Les virus du genre Chlorovirus (phycoDNAviridae) sont des virus à ADN double-brin de grande taille, qui infectent des algues vertes eucaryotes unicellulaires vivant en eau douce nommées les chlorelles (Trebouxiophyceae). A l'aide d'approches bioinformatiques, j'ai consacré mon travail de thèse à l'étude de la diversité génomique des chlorovirus et de leur histoire évolutive, ainsi qu'à l'étude transcriptomique de l'infection virale chez son hôte.Dans le premier volet de ma thèse, j'ai procédé à l'assemblage et à l'annotation de 50 nouveaux génomes de chlorovirus récemment séquencés (Roche-454). J'ai ainsi été en mesure de mieux caractériser les différences de structure du génome et de contenu en gène des différents chlorovirus en fonction de leurs hôtes. J'ai également mis en évidence l'existence d'un quatrième sous-groupe de chlorovirus, repoussant les limites connues de la diversité de ces virus. Enfin j'ai montré que les Chlorovirus ne suivent pas le même schéma évolutif des autres NCLDV et que l'origine de leurs gènes est encore inconnue, bien que probablement virale.Dans un autre projet, j'ai également étudié les variations de la transcription des gènes de la chlorelle (C. varabilis NC64A) induites par l'infection par un chlorovirus (PBCV-1) grâce au séquençage profond (Illumina) des ARNm polyadénylés présent dans la cellule saine, puis après infection. J'ai ainsi pu montrer que les différentes fonctions cellulaires sont impactées de façon préférentielle par l'infection. / Giant viruses in the genus Chlorovirus (Phycodnaviridae) infect eukaryotic green microalgae known as Chlorella (Trebouxiophyceae). Using bioinformatic approaches, I dedicated my thesis on the study of the genomic diversity and evolutionnary history of the chlorovirus at the genus level, and the transcriptomic of the viral infection.In the first part on my work, I conducted the assembly and annotation of 50 new chlorovirus genomes recently sequenced (Roche-454). I was able to refine the known differences between chloroviruses, both in genome structure and gene content terms. Clues for the existence of a fourth subgroup of chloroviruses were also found. I was also able to show that the chlorovirus does not follow the same evolutionnary pattern as the other NCLDV, and that the origin of their genes is still largely unknown, but presumably of viral origin.In a second project, I studied the variation in the transcription of chlorella's genes (C. variabilis NC64A) during the infection by a chlorovirus (PBCV-1) using the deep-sequencing (Illumina) of all polyadenylated messenger RNA in the healthy or infected cell. This way, I was able to show that the various cellular functions are preferentially impacted by the infection.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2013AIXM4028 |
| Date | 21 June 2013 |
| Creators | Jeanniard, Adrien |
| Contributors | Aix-Marseille, Claverie, Jean-Michel |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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