Šio darbo tikslas buvo dviejų naujų, Lietuvoje išskirtų, virulentinių bakteriofagų – Salmonella fago VinS9 ir Klebsiella fago RaK2 charakterizavimas genetiniais ir biocheminiais metodais. Darbų metu atlikus bioinformacinę analizę paaiškėjo, kad fago VinS9 genominės DNR sekos homologiškiausios Myoviridae šeimai priklausančių Salmonella fago Vi01 (97-99%) ir Shigella fago phiSboM-AG3 (70-80%) genomų sekoms. Pilnai nustatytos fago VinS9 koduojamos T4 esminių struktūrinių (g21, g22, g23) ir funkcinių (g41 (helikazės), g61 (praimazės), g44-62 (DNR polimerazės žiedo užkėlėjo), g43 (DNR polimerazės)) genų produktų homologų sekos. Darbo metu taip pat atlikta ~300 kb (iš esamų~ 350 kb) bakteriofago RaK2 genomo sekų analizė, nustatyti 362 hipotetiniai ASR, tarp jų esminių bakteriofagų struktūrinių ir funkcinių genų produktų homologai. Atskleista, kad didžioji dalis (63%) RaK2 ASR neturi patikimos homologijos su kitų bakteriofagų genų sekomis, bet aptinkami kituose organizmuose (daugiausia bakterijose). 27% ASR koduoja baltymus, homologiškus kitų fagų baltymams ribose nuo 18% iki 58% (iš kurių didžioji dauguma pasižymi didžiausia a.r. sekų homologija su T4-tipo fagų a.r. sekomis). Likusių 10 % RaK2 ASR analogų NCBI duomenų bazėje nebuvo rasta. Bakteriofagų genominės DNR metilinimo tyrimais įrodyta, kad tirtieji RaK2 genominės DNR fragmentai yra metilinti, o VinS9 – ne. Tuo tarpu fagų virionų struktūrinių baltymų analizė atskleidė, kad VinS9 ir T4 pagrindinio struktūrinio viriono baltymo... [toliau žr. visą tekstą] / The aim of this work was to biochemically and genetically characterize two novel, virulent bacteriophages VinS9 and RaK2 infecting Salmonella and Klebsiella, respectively. Bioinformatic analyses uncovered that the genomic DNA sequences of bacteriophage VinS9 have the biggest homology with Salmonella phage Vi01 (97-99%) and Shigella phage phiSboM-AG3 (70-80%) which belong to the Myoviridae family. The sequences of Vins9 hypothetical ORFs were determined and it was also shown that they share homology with phage’s T4 essential structural (g21, g22, g23) and functional (g41 (helicase), g61 (primase), g44-62 (DNA clamp-loader subunits), g43 (DNA polymerase)) genes. RaK genome sequences were also analyzed, where ~300 kb of the total ~ 350 kb genome contained 362 hypothetical ORFs showing homologies with essential structural and functional genes of other bacteriophages. It was established, that most of the RaK2 ORFs (63%) do not have reliable homology with sequences of other phages, but are found in other organisms, especially in bacteria. 27% ORFs codes proteins, that share homology with proteins of other phages with identity between 18% and 58% (most of them are the most homological with genome sequences of phage T4). The last 10% ORFs of the phage RaK2 had no homologues in national databases tested. DNA methylation experimental analyses unraveled that RaK2 genomic DNA fragments are methylated, while VinS9 genomic DNA fragments were not. The analysis of phages structural virion... [to full text]
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LABT_ETD/oai:elaba.lt:LT-eLABa-0001:E.02~2011~D_20140627_172031-54916 |
| Date | 27 June 2014 |
| Creators | Šimoliūnas, Eugenijus |
| Contributors | Truncaitė, Lidija, Vilnius University |
| Publisher | Lithuanian Academic Libraries Network (LABT), Vilnius University |
| Source Sets | Lithuanian ETD submission system |
| Language | Lithuanian |
| Detected Language | English |
| Type | Master thesis |
| Format | application/pdf |
| Source | http://vddb.library.lt/obj/LT-eLABa-0001:E.02~2011~D_20140627_172031-54916 |
| Rights | Unrestricted |
Page generated in 0.002 seconds