Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2016-07-21T16:19:42Z
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2016_HeideMunizSilva.pdf: 6047221 bytes, checksum: 393ff7b5b49bc2e5512f55136faab835 (MD5) / Com o advento das plataformas de sequenciamento de alto desempenho (HTS), tornou-se possível obter amplas amostragens das bibliotecas produzidas por phage display, cujo enorme volume dificulta a análise da diversidade das bibliotecas bem como a detecção de clones selecionados, a qual classicamente é realizada por ensaios de afinidade do anticorpo pelo antígeno. Considerando tal desafio, foi desenvolvido um método in silico automatizado para a análise de sequências de imunoglobulinas produzidas por phage display, que permite encontrar clones selecionados, a partir de bibliotecas sequenciadas por plataformas HTS. O método é composto por 6 etapas: montagem de reads, filtragem de sequências, tradução, análise de enriquecimento, numeração de resíduos e classificação de germlines. Para validar o método, foram analisados três conjuntos de dados, cada um contendo as bibliotecas original e final, sendo dois deles sequenciados pela plataforma Illumina, e o terceiro pela plataforma 454 Roche. A análise completa de cada par de bibliotecas foi executada em menos de 3 horas. Os tempos de execução promissores devem-se principalmente aos programas de tradução e cálculo de frequência dos clones, os quais foram desenvolvidos com estratégias inteligentes para analisar bibliotecas contendo mais de 106 reads, em menos de 5 minutos. Como saída final, é produzida uma lista de clones candidatos, enriquecidos e reconhecidos como domínio variável de imunoglobulina, ordenados por fold change de frequência e com sua respectiva classificação de germlines, os quais muito provavelmente foram selecionados pelo experimento de phage display. Além da eficiência do método no que diz respeito ao curto tempo necessário para sua execução, a abordagem utiliza um critério biológico para detectar clones candidatos, baseando-se nas marcas canônicas de domínio variável de imunoglobulina. / Since high-throughput sequencing (HTS) platforms provide larger sampling of phage display libraries, the amount of data imposes challenges to analyze libraries diversity and to find selected clones, which are traditionally tested by antibody affinity assays. Considering that, we developed an automated in silico method to analyze immunoglobulin sequences produced by phage display, which allows the detection of selected clones, from libraries sequenced by HTS platforms. The method consists of 6 steps: reads joining, sequence filtering, translation, enrichment analysis, residues numbering and germline classification. In order to validate the method, 3 sets of data were analysed, each containing initial and final phage display libraries, being 2 sets sequenced by Illumina and one by 454 Roche platform. The complete analysis of each pair of libraries was performed in less than 3 hours. The promising execution time is mainly due to the translation and frequency calculation programs, which were developed with intelligent strategies to process libraries composed of more than 106 reads, in less than 5 minutes. As final output, the method creates a list of candidate clones, enriched and recognized as immunoglobulin variable domain, sorted by fold change of frequency and classified by germline, which probably were selected by phage display experiments. Besides the efficiency of the method concerning the fast performance, the present approach uses a biological criterion to find candidate clones, based on canonical signature of immunoglobulin variable domain.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.unb.br:10482/22722 |
| Date | 03 March 2016 |
| Creators | Silva, Heide Muniz |
| Contributors | Almeida Júnior, Nalvo Franco, Brígido, Marcelo de Macedo |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UnB, instname:Universidade de Brasília, instacron:UNB |
| Rights | A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data., info:eu-repo/semantics/openAccess |
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