O desenvolvimento embrionário requer um rigoroso controle da expressão de inúmeros genes que devem ser ativados no momento e local apropriados para o correto estabelecimento das estruturas e órgãos do organismo. Com a análise das seqüências expressas (Expressed Sequence Tags, EST) é possível identificar os genes expressos em tecidos específicos em diferentes estádios do desenvolvimento. A fim de identificar genes expressos durante o desenvolvimento embrionário de Gallus gallus, EST foram obtidas a partir da extremidade 5' dos clones de três bibliotecas de cDNA construídas a partir de (1) embrião inteiro, (2) membros anteriores e posteriores e (3) somitos e tubo neural. As EST foram analisadas pelos programas Phred, Cap3 e Consed para avaliação de qualidade das bases e clusterização. A análise dos dados resultou em 4998 EST válidas segundo parâmetros estabelecidos para este estudo. Todas as seqüências consenso dos clusters e singletons foram comparadas com as seqüências disponíveis no GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) e classificadas em doze categorias segundo sua função. A categorização revelou que 25% dos genes não apresentaram homólogos no banco utilizado (Low e No hit). Aproximadamente 15% dos genes não apresentaram função definida (hipotéticos conservados). Os 60% restantes permitiram identificar genes envolvidos com a somitogênese, com a formação da musculatura esquelética e com a formação dos brotos de membros em vertebrados, além de genes de manutenção e estrutura celular. O conjunto das EST identificadas neste projeto possibilitou a construção de um banco com cerca de 5.000 EST de estádios embrionários de Gallus gallus, fonte para a identificação de novos genes, para a elucidação dos processos reguladores do desenvolvimento embrionário e para a identificação de SNPs (Single Nucleotide Polymorphism). / Embryo development requires rigorous control of expression of various genes, which may become active at an adequate time and site for the correct establishment of organ and structure of the organism. Identification of Expressed Sequence Tags (EST) allows the determination of genes expressed in specific tissues at various stages of development. To identify genes expressed during embryonic development of Gallus gallus, EST were obtained from 5' end of clones from three cDNA libraries, derived from (1) whole embryos, (2) limb buds (hindlimb and forelimb), and (3) somites and neural tube. EST sequences were analyzed using the softwares Phred, Cap3 and Consed to evaluate base quality and clustering, resulting in 4998 valid EST, according to the parameters established. All consensus sequences of clusters and singletons obtained were compared with sequences available at GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) and classified into twelve categories according to function. Categorization revealed that about 25% of the genes were not described in the database consulted (Low and No hit). About 15% of the genes had no defined function (conserved hypothetical). The remaining sixty percent permitted identification of genes involved with somitogenesis, skeletal muscle and limb bud development in vertebrates and cellular maintenance and structure. The set of EST identified in this project resulted in a database with around 5000 EST of Gallus gallus embryonic stages, which is a new source of gene identification to facilitate investigation of regulatory processes in embryo development and identification of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs).
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:teses.usp.br:tde-06022003-150751 |
| Date | 06 December 2002 |
| Creators | Erika Cristina Jorge |
| Contributors | Luiz Lehmann Coutinho, Marcos Macari, Claudia Barros Monteiro Vitorello |
| Publisher | Universidade de São Paulo, Ciência Animal e Pastagens, USP, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP, instname:Universidade de São Paulo, instacron:USP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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