Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-05-03T12:50:05Z No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2016-05-13T13:48:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-13T13:48:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Em todo o mundo, as florestas são responsáveis por ocupar cerca de 4 bilhões de hectares. O Brasil apresenta a segunda maior floresta do mundo, com cerca de 54,4% do seu território nacional sendo constituído por florestas naturais e plantadas, distribuídas em seis biomas. As espécies florestais/arbóreas são de grande importância econômica para o país, pois a partir dos produtos obtidos direta ou indiretamente podem favorecer o sustento da população. Além disso, espécies arbóreas podem servir de habitat para diversos microorganismos, entre eles os vírus. Os estudos de vírus infectando espécies arbóreas no Brasil ainda são escassos, devido a algumas dificuldades para detecção e caracterização desse grupo de patógenos devido às suas características peculiares. Com isso o principal objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar espécies virais em espécies arbóreas nativas de diversos biomas encontrados no Brasil. Recentemente novas ferramentas como a metagenômica e plataformas de sequenciamento em alta escala têm propiciado ampliar o conhecimento da diversidade de organismos em diferentes ambientes. Nesse contexto, 60 mudas sintomáticas de espécies arbóreas distribuídas em 27 espécies botânicas e classificadas em 14 famílias, foram coletadas em ambiente de viveiro II da Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil (NOVACAP). As amostras analisadas, em pool, tiveram o RNA extraído (protocolo Trizol) após procedimento de semi-purificação visando enriquecimento de partículas virais. Após este procedimento uma amostra composta foi formada e enviada para sequenciamento na Universidade Católica de Brasília (UCB) por meio da tecnologia NGS (Next Generation Sequencing), com o uso da plataforma Illumina Miseq. Os resultados obtidos a partir da análise genômica produziram 2.162 contigs que foram comparados com resultados do banco de dados no programa BLASTX (Basic Local Alignment Search Tool). A partir do sequenciamento foi obtido um genoma com 9.529 nucleotídeos (nt). Após várias análises verificou-se que o espécime em estudo relaciona-se filogeneticamente com membros da ordem Picornavirales, ao qual denominamos aqui de Hovenia dulcis associated virus (HDAV) Primers específicos para este genoma foram sintetizados e por meio de RT-PCR foi possível realizar a detecção viral em uma amostra de uva do Pará (Hovenia dulcis). Ainda com base no resultado de NGS, sequências de outras seis espécies virais foram obtidas e encontram-se listadas a seguir: Cowpea mild mottle virus - CPMMV (gênero Carlavirus e família Betaflexiviridae), Eupatorium vein clearing virus e Strawberry vein banding virus - SVBV (gênero Caulimovirus e família Caulimoviridae), Cowpea severe mosaic virus - CPSMV (gênero Comovirus e família Secoviridae), Broad bean wilt virus - BBWV e Mikania micrantha mosaic virus - MMMV (gênero Fabavirus família Secoviridae). __________________________________________________________________________ ABSTRACT / Worldwide, forests are responsible for occupying about 4 billion hectares. Brazil shows the second largest forest in the world, with about 54, 4% of its territory consisting of natural and planted forests, distributed in six biomes. The forest species are of great economic importance to the country, producing many products, directly or indirectly, that can help the sustenance of the population. Furthermore, tree species can harbor some microorganisms such as viruses. Studies about infecting-tree-specie viruses in Brazil are still scarce due to some difficulties for detection and characterization of this pathogen group because it shows peculiar characteristics. Thus, the main objective of this study was to identify and characterize viral species ocurrying in native tree species from six biomes found in Brazil. Recently new tools such as metagenomics and large-scale sequencing platforms have led to increase knowledge about the diversity of organisms in different environments. In this context, 60 symptomatic seedlings of tree species, distributed in 27 botanical species and classified into 14 families, were collected in Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil (NOVACAP) nursery environment. The samples were analyzed in pool and had their RNA extracted by a Trizol protocol after semi-purification procedure in order to enrich viral particles. After this procedure, a compose sample was formed and sent for sequencing at Universidade Católica de Brasília (UCB) by NGS (Next Generation Sequencing) technology using the Illumina platform Miseq. The results from the genomic analysis produced 2,162 contigs, which were compared with database results BLASTX (Basic Local Alignment Search Tool) program. From the sequencing was obtained with a genome 9529 nucleotides (nt) was initially identified as Hovenia dulcis associated virus (HDAV). Specific primers were designed and synthesized for viral detection in plants used in this study. By RT-PCR it was possible to viral detection in a sample of grape Para (Hovenia dulcis). Due to the low percentage of identity of viral species with species Dicistroviridae genus and the difference in host of the virus, it is proposed a new member of Picornavirales order to house this species detected. Phylogenetic analysis of the fields (PRO) and dependent RNA polymerase RNA polymerase (POL) put this virus on a branch near the Picornaviridae family). Also based on the result of NGS sequences of other viral species were obtained and are listed below: Cowpea mild mottle virus - CPMMV (genus Carlavirus and family Betaflexiviridae), Eupatorium vein clearing virus (genus Caulimovirus and family Caulimoviridae), Strawberry vein banding virus - SVBV (genus Caulimovirus and family Caulimoviridae), Cowpea severe mosaic virus - CPSMV (genus Comovirus and family Secoviridae), Broad bean wilt virus - BBWV (genus Fabavirus and family Secoviridae) and Mikania micrantha mosaic virus - MMMV (genus Fabavirus and family Secoviridae).

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2016-07-21T16:19:42Z No. of bitstreams: 2 2016_HeideMunizSilva.pdf: 6047221 bytes, checksum: 393ff7b5b49bc2e5512f55136faab835 (MD5) 2016_HeideMunizSilva.pdf: 6047221 bytes, checksum: 393ff7b5b49bc2e5512f55136faab835 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-02-22T20:05:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 2016_HeideMunizSilva.pdf: 6047221 bytes, checksum: 393ff7b5b49bc2e5512f55136faab835 (MD5) 2016_HeideMunizSilva.pdf: 6047221 bytes, checksum: 393ff7b5b49bc2e5512f55136faab835 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-22T20:05:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 2016_HeideMunizSilva.pdf: 6047221 bytes, checksum: 393ff7b5b49bc2e5512f55136faab835 (MD5) 2016_HeideMunizSilva.pdf: 6047221 bytes, checksum: 393ff7b5b49bc2e5512f55136faab835 (MD5) / Com o advento das plataformas de sequenciamento de alto desempenho (HTS), tornou-se possível obter amplas amostragens das bibliotecas produzidas por phage display, cujo enorme volume dificulta a análise da diversidade das bibliotecas bem como a detecção de clones selecionados, a qual classicamente é realizada por ensaios de afinidade do anticorpo pelo antígeno. Considerando tal desafio, foi desenvolvido um método in silico automatizado para a análise de sequências de imunoglobulinas produzidas por phage display, que permite encontrar clones selecionados, a partir de bibliotecas sequenciadas por plataformas HTS. O método é composto por 6 etapas: montagem de reads, filtragem de sequências, tradução, análise de enriquecimento, numeração de resíduos e classificação de germlines. Para validar o método, foram analisados três conjuntos de dados, cada um contendo as bibliotecas original e final, sendo dois deles sequenciados pela plataforma Illumina, e o terceiro pela plataforma 454 Roche. A análise completa de cada par de bibliotecas foi executada em menos de 3 horas. Os tempos de execução promissores devem-se principalmente aos programas de tradução e cálculo de frequência dos clones, os quais foram desenvolvidos com estratégias inteligentes para analisar bibliotecas contendo mais de 106 reads, em menos de 5 minutos. Como saída final, é produzida uma lista de clones candidatos, enriquecidos e reconhecidos como domínio variável de imunoglobulina, ordenados por fold change de frequência e com sua respectiva classificação de germlines, os quais muito provavelmente foram selecionados pelo experimento de phage display. Além da eficiência do método no que diz respeito ao curto tempo necessário para sua execução, a abordagem utiliza um critério biológico para detectar clones candidatos, baseando-se nas marcas canônicas de domínio variável de imunoglobulina. / Since high-throughput sequencing (HTS) platforms provide larger sampling of phage display libraries, the amount of data imposes challenges to analyze libraries diversity and to find selected clones, which are traditionally tested by antibody affinity assays. Considering that, we developed an automated in silico method to analyze immunoglobulin sequences produced by phage display, which allows the detection of selected clones, from libraries sequenced by HTS platforms. The method consists of 6 steps: reads joining, sequence filtering, translation, enrichment analysis, residues numbering and germline classification. In order to validate the method, 3 sets of data were analysed, each containing initial and final phage display libraries, being 2 sets sequenced by Illumina and one by 454 Roche platform. The complete analysis of each pair of libraries was performed in less than 3 hours. The promising execution time is mainly due to the translation and frequency calculation programs, which were developed with intelligent strategies to process libraries composed of more than 106 reads, in less than 5 minutes. As final output, the method creates a list of candidate clones, enriched and recognized as immunoglobulin variable domain, sorted by fold change of frequency and classified by germline, which probably were selected by phage display experiments. Besides the efficiency of the method concerning the fast performance, the present approach uses a biological criterion to find candidate clones, based on canonical signature of immunoglobulin variable domain.

Submitted by HIGOR OLIVEIRA SILVA null (higorvet@yahoo.com.br) on 2018-01-23T13:29:57Z No. of bitstreams: 1 Tese_Higor_Oliveira_Silva.pdf: 2585609 bytes, checksum: f7380b9bd4a69998d296fdd0384e86ac (MD5) / Approved for entry into archive by Karina Gimenes Fernandes null (karinagi@fcav.unesp.br) on 2018-01-23T18:09:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_ho_dr_jabo.pdf: 2459664 bytes, checksum: 55461471311714a1bfac96d61b706281 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-23T18:09:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_ho_dr_jabo.pdf: 2459664 bytes, checksum: 55461471311714a1bfac96d61b706281 (MD5) Previous issue date: 2017-12-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As espécies do grupo do Bacillus cereus são comumente ocorrentes na cadeia produtiva de leite e derivados e frequentemente estão envolvidas em doenças transmitidas por alimentos. Constituem uma preocupação constante à indústria de lácteos, por conta de sua capacidade de formar biofilmes em superfícies sólidas, ocasionando a contaminação persistente dos produtos processados e representando risco à saúde pública. Objetivou-se neste estudo verificar a distribuição e ocorrência de linhagens e genes específicos relacionados à formação de biofilmes de Bacillus cereus isolados dos diversos estágios da cadeia produtiva de leite e produtos lácteos, classifica-los quanto à potencialcialidade em formar biofilmes, e ainda, avaliar a atuação e eficiência do ácido peracético e do hipoclorito de sódio junto ao sistema “clean in place”, simulado em escala piloto, sobre biofilmes formados em superfícies de aço inoxidável em contato com o leite. Para tanto, foram isolados microrganismos do grupo do Bacillus cereus de propriedades leiteiras, industrias e produtos lácteos, identificados genes específicos (sipW, tasA, Spo0A e PlcR) por sequenciamento genômico e avaliada a capacidade de formar biofilmes em microplacas de poliestireno. Selecionou-se um isolado sabidamente produtor de biofilmes, e por meio de contaminação experimental, induziu-se a adesão em superfícies de cupóns de aço inoxidável, em três circunstâncias distintas, incluindo contaminação por esporos, células vegetativas, e contaminação seguida de pasteurização. Na sequencia, os cupons foram submetidos a ação do ácido peracético e do hipoclorito de sódio, aplicando-os no sistema “clean in place”, realizado em escala piloto. Dentre 69 isolados, 98,5% foram classificados como moderados produtores de biofilmes. Os isolados pertencem aos grupos filogenéticos II, III, IV, V e VI, e os genes em estudo apresentaram alta ocorrência entre os isolados, estando igualmente distribuídos ao longo de toda cadeia produtiva, inclusive nos produtos lácteos. A adesão dos microrganismos às superfícies dos cupons alcançou 6,3x105 a 3,1x107UFC/cm2, resultando entre 3,0x104 e 8,1x106UFC/cm2 ao final do processo de sanitização. Os resultados demonstraram que o controle de biofilmes é fundamental e igualmente importante nos diversos estágios da cadeia produtiva, mas especialmente nas operações de obtenção de leite, por possibilitar a redução da carga contaminante inicial e consequentemente promoção da segurança dos alimentos, já que uma vez instalados, estes microrganismos podem formar biofilmes e disserminar-se pela linha de processamento. A ação do ácido peracético e do hipoclorito de sódio demostraram desempenhos semelhantes nas 3 circunstâncias estudadas, mas não foram suficientemente eficazes nas condições do presente estudo, quando usados no sistema “Clean in place” para a remoção de B. cereus s.s. aderidos a superfícies de aço inoxidável do tipo AISI 304 submersas em leite. / Species included in B. cereus group are widely distributed in dairy environment and were frequently involved in foodborne diseases. They are considered as a concern for dairy industries despite they pose a risk for public health, also despite the able to biofilm formation on stainless steel surfaces, causing the persistent contamination of processed dairy products. This study aimed to investigate if specific strains and genes for biofilm formation are significantly distributed and overpresented in distinct stages of dairy production chain, classifies the potential for biofilm formation, and evaluate the performance and efficiency of peracetic acid and sodium hypochlorite, on a pilot scale simulated clean in place, on biofilms in the stainless steel surfaces in contact with milk. Bacillus cereus microorganisms from dairy farms, industries and dairy products were identified, specific genes (sipW, tasA, Spo0A and PlcR) were identified by genomic sequencing and to form biofilms was performed using polystyrene microplates. Was selected one isolate known to produce biofilms, and by means of experimental contamination, adhesion was induced on stainless steel coupon surfaces, in three different circumstances, including spore contamination, vegetative cells, and contamination followed by pasteurization. In the sequence, the coupons were subjected to the action of peracetic acid and sodium hypochlorite, applying them to the clean in place system, performed on a pilot scale. Among 69 isolates, 98.5% were classified as moderate biofilm producers. The isolates belong to phylogenetic groups II, III, IV, V and VI, and a high prevalence of genes was shown, which were well distributed to dairy production chain including dairy products. The adhesion of the microorganisms to the surfaces of the coupons reached 6.3x105 to 3.1x107CFU/cm2, resulting between 3.0x104 and 8.1x106CFU/cm2 at the end of the sanitization process. The results showed that the control of biofilms is fundamental and equally important in the various stages of the production chain, but especially in the operations of obtaining milk, by enabling the reduction of the initial contaminant load and consequently promotion of food safety, since once installed, these microorganisms can form biofilms and assay themselves through the processing line. The peracetic acid and sodium hypochlorite were similar performance, but were not sufficiently effective to control biofilms on conditions of this study, when used on a "clean in place" for the removal of B. cereus s.s. adhered to stainless steel surfaces of type AISI 304 submerged in milk. / Processo FAPESP: 2015/20874-0. Processo CNPq: 2014/166512-1

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2006. / Submitted by Alexandre Marinho Pimenta (alexmpsin@hotmail.com) on 2009-11-17T09:33:26Z No. of bitstreams: 1 2006_MarcosFranciscoRibeiroFerreira.pdf: 9587389 bytes, checksum: c5b7bbce352a72fe039d6258cccc3edc (MD5) / Approved for entry into archive by Carolina Campos(carolinacamposmaia@gmail.com) on 2009-12-07T17:30:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_MarcosFranciscoRibeiroFerreira.pdf: 9587389 bytes, checksum: c5b7bbce352a72fe039d6258cccc3edc (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-07T17:30:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_MarcosFranciscoRibeiroFerreira.pdf: 9587389 bytes, checksum: c5b7bbce352a72fe039d6258cccc3edc (MD5) Previous issue date: 2006 / Os projetos de seqüenciamento genômico desenvolvidos em todo o mundo geram uma enorme crescente quantidade de informações. Estas informações estão normalmente descritas nos formatos texto, HTML (Linguagem de Marcação de Hipertexto) ou XML (Linguagem de Marcação Extensível) e seu volume total pode chegar a centenas ou milhares de páginas. Assim, o armazenamento e análise destas informações requerem o uso de ferramentas e métodos computacionais que facilitem e apóiem as pesquisas biológicas. Além das informações de ESTs (Etiquetas de Seqüências Expressas) ou DNAs genômicos geradas pelos projetos de seqüenciamento, outros dados como comparações genômicas e genes diferencialmente expressos, obtidos por comparações usando BLAST (Ferramenta para Busca de Alinhamentos) e experimentos de macroarranjo de cDNA também são fornecidos em saídas textuais e exigem uma análise biológica. Estes conjuntos de dados são melhor analisados pelos biólogos quando representados graficamente ou através de tabelas. Neste contexto, este trabalho propõe dois métodos para visualização de dados gerados pelos projetos de seqüenciamento genoma realizados pelo Laboratório de Biologia Molecular da Universidade de Brasília - UnB. Comparações obtidas pelo BLAST entre as ESTs do fungo Paracoccidioides brasiliensis com os DNAs genômicos de dois outros fungos próximos filogeneticamente, o Aspergillus fumigatus e o Aspergillus nidulans, utilizando a ferramenta para visualização de dados genômicos GBrowse, permitirão inferir a organização dos genes do P. brasiliensis dentro dos seus cromossomos. Particularmente, a partir do modelo A. fumigatus, sintenias entre os genes do P. brasiliensis poderão ser identificadas. A partir destas inferências, experimentos biológicos poderão ser elaborados para confirmação da organização dos genes do P. brasiliensis. Por outro lado, visando contribuir para a análise do conjunto de genes diferenciais indicados por experimentos de macroarranjo de cDNA, implementamos a ferramenta PathwayView para localização destes genes nos mapas de vias metabólicas do KEGG (Enciclopédia de Genes e Genomas da Universidade de Kioto). A PathwayView contribuirá para processar um grande volume de dados, facilitando a localização das vias metabólicas e das enzimas diferenciais dentro destas vias. No caso específico do P. brasiliensis, esta ferramenta permitirá aprofundar, por exemplo, o conhecimento de como ocorre a adaptação biológica deste patógeno nos seres humanos, o que poderá indicar direções novas para o desenvolvimento de drogas ou fungicidas. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Genome sequencing projects developed worldwide produce an enormous and growing volume of information. These informations are usually described in text, HTML (Hypertext Markup Language) or XML (Extensible Markup Language) format, and they can be stored on hundreds or even thousands of pages. The storage and analysis of these information require computational tools and methods to facilitate and support the biological research. Besides the EST (Expressed Sequence Tags) information or genomic DNAs generated from the sequencing projects, other data such as genomic comparisons or differential gene expression, obtained from BLAST (Basic Alignment Search Tool) and cDNA macroarray experiments are available on text format which requires biological analysis. The work of the biologists can be supported if the available data is presented using graphics or tables. So, this work proposes two methods for visualizing data generated by the sequencing genome projects developed on the molecular biology of the University of Brasilia. Comparisons obtained by BLAST among the Paracoccidioides brasiliensis ESTs and the genomics DNAs of two others phylogenetic related fungi, Aspergillus fumigatus and Aspergillus nidulans, using a genomic visualization tool - GBrowse, allow to infer the organization of the P. brasiliensis genes inside its chromosomes. Particularly, from the model A. fumigatus, synteny among the P. brasiliensis genes could be identified. The inferences obtained by these comparisons can greatly help to develop biological experiments to confirm the organization of the P. brasiliensis genes. Besides, to contribute for the analysis of the set of differentially expressed genes indicated by cDNA macroarray experiments, a tool named PathwayView was built, to locate the differential genes into the KEGG metabolic pathways maps. PathwayView contribute to process a great volume of data, making easier to find the pathways and the enzymes inside these pathways. In the particular case of the P. brasiliensis fungus, for example, this tool could be used to increase the knowledge of how biological adaptation of this pathogen occurs in humans, which in turn, could indicate new directions for the development of new drugs or fungicides.

Scrapie ou paraplexia enzoótica dos ovinos é uma doença neurodegenerativa fatal que acomete ovinos e raramente caprinos. A doença é influenciada por polimorfismos nos códons 136, 154 e 171 do gene prnp que codifica a proteína priônica. Os animais podem ser susceptíveis ou resistentes, de acordo com as sequências alélicas observadas nos referidos códons. No Brasil ocorreram apenas casos de animais que foram importados, sendo o país considerado livre da doença. Neste trabalho foi realizada a genotipagem dos diferentes polimorfismos associados ao desenvolvimento do scrapie e a categorização em animais susceptíveis e resistentes. Foram sequenciadas 118 amostras provenientes de ovinos da raça Santa Inês criados em propriedades localizadas no Estado de São Paulo. Destas amostras foram identificados 6 alelos e 11 genótipos (ARQ/ARQ, ARR/ARQ, ARQ/AHQ, ARQ/VRQ, AHQ/AHQ, ARR/ARR, ARR/AHQ, VRQ/VRQ, ARQ/TRQ, TRR/TRR, TRQ/TRQ), dentre os quais o genótipo ARQ/ARQ teve ocorrência de 56,7%. Em nosso estudo foi detectada a presença da tirosina no códon 136, observação rara na medida em quenão existem relatos nacionais e relatos envolvendo a raça Santa Inês descrevendo este polimorfismo. Com os resultados obtidos, foi possível determinar a existência de grande variabilidade genética relacionada à raça Santa Inês no Estado de São Paulo, apesar da variabilidade, apenas 1,69% dos genótipos observados são extremamente resistentes ao scrapie. Estes dados demonstram que a raça nativa Santa Inês pode ser considerada potencialmente susceptível ao scrapie. / Enzootic paraplexia or scrapie is a fatal neurodegenerative disease affecting mainly sheep and rarely goats. The disease is influenced by polymorphisms at codons 136, 154 and 171 of prnp gene that encodes the prion protein. The animals may be susceptible or resistant to the development of the disease according to the allelic sequences observed in these codons. In Brazil there were only cases of scrapie in imported animals, therefore the country is considered free of the disease. This study performed the genotyping of different polymorphisms associated to the development of scrapie. Then, based on these findings the animals were categorized in resistant and susceptible. A total of 118 samples were sequenced from the Santa Ines sheep raised on properties located in the State of Sao Paulo. From these samples, 6 alleles and 11 genotypes were identified (ARQ / ARQ, ARR / ARQ, ARQ / AHQ, ARQ / VRQ, AHQ / AHQ, ARR / ARR, ARR / AHQ, VRQ / VRQ, ARQ / TRQ, TRR / TRR, TRQ / TRQ), the genotype ARQ / ARQ presented a frequency of 56.7%. It was also detected the presence of tyrosine at codon 136, which may be considered a rare observation, since there is no report regarding Santa Ines breeding presenting this polymorphism. These results showed the great genetic variability in Santa Ines in Sao Paulo and only 1,69% of the genotypes observed are extremely resistant to scrapie. These data demonstrate that the Santa Ines sheep can be considered potentially susceptible to scrapie.

Scrapie ou paraplexia enzoótica dos ovinos é uma doença neurodegenerativa fatal que acomete ovinos e raramente caprinos. A doença é influenciada por polimorfismos nos códons 136, 154 e 171 do gene prnp que codifica a proteína priônica. Os animais podem ser susceptíveis ou resistentes, de acordo com as sequências alélicas observadas nos referidos códons. No Brasil ocorreram apenas casos de animais que foram importados, sendo o país considerado livre da doença. Neste trabalho foi realizada a genotipagem dos diferentes polimorfismos associados ao desenvolvimento do scrapie e a categorização em animais susceptíveis e resistentes. Foram sequenciadas 118 amostras provenientes de ovinos da raça Santa Inês criados em propriedades localizadas no Estado de São Paulo. Destas amostras foram identificados 6 alelos e 11 genótipos (ARQ/ARQ, ARR/ARQ, ARQ/AHQ, ARQ/VRQ, AHQ/AHQ, ARR/ARR, ARR/AHQ, VRQ/VRQ, ARQ/TRQ, TRR/TRR, TRQ/TRQ), dentre os quais o genótipo ARQ/ARQ teve ocorrência de 56,7%. Em nosso estudo foi detectada a presença da tirosina no códon 136, observação rara na medida em quenão existem relatos nacionais e relatos envolvendo a raça Santa Inês descrevendo este polimorfismo. Com os resultados obtidos, foi possível determinar a existência de grande variabilidade genética relacionada à raça Santa Inês no Estado de São Paulo, apesar da variabilidade, apenas 1,69% dos genótipos observados são extremamente resistentes ao scrapie. Estes dados demonstram que a raça nativa Santa Inês pode ser considerada potencialmente susceptível ao scrapie. / Enzootic paraplexia or scrapie is a fatal neurodegenerative disease affecting mainly sheep and rarely goats. The disease is influenced by polymorphisms at codons 136, 154 and 171 of prnp gene that encodes the prion protein. The animals may be susceptible or resistant to the development of the disease according to the allelic sequences observed in these codons. In Brazil there were only cases of scrapie in imported animals, therefore the country is considered free of the disease. This study performed the genotyping of different polymorphisms associated to the development of scrapie. Then, based on these findings the animals were categorized in resistant and susceptible. A total of 118 samples were sequenced from the Santa Ines sheep raised on properties located in the State of Sao Paulo. From these samples, 6 alleles and 11 genotypes were identified (ARQ / ARQ, ARR / ARQ, ARQ / AHQ, ARQ / VRQ, AHQ / AHQ, ARR / ARR, ARR / AHQ, VRQ / VRQ, ARQ / TRQ, TRR / TRR, TRQ / TRQ), the genotype ARQ / ARQ presented a frequency of 56.7%. It was also detected the presence of tyrosine at codon 136, which may be considered a rare observation, since there is no report regarding Santa Ines breeding presenting this polymorphism. These results showed the great genetic variability in Santa Ines in Sao Paulo and only 1,69% of the genotypes observed are extremely resistant to scrapie. These data demonstrate that the Santa Ines sheep can be considered potentially susceptible to scrapie.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-02-06T17:05:35Z No. of bitstreams: 1 2016_AdrianadeOliveiraSantosAlfani_Parcial.pdf: 1139143 bytes, checksum: dd954dd6f8c1114fccbc8298c25b2c33 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-03-24T21:48:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AdrianadeOliveiraSantosAlfani_Parcial.pdf: 1139143 bytes, checksum: dd954dd6f8c1114fccbc8298c25b2c33 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T21:48:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AdrianadeOliveiraSantosAlfani_Parcial.pdf: 1139143 bytes, checksum: dd954dd6f8c1114fccbc8298c25b2c33 (MD5) / A leishmaniose tegumentar americana (LTA) é uma doença infecciosa, endêmica e reemergente da pele e mucosa, causada por várias espécies de Leishmania. Nas últimas décadas a primeira linha de escolha de tratamento das leishmanioses tem sido o antimônio pentavalente (SbV) cujo o surgimento de resistência e este medicamento está se tornando um problema de saúde pública. Em alguns estudos foi observado que a HSP70 quando super expressa aumentou a tolerância ao SbIII em isolados resistentes de Leishmania. O objetivo geral deste projeto foi identificar proteínas dos isolados de leishmânias dos pacientes tratados com antimonial pentavalente (SbV) que possam estar relacionadas à resistência ao tratamento. No presente estudo, após avaliação do sequenciamento, os genes foram sub clonados individualmente no vetor pET-19b e utilizadas as enzimas de restrição (Nde1 e BamHI), produzidos anticorpos para as proteínas recombinantes de HSP70 e ATPase. Avaliou-se 12 isolados de pacientes resistestes e não resistentes ao tratamento. Ocorreu diminuição das formas promastigotas na maioria dos isolados tratados com IC 50 do N - metilglucamina. Verificou-se que não houve diferença significativa representativa na expressão das proteínas HSP70 e ATPase de isolados de pacientes com falha terapêutica e pacientes que não apresentaram falha terapêutica. A observação dos genes super expressos estudados em isolados considerados resistentes e não resistentes in vitro mostrou-se em diferentes concentrações em isolados de pacientes que apresentaram falha terapêutica, sugerindo que a falha, em sua maioria, ocorreu por características do hospedeiro. / American cutaneous leishmaniasis (ACL) is an infectious, endemic and reemergent disease of the skin and mucosa caused by several species of Leishmania. In the last decades the first line of choice of treatment of leishmaniasis has been pentavalent antimony (SbV) whose emergence of resistance and this drug is becoming a public health problem. In some studies it was observed that HSP70 when super expressed increased tolerance to SbIII in resistant isolates of Leishmania. The overall objective of this project was to identify proteins from leishmaniasis isolates from patients treated with pentavalent antimonial (SbV) to be related to resistance to treatment. In the present study, after sequencing evaluation, the genes were subcloned individually into the pET-19b vector and the restriction enzymes (Nde1 and BamHI), produced antibodies to the HSP70 and ATPase recombinant proteins, were used to evaluate 12 isolates from patients Resistant and not resistant to outpatient treatment. There was a decrease in promastigote forms in the majority of isolates treated with IC 50 of N - methylglucamine. It was verified that there was no representative difference in the expression of HSP70 and ATPase proteins from isolates of patients with failed therapy and patients who did not present therapeutic failure. The observation of the superexpressed genes studied in isolates considered resistant and not resistant in vitro was demonstrated in different concentrations in isolates of patients that presented therapeutic failure, suggesting that the fault, for the most part, occurred due to host characteristics.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-01-14T16:07:26Z No. of bitstreams: 1 2015_MarcosdeOliveira.pdf: 1836139 bytes, checksum: 68c2be046bbcda4dd5c74438f2d2481e (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-01-22T11:46:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_MarcosdeOliveira.pdf: 1836139 bytes, checksum: 68c2be046bbcda4dd5c74438f2d2481e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-22T11:46:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_MarcosdeOliveira.pdf: 1836139 bytes, checksum: 68c2be046bbcda4dd5c74438f2d2481e (MD5) / O cerrado é o segundo maior bioma do Brasil, guardando um grande potencial microbiológico. Sua vegetação endêmica é rica em frutos que muitas vezes são desconhecidos dentro da própria população brasileira. Frutos como araticum, pequi, mangaba, coquinho, buriti são alguns exemplos destes frutos ricos em nutrientes, principalmente carboidratos e lipídios. Devido essas características químicas e o ambiente onde residem os frutos promovem um cenário ideal para o desenvolvimento de leveduras. É importante conhecer estes micro-organismos, pois podem produzir várias substâncias com potêncial biotecnológico nas áreas da produção agrícola, saúde, indústrias e alimentícios. O objetivo deste trabalho foi estudar a ocorrência de leveduras em frutos do cerrado, fazer a caracterização molecular e enzimática destes isolados. Foram coletados 13 frutos do cerrado: pequi, mangaba, caju do cerrado, cagaita, pitomba, coco guariroba, araçá, jatobá do cerrado, maracujá do cerrado, lobeira, buriti, araticum e coquinho azedo sendo isoladas 85 leveduras. A caracterização genética dos isolados foram feitas por meio de técnica de MSP-PCR e posteriormente agrupadas pelo programa Bionumerics® por similaridades de seus perfis eletroforéticos. Para a identificação dos isolados foi realizado o sequenciamento da região D1/D2 do gene 26S. Foram encontrados 14 gêneros: Candida, Meyerozyma, Hanseniaspora, Debaryomyces, Pichia, Wickerhamomyes, Lodderomyces, Eremothecium, Bandoniozyma, Issatchenkia, Rhodotorula, Rhodosporidium, Pseudozyma e Cryptococcus. Os testes enzimáticos com amilase, pectinase, celulase e protease mostraram que 54 isolados produziram algum tipo dessas enzimas e 25 apresentaram no mínimo duas. As enzimas mais produzidas pelos isolados foram protease com aproximadamente 35%, seguida de celulase com 23%, pectinase com 16% e amilase com 13%. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Cerrado is the second largest biome in Brazil, keeping a large microbiological potential. Its endemic vegetation is rich in fruits that are often unknown within the brazilian population. Fruits like araticum, pequi, mangaba, coconuts, buriti are some examples of these fruits rich in nutrients, especially carbohydrates and lipids. Because of these chemical characteristics and the environment in which the fruits reside promote an ideal setting for the growth of yeasts. It is important to know these microorganisms as they can produce various substances with biotechnological potential in the areas of agriculture, health and food industries. The objective of this work was to study the occurrence of yeasts in fruits of the cerrado, make the molecular and enzymatic characterization of isolates. Were collected 13 fruits of the cerrado: pequi, mangaba, caju the cerrado, cagaita, pitomba, guariroba coconut, araçá, jatoba the cerrado, maracujá the cerrado, lobeira, buriti, araticum and sour coquinho being isolated 85 yeasts. Genetic characterization of the isolates were made by MSP-PCR and subsequently grouped by Bionumerics® program for similarities of their electrophoretic profiles. For the identification of the isolates was carried region sequencing the D1 / D2 26S gene. 14 genera were found: Candida, Meyerozyma, Hanseniaspora, Debaryomyces, Pichia, Wickerhamomyes, Lodderomyces, Eremothecium, Bandoniozyma, Issatchenkia, Rhodotorula, Rhodosporidium, Pseudozyma and Cryptococcus. Enzymes tested amylase, pectinase, cellulase and protease showed that 54 isolates produced some type of these enzymes and 25 had at least two. The enzymes produced by the isolates were more protease about 35%, then 23% of cellulase, pectinase and amylase with 16% to 13%.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-01-29T12:40:12Z No. of bitstreams: 1 2015_LucianaCristineVasquesVillela.pdf: 3463694 bytes, checksum: bb96f6b7920ac6f1631387c97ca1bd5e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-02-01T20:45:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_LucianaCristineVasquesVillela.pdf: 3463694 bytes, checksum: bb96f6b7920ac6f1631387c97ca1bd5e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-01T20:45:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_LucianaCristineVasquesVillela.pdf: 3463694 bytes, checksum: bb96f6b7920ac6f1631387c97ca1bd5e (MD5) / A cachara do pantanal (Pseudoplatystoma reticulatum) é uma espécie de bagre neotropical nativa do Brasil historicamente importante para a pesca comercial e esportiva. A produção dos bagres e de seus híbridos em cativeiro apresentou uma taxa de crescimento de mais de 100% entre 2010 e 2011, chegando a 17.619 toneladas. A geração de híbridos com o pintado (P. corruscans) vem sendo amplamente utilizada pelo setor produtivo para obter peixes superiores para o cultivo, que apresentam vigor híbrido, além das características superiores de cada uma das espécies puras. Contudo, essa prática apresenta uma ameaça para o desenvolvimento sustentável da piscicultura dos surubins, já que os híbridos gerados são férteis e podem retrocruzar com populações selvagens e estoques puros de reprodutores mantidos em cativeiro. Ferramentas de vanguarda são necessárias para alavancar o desenvolvimento de tecnologias avançadas para a criação da cachara em cativeiro, como a detecção de introgressões interespecíficas, e métodos aprimorados de reprodução e de monitoramento e melhoramento genético de estoques de reprodutores. Inicialmente, um ensaio de minisequenciamento (SNaPshot©) foi desenvolvido e validado com base em marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) espécie-específicos disponíveis na literatura, derivados de dois genes mitocondrais (16S e COI) e quatro genes nucleares (RAG2, GLOB, 18S e EF1α). Adicionalmente, análises do transcriptoma de sete tecidos (músculo branco, músculo vermelho, hipófise, gônada, rim, fígado e brânquia) de cacharas e híbridos de cachara/pintado foram realizadas para caracterizar o transcriptoma da espécie e prospectar SNPs espécie-específicos. RNA extraído de cada um dos tecidos de 17 cacharas e nove híbridos foi combinado em quantidades equimolares e utilizado para gerar 16 bibliotecas de cDNA: uma biblioteca para cada tecido de cada espécie (n=14) e uma biblioteca contendo todos os tecidos para cada espécie (n=2); as quais foram sequenciadas com tecnologia Illumina com protocolos de sequenciamento de 100 e 300 pb de comprimento. Um total de 997.043.038 fragmentos sequenciados foram processados com os programas Trinity e BWA para montagem do transcriptoma das duas espécies (cachara e híbridos de pintado) e identificação de SNPs, respectivamente. A análise do transcriptoma da cachara revelou um total de 93.674 transcritos únicos, além de 37.917 transcritos tecido-específicos e 7.456 transcritos presentes em todos os tecidos analisados. Um total de 647.954 SNPs foram identificados nas sequências analisadas, sendo que 64 SNPs espécie-especificos foram identificados, satisfazendo critérios de espaçamento e posição nos transcritos analisados, os quais serão adequados para identificar introgressões da ordem de 1,65% entre genomas da cachara e do pintado. Adicionalmente, uma montagem do DNA mitocondrial da cachara foi produzida com base nas sequências de cDNA analisadas e sequências da região controle D-loop geradas com sequenciamento Sanger. O mitogenoma completo da cachara apresentou 16.576 pb de comprimento, e a mesma estrutura básica, ordem e organização gênica observada nos mitogenomas de outras espécies de vertebrados. As informações e conhecimentos gerados neste estudo serão disponibilizadas publicamente, e poderão ser empregadas no desenvolvimento de novos estudos em áreas como filogeografia, sistemática filogenética, genética de populações, conservação e melhoramento da cachara e de outros bagres tropicais. / Pantanal (Brazilian wetlands) cachara (Pseudoplatystoma reticulatum) is a Brazilian native neotropical catfish historically important for commercial and sport fisheries. Catfish and hybrids aquaculture production showed a growth rate over 100% between 2010 and 2011, reaching 17,619 tonnes. The hybrids generation with pintado (P. corruscans) has been widely used by growers to obtain superior fishes, with hybrid vigor, in addition to pure species superior characteristics. However, this practice is a menace to sustainable catfish aquaculture development hence the hybrids are fertile and can backcross with wild populations and pure broodstocks maintained in captivity. The use of cutting-edge tools is necessary to boost the advanced technologies development for cachara farming, like interspecific introgression detection, and improved bloodstock’s reproduction, monitoring and breeding methods. Initially a minisequencing assay (SNaPshot©) was developed and validated based on specie-specific SNP (Single Nucleotide Polymorphism) tracers available at literature, derived from two mitochondrial genes (16S and COI) and four nuclear genes (RAG2, GLOB, 18 S and EF1α). Additionally, transcriptome analysis of seven tissues (white muscle, red muscle, hypophysis, gonad, kidney, liver and gill) of cachara and hybrids of cachara/pintado were carried to characterize the transcriptome of the species and search for specie-specific SNPs. The RNA extracted from each tissue of 17 cachara and nine hybrids were combined in equimolar quantities and used to generate 16 cDNA libraries: one library, for each tissue of each specie (n=14) and a library containing all tissues of each specie (n=2), which were sequenced with Illumina technology with sequencing protocols of 100 and 300 pb in length. A total of 997,043,038 sequenced fragments were processed with Trinity and BWA programs to transcriptome assembly of two species (cachara and pintado hybrids) and SNPs identification, respectively. The transcriptome analysis of cachara revealed a total of 93,674 unique transcripts, in addition to 37,917 tissue-specific transcripts and 7,456 transcripts present in all analyzed tissues. A total of 647,954 SNPs were identified in the analyzed sequences, amongst them 64 specie-specific SNPs, satisfying spacing and position criteria in the studied transcripts which were suitable for introgression identification in the order of 1.65% between cachara and pintado genome. Besides, a mitochondrial DNA assembly were produced based on the analyzed cDNA and D-loop control region sequences using Sanger sequencing. The cachara complete metagenome showed 16,576 bp in length, and the same basic structure, order and gene organization observed in the metagenomes of other vertebrate species. The novel information and knowledge generated by this study will be public available and can be used in the development of new researches in filo geography, filogenetic systematics, population genetics, cachara and other tropical catfish conservation and breeding.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2015. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2016-02-04T15:52:54Z No. of bitstreams: 1 2015_MarcoAntônioCaldasdeFigueirêdoJúnior.pdf: 2211162 bytes, checksum: 999b7a9af378fd239a06877f9dbd003b (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-02-04T15:56:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_MarcoAntônioCaldasdeFigueirêdoJúnior.pdf: 2211162 bytes, checksum: 999b7a9af378fd239a06877f9dbd003b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-04T15:56:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_MarcoAntônioCaldasdeFigueirêdoJúnior.pdf: 2211162 bytes, checksum: 999b7a9af378fd239a06877f9dbd003b (MD5) / A comparação de sequências biológicas é uma tarefa importante executada com frequência na análise genética de organismos. Algoritmos que realizam este procedimento utilizando um método exato possuem complexidade quadrática de tempo, demandando alto poder computacional e uso de técnicas de paralelização. Muitas soluções têm sido propostas para tratar este problema em GPUs, mas a maioria delas são implementadas em CUDA, restringindo sua execução a GPUs NVidia. Neste trabalho, propomos e avaliamos o MASA-OpenCL, solução desenvolvida em OpenCL capaz de executar a comparação paralela de sequências biológicas em plataformas heterogêneas de computação. O MASA-OpenCL foi testado em diferentes modelos de CPUs e GPUs, avaliando pares de sequências de DNA cujos tamanhos variam entre 10 KBP (milhares de pares de bases) e 47 MBP (milhões de pares de bases), com desempenho superior a outras soluções existentes baseadas em CUDA. A solução obteve um máximo de 179,2 GCUPS (bilhões de células atualizadas por segundo) em uma GPU AMD R9 280X. Até onde temos conhecimento, esta é única solução implementada em OpenCL que realiza a comparação de sequências longas de DNA, e o desempenho alcançado é, até o momento, o melhor já obtido com uma única GPU. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The comparison of biological sequences is an important task performed frequently in the genetic analysis of organisms. Algorithms that perform biological comparison using an exact method require quadratic time complexity, demanding high computational power and use of parallelization techniques. Many solutions have been proposed to address this problem on GPUs, but most of them are implemented in CUDA, restricting its execution to NVidia GPUs. In this work, we propose and evaluate MASA-OpenCL, which is developed in OpenCL and capable of performing parallel comparison of biological sequences in heterogeneous computing platforms. The application was tested in different families of CPUs and GPUs, evaluating pairs of DNA sequences whose sizes range between 10 KBP (thousands of base pairs) and 47 MBP (millions of base pairs) with superior performance to other existing solutions based on CUDA. Our solution achieved a maximum of 179.2 GCUPS (billions of cells updated per second) on an AMD R9 280X GPU. As far as we know, this is the only solution implemented in OpenCL that performs long DNA sequence comparison, and the achieved performance is, so far, the best ever obtained on a single GPU.