Une demande croissante d'outils pour construire et décrypter des réseaux génétiques contrôlant des processus cellulaires est ressentie en biologie. Nous soutenons que l'utilisation de l'approche déclarative est pertinente et applicable pour répondre aux questions des biologistes sur ces réseaux, en général partiellement connus. L'idée principale est de modéliser des connaissances portant à la fois sur la structure et la dynamique d'un réseau par un ensemble de contraintes représentant l'ensemble des solutions, de vérifier sa cohérence, de réparer une incohérence éventuelle par un relâchement automatique, et d'inférer des propriétés sur la structure et la dynamique du réseau. Pour montrer la faisabilité de l'approche, nous formalisons les réseaux discrets de R. Thomas et les propriétés biologiques pertinentes, proposons un outil reposant sur la programmation logique par contraintes en coopération avec un solveur SAT, et la validons sur des applications biologiques significatives.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:CCSD/oai:tel.archives-ouvertes.fr:tel-00388776 |
| Date | 08 December 2008 |
| Creators | Corblin, Fabien |
| Source Sets | CCSD theses-EN-ligne, France |
| Language | fra |
| Detected Language | French |
| Type | PhD thesis |
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