The Photosystem II complex (PSII) contains besides D1, D2, CP43, CP47 and several lumenal extrinsic proteins also a large number of small intrinsic subunits. These subunits are found in all kinds of oxygenic phototrophs and their sequences are usually highly conserved. It is assumed that the small subunits are involved in stabilization, assembly or dimerization of the PSII complex but their exact function remains largely unknown. Thus, we chose four small PSII proteins: cytochrome b-559, PsbH, PsbI and Psb28, and we studied their function and location in PSII of the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803. We attempted: (i) to better define the role of cyt b-559 in the assembly of PSII using various mutant strains lacking one or more PSII core protein subunits; (ii) to clarify the location of the PsbH subunit using NTA gold labelling methodology; (iii) to improve the available knowledge on function of the PsbI protein in the assembly and repair of the cyanobacterial PSII; and (iv) to confirm the presence of the Psb28 protein in PSII, to localize it and to establish its importance for the cyanobacterial PSII.

O grupo neuwiedi é composto por oito espécies amplamente distribuídas na diagonal das formações abertas da América do Sul: Bothrops diporus, B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pauloensis e B. pubescens. Foi utilizada uma amostra de 140 espécimes, com intuito de fornecer um teste independente, do limite das espécies e uma hipótese filogenética para os membros do grupo. As inferências filogenéticas realizadas a partir da máxima parcimônia, máxima verossimilhança e análise bayesiana, utilizando sequências de 1018 pb dos genes mitocondriais citocromo b e ND4 combinados, recuperaram topologias similares, nas quais as espécies do grupo neuwiedi formam um grupo monofilético com elevados valores de suporte. Foi recuperado o monofiletismo recíproco para as espécies B. erythromelas, B. lutzi e B. pubescens. Entretanto, B. diporus, B. mattogrossensis, B. neuwiedi, B. marmoratus e B. pauloensis apresentaram-se parafiléticas ou polifiléticas, como atualmente definidas. Haplótipos de Bothrops diporus e B. mattogrossensis foram recuperados em dois clados distintos, B. neuwiedi e B. marmoratus em três clados, e B. pauloensis em quatro clados. Os padrões parafiléticos e polifiléticos recuperados para os haplótipos podem ser decorrentes de um arranjo taxonômico inadequado, retenção de morfologia ancestral, convergência morfológica, plasticidade fenotípica, eventos de introgressão genética recente e antiga na história evolutiva do grupo, homoplasia molecular e retenção de polimorfismo ancestral, fenômenos que não são mutuamente exclusivos. O compartilhamento de haplótipos de DNA mitocondrial, simpatria e indivíduos de morfologia intermediária entre B. marmoratus e B. pauloensis são evidências que sugerem a ocorrência de introgressão recente e a existência de uma zona de hibridação na região central do Brasil. As inferências filogenéticas para o grupo neuwiedi sugerem a possível existência de espécies crípticas, demonstrando a necessidade premente de uma reavaliação da taxonomia corrente, a partir da análise conjunta dos dados morfológicos e DNA mitocondrial aqui apresentados. Também serão necessários estudos complementares a partir de marcadores nucleares. Esta pesquisa, quando comparada aos estudos filogenéticos prévios, representa um marcante aumento na quantidade e qualidade da amostragem para o grupo neuwiedi, incluindo todas as espécies atualmente reconhecidas e amostra de 140 indivíduos para 92 localidades de 13 Estados do Brasil, fornecendo importantes informações para o entendimento e conservação da biodiversidade das serpentes Neotropicais. / The neuwiedi group of species of the genus Bothrops is widespread in open areas of South America, and it is composed by eight current species: Bothrops diporus, B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pauloensis, and B. pubescens. A total of 140 samples were used to provide an independent test of the species boundaries and a hypothesis of phylogenetic relationships among the members of this group. Our combined data (1018 bp of cyt b and ND4 from mtDNA) recovered the neuwiedi group as a highly supported monophyletic group in Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Analyses. Reciprocal monophyly for each B. erythromelas, B. lutzi and B. pubescens was recovered. However, B. diporus, B. mattogrossensis, B. neuwiedi, B. marmoratus and B. pauloensis showed to be paraphyletic and polyphyletic as currently defined. Haplotypes from each B. diporus and B. mattogrossensis were recovered in two different clades, B. neuwiedi and B. marmoratus were recovered in three clades, and B. pauloensis in four clades. The lack of monophyletic species could be explained by imperfect taxonomic analysis method, retention of ancestral morphology, convergent morphology, plasticity phenotipic, recent and ancient introgression, molecular homoplasy and incomplete lineage sorting, and these phenomena are not mutually exclusive. Sympatry, phenotipycally intermediate specimens and mtDNA haplotypes shared between B. marmoratus and B. pauloensis, provide evidences for recent introgression and the possibility of occurrence of a hybrid zone in Central Brazil. These phylogenetic inferences within neuwiedi group suggest the possible occurrence of cryptic species which were no detected morphologically, and the necessity of a current taxonomy review based on combining data presented here to morphological data. Compared to previous phylogenetic studies, the investigation presented here represents a remarkable increasing in quantity and quality concerning the group sampling, since it includes all the currently recognized species and samples of 140 individuals from 92 localities of 13 states of Brazil. It has never been done before, and supplies important information for understanding and to the conservation of Neotropical snake biodiversity.

O grupo neuwiedi é composto por oito espécies amplamente distribuídas na diagonal das formações abertas da América do Sul: Bothrops diporus, B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pauloensis e B. pubescens. Foi utilizada uma amostra de 140 espécimes, com intuito de fornecer um teste independente, do limite das espécies e uma hipótese filogenética para os membros do grupo. As inferências filogenéticas realizadas a partir da máxima parcimônia, máxima verossimilhança e análise bayesiana, utilizando sequências de 1018 pb dos genes mitocondriais citocromo b e ND4 combinados, recuperaram topologias similares, nas quais as espécies do grupo neuwiedi formam um grupo monofilético com elevados valores de suporte. Foi recuperado o monofiletismo recíproco para as espécies B. erythromelas, B. lutzi e B. pubescens. Entretanto, B. diporus, B. mattogrossensis, B. neuwiedi, B. marmoratus e B. pauloensis apresentaram-se parafiléticas ou polifiléticas, como atualmente definidas. Haplótipos de Bothrops diporus e B. mattogrossensis foram recuperados em dois clados distintos, B. neuwiedi e B. marmoratus em três clados, e B. pauloensis em quatro clados. Os padrões parafiléticos e polifiléticos recuperados para os haplótipos podem ser decorrentes de um arranjo taxonômico inadequado, retenção de morfologia ancestral, convergência morfológica, plasticidade fenotípica, eventos de introgressão genética recente e antiga na história evolutiva do grupo, homoplasia molecular e retenção de polimorfismo ancestral, fenômenos que não são mutuamente exclusivos. O compartilhamento de haplótipos de DNA mitocondrial, simpatria e indivíduos de morfologia intermediária entre B. marmoratus e B. pauloensis são evidências que sugerem a ocorrência de introgressão recente e a existência de uma zona de hibridação na região central do Brasil. As inferências filogenéticas para o grupo neuwiedi sugerem a possível existência de espécies crípticas, demonstrando a necessidade premente de uma reavaliação da taxonomia corrente, a partir da análise conjunta dos dados morfológicos e DNA mitocondrial aqui apresentados. Também serão necessários estudos complementares a partir de marcadores nucleares. Esta pesquisa, quando comparada aos estudos filogenéticos prévios, representa um marcante aumento na quantidade e qualidade da amostragem para o grupo neuwiedi, incluindo todas as espécies atualmente reconhecidas e amostra de 140 indivíduos para 92 localidades de 13 Estados do Brasil, fornecendo importantes informações para o entendimento e conservação da biodiversidade das serpentes Neotropicais. / The neuwiedi group of species of the genus Bothrops is widespread in open areas of South America, and it is composed by eight current species: Bothrops diporus, B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pauloensis, and B. pubescens. A total of 140 samples were used to provide an independent test of the species boundaries and a hypothesis of phylogenetic relationships among the members of this group. Our combined data (1018 bp of cyt b and ND4 from mtDNA) recovered the neuwiedi group as a highly supported monophyletic group in Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Analyses. Reciprocal monophyly for each B. erythromelas, B. lutzi and B. pubescens was recovered. However, B. diporus, B. mattogrossensis, B. neuwiedi, B. marmoratus and B. pauloensis showed to be paraphyletic and polyphyletic as currently defined. Haplotypes from each B. diporus and B. mattogrossensis were recovered in two different clades, B. neuwiedi and B. marmoratus were recovered in three clades, and B. pauloensis in four clades. The lack of monophyletic species could be explained by imperfect taxonomic analysis method, retention of ancestral morphology, convergent morphology, plasticity phenotipic, recent and ancient introgression, molecular homoplasy and incomplete lineage sorting, and these phenomena are not mutually exclusive. Sympatry, phenotipycally intermediate specimens and mtDNA haplotypes shared between B. marmoratus and B. pauloensis, provide evidences for recent introgression and the possibility of occurrence of a hybrid zone in Central Brazil. These phylogenetic inferences within neuwiedi group suggest the possible occurrence of cryptic species which were no detected morphologically, and the necessity of a current taxonomy review based on combining data presented here to morphological data. Compared to previous phylogenetic studies, the investigation presented here represents a remarkable increasing in quantity and quality concerning the group sampling, since it includes all the currently recognized species and samples of 140 individuals from 92 localities of 13 states of Brazil. It has never been done before, and supplies important information for understanding and to the conservation of Neotropical snake biodiversity.

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No. of bitstreams: 1 TeseLS.pdf: 6231137 bytes, checksum: 82ce7c68a05ca7eb79c0ea1da7fe74e9 (MD5) Previous issue date: 2015-06-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / The penaeid shrimp (Crustacea, Decapoda, Penaeidae) are the most economically fishing resource of the greatest global importance both for fisheries and the aquaculture industry. Shrimp fishing is one of the pillars of national economy in Mozambique, where they provide around USD 80,000,000 per year in export earnings. In recent years there has been observing a reduction in the shrimp fishery industry probably due the over-exploitation or due the presence of other shrimp species that were not been observed on the coast Mozambique before which may competing for the ecological niche. Despite the great fishing economic importance of penaeid shrimps in Mozambique, there is no genetic scientific literature available thus far on their genetic characteristics. Therefore, this is the first work addressing the genetic diversity of penaeids species of greatest economic value from Mozambique coast F. indicus and M. monoceros, for the first time shrimp from this coast were identified using DNA Barcoding tool. In addition, for the first time sequences of penaeid shrimp from Mozambique coast were deposited in GenBank and Bold system. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity and population structure of the species F. indicus and M. monoceros, and identify nine species of penaeids from the Mozambican coast. To assess the genetic diversity and structure of F. indicus and M. monoceros, 160 samples were collected along the Mozambique coast. Three mitochondrial genes (COI, Cyt b, and the control region D-loop) were analyzed. A great genetic diversity was observed, however, the D-loop presented higher values (F. indicus: Hd = 1, h = 13; Hi = 0.0133, M. monoceros Hd = 0,99; H-24; and Hi = 0.0092). D-loop showed unique haplotypes; the Tajima D test and Fu Fs values were negative and significant for the COI and Cyt b genes. The mismatch distribution curves suggested that the two espéceis undergone to a recent population expansion (10.397 to 28.418) years ago F. indicus and M. monoceros respectively. The AMOVA analysis showed that over 99% of the variation occurs within populations. The Fst Pairwise values pointed to a non structured population. The nature of ocean currents along the Mozambique channel as well as the complete absence of physical and / or environmental barriers may be the main factors that influence the non structure of these two species. To identify shrimp penaeids from Mozambique based on DNA barcondig, a total of 69 samples were collected in the Maputo Bay. The genetic distance tree grouped six species into two clades as to the place of origin, suggesting the presence of cryptic species. The intraspecific genetic distance ranged from (0 to 8.636) and interspecific distance from (3.897 to 21.558). The distance distribution analysis 10 of the nearest neighbor ranged from (3.897-18.971). The DNA Barcoding identification tool was efficient to identify the Penaeid species from mozambican coast. However the presence of cryptic species pointed the need for further studies which must be conducted using molecular analyzes; morphological taxonomy and the ecological treats to evaluate each of the sibling species to reach a correct decision of the taxonomic status. / Os camarões peneídeos (Crustacea, Decapoda, Penaeidae) constituem um recurso pesqueiro de grande importância econômica mundial tanto para a indústria pesqueira quanto para a aquicultura. Em Moçambique, a indústria pesqueira constitui uma das bases da sua economia, onde a pesca do camarão chega a render cerca de 80 milhões de dólares anuais. Nos últimos anos, tem-se verificado uma redução na pesca do camarão, provavelmente devido à sobrexplotação e à presença de espécies exóticas. Este é o primeiro estudo genético envolvendo as espécies de maior valor econômico de Moçambique. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional das espécies Fenneropeaneus indicus e Metapenaeus monoceros e identificar através do DNA barcoding nove espécies de camarão peneídeo. Para avaliar a diversidade e a estrutura genética de F. indicus e M. monoceros, foram coletadas 160 amostras ao longo da costa de Moçambique e analisados os genes mitocondriais COI (citocromo oxidase subunidade 1), Cyt b (citocromo oxidase subunidade b) e a região controle D-loop. Foi observada uma alta diversidade genética, sendo que o D-loop apresentou os valores mais elevados (F. indicus: Hd=1; h=13; Hi=0,0133; M. monoceros: Hd=0,99; h=24; e Hi=0,0092). O D-loop apresentou haplótipos únicos. Os valores do teste D de Tajima e Fs de Fu foram negativos e significativos para os genes COI e Cyt b. As curvas de distribuição mismatch sugeriram que as duas espécies passaram por uma expansão populacional recente de 10,397 e 28,418 anos para F. indicus e M. monoceros, respectivamente. A AMOVA referente aos genes COI e Cyt b mostrou que mais de 99% da variação ocorre dentro das populações. Os valores de FST par a par indicaram não haver estruturação populacional. A natureza das correntes marinhas ao longo do canal de Moçambique, bem como a ausência completa de barreiras físicas e/ou ambientais podem ser os principais fatores que influenciam a manutenção destas duas espécies como populações únicas. Para a identificação dos peneídeos de Moçambique com base no DNA barcondig, um total de 69 amostras foi coletado na Baía de Maputo. A árvore de distância genética agrupou seis espécies em dois clados com relação ao lugar de origem, sugerindo a presença de duas linhagens. A distância genética intraespecífica variou de 0 a 8,636 e a distância interespecífica variou de 3,897 a 21,558. A análise da distribuição de distância para o vizinho mais próximo variou de 3, 897 a 18,971. A ferramenta de identificação DNA barcoding, foi eficiente na identificação das espécies de peneídeos da costa moçambicana.