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Previous issue date: 2015-06-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / The penaeid shrimp (Crustacea, Decapoda, Penaeidae) are the most economically fishing
resource of the greatest global importance both for fisheries and the aquaculture industry.
Shrimp fishing is one of the pillars of national economy in Mozambique, where they provide
around USD 80,000,000 per year in export earnings. In recent years there has been observing a reduction in the shrimp fishery industry probably due the over-exploitation or due the presence of other shrimp species that were not been observed on the coast Mozambique
before which may competing for the ecological niche. Despite the great fishing economic
importance of penaeid shrimps in Mozambique, there is no genetic scientific literature
available thus far on their genetic characteristics. Therefore, this is the first work addressing
the genetic diversity of penaeids species of greatest economic value from Mozambique coast
F. indicus and M. monoceros, for the first time shrimp from this coast were identified using
DNA Barcoding tool. In addition, for the first time sequences of penaeid shrimp from
Mozambique coast were deposited in GenBank and Bold system. The objective of this study
was to evaluate the genetic diversity and population structure of the species F. indicus and M. monoceros, and identify nine species of penaeids from the Mozambican coast. To assess the genetic diversity and structure of F. indicus and M. monoceros, 160 samples were collected
along the Mozambique coast. Three mitochondrial genes (COI, Cyt b, and the control region D-loop) were analyzed. A great genetic diversity was observed, however, the D-loop
presented higher values (F. indicus: Hd = 1, h = 13; Hi = 0.0133, M. monoceros Hd = 0,99;
H-24; and Hi = 0.0092). D-loop showed unique haplotypes; the Tajima D test and Fu Fs
values were negative and significant for the COI and Cyt b genes. The mismatch distribution
curves suggested that the two espéceis undergone to a recent population expansion (10.397 to 28.418) years ago F. indicus and M. monoceros respectively. The AMOVA analysis showed that over 99% of the variation occurs within populations. The Fst Pairwise values pointed to a non structured population. The nature of ocean currents along the Mozambique channel as well as the complete absence of physical and / or environmental barriers may be the main factors that influence the non structure of these two species. To identify shrimp penaeids from Mozambique based on DNA barcondig, a total of 69 samples were collected in the Maputo
Bay. The genetic distance tree grouped six species into two clades as to the place of origin,
suggesting the presence of cryptic species. The intraspecific genetic distance ranged from (0
to 8.636) and interspecific distance from (3.897 to 21.558). The distance distribution analysis
10 of the nearest neighbor ranged from (3.897-18.971). The DNA Barcoding identification tool
was efficient to identify the Penaeid species from mozambican coast. However the presence
of cryptic species pointed the need for further studies which must be conducted using
molecular analyzes; morphological taxonomy and the ecological treats to evaluate each of the
sibling species to reach a correct decision of the taxonomic status. / Os camarões peneídeos (Crustacea, Decapoda, Penaeidae) constituem um recurso pesqueiro
de grande importância econômica mundial tanto para a indústria pesqueira quanto para a
aquicultura. Em Moçambique, a indústria pesqueira constitui uma das bases da sua economia, onde a pesca do camarão chega a render cerca de 80 milhões de dólares anuais. Nos últimos anos, tem-se verificado uma redução na pesca do camarão, provavelmente devido à
sobrexplotação e à presença de espécies exóticas. Este é o primeiro estudo genético
envolvendo as espécies de maior valor econômico de Moçambique. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional das espécies Fenneropeaneus indicus e Metapenaeus monoceros e identificar através do DNA barcoding nove espécies de camarão peneídeo. Para avaliar a diversidade e a estrutura genética de F. indicus e M. monoceros, foram coletadas 160 amostras ao longo da costa de Moçambique e analisados os genes mitocondriais COI (citocromo oxidase subunidade 1), Cyt b (citocromo oxidase subunidade b) e a região controle D-loop. Foi observada uma alta diversidade genética, sendo que o D-loop apresentou os valores mais elevados (F. indicus: Hd=1; h=13; Hi=0,0133; M. monoceros: Hd=0,99; h=24; e Hi=0,0092). O D-loop apresentou haplótipos únicos. Os valores do teste D de Tajima e Fs de Fu foram negativos e significativos para os genes COI e
Cyt b. As curvas de distribuição mismatch sugeriram que as duas espécies passaram por uma expansão populacional recente de 10,397 e 28,418 anos para F. indicus e M. monoceros,
respectivamente. A AMOVA referente aos genes COI e Cyt b mostrou que mais de 99% da
variação ocorre dentro das populações. Os valores de FST par a par indicaram não haver
estruturação populacional. A natureza das correntes marinhas ao longo do canal de
Moçambique, bem como a ausência completa de barreiras físicas e/ou ambientais podem ser
os principais fatores que influenciam a manutenção destas duas espécies como populações únicas. Para a identificação dos peneídeos de Moçambique com base no DNA barcondig, um total de 69 amostras foi coletado na Baía de Maputo. A árvore de distância genética agrupou seis espécies em dois clados com relação ao lugar de origem, sugerindo a presença de duas linhagens. A distância genética intraespecífica variou de 0 a 8,636 e a distância interespecífica variou de 3,897 a 21,558. A análise da distribuição de distância para o vizinho mais próximo variou de 3, 897 a 18,971. A ferramenta de identificação DNA barcoding, foi eficiente na identificação das espécies de peneídeos da costa moçambicana.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/7517 |
| Date | 23 June 2015 |
| Creators | Simbine, Luisa |
| Contributors | Galetti Júnior, Pedro Manoel |
| Publisher | Universidade Federal de São Carlos, Câmpus São Carlos, Programa de Pós-graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular, UFSCar |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFSCAR, instname:Universidade Federal de São Carlos, instacron:UFSCAR |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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