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SARA GISELLE DE CASSIA ALEXANDRE GONDIM.pdf: 1809475 bytes, checksum: 7b6fa0472c86151e208d21086f933a63 (MD5)
Previous issue date: 2010-04-08 / Hoplias malabaricus is a characiforme fish (family Erythrinidae) with a wide distribution in
the Neotropical region. The species has been considered by several authors as a group of
species in urgent need of a taxonomic revision. Under this context, genetic studies are needed
in order to increase the amount of information available for this species. Microsatellite
markers are codominant, multiallelic, abundant and well distributed throughout the genome,
and therefore are efficient to evaluate the genetic variability in natural populations. Also for
conservation and managment studies. This study uses a strategy of development of primers
for microsatellite regions based on the sequencing of random fragments from a genomic
library "shotgun" for the detection of microsatellite regions in H. malabaricus. From 864
sequences obtained, I found 78 microsatellite regions that allowed the construction of pairs of
primers. These regions are composed of different types of repeat motifs, including
dinucleotide, trinucleotídes, tetranucleotídes and pentanucleotídes. Alleles varied in size from
136 to 236 base pairs. This shows that the strategy of random sequence from libraries
"shotgun" is interesting to obtain repetitive regions with different motives. From 78 pairs of
primers found, 25 were synthesized for standardization and characterzation. Of these 25, 14
had satisfactory standard of amplification, and among these, six (Hmal-9, Hmal-23, Hmal-33,
Hmal-34, Hmal-46 and Hmal-60) showed polymorphisms. Considering the 14 loci evaluated,
the observed heterozygosity (Ho) had a mean of 0.054 and expected heterozygosity (He) had
a mean value equal to 0.246. Among the loci that showed polymorphisms, only the reported
Hmal-9 showed significant deviations for the test of adherence to the proportions expected for
the Hardy-Weinberg. The strategy of development of starters from library shotgun was
efficient for the detention of different types of regions microssatélites in the genome of the
species Hoplias malabaricus exists low polimorfismos in the 14 locos microssatélites
evaluated in 48 individuals. / A espécie Hoplias malabaricus, pertencente à família Erythrinidae, representa uma das
espécies de peixes characiformes com maior distribuição na região Neotropical. O grupo vem
sendo considerado por diversos autores como um conjunto de espécies que necessita de uma
revisão quanto à classificação. Para tanto, dentre outros, são necessários estudos genéticos,
aumentando a quantidade de informações disponível para a espécie. Os marcadores
microssatélites, por serem codominantes, multialélicos, abundantes e bem distribuídos ao
longo do genoma, são eficientes para avaliar a variabilidade genética em populações naturais
e para a realização de estudos de genética com aplicação em manejo e conservação. Este
estudo utiliza uma estratégia de desenvolvimento de iniciadores para regiões microssatélites
que se baseia no sequenciamento aleatório de fragmentos provenientes de uma biblioteca
genômica shotgun para a detecção de regiões microssatélites, em H. malabaricus (traíra).
Das 864 sequências obtidas, foram encontradas 78 regiões microssatélites que possibilitaram
a construção de pares de iniciadores. Estas regiões são compostas por vários tipos de motivos
de repetição, incluindo dinucleotídios, trinucleotídios, tetranucleotídios, pentanucleotídios. Os
alelos apresentaram amplitude de variação de tamanho entre 136 a 236 pares de bases. Isto
mostra que a estratégia de sequenciamento aleatório a partir de bibliotecas shotgun é
interessante para a obtenção de regiões repetitivas com diferentes motivos. Dos 78 pares de
iniciadores encontrados, 25 foram sintetizados para padronização e caraterização. Destes 25,
apenas 14 apresentaram padrão de amplificação satisfatório, e dentre estes, seis (Hmal 9,
Hmal 23, Hmal 33, Hmal 34, Hmal 46 e Hmal 60) apresentaram polimorfismos.
Considerando os 14 locos avaliados, a heterozigosidade observada (Ho) apresentou uma
média igual a 0,054 e a heterozigosidade esperada (He) apresentou um valor médio igual a
0,246. Dentre os locos que apresentaram polimorfismos, apenas Hmal-9 apresentou desvios
significativos para o teste de aderência às proporções esperadas para o equilíbrio de Hardy-
Weinberg. A estratégia de desenvolvimento de iniciadores a partir de biblioteca shotgun foi
eficiente para a detecção de diferentes tipos de regiões microssatélites no genoma da espécie
Hoplias malabaricus. Existe um baixo polimorfismos nos 14 locos microssatélites avaliados
em 48 indivíduos da espécie Hoplias malabaricus.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:ambar:tede/2420 |
| Date | 08 April 2010 |
| Creators | Gondim, Sara Giselle de Cassia Alexandre |
| Contributors | Telles, Mariana Pires de Campos, Resende, Lucileide Vilela, Vasconcellos, Breno de Faria e, Rodrigues, Flávia Melo |
| Publisher | Pontifícia Universidade Católica de Goiás, Genética, PUC Goiás, BR, Ciências Humanas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_GOAIS, instname:Pontifícia Universidade Católica de Goiás, instacron:PUC_GO |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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