Submitted by Sandro Camargo (sandro.camargo@unipampa.edu.br) on 2015-05-07T22:43:52Z
No. of bitstreams: 1
126110038.pdf: 2182930 bytes, checksum: 1d0e56324e775d985abbaf5cea8f4038 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-07T22:43:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1
126110038.pdf: 2182930 bytes, checksum: 1d0e56324e775d985abbaf5cea8f4038 (MD5)
Previous issue date: 2014-03-21 / As abelhas apresentam uma combinação de características individuais e ainda de cooperação
animal não encontrada no restante do reino animal. São insetos sociais e participam da
polinização de diversas plantas que fornecem alimento para o homem. No Brasil com a
africanização das abelhas, essas tornaram-se altamente produtoras e enxameadoras, o que vem
tornando o país uma potência na produção de mel e outros produtos originados da atividade
apícola. Muitas doenças podem afetar as abelhas, dentre elas muitas causadas por vírus.
Controlar as infecções virais é essencial para a manutenção ecológica das abelhas e da
produção apícola. Ao mesmo tempo, existe a possibilidade de relacionar vírus que infectam
humanos com os vírus que infectam as abelhas, visto que os tratamentos utilizados para os
seres humanos poderiam ser utilizados em colméias e, ao mesmo tempo, utilizar as abelhas
como modelo de estudo para o desenvolvimento de novos antivirais. Na busca por um ponto
em comum analisamos filogeneticamente a protease 3C, que ocorre nos vírus da super-família
Picorna-like, onde encontram-se os vírus que parasitam as abelhas. Essa protease tem a
capacidade de clivar a poliproteína viral nas proteínas maduras do vírus e ainda causar a
degradação proteolítica das proteínas do hospedeiro. Até hoje não foi encontrada uma forma
de utilizar a protease 3C em estudos filogenéticos pois existe muita divergência das suas
sequências entre os vírus. O objetivo dessa pesquisa foi identificar uma forma de analisar
filogeneticamente a protease 3C. As sequências da protease 3C e da RdRp de 55 vírus foram
coletadas do NCBI ( National Center of Biotechnology Information) e submetidas ao MEME
( Multiple Em for Motif Elicitation), onde foram obtidos quatro sítios conservados. Após foi
realizada a análise filogenética dos sítios conservados por Máxima Verossimilhança e análise
da distância entre os sítios por parcimônia e ainda foi construída uma árvore com base na
RdRp. As árvores dos sítios 1 e 2 apresentaram uma melhor robustez estatística e
agrupamento dos vírus. Essas regiões conservadas da protease 3C-Pro podem ser o início
para estabelecermos uma relação entre as proteases dos picornavírus e vírus picorna-like na
busca da compreensão do seu mecanismo de infecção viral e também uma alternativa de
estudo para outras sequências com alta variabilidade. O uso dos domínios 1 e 2 proporcionou
a árvore com maior robustez apresentada até o dia de hoje para esta proteína viral. / The bees have a combination of individual features and animal cooperation is not yet found in
the rest of the animal kingdom . They are social insects and participate in the pollination of
many plants that provide food for man . In Brazil with the africanization of bees , these have
become highly producing and swarm , which is making the country a power in the production
of honey and other products derived from beekeeping . Many diseases can affect bees , among
them many caused by viruses . Control viral infections is essential for ecological maintenance
of bees and beekeeping . At the same time , it is possible to relate viruses that infect humans
and viruses that infect the bees , whereas the treatments for humans could be used in beehives
and at the same time using the bees as a model for development of new antiviral agents. In the
search for a common point analyzed phylogenetically 3C protease , which occurs in the
superfamily Picorna -like, which are viruses that parasitize bees virus. This protease is
capable of cleaving the polyprotein, the mature viral proteins and viruses also cause the
proteolytic degradation of host proteins . Until today there a way to use the 3C protease was
found in phylogenetic studies because there is much divergence of their sequences between
virus.The objective of this research was to identify a way to analyze phylogenetically 3C
protease . The 3C protease and RdRp sequences of 55 viruses were collected from the
National Center for Biotechnology Information , submitted to MEME , where four conserved
sites were obtained . Upon phylogenetic analysis of the conserved sites and by maximum
likelihood analysis of the distance between sites by parsimony was performed and was still a
tree constructed based on the RdRp . Trees of sites 1 and 2 had a better statistical robustness
and clustering of virus. These conserved regions of the 3C protease - Pro may be the start to
establish a relationship between the proteases of the picornavirus and Picorna-like viruses in
the quest to understand the mechanism of viral infection and also an alternative study for
other sequences with high variability . The use of domains 1 and 2 provided the tree with
greater robustness displayed until today for this viral protein.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:10.1.0.46:riu/213 |
| Date | 21 March 2014 |
| Creators | Golin, Raíssa Ochôa |
| Contributors | Cañedo, Andrés Delgado |
| Publisher | Universidade Federal do Pampa |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UNIPAMPA, instname:Universidade Federal do Pampa, instacron:UNIPAMPA |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0018 seconds