Tesis presentada a la Universidad de Chile para optar al grado de Magíster en Bioquímica área de Especialización en Bioquímica Clínica / Cyclovirus (CyCV) es un agente infeccioso, recientemente descubierto, con un pequeño material genético de DNA circular de hebra simple que codifica para una proteína asociada a la replicación (Rep) y otra a la capside viral (Cap). Infecta diversos organismos eucariontes, incluyendo humanos, donde se han descrito variantes genéticas con prevalencia de hasta 15,7% en niños con parálisis flácida aguda. El genoma del CyCV se ha detectado en distintas muestras biológicas de población enferma y asintomática, desconociéndose su rol patogénico. En Chile, sólo se ha estudiado en aspirado nasofaríngeo de niños con enfermedad respiratoria aguda baja (ERA), detectándose en el 3,3% y describiéndose una nueva cepa viral denominada CyCV-ChileNPA. El objetivo de esta tesis fue detectar y genotipificar variantes de la cepa chilena de cyclovirus en niños y adultos, con y sin enfermedad respiratoria.
En 101 menores de un año hospitalizados por ERA, 105 mayores de 18 años hospitalizados por neumonía adquirida en la comunidad (NAC), 104 niños y 104 adultos sin sintomatología respiratoria, por al menos un mes previo al enrolamiento, cuyas muestras respiratorias se obtuvieron entre 2012-2016 en Santiago, se amplificó un fragmento del gen Rep de cyclovirus mediante reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real con el reactivo Kapa PROBE® a partir de extractos de ácidos nucleicos totales obtenidos con el kit MasterPure (Epicenter®). Los amplificados se purificaron con el kit GEL/PCR Purification (FAVORGEN®) y se secuenciaron en Macrogen® (Corea). Las muestras secuenciadas se alinearon con BLAST y con el programa BioEdit® generándose una secuencia consenso. Se detectó CyCV en un 54,3% (57/105) de los adultos NAC; 17,3% (18/104) en adultos sin sintomatología respiratoria; 14,9% en niños con ERA (15/101) y en 48,1% (50/104) de niños sin ERA. Los 79 (84%) amplificados de 149pb tuvieron un 99% de identidad con la secuencia nucleotídica correspondiente de la proteína Rep de CyCV-ChileNPA.
Por primera vez se detecta CyCV en muestra respiratoria de adultos, con una frecuencia significativamente mayor en pacientes con NAC que en adultos sin enfermedad respiratoria, lo que sugeriría la presencia de este virus en adultos con enfermedad respiratoria. Por otra parte, la detección en niños fue mayor a la publicada y similar entre casos con y sin ERA / Cyclovirus (CyCV) is a recently discovered infectious agent, with little DNA simple strand genetic material that codifies for a protein associated to the replication (Rep) and to the viral capside (Cap). It infects different eukaryotic organisms, including humans, where it has been described genetic variants with up to 15,7% prevalence in children with acute flaccid paralysis. CyCV genome has been detected in different biological samples in illness and asymptomatic population, with an unknown pathogenic role. In Chile, it has been studied in nasopharyngeal aspirate only in children with lower respiratory tract infections, detected in 3,3% and being described a new viral strain named CyCV-ChileNPA. The objective of this thesis was to detect and genotype the Chilean cyclovirus strain variants in children and adults, with and without respiratory infections.
In 101 children under 1 year hospitalized by acute respiratory infection (ARI), 105 adults over 18 years hospitalized by community-acquired pneumonia (CAP), 104 children and 104 adults without respiratory symptomatology, for at least 1 month prior to enrollment, whose samples were obtained between 2012 and 2016 in Santiago, a fragment of the Rep gene of cyclovirus was amplified through a chain reaction of the polymerase in real time using Kapa PROBE® reagent from total nucleic acid extracts obtained with MasterPure kit (Epicenter®). The amplifiers were purified with the GEL/PCR Purification kit (FAVORGEN®) and sequenced in Macrogen® (Corea). The sequenced samples were aligned with BLAST and using BioEdit® program, generating a consensus sequence. CyCV was detected in 54,3% of adults with CAP; 17,3% (18/104) in adults without respiratory symptomatology; 14,9% in children with ARI (15/101) and 48,1% (50/104) children without ARI. All of the 79 amplified (84%) of 149pb had 99% of identity with nucleotide sequence corresponding to CyCV-ChileNPA Rep protein.
It is the first time that CyCV is detected in respiratory samples in adults, with a significantly higher frequency in patients with CAP than in adults without respiratory disease, and it would suggest the presence of this virus in adults with respiratory disease. On the other hand, the detection in children was higher than the previously published and similar to cases with and without ARI
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UCHILE/oai:repositorio.uchile.cl:2250/151368 |
| Date | January 2018 |
| Creators | Torres Fuenzalida, Ernesto |
| Contributors | Luchsinger Farías, Vivian |
| Publisher | Universidad de Chile |
| Source Sets | Universidad de Chile |
| Language | Spanish |
| Detected Language | Spanish |
| Type | Tesis |
| Rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Chile, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/cl/ |
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