Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-05-25T19:30:16Z
No. of bitstreams: 2
license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5)
Dissertacao_EstudoGenomicaComparativa.pdf: 2070568 bytes, checksum: 0bf9cef9795e0bbc867e1bd89a8d5a30 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-05-27T13:23:20Z (GMT) No. of bitstreams: 2
license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5)
Dissertacao_EstudoGenomicaComparativa.pdf: 2070568 bytes, checksum: 0bf9cef9795e0bbc867e1bd89a8d5a30 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-27T13:23:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2
license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5)
Dissertacao_EstudoGenomicaComparativa.pdf: 2070568 bytes, checksum: 0bf9cef9795e0bbc867e1bd89a8d5a30 (MD5)
Previous issue date: 2015 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Corynebacterium pseudotuberculosis é uma bactéria Gram-positiva, intracelular facultativa, nãoesporulante, não-capsulada e sem mobilidade, contudo possui fímbria, e pode assumir formas
cocóides e filamentosas (pleomórfica), além disto, apresenta crescimento ótimo à 37°C. Este patógeno apresenta dois biovares: ovis que geralmente acomete pequenos ruminantes, e causa a doença linfadenite caseosa, e biovar equi, mais comum em equinos, bovinos, camelídeos, e bubalinos causando a Linfangite ulcerativa. A infecção por esta bactéria pode levar a condenação das carcaças e redução de lã (em ovinos e caprinos), leite e carne destes animais, e consequentemente a perdas econômicas para a indústria agropecuária mundial. Atualmente, ainda não existe uma vacina eficaz para estas doenças. A fim de obter um maior entendimento biológico entre as espécies o presente trabalho tem como objetivo principal analisar, por meio da
genômica comparativa a linhagem C. pseudotuberculosis 226 biotipo ovis isolada de um caprino
na Califórnia com outras linhagens do biovarar ovis e equi. Na análise de sintenia entre as
linhagens foi possível identificar que a linhagem 226 apresenta alta conservação da ordem gênica
entre as linhagens do biótipo ovis. Através de análises filogenômicas foi possível identificar que
as linhagens I19 e 267 apresentaram maior e menor proximidade filogenética com a linhagem
226. A linhagem 1/06-A foi a que apresentou maior proximidade filogenômica entre as linhagens
do biovar equi, quando comparadas a linhagem 226. Foram preditas 8 ilhas de patogenicidade,
estando presente na ilha 1 os genes relacionados a virulência de C. pseudotuberculosis mais bem
descritos na literatura. Não houveram regiões novas relacionadas a genes de virulência entre
nenhuma das linhagens. Foram identificados 248 genes ortólogos entre as linhagens I19, 267 e
226 e 282 genes ortólogos entre as linhagens 258,1/06-A e 226. Com base nesse estudo é possível
inferir que as linhagens do biovar ovis possuem um repertório gênico pouco variado e que as
linhagens do biovar equi apresentam uma quantidade menor de genes compartilhados com a
linhagem 226, corroborando com a diversidade gênica entre os biovares. / Corynebacterium pseudotuberculosis is a gram-positive, facultative intracellular, non-sporulating
and non-encapsulated bacterium, it is non-motile although it has fimbriae, and can assume
coccoid or filamentous forms (pleomorphic). Its optimum growth temperature is 37°C. This
pathogen has two biovars: ovis, which usually affects small ruminants and causes caseous
lymphadenitis, and biovar equi, more common in equines, bovines, camelids and bubalines,
causing ulcerative lymphangitis. Its infection can lead to carcass condemnation and reduction in
wool production (in ovines and caprines), milk production and meat production and,
consequently, economic losses for the agricultural industry worldwide. Currently there is no
effective vaccine against those illnesses. To obtain a better understanding of these species
biologically, the main objective of this work is to analyze, using comparative genomics, the strain
C. pseudotuberculosis 226 biovar ovis, isolated from a caprine in California, comparing it to
other strains from biovars ovis and equi. The synteny analysis revealed highly conserved gene
order between strain 226 and other biovar ovis strains. Phylogenomic analyses showed that the
strains I19 and 267 are, respectively, the closest and the more distant phylogenetically from strain
226. Among biovar equi strains, the one with the greater phylogenomic proximity to strain 226
was strain 1/06-A. Eight pathogenicity islands were predicted, with C. pseudotuberculosis best
characterized virulence genes in literature being present in island 1. No new regions related to
virulence genes could be found compared to other strains. 248 orthologous genes could be found
between strains I19, 267 and 226, while 282 orthologous genes could be found between strains
258, 1/06-A and 226. Based in this study it is possible to assume that strains from biovar ovis
have a little varied gene repertory and strains from biovar equi have less genes shared with strain
226, reinforcing the genetic diversity between these biovars.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpa.br:2011/6731 |
| Date | 10 March 2015 |
| Creators | DIAS, Larissa Maranhão |
| Contributors | CARNEIRO, Adriana Ribeiro |
| Publisher | Universidade Federal do Pará, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFPA, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPA, instname:Universidade Federal do Pará, instacron:UFPA |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0075 seconds