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Previous issue date: 2017-02-17 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer in the world, with a
low survival rate and therapeutic efficacy. One of the treatments is tumor
removal, which involves removal of apparently non-tumorous tissue around the
tumor (resection margin). In this sense, the margin of resection is a very
interesting region to investigate the molecular characteristics of the tumorigenic
process. Thus, the objective of this study was to perform a comparative study of
tumor tissue samples and margin of resection through epigenetic and proteomic
analyzes of patients with colorectal cancer in the state of Amazonas (Brazil).
For the epigenetic profile thirteen samples, in which six were tumoral and seven
were resection margins were analyzed by polymerase chain reaction (PCR)
specific for methylation (MSP). In the proteomic analysis, four CRC samples
and their respective resection margins were digested with trypsin, labeled with
iTRAQ 8-plex and subjected to strong cation exchange chromatography. Each
fraction was analyzed by reverse phase chromatography coupled to an Orbitrap
Velos mass spectrometer and, finally, the data were analyzed in the PatternLab
for Proteomics program. Analysis of CDH1, CDKN2A, DAPK and TIMP2 genes
was 4/14 (30.8%), 5/14 (30.8%), 11/14 (84.6%) and 12/14 (84.6%),
respectively. Proteomic analysis identified 1090 proteins, of which 56 were
identified as differentially abundant. These proteins are mainly involved in
energy metabolism (e.g., S100 calcium binding protein A11), cell migration (e.g.
transgelin), cytoskeleton formation (e.g., profilin 1) and extracellular matrix
degradation (e.g., carbonic anhydrase 2). Gene Ontology analysis revealed
several proteins related to adhesion, invasion, metastasis and cell death. The
results show distinct methylation patterns for each patient, which in turn may
contribute to the development of individualized treatments andalso differentially
abundant proteins related to tumorigenesis, emphasizing the importance of the
study of marker panels for CRC in the context of different Populations. / O câncer colorretal (CCR) é o terceiro tipo de câncer mais comum no mundo,
com uma baixa taxa de sobrevivência e eficiência terapêutica. Um dos
tratamentos é aretirada do tumor, que implica na remoção de um tecido
aparentemente não tumoral ao redor do tumor (margem de ressecção). Nesse
sentido, a margem de ressecção é uma região muito interessante para
investigar as características moleculares do processo tumorigênico.Dessa
forma, o objetivo desse trabalho foi realizar um estudo comparativo de
amostras de tecidos tumorais e margem de ressecção através de análises
epigenéticas e proteômicas de pacientes com câncer colorretal do estado do
Amazonas (Brasil). Para o perfil epigenético, treze amostras, nas quais seis
eram tumorais e sete eram margem de ressecção foram analisadaspela reação
em cadeiadapolimerase (PCR) específica para metilação (MSP).Na análise
proteômica,quatro amostras de CCR e suas respectivas margens de
ressecçãoforam digeridas com tripsina, marcadas comiTRAQ 8-plex e
submetidas a cromatografiadetroca catiônica forte. Cada fração foi analisada
por cromatografia de fase reversa acoplada a um espectrômetro de massa
Orbitrap Velos e, por fim, os dados foram analisados no programaPatternLab
for Proteomics. A análise da metilação dos genes CDH1, CDKN2A, DAPK e
TIMP2foi 30,8% (4/13), 30,8% (4/13), 84,6% (11/13) e 11/13 (84,6%),
respectivamente.A análise proteômica identificou 1090 proteínas, das quais 56
foram apontadas como diferencialmente abundantes. Estas proteínas estão
envolvidas principalmente no metabolismo energético (e.g.proteína S100A11
de ligação de cálcio),migração de células (e.g. transgelina), formação do
citoesqueleto (e.g.profilina1) e participam de importantes processos biológicos
(e.g.anidrase carbônica 2). A análise doGeneOntologyfeita para todas as
proteínas identificadas revelou a relação dessas com processos de adesão,
invasão, metástase e morte celular.Osresultados mostram padrões de
metilação distintos para cada paciente que, por sua vez, podem contribuir no
desenvolvimento de tratamentos individualizados e também proteínas
diferencialmente abundantesrelacionadas àtumorigênese, enfatizando a
importância do estudo de painéis de marcadores para o CCR no contexto das
diferentes populações.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/5766 |
| Date | 17 February 2017 |
| Creators | Almeida, Fabiana Greyce Oliveira, 92-99170-0543 |
| Contributors | ppgq@ufam.edu.br, Souza, Afonso Duarte Leão de, Carvalho, Juliana de Saldanha da Gama Fischer |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-graduação em Química, UFAM, Brasil, Instituto de Ciências Exatas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 45413454253692039, 600, 500, 3062048892926319528 |
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