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tanikawa_aa_me_botfm.pdf: 940370 bytes, checksum: 202b79e681e44fdd7980b5e940c2ade9 (MD5) / Ministério da Saúde / A falta de um kit otimizado para avaliação da resistência aos inibidores de integrase no Brasil conduziu à necessidade da padronização de uma técnica inhouse para o estudo de mutações no gene da integrase do HIV-1, possibilitando, assim, a avaliação da resistência a esta classe de antirretrovirais recentemente liberada no país. RNA viral plasmático foi utilizado como fonte para amplificação por RT- Nested PCR e sequencimento do gene da integrase do HIV-1 de 60 pacientes para análise do padrão de resistência, o qual foi avaliado utilizando o algoritmo proposto pela Universidade de Stanford. Cinquenta e quatro (90%) amostras obtiveram sucesso na amplificação e sequenciamento, sendo que destas dez foram amplificadas por protocolos alternativos que envolveram a utilização de enhancer, de enzimas com maior especificidade, RT-PCR one-step e alterações nas condições de ciclagem, o que possibilitou com sucesso o estudo da região de interesse e a análise de resistência. A metodologia in-house mostrou ser uma alternativa metodológica viável para avaliação da resistência aos inibidores de integrase, principalmente nos casos em que há falha terapêutica a esta nova classe de medicamento, uma vez que a técnica permite o estudo completo da região de interesse / The absence of an optimized kit to evaluate the resistance to integrase inhibitors in Brazil led to the necessity for standardization of an in-house technique to study the mutations in the HIV-1 integrase gene, thus enabling the evaluation of resistance to these novel antiretroviral agents recently released in the country. Plasma viral RNA was obtained from 60 patients and used as source for RT- Nested PCR amplification and automatic sequencing of the HIV-1 IN gene to analysis of the pattern of drug resistance, which was evaluated using the algorithm proposed by Stanford University. Fifty-four (90%) samples were successfully amplified and sequenced, and ten of these samples were amplified using alternative protocols involving the use of enhancers, enzymes with more specificity, RT-PCR one step and changes in the conditions of cycling, which allowed the successful study of the region of interest and analysis of resistance. The in-house methodology showed to be a viable alternative to assess resistance to integrase inhibitors, especially in cases when there is therapeutic failure to this new class of antiretroviral, since the technique allows the complete study of the region of interest
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.unesp.br:11449/88084 |
| Date | 15 February 2011 |
| Creators | Tanikawa, Aline Aki [UNESP] |
| Contributors | Universidade Estadual Paulista (UNESP), Pardini, Maria Ines de Moura Campos [UNESP], Grotto, Rejane Maria Tommasini [UNESP] |
| Publisher | Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | 104 f. |
| Source | Aleph, reponame:Repositório Institucional da UNESP, instname:Universidade Estadual Paulista, instacron:UNESP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -1, -1, -1 |
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