS), different viral species that infect the yam in fields located in the states of Pernambuco and Paraíba and in the Federal District. Leaf tissue samples of D. rotundata and D. alata were subjected to partial virus purification, the total RNA was extracted and submitted to NGS. The nucleotide reads obtained were assembled using CLC Genomics Workbench 6.5 program and the contigs using Geneious program. Based on the data obtained from NGS it was possible to detect three new virus species reported in this work. It was sequenced the complete genome of two new species, one belonging to the family Secoviridae, with the proposed name Dioscorea virus S (DVS), and another to Foveavirus genus of the family Betaflexiviridae, called Dioscorea virus F (DVF). For the third species described, belonging to the family Closteroviridae, it was done only the viral detection in the collected samples and proposed the name Dioscorea virus C (DVC). / O inhame (Dioscorea spp.) apresenta importante papel socioeconômico nas regiões tropicais e subtropicais da Ásia, África e Américas incluindo o Caribe. No Brasil, se constitui uma expressiva fonte de renda e alimento para as populações locais e agricultura familiar, principalmente na região Nordeste do país. A produtividade da cultura é bastante afetada, tanto por fatores abióticos, como por agentes bióticos, entre os quais fungos, nematoides e vírus. Doenças causadas por vírus são importantes, pois a propagação vegetativa do inhame proporciona o acúmulo e disseminação desses patógenos em cultivos sucessivos. Até o momento, os vírus relatados nesta cultura pertencem a nove gêneros: Aureusvirus, Badnavirus, Carlavirus, Comovirus, Cucumovirus, Fabavirus, Macluravirus, Potexvirus e Potyvirus. No presente trabalho objetivou-se analisar, através do Sequenciamento de Nova Geração (Next Generation Sequencing - NGS), as diferentes espécies virais que infetam o inhame em plantios localizados nos estados de Pernambuco e Paraíba e no Distrito Federal. Amostras de tecido foliar de D. rotundata e D. alata foram submetidas a purificação viral parcial, o RNA total foi extraído e submetido ao NGS. As leituras nucleotídicas obtidas foram montadas utilizando o pragrama CLC Genomics Workbench 6.5 e os contigs utilizando o programa Geneious. Por meio dos dados obtidos por NGS foi possível a detecção de três espécies virais novas relatadas neste trabalho. Foi sequenciado o genoma completo de duas espécies, uma pertencente à família Secoviridae, que recebeu o nome Dioscorea virus S (DVS), e outra ao gênero Foveavirus da família Betaflexiviridae, denominada de Dioscorea virus F (DVF). Para a terceira espécie descrita, pertencente à família Closteroviridae, foi feita apenas a detecção viral nas amostras coletadas e a proposição do nome Dioscorea virus C (DVC).

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-17T11:48:39Z No. of bitstreams: 1 Amanda de Melo Goncalves.pdf: 469509 bytes, checksum: 85589967175227a912f3d38c09495b82 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-17T11:48:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Amanda de Melo Goncalves.pdf: 469509 bytes, checksum: 85589967175227a912f3d38c09495b82 (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Papaya is a fruit tree common in almost all countries of Tropical America. Its products are used for different uses in textile, pharmaceuticals, food and cosmetics industries. The Brazil is the world's leading producer and most of its production is for export. Several diseases affect the crop and are its main limiting factor, causing major damage to production and marketing. The main losses are responsible for diseases post-harvest, which occur during storage of the product, however, the rot in the middle part of the stem, caused by Lasiodiplodia theobromae, has been highlighting the culture. The disease spreads rapidly and has been observed decimating an entire orchard papaya, the symptoms are initially soaked lesions, showing disintegration of tissues and formation of pits, which under predisposing conditions evolve, surrounding the stem, causing it to overturn. There is little information regarding the development of the disease and prevention is the best control measure. Chemical control is already used when the disease is detected, but there is no product registered for pathosystem in this field. The lack of knowledge of the interaction pathogen-host added to the misuse of these continuous products can result in failure of control. Studies sensitivity to fungicide isolates found not sensitive to these products, which can complicate treatment and control of disease, demonstrating the importance of studying the behavior of these isolates in plants. / O mamoeiro é uma das fruteiras mais comuns em quase todos os países da América Tropical. Seus produtos são empregados para os mais diversos usos nas indústrias têxteis, famacêutica, de alimentos e de cosméticos. O Brasil é o principal produtor mundial e a maior parte da sua produção é destinada à exportação. Várias doenças acometem a cultura e constituem seu principal fator limitante, causando grandes danos na produção e na comercialização. As principais responsáveis pelas perdas são as doenças de pós-colheita, que ocorrem durante o armazenamento do produto, no entanto, uma podridão na parte mediana da haste, causada por Lasiodiplodia theobromae, vem se destacando na cultura. A doença se dissemina rapidamente e tem sido observada dizimando todo um pomar de mamoeiro, os sintomas consistem inicialmente em lesões encharcadas, apresentando desintegração dos tecidos e formação de pontuações, que sob condições predisponentes, evoluem circundando o caule, fazendo-o tombar. Existem poucas informações a respeito do desenvolvimento da doença e a prevenção é a melhor medida de controle. O controle químico já é utilizado quando a doença é detectada, mas não há produto registrado para esse patossistema em campo. A falta de conhecimento da interação patógeno-hospedeiro somada a utilização indevida e contínua desses produtos podem resultar no insucesso do controle. Estudos de sensibilidade a fungicida constataram isolados não sensíveis a esses produtos, fato que pode dificultar o manejo e o controle da doença, demonstrando a importância do estudo do comportamento desses isolados em plantas.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-17T14:19:46Z No. of bitstreams: 1 Caroline do Amaral Souza.pdf: 1337716 bytes, checksum: 624a7ddab95714b58f4203e1e20d7165 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-17T14:19:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Caroline do Amaral Souza.pdf: 1337716 bytes, checksum: 624a7ddab95714b58f4203e1e20d7165 (MD5) Previous issue date: 2013-08-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The cultivation of sweet potato [Ipomoea batatas L. (Lam.)] is quite broad in Brazil, being the species present in most parts of the country where the largest producers are: Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Paraná, Paraíba e São Paulo. This crop is very important, especially for the low-income population, due to the rusticity of the plant, which is easy to grow with low production cost, besides being a good source of energy and various nutrients. Among the pathogens that affect sweet potato, the viruses are noteworthy, especially some species classified in the genus Potyvirus, Begomovirus and Ipomovirus. This plant is host of a wide range of viral species that often form complexes and act in synergism, enhancing disease and causing considerable reduction in yield. One of the goals of this work was to detect the presence of Begomovirus species and Sweet potato mild mottle virus (SPMMV), of the genus Ipomovirus in 55 samples of sweet potato from Pernambuco and Paraíba, being 28 from commercial fields and 27 from a germplasm bank (GB). For detecting begomovirus, DNA extracted from the 55 samples was submitted to RCA and PCR using primers MA292 and MA293. Amplicons generated from 17 GB samples and three field samples were selected, purified and sequenced. After analysis, it was confirmed the presence of of Sweet potato golden vein associated virus - SPGVaV in five samples from GB and two from field and Sweet potato leaf curl virus - SPLCV in 12 samples from GB and one from field. The SPMMV was detected by the serological test Dot-ELISA using specific antibodies in 24 out of 27 BG samples and 25 out 28 field samples. Another focus species of the present study was the eggplant (Solanum melongena L.), economically important food crop available worldwide with approximately 2 million hectares devoted to its cultivation annually. In Brazil, regarding to virus presence in this plant there are only a few reports for species of the genus Tospovirus. In addition, in eggplant fields, practically, no viral symptoms are observed, indicating a possible occurrence of resistance to virus. Thus, another objective of this study was to evaluate the behavior of eggplant genotypes as a possible source of gene(s) for resistance to virus that normally infect plants of the Solanaceae family. Assays were performed using the species Tomato chlorotic mottle virus - ToCMoV, inoculated by the vector Bemisia tabaci and Potato virus Y by mechanical inoculation. The biological evaluation for the two viral species was undertaken by observing symptoms. The detections of ToCMoV and PVY were done using radioactive probes and by Dot-ELISA, respectively. The genotypes were also evaluated for resistance to the vector. The tested materials were considered promising for use in breeding programs because they remained symptomless and no viral accumulation was observed. / O cultivo da batata-doce [Ipomoea batatas L. (Lam.)] é bastante amplo no Brasil, sendo praticado em grande parte do país onde os maiores produtores são: Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Paraná, Paraíba e São Paulo. Esta hortaliça apresenta elevada importância, sobretudo para a população de baixa renda, especialmente pela rusticidade da planta, o fácil cultivo e o baixo custo de produção, além de ser uma boa fonte de energia e diversos nutrientes. Dentre os patógenos que acometem a cultura, os vírus merecem destaque, principalmente algumas espécies classificadas nos gêneros Potyvirus, Begomovirus e Ipomovirus. A batata-doce é hospedeira de uma ampla gama de espécies virais que, muitas vezes, formam complexos e atuam em sinergismo, potencializando a doença e causando considerável redução da produtividade. Um dos objetivos deste trabalho foi verificar a possível presença das espécies do gênero Begomovirus, e Sweet potato mild mottle virus (SPMMV), do gênero Ipomovirus em 55 amostras de batata-doce, provenientes de Pernambuco e Paraíba, sendo 28 de campos comerciais e 27 de um Banco Ativo de Germoplasma (BAG). Para detecção de begomovírus, o DNA das 55 amostras foi extraído, submetido à RCA e PCR usando os primers MA292 e MA293. Amplicóns gerados de 17 amostras do BAG e três amostras de campo foram selecionados, purificados e sequenciados. Após análise confirmou-se a presença de Sweet potato golden vein associated virus - SPGVaV em cinco amostras do BAG e duas de campo e Sweet potato leaf curl virus – SLCV em 12 amostras do BAG e uma de campo. O SPMMV foi detectado pelo teste Dot-ELISA através da utilização de anticorpo específico em 24 das 27 amostras do BAG e 25 das 28 amostras de campo. Outra espécie foco de estudo neste trabalho foi a berinjela (Solanum melongena L.), cultura alimentar economicamente importante disponível em todo o mundo e com aproximadamente dois milhões de hectares dedicados anualmente para o cultivo. No Brasil, em relação à ocorrência viral nesta solanácea, existem relatos apenas de espécies do gênero Tospovirus. Além disto, em plantações de berinjela, praticamente, não se observam sintomas virais, o que pode ser indicativo de ocorrência de resistência a vírus. Dessa forma, outro objetivo deste trabalho foi avaliar o comportamento de genótipos de berinjela como possível fonte de gene(s) de resistência a vírus que normalmente infectam espécies da família Solanaceae. Ensaios foram realizados utilizando-se as espécies Tomato chlorotic mottle virus (ToCMoV), com inoculação via vetor Bemisia tabaci, e Potato virus Y (PVY) por inoculação mecânica. A avaliação biológica para as duas espécies virais foi feita mediante observação de sintomas. As detecções de ToCMoV e PVY foram feitas usando-se sondas radioativas e teste Dot-ELISA, respectivamente. Os genótipos foram avaliados também quanto à resistência ao vetor. Os materiais testados mostraram-se promissores para uso em programas de melhoramento tendo em vista a ausência de sintomas e acumulação viral

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-17T15:11:31Z No. of bitstreams: 1 Claudeana Souza da Conceicao.pdf: 783432 bytes, checksum: fd59b60ffc3266d8d18f15005f8c14cc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-17T15:11:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Claudeana Souza da Conceicao.pdf: 783432 bytes, checksum: fd59b60ffc3266d8d18f15005f8c14cc (MD5) Previous issue date: 2013-07-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The combined effect of the antagonistic yeasts Rhodotorula aurantiaca LMA1, R. glutinis LMS and Pichia anomala CC-2 and silicon (Si) was evaluated in relation to the control of bacterial fruit blotch (Acidovorax citrulli) in seedlings and plants, and possible mechanisms of action involved in the control were analyzed. The incorporation of 1.41 g Si kg-1 (calcium silicate) into the substrate, together with foliar spraying with yeast (1.5 x 107 cells mL-1) and foliar spraying with 17 mM Si (potassium silicate) and the yeasts, separately or in combination, reduced the severity of the disease and protected seedlings and plants. These plants were inoculated with A. citrulli by foliar spraying (3.4 x 107 UFC mL-1) 24 h following the treatment. However, no additive or synergistic effects of the combined treatments were observed. The spraying of LMA1+Si and LMA1 resulted in the highest levels of control of bacterial fruit blotch in plants, and this level of control was higher than that provided by acibenzolar-S-methyl. Foliar spraying with LMA1 and Si, either separately or in combination, protected melon plants from infection by A. citrulli for 29 days. Increases in the activity of polyphenol oxidase (PFO) after foliar spraying with Si and LMA1, and increases of ascorbate peroxidase (APX) activity after foliar spraying with LMA1+Si and LMA1 are likely related to the induction of resistance to bacterial fruit blotch. / O efeito combinado de leveduras antagonistas (Rhodotorula aurantiaca LMA1, R. glutinis LMS e Pichia anomala CC-2) e silício (Si) foi avaliado em relação ao controle da mancha aquosa (Acidovorax citrulli) pela proteção de plântulas e plantas; e analisados possíveis mecanismos de ação envolvidos no controle. A incorporação de 1,41g Si kg-1 (silicato de cálcio) ao substrato e pulverização foliar com as leveduras (1,5 x 107 cels mL-1), assim como a pulverização com 17 mM Si (silicato de potássio) e leveduras, em combinação ou isoladamente, reduziram a severidade da doença, protegendo plântulas e plantas. As plantas foram inoculadas com A. citrulli por pulverização (3,4 x 107 UFC mL-1), 24 h após os tratamentos. No entanto, não foi verificado efeito aditivo ou sinergístico das combinações. A pulverização de LMA1+Si e LMA1 proporcionou os maiores níveis de controle da mancha aquosa em plantas, sendo superior ao acibenzolar-S-methyl. LMA1 e Si pulverizados em combinação ou não, protegeram as plantas de meloeiro da infecção por A. citrulli por 29 dias. Aumentos nos níveis das enzimas PFO pela pulverização de Si e LMA1 e APX por LMA1+Si e LMA1 estão provavelmente relacionados à indução de resistência a mancha aquosa.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-20T13:53:01Z No. of bitstreams: 1 Denise de Santana Silva.pdf: 550225 bytes, checksum: ad8bfba40464a81bb730c91685eba898 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-20T13:53:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Denise de Santana Silva.pdf: 550225 bytes, checksum: ad8bfba40464a81bb730c91685eba898 (MD5) Previous issue date: 2009-01-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Heliconias are the most cultivated flowers in tropical floriculture of the Brazil northeast, due to its characteristics like beauty, exotic, exuberant colors and rusticity, but its yield has being affected by Fusarium wilt caused by Fusarium oxysporum f. sp. cubense. The present study had how objective to determine the genetic diversity existing between the isolates of F. oxysporum f. sp. cubense collected in heliconia and banana through the ITS region of rDNA using ARDRA (Amplified Ribossomal DNA Restriction Analysis), markers like RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). In the ARDRA analysis products amplified by ITS1 and ITS4 primers were digested by restriction enzymes Hae III, Xho I, Hind III and Eco IV by 37ºC. But only enzyme Hae III showed to be efficient a molecular marker, to analysis genetic diversity of F. oxysporum f. sp. cubense to RAPD marker was realized the Polymerase Chain Reaction (PCR) using tenoligonucleotides follow arbitrary up, only seven oligonucleotides generated a total 44 bands polymorphic with fragments varying from 100 pb to 700 pb. The two techniques used in the study genetic diversity showed high genetic variability of fungal, don’t related to with geographical region where were colleted the isolates. / As helicônias são as flores mais cultivadas dentro da floricultura tropical no Nordeste brasileiro, devido a características como beleza, exoticidade, cores exuberantes e rusticidade, porém a produção de várias espécies vem sendo afetada pela murcha de fusário, causada pelo fungo de Fusarium oxysporum f. sp. cubense. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar a diversidade genética existente entre os isolados de F.oxysporum f. sp. cubense, coletados em helicônias e bananeiras através da análise da região ITS do rDNA utilizando ARDRA (Amplified Ribossomal DNA Restriction Analysis) e marcadores do tipo RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Para a amplificação da região do rDNA, foram utilizados os primers ITS1 e ITS4 que foram digeridos pelas enzimas de restrição Hae III, Xho I, Hind III e Eco IV a 37ºC. Porém apenas a enzima Hae III, neste trabalho mostrou ser um marcador molecular eficiente,utilizada na técnica de ARDRA para estudos de diversidade genética dos isolados. Para o marcador RAPD realizou-se a Polymerase Chain Reaction (PCR) utilizando-se dez oligonucleotídeos de seqüência arbitrária, onde apenas sete oligonucleotídeos geraram um total de 44 bandas polimórficas com fragmentos que variaram de 100pb a 700pb. As duas técnicas utilizadas no estudo de diversidade genética evidenciaram alta variabilidade genética do fungo, não relacionada com as regiões geográficas onde foram coletados os isolados.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-21T10:35:17Z No. of bitstreams: 1 Aldenir de Oliveira Alves.pdf: 1199354 bytes, checksum: 48b4ce9a3678bf554b211f23ec652d62 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T10:35:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aldenir de Oliveira Alves.pdf: 1199354 bytes, checksum: 48b4ce9a3678bf554b211f23ec652d62 (MD5) Previous issue date: 2012-07-17 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The bacterial wilt caused by Ralstonia solanacearum (Rs) race 1, is an important bacterial disease in Pernambuco and other states of Brazil. This study aimed to evaluate the effectiveness of essential oils and silicon (Si) on alternative disease control, their effects on Rs, and verify the putative mechanisms involved in these processes. The oils of bergamot, copal, fennel, peppermint, sweet orange, lemon, cinnamon, lemon grass, eucalyptus citriodora, eucalyptus globulus, clary sage, and palmarosa were evaluated by biofumigation. Soil was previously infested with Rs (filotype I, race 1, biovar 3, biotype 8) at 5x108 CFU ml-1 and after seven days biofumigated during four days with the twelve oils (0.14%, v:v) under greenhouse conditions, and with bergamot, sweet orange and palmarosa in field. It was evaluated: the latency period (PL50), incidence, index of bacterial wilt (IBW) and area under the disease progress curve (AUDPC), plant development, Rs population in soil, soil characteristics, and Rs growth in vitro. The oils of palmarosa, bergamot and sweet orange elevated the PL50 and reduced IBW and AUDPC up to 15, 60 and 64.4%, respectively in greenhouse. In the field only palmarosa elevated the PL50 (38%), reduced the IMB (36%) and AUDPC (38%), and increased the number of fruits per plant. Only under greenhouse conditions soil biofumigated with oils of bergamot and sweet orange had higher sodium levels than those treated with palmarosa or control, which did not differ among them. In vitro, the growth of Rs was inhibited by the oil of palmarosa. To evaluate the effect of silicon (Si), sweet pepper plants cv. Enterprise were grown in compost containing 0.00, 0.25, 0.50, 1.50 and 3.00 g of SiO2 kg-1 of compost and transplanted into soil infested with isolate Rs CGM-8, being evaluated PL50, incidence, IMB and AUDPC; fresh and dry weight of shoot and root biomass, accumulation of Ca+2, Mg+2 and Si, total protein and enzymatic activity; chemical characteristics of substrate, and in vitro growth. The dose 3.00 g of SiO2 increased PL50 (34%), reduced IMB (63%) and AUDPC (47.4%), increasing also Ca+2 in shoots and reducing Mg+2 in shoots and roots. Supplementation with different Si doses resulted in maximum increments of fresh weight of shoot (121.8%), fresh weight of root (83.6%), and dry weight of shoot (84.9%); increased total protein, catalase, ascorbate peroxidase, and quitinase. Si was accumulated in the shoots and compost; pH, Na+ and K+ were elevated and P was reduced in the compost. The putative mechanisms of action of Si on disease control were direct action on the pathogen colonization, indirect action on plant growth, increase of Ca+2 absorption and signaling for producing plant defense enzymes. In conclusion, biofumigation with palmarosa oil and transplant production in compost containing calcium silicate are potential alternative strategies for the control of bacterial wilt of sweet pepper. / A murcha bacteriana do pimentão, causada por Ralstonia solanacearum (Rs) raça 1, é uma fitobacteriose importante em Pernambuco e outros estados do Brasil. Este trabalho teve como objetivos testar o efeito de óleos vegetais e do silício (Si) no controle alternativo desta doença, seus efeitos diretos sobre Rs e verificar os possíveis mecanismos envolvidos nestes processos. Os óleos essenciais de bergamota, canela, capim limão, copaíba, eucalipto citriodora, eucalipto globulus, funcho, hortelã, laranja doce, limão, sálvia esclareia e palmarosa foram avaliados por biofumigação. O solo foi previamente infestado com Rs CGM-8 (filotipo I, raça 1, biovar 3, biotipo 8) a 5x108 UFC ml-1. Após sete dias, o solo foi biofumigado durante quatro dias com os doze óleos essenciais (0,14%; v:v) em casa de vegetação, e com os óleos de bergamota, laranja doce e palmarosa em campo. Foram avaliados: período de latência (PL50), incidência, índice de murcha bacteriana (IMB) e área abaixo da curva de progresso da doença (AACPD); desenvolvimento da planta; população de Rs no solo; características do solo; e crescimento de Rs in vitro. Os óleos de palmarosa, bergamota e laranja doce elevaram o PL50 e reduziram IMB e AACPD em até 15, 60 e 64,4%, respectivamente, em casa de vegetação. Em campo, apenas o óleo de palmarosa aumentou o PL50 (38%) e reduziu IMB (36%) e AACPD (38%), elevando o número de frutos por planta. Apenas em casa de vegetação, solos biofumigados com os óleos de bergamota e laranja doce apresentaram maiores níveis de sódio que os tratados com palmarosa e testemunha, que não diferiram entre si. In vitro, o crescimento de Rs foi reduzido pelo óleo de palmarosa. O Si foi testado em pimentão cv. Enterprise cultivado em substrato contendo 0,00; 0,25; 0,50; 1,50 e 3,00 g de SiO2 kg-1 de substrato e transplantado para solo infestado com Rs CGM-8, avaliando-se: PL50, incidência, IMB, AACPD; biomassa; acúmulo de Ca+2, Mg+2 e Si; proteínas totais e atividade enzimática; características químicas do substrato e crescimento bacteriano in vitro. A dose 3,00 de Si aumentou o PL50 (34%) e reduziu IMB (63%) e AACPD (47,4%), aumentando ainda Ca+2 na parte área e reduzindo Mg+2 na parte aérea e raízes. A suplementação com diferentes doses de Si proporcionou incrementos máximos na biomassa fresca da parte área (121,8%), biomassa fresca da raiz (83,6%) e biomassa seca da parte aérea (84,9%); elevou proteínas totais, catalase, ascorbato peroxidase e quitinase; proporcionou acúmulo de Si na parte aérea e substrato; aumentou pH, Na+ e K+; e diminuiu P no substrato. Os prováveis mecanismos de ação do Si foram ação direta sobre a colonização do patógeno, ação indireta no desenvolvimento da planta, aumento na absorção de Ca+2 e sinalização para produção de enzimas de defesa da planta. Conclui-se que a biofumigação com o óleo essencial de palmarosa e a produção de mudas de pimentão em substrato contendo silicato de cálcio são práticas com potencial para o manejo alternativo da murcha bacteriana do pimentão.