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Genealogia, distribuição e história de haplótipos do gene mitocondrial NADH 4 em populações do Aedes (Stegomyia) aegypti (Diptera: Culicidae) no Brasil / Genealogy, distribution and history of NADH4 haplotypes in Aedes (Stegomyia) aegypti (DIPTERA: CULICIDAE) populations from Brazil.Bracco, José Eduardo 06 January 2005 (has links)
Informações sobre variabilidade intrapopulacional de vetores biológicos são críticas para o entendimento da transmissão de agentes infecciosos veiculados por esses organismos. Nesse sentido, o presente trabalho caracterizou a variabilidade de fragmento que codifica a subunidade 4 do gene mitocondrial da Nicotinamina Adenina Dinucleotideo Desidrogenase - NADH4 em populações de Aedes aegypti do Brasil e de outros países. Polimorfismos de nucleotídeos únicos foram detectados através da técnica de seqüenciamento genômico. As análises realizadas compreenderam a de variância molecular (AMOVA), clados agrupados (NCA), distribuição de diferenças pareadas. Paralelamente foram examinadas relações evolutivas entre os haplótipos com o emprego dos critérios de parcimônia máxima e verossimilhança máxima. Os resultados mostram que há polimorfismo do fragmento nas populações analisadas, levando à proposição de dois clados geneticamente independentes (monofiléticos). Inferências de caráter histórico suportam a hipótese de que um dos clados inclui seqüências de indivíduos de populações que chegaram às Américas durante os séculos XVII e XVIII pelo tráfico negreiro, e outro, formado por populações introduzidas mais recentemente, se originou de populações asiáticas. Possíveis implicações epidemiológicas da variabilidade genética apresentada pelas populações do Ae. aegypti são também discutidas. / Knowledge about intrapopulacional variation of biological vectors is critical for understanding the dynamics of the transmission of an infectious agent. The major objective of the present study is to characterize the variability of a gene fragment, which codes for the subunit 4 of the mitochondrial gene of the Nicotinamide Adenine Dinucleotide Dehydrogenase - NADH4 among Aedes aegypti populations from Brazil comparing with that of several other countries. Single nucleotide polymorphism was detected employing genomic sequencing techniques. Nucleotide sequences were analyzed using molecular variance (AMOVA), nested clade (NCA) and mismatch distribution methods. Additionally, evolutionary relationships among haplotypes were estimated employing maximum parsimony and maximum likelihood criterions. The results show that the fragment of the mitochondrial gene (NADH4) is polymorphic, and that the populations of Ae. aegypti from Brazil are grouped into two genetically distinct, monophyletic clades Historical inferences support the hypothesis that one clade includes sequences from individuals that may be introduced in the Americas in the 17th and 18th centuries during the slave trade from Africa to America. The second clade consists of sequences of individuals that may be introduced in Brazil more recent, probably from Asian populations. Epidemiological consequences because of the genetic variability among populations of Ae. aegypti in Brazil are discussed.
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Genealogia, distribuição e história de haplótipos do gene mitocondrial NADH 4 em populações do Aedes (Stegomyia) aegypti (Diptera: Culicidae) no Brasil / Genealogy, distribution and history of NADH4 haplotypes in Aedes (Stegomyia) aegypti (DIPTERA: CULICIDAE) populations from Brazil.José Eduardo Bracco 06 January 2005 (has links)
Informações sobre variabilidade intrapopulacional de vetores biológicos são críticas para o entendimento da transmissão de agentes infecciosos veiculados por esses organismos. Nesse sentido, o presente trabalho caracterizou a variabilidade de fragmento que codifica a subunidade 4 do gene mitocondrial da Nicotinamina Adenina Dinucleotideo Desidrogenase - NADH4 em populações de Aedes aegypti do Brasil e de outros países. Polimorfismos de nucleotídeos únicos foram detectados através da técnica de seqüenciamento genômico. As análises realizadas compreenderam a de variância molecular (AMOVA), clados agrupados (NCA), distribuição de diferenças pareadas. Paralelamente foram examinadas relações evolutivas entre os haplótipos com o emprego dos critérios de parcimônia máxima e verossimilhança máxima. Os resultados mostram que há polimorfismo do fragmento nas populações analisadas, levando à proposição de dois clados geneticamente independentes (monofiléticos). Inferências de caráter histórico suportam a hipótese de que um dos clados inclui seqüências de indivíduos de populações que chegaram às Américas durante os séculos XVII e XVIII pelo tráfico negreiro, e outro, formado por populações introduzidas mais recentemente, se originou de populações asiáticas. Possíveis implicações epidemiológicas da variabilidade genética apresentada pelas populações do Ae. aegypti são também discutidas. / Knowledge about intrapopulacional variation of biological vectors is critical for understanding the dynamics of the transmission of an infectious agent. The major objective of the present study is to characterize the variability of a gene fragment, which codes for the subunit 4 of the mitochondrial gene of the Nicotinamide Adenine Dinucleotide Dehydrogenase - NADH4 among Aedes aegypti populations from Brazil comparing with that of several other countries. Single nucleotide polymorphism was detected employing genomic sequencing techniques. Nucleotide sequences were analyzed using molecular variance (AMOVA), nested clade (NCA) and mismatch distribution methods. Additionally, evolutionary relationships among haplotypes were estimated employing maximum parsimony and maximum likelihood criterions. The results show that the fragment of the mitochondrial gene (NADH4) is polymorphic, and that the populations of Ae. aegypti from Brazil are grouped into two genetically distinct, monophyletic clades Historical inferences support the hypothesis that one clade includes sequences from individuals that may be introduced in the Americas in the 17th and 18th centuries during the slave trade from Africa to America. The second clade consists of sequences of individuals that may be introduced in Brazil more recent, probably from Asian populations. Epidemiological consequences because of the genetic variability among populations of Ae. aegypti in Brazil are discussed.
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Relações morfométricas e genética populacional de Culex quinquefasciatus (Diptera: Culicidae) / Morphometric relationships and population genetics of Culex quinquefasciatusMorais, Sirlei Antunes de 01 March 2011 (has links)
Objetivo. Culex (Culex) quinquefasciatus Say 1823 tem distribuição expansiva em aglomerados humanos e é vetor em ciclos de transmissão de agentes patogênicos, como filarídeos e arbovírus. Taxonomicamente, essa espécie está dentro do subgrupo pipiens, cuja principal característica é a similaridade morfológica dos seus integrantes. Este estudo objetivou caracterizar genética e morfologicamente espécies Cx. quinquefasciatus de dez localidades brasileiras e da região da bacia do Prata, na Argentina. Métodos. Para análises morfológicas foram utilizados valores morfométricos das veias alares de fêmeas e a razão DV/D do edeago, na genitália de machos adultos. Para testes genéticos foram sequenciados os genes mitocondriais cox1 e nd4, clonados fragmentos do segundo espaçador ribossomal ITS2 e analisado o padrão de bandas eletroforéticas do segundo intron do lócus da Acetilcolinesterase (ace2). Resultados. A forma das veias alares de fêmeas agrega dois principais grupos, um com mosquitos do Brasil e outro de La Plata, tendo este último maior variança interna. Esses dados estão relacionados à distribuição encontrada no fragmento ace2, que indica La Plata como área de hibridação entre Cx. quinquefasciatus e Cx. pipiens. Os valores de tamanho da asa apresentam três principais agrupamentos. Um deles em áreas ao norte do Brasil, outro no sudeste e sul, e outro na Argentina. O mesmo ocorre com a razão DV/D da genitália masculina. Os dados de sequências de bases do gene cox1 apresentam polimorfismos, com baixa diversidade e agrupamento populacional na região Sul do Brasil. Os SNPs encontrados são silenciosos, pois não apresentam modificação na estrutura da proteína produzida. O gene nd4 é idêntico em todas as amostras. Esses fragmentos sugerem características de homoplasmia em Cx. quinquefasciatus. O espaçador ITS2 mostrou variedade de polimorfismos, por eventos intra-genômicos de inserção, deleção, translocação e transição de bases. Porém, esses eventos são sincrônicos em populações de diferentes áreas geográficas; assim como, mostra pouca variação nas estruturas dos transcritos RNAr. Por outro lado, os dados ITS2 apontam a segregação de um trinucleotídeo GTC, em mosquitos de La Plata, caracterizando essa área como de isolamento geográfico de mosquitos do complexo pipiens. Conclusão. A espécie Cx. quinquefasciatus possui baixa diversidade genética e morfológica, duas linhagens mitocondriais no Brasil e mosquitos de origem híbrida com Cx. pipiens na Bacia do Prata, na Argentina / Objective. The Culex (Culex) quinquefasciatus Say 1823 is widely distributed in human settlements, and is a vector in the transmission cycles of pathogens such as arboviruses and filarids. This species belongs to Cx pipiens complex, whose main characteristic is the morphologic similarity of their species. This study aimed to characterize genetic and morphological Cx quinquefasciatus species from different regions of Brazil and La Plata, Argentina. Methods. Were used morphometric values of wing veins of females and the DV/D ratio of aedeagus in adult male genitalia. For genetic testing were sequenced mitochondrial cox1 and nd4 genes, cloned fragments of ribosomal ITS2 spacer and examined the pattern of electrophoretic bands of the second intron of Acetylcholinesterase (ace2) locus. Results. The shape of the wing veins of female aggregates two main groups, one with mosquitoes of the Brazil and one from La Plata, the latter having greater internal variance. These data are related to the distribution found in ace2 fragment, which indicates La Plata as hybridization area between Cx. pipiens and Cx. quinquefasciatus. The values of wing size form a geographical cline, with three main groupings. One of these areas in the north of Brazil other in the southeast and south, and another in Argentina. The same happens with reason DV/D of the male genitalia. Sequence data bases have cox1 gene polymorphisms with low diversity and clustering of population in southern Brazil. The cox1 SNPs found are trace, because it does not show modification in the structure of the protein produced. The nd4 gene is identical in all samples. These fragments suggest homoplasmic features in Cx. quinquefasciatus. ITS2 showed polymorphisms and intragenomic events by insertion, deletion, translocation and transition bases. However, these events are synchronous in populations from different geographic areas and shows little variation in the structures of rRNA transcripts. Moreover, the data indicate ITS2 segregation of a trinucleotide GTC in mosquitoes from La Plata, featuring this area as the geographic isolation of the subgroup pipiens mosquitoes. Conclusion. Cx quinquefasciatus species has low genetic and morphological diversity, two mitochondrial lineages in Brazil and mosquitoes of hybrid origin with Cx pipiens in La Plata, Argentina
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Relações morfométricas e genética populacional de Culex quinquefasciatus (Diptera: Culicidae) / Morphometric relationships and population genetics of Culex quinquefasciatusSirlei Antunes de Morais 01 March 2011 (has links)
Objetivo. Culex (Culex) quinquefasciatus Say 1823 tem distribuição expansiva em aglomerados humanos e é vetor em ciclos de transmissão de agentes patogênicos, como filarídeos e arbovírus. Taxonomicamente, essa espécie está dentro do subgrupo pipiens, cuja principal característica é a similaridade morfológica dos seus integrantes. Este estudo objetivou caracterizar genética e morfologicamente espécies Cx. quinquefasciatus de dez localidades brasileiras e da região da bacia do Prata, na Argentina. Métodos. Para análises morfológicas foram utilizados valores morfométricos das veias alares de fêmeas e a razão DV/D do edeago, na genitália de machos adultos. Para testes genéticos foram sequenciados os genes mitocondriais cox1 e nd4, clonados fragmentos do segundo espaçador ribossomal ITS2 e analisado o padrão de bandas eletroforéticas do segundo intron do lócus da Acetilcolinesterase (ace2). Resultados. A forma das veias alares de fêmeas agrega dois principais grupos, um com mosquitos do Brasil e outro de La Plata, tendo este último maior variança interna. Esses dados estão relacionados à distribuição encontrada no fragmento ace2, que indica La Plata como área de hibridação entre Cx. quinquefasciatus e Cx. pipiens. Os valores de tamanho da asa apresentam três principais agrupamentos. Um deles em áreas ao norte do Brasil, outro no sudeste e sul, e outro na Argentina. O mesmo ocorre com a razão DV/D da genitália masculina. Os dados de sequências de bases do gene cox1 apresentam polimorfismos, com baixa diversidade e agrupamento populacional na região Sul do Brasil. Os SNPs encontrados são silenciosos, pois não apresentam modificação na estrutura da proteína produzida. O gene nd4 é idêntico em todas as amostras. Esses fragmentos sugerem características de homoplasmia em Cx. quinquefasciatus. O espaçador ITS2 mostrou variedade de polimorfismos, por eventos intra-genômicos de inserção, deleção, translocação e transição de bases. Porém, esses eventos são sincrônicos em populações de diferentes áreas geográficas; assim como, mostra pouca variação nas estruturas dos transcritos RNAr. Por outro lado, os dados ITS2 apontam a segregação de um trinucleotídeo GTC, em mosquitos de La Plata, caracterizando essa área como de isolamento geográfico de mosquitos do complexo pipiens. Conclusão. A espécie Cx. quinquefasciatus possui baixa diversidade genética e morfológica, duas linhagens mitocondriais no Brasil e mosquitos de origem híbrida com Cx. pipiens na Bacia do Prata, na Argentina / Objective. The Culex (Culex) quinquefasciatus Say 1823 is widely distributed in human settlements, and is a vector in the transmission cycles of pathogens such as arboviruses and filarids. This species belongs to Cx pipiens complex, whose main characteristic is the morphologic similarity of their species. This study aimed to characterize genetic and morphological Cx quinquefasciatus species from different regions of Brazil and La Plata, Argentina. Methods. Were used morphometric values of wing veins of females and the DV/D ratio of aedeagus in adult male genitalia. For genetic testing were sequenced mitochondrial cox1 and nd4 genes, cloned fragments of ribosomal ITS2 spacer and examined the pattern of electrophoretic bands of the second intron of Acetylcholinesterase (ace2) locus. Results. The shape of the wing veins of female aggregates two main groups, one with mosquitoes of the Brazil and one from La Plata, the latter having greater internal variance. These data are related to the distribution found in ace2 fragment, which indicates La Plata as hybridization area between Cx. pipiens and Cx. quinquefasciatus. The values of wing size form a geographical cline, with three main groupings. One of these areas in the north of Brazil other in the southeast and south, and another in Argentina. The same happens with reason DV/D of the male genitalia. Sequence data bases have cox1 gene polymorphisms with low diversity and clustering of population in southern Brazil. The cox1 SNPs found are trace, because it does not show modification in the structure of the protein produced. The nd4 gene is identical in all samples. These fragments suggest homoplasmic features in Cx. quinquefasciatus. ITS2 showed polymorphisms and intragenomic events by insertion, deletion, translocation and transition bases. However, these events are synchronous in populations from different geographic areas and shows little variation in the structures of rRNA transcripts. Moreover, the data indicate ITS2 segregation of a trinucleotide GTC in mosquitoes from La Plata, featuring this area as the geographic isolation of the subgroup pipiens mosquitoes. Conclusion. Cx quinquefasciatus species has low genetic and morphological diversity, two mitochondrial lineages in Brazil and mosquitoes of hybrid origin with Cx pipiens in La Plata, Argentina
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Filogenia molecular das espécies de Bothrops do grupo neuwiedi(Serpentes, Viperidae) / Molecular phylogeny of the Bothrops neuwiedi species group (Serpentes, Viperidae)Machado, Tais 22 September 2010 (has links)
O grupo neuwiedi é composto por oito espécies amplamente distribuídas na diagonal das formações abertas da América do Sul: Bothrops diporus, B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pauloensis e B. pubescens. Foi utilizada uma amostra de 140 espécimes, com intuito de fornecer um teste independente, do limite das espécies e uma hipótese filogenética para os membros do grupo. As inferências filogenéticas realizadas a partir da máxima parcimônia, máxima verossimilhança e análise bayesiana, utilizando sequências de 1018 pb dos genes mitocondriais citocromo b e ND4 combinados, recuperaram topologias similares, nas quais as espécies do grupo neuwiedi formam um grupo monofilético com elevados valores de suporte. Foi recuperado o monofiletismo recíproco para as espécies B. erythromelas, B. lutzi e B. pubescens. Entretanto, B. diporus, B. mattogrossensis, B. neuwiedi, B. marmoratus e B. pauloensis apresentaram-se parafiléticas ou polifiléticas, como atualmente definidas. Haplótipos de Bothrops diporus e B. mattogrossensis foram recuperados em dois clados distintos, B. neuwiedi e B. marmoratus em três clados, e B. pauloensis em quatro clados. Os padrões parafiléticos e polifiléticos recuperados para os haplótipos podem ser decorrentes de um arranjo taxonômico inadequado, retenção de morfologia ancestral, convergência morfológica, plasticidade fenotípica, eventos de introgressão genética recente e antiga na história evolutiva do grupo, homoplasia molecular e retenção de polimorfismo ancestral, fenômenos que não são mutuamente exclusivos. O compartilhamento de haplótipos de DNA mitocondrial, simpatria e indivíduos de morfologia intermediária entre B. marmoratus e B. pauloensis são evidências que sugerem a ocorrência de introgressão recente e a existência de uma zona de hibridação na região central do Brasil. As inferências filogenéticas para o grupo neuwiedi sugerem a possível existência de espécies crípticas, demonstrando a necessidade premente de uma reavaliação da taxonomia corrente, a partir da análise conjunta dos dados morfológicos e DNA mitocondrial aqui apresentados. Também serão necessários estudos complementares a partir de marcadores nucleares. Esta pesquisa, quando comparada aos estudos filogenéticos prévios, representa um marcante aumento na quantidade e qualidade da amostragem para o grupo neuwiedi, incluindo todas as espécies atualmente reconhecidas e amostra de 140 indivíduos para 92 localidades de 13 Estados do Brasil, fornecendo importantes informações para o entendimento e conservação da biodiversidade das serpentes Neotropicais. / The neuwiedi group of species of the genus Bothrops is widespread in open areas of South America, and it is composed by eight current species: Bothrops diporus, B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pauloensis, and B. pubescens. A total of 140 samples were used to provide an independent test of the species boundaries and a hypothesis of phylogenetic relationships among the members of this group. Our combined data (1018 bp of cyt b and ND4 from mtDNA) recovered the neuwiedi group as a highly supported monophyletic group in Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Analyses. Reciprocal monophyly for each B. erythromelas, B. lutzi and B. pubescens was recovered. However, B. diporus, B. mattogrossensis, B. neuwiedi, B. marmoratus and B. pauloensis showed to be paraphyletic and polyphyletic as currently defined. Haplotypes from each B. diporus and B. mattogrossensis were recovered in two different clades, B. neuwiedi and B. marmoratus were recovered in three clades, and B. pauloensis in four clades. The lack of monophyletic species could be explained by imperfect taxonomic analysis method, retention of ancestral morphology, convergent morphology, plasticity phenotipic, recent and ancient introgression, molecular homoplasy and incomplete lineage sorting, and these phenomena are not mutually exclusive. Sympatry, phenotipycally intermediate specimens and mtDNA haplotypes shared between B. marmoratus and B. pauloensis, provide evidences for recent introgression and the possibility of occurrence of a hybrid zone in Central Brazil. These phylogenetic inferences within neuwiedi group suggest the possible occurrence of cryptic species which were no detected morphologically, and the necessity of a current taxonomy review based on combining data presented here to morphological data. Compared to previous phylogenetic studies, the investigation presented here represents a remarkable increasing in quantity and quality concerning the group sampling, since it includes all the currently recognized species and samples of 140 individuals from 92 localities of 13 states of Brazil. It has never been done before, and supplies important information for understanding and to the conservation of Neotropical snake biodiversity.
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Filogenia molecular das espécies de Bothrops do grupo neuwiedi(Serpentes, Viperidae) / Molecular phylogeny of the Bothrops neuwiedi species group (Serpentes, Viperidae)Tais Machado 22 September 2010 (has links)
O grupo neuwiedi é composto por oito espécies amplamente distribuídas na diagonal das formações abertas da América do Sul: Bothrops diporus, B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pauloensis e B. pubescens. Foi utilizada uma amostra de 140 espécimes, com intuito de fornecer um teste independente, do limite das espécies e uma hipótese filogenética para os membros do grupo. As inferências filogenéticas realizadas a partir da máxima parcimônia, máxima verossimilhança e análise bayesiana, utilizando sequências de 1018 pb dos genes mitocondriais citocromo b e ND4 combinados, recuperaram topologias similares, nas quais as espécies do grupo neuwiedi formam um grupo monofilético com elevados valores de suporte. Foi recuperado o monofiletismo recíproco para as espécies B. erythromelas, B. lutzi e B. pubescens. Entretanto, B. diporus, B. mattogrossensis, B. neuwiedi, B. marmoratus e B. pauloensis apresentaram-se parafiléticas ou polifiléticas, como atualmente definidas. Haplótipos de Bothrops diporus e B. mattogrossensis foram recuperados em dois clados distintos, B. neuwiedi e B. marmoratus em três clados, e B. pauloensis em quatro clados. Os padrões parafiléticos e polifiléticos recuperados para os haplótipos podem ser decorrentes de um arranjo taxonômico inadequado, retenção de morfologia ancestral, convergência morfológica, plasticidade fenotípica, eventos de introgressão genética recente e antiga na história evolutiva do grupo, homoplasia molecular e retenção de polimorfismo ancestral, fenômenos que não são mutuamente exclusivos. O compartilhamento de haplótipos de DNA mitocondrial, simpatria e indivíduos de morfologia intermediária entre B. marmoratus e B. pauloensis são evidências que sugerem a ocorrência de introgressão recente e a existência de uma zona de hibridação na região central do Brasil. As inferências filogenéticas para o grupo neuwiedi sugerem a possível existência de espécies crípticas, demonstrando a necessidade premente de uma reavaliação da taxonomia corrente, a partir da análise conjunta dos dados morfológicos e DNA mitocondrial aqui apresentados. Também serão necessários estudos complementares a partir de marcadores nucleares. Esta pesquisa, quando comparada aos estudos filogenéticos prévios, representa um marcante aumento na quantidade e qualidade da amostragem para o grupo neuwiedi, incluindo todas as espécies atualmente reconhecidas e amostra de 140 indivíduos para 92 localidades de 13 Estados do Brasil, fornecendo importantes informações para o entendimento e conservação da biodiversidade das serpentes Neotropicais. / The neuwiedi group of species of the genus Bothrops is widespread in open areas of South America, and it is composed by eight current species: Bothrops diporus, B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pauloensis, and B. pubescens. A total of 140 samples were used to provide an independent test of the species boundaries and a hypothesis of phylogenetic relationships among the members of this group. Our combined data (1018 bp of cyt b and ND4 from mtDNA) recovered the neuwiedi group as a highly supported monophyletic group in Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Analyses. Reciprocal monophyly for each B. erythromelas, B. lutzi and B. pubescens was recovered. However, B. diporus, B. mattogrossensis, B. neuwiedi, B. marmoratus and B. pauloensis showed to be paraphyletic and polyphyletic as currently defined. Haplotypes from each B. diporus and B. mattogrossensis were recovered in two different clades, B. neuwiedi and B. marmoratus were recovered in three clades, and B. pauloensis in four clades. The lack of monophyletic species could be explained by imperfect taxonomic analysis method, retention of ancestral morphology, convergent morphology, plasticity phenotipic, recent and ancient introgression, molecular homoplasy and incomplete lineage sorting, and these phenomena are not mutually exclusive. Sympatry, phenotipycally intermediate specimens and mtDNA haplotypes shared between B. marmoratus and B. pauloensis, provide evidences for recent introgression and the possibility of occurrence of a hybrid zone in Central Brazil. These phylogenetic inferences within neuwiedi group suggest the possible occurrence of cryptic species which were no detected morphologically, and the necessity of a current taxonomy review based on combining data presented here to morphological data. Compared to previous phylogenetic studies, the investigation presented here represents a remarkable increasing in quantity and quality concerning the group sampling, since it includes all the currently recognized species and samples of 140 individuals from 92 localities of 13 states of Brazil. It has never been done before, and supplies important information for understanding and to the conservation of Neotropical snake biodiversity.
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Phylogenetic and population genetic studies on some insect and plant associated nematodesSaeb, Amr 22 September 2006 (has links)
No description available.
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Caracterização molecular e morfológica de populações de Aedes aegypti (Diptera:Culicidae) no estado de São Paulo. / Molecular and morphological characterization of Aedes aegypti populations (Diptera: Culicidae) from State of São Paulo.Vidal, Paloma Oliveira 17 November 2015 (has links)
O Estado de São Paulo apresenta uma das mais altas taxas de infecções por vírus dengue no Mundo, mas apesar dessa situação, poucos são os estudos dirigidos às populações do mosquito Aedes aegypti. O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente e morfologicamente populações de Ae. aegypti localizadas em seis municípios (Santos, S.P., Campinas, São Carlos, Catanduva, S.J.R.P.) do Estado de São Paulo durante 2011 e 2012. Todos os marcadores biológicos indicaram estruturação populacional. Os oito loci microssatélites apontaram diferenciação genética moderada entre as populações (Fst= 0.04; p < 0,05) e os níveis de diversidade nucleotídica do gene COI (π =0,0062) e do gene ND4 (π=0,017) foram moderadamente altos. Duas linhagens geneticamente distintas foram encontradas no Estado. Ao longo dos meses que compreenderam o estudo, foram encontradas diferenças morfo-genéticas temporais entre as seis populações analisadas, possivelmente indicativas de microevolução. Os resultados obtidos podem ser úteis para compreendermos a dispersão deste mosquito vetor. / The State of São Paulo displays one of the highest rates of dengue infection in the world, but despite this fact, a few populational studies of Ae. aegypti have been undertaken. The aim of this study was to genetically and morphologically characterize Ae. aegypti populations from six locations in the São Paulo State (Santos, S.P., Campinas, São Carlos, Catanduva, S.J.R.P.) during 2011 and 2012. The phenetic and genetic analyses revealed that populations of Ae. aegypti are structured. Eight microsatellites loci were polymorphic and genetic differentiation among samples was moderate (Fst= 0.04; p < 0.05). Nucleotide diversities of COI (π = 0.0062) and ND4 gene (π = 0.017) were moderately high. Two lineages distinct genetically were found in the State. Over the months comprised by the study, we found the temporal genetics and morphologics differences among the six populations, a possibly indicative of microevolution of mosquitoes. The results of this study may be useful for understand the spread of this vector mosquitoes in the State of São Paulo.
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Mitochondrial Dna (mtdna) Haplogroup Composition In Turkish Sheep BreedsYuncu, Eren 01 January 2009 (has links) (PDF)
In the present study, haplogroup composition of five native Turkish sheep breeds, (Karayaka, Akkaraman, Gö / kç / eada, Dagliç / , Morkaraman) and two sheep breeds from neighboring countries (Herik from Iran, samples from Azerbaijan) were determined by single strand length polymorphism (SSCP) analysis of mitochondrial DNA (mtDNA) NADH dehydrogenase subunit 4 (ND4) region and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of mtDNA control (CR) region.
Results of the SSCP and RFLP approaches were found to be 96,82% consistent. Most of the 3,18% inconsistency was due to unidentified band patterns of 9 individuals. SSCP method could identify haplogroups A, B and C, but not D and E. Similarly RFLP method could identify haplogroup A, B and possibly D, but not E and C. Data of the present study were compared with those of the previous studies to test the robustness of results under different samplings and were found to be homogenous with a previous study with similar sampling strategy.
Neighbor joining tree, principal component analysis (PCA), Delaunay network analysis and analysis of molecular variance (AMOVA) were employed to analyze the haplogroup frequencies and breeds were separated in four groups according to the genetic barriers between breeds from different geographical locations. Strongest differentiation was present between two groups which were eastern breeds (Morkaraman, Herik-Iran and Azerbaijan) and western breeds (Gö / kç / eada, Akkaraman, Karayaka and Dagliç / ). Additionally, Azerbaijan was proposed as the entrance point of the haplogroup A and the Iran was proposed as the entrance point of haplogroup C to Anatolia with the Spearman rank correlation test.
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Phylogeographic Patterns of Tylos (Isopoda: Oniscidea) in the Pacific Region Between Southern California and Central Mexico, and Mitochondrial Phylogeny of the GenusLee, Eun Jung 1974- 14 March 2013 (has links)
Isopods in the genus Tylos are distributed in tropical and subtropical sandy intertidal beaches throughout the world. These isopods have biological characteristics that are expected to severely restrict their long-distance dispersal potential: (1) they are direct developers (i.e., as all peracarids, they lack a planktonic stage); (2) they cannot survive in the sea for long periods of immersion (i.e., only a few hours); (3) they actively avoid entering the water; and (4) they are restricted to the sandy intertidal portion that is wet, but not covered by water. Because of these traits, high levels of genetic differentiation are anticipated among allopatric populations of Tylos.
We studied the phylogeographic patterns of Tylos in the northern East Pacific region between southern California and central Mexico, including the Gulf of California. We discovered high levels of cryptic biodiversity for this isopod, consistent with expectations from its biology. We interpreted the phylogeographic patterns of Tylos in relation to past geological events in the region, and compared them with those of Ligia, a co-distributed non-vagile coastal isopod. Furthermore, we assessed the usefulness of the shape of the ventral plates of the fifth pleonite for distinguishing genetically divergent lineages of Tylos in the study area. Finally, mitochondrial phylogenenetic analyses to identify the most appropriate outgroup taxa for Tylos in the study area, which included 17 of the 21 currently recognized species, provided important insights on the evolutionary history of this genus.
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