Return to search

Investigation of Promoter and Transcription Factors for Chlorate Reductase in Ideonella dechloratans / Undersökning av promotor och transkriptionsfaktor för kloratreduktas i Ideonella dechloratans

The bacterium Ideonella dechloratans is a chlorate dissimilating bacteria that contains two enzymesnecessary for the dissimilation, chlorate reductase and chlorite dismutase. The means to regulate chlorite dismutase has previously been reported. However, the mechanism for chlorate reductase and its operon is still not know. The aim of this study was to develop the understanding of this complex mechanism. In order to investigate the potential important factors three intergenic sections upstream chlorate reductase was amplified. It was then inserted into a promoterless reporter vector that expresses the gene for β-galactosidase when a functioning promoter region is inserted. The activity of an inserted region can be measured using a β-galactosidase assay that hydrolyses a substrate resulting in a chromophore that can be measured using spectrophotometry. The three upstream regions inserted into the promoterless vector showed no increased activity compared to background signal from the backbone plasmid. This indicates that the regulation of the operon is complex. The host Escherichia coli strain RM101 may have been a bad host for the experimental setup or the selected region inserted into the reporter vector did not contain the sequences necessary for transcription and regulation. This work also suggests six potential promoter regions found in the intergenic section along with two possible binding sites for the NnrR transcription factor. / Bakterien Ideonella dechloratans är en kloratnedbrytande bakterie som innehåller två enzymer nödvändiga för nedbrytningen, kloratreduktas och kloritdismutas. Regleringen av kloritdismutas har tidigare rapporterats, dock är mekanismen för kloratreduktas och dess operon fortfarande okänt. Syftet med det här arbetet är att utveckla förståelsen för denna komplexa mekanism. För att undersöka de potentiellt viktiga faktorerna för regleringen amplifierades tre sekvenser uppströms genen för kloratreduktas. De fördes in i en reportervektor som saknar en funktionell promotor uppströms genen β-galaktosidas. Aktiviteten hos införda sekvenser kan mätas vid analys av aktivitet hos β-galaktosidas som hydrolyserar ett substrat vilket ger en produkt som är en kromofor som sedan kan mätas via spektrofotometri. De tre uppströmsregionerna som analyserades visade ingen ökad aktivitet jämfört med bakgrundssignalen från reportervektorn utan promotor. Detta indikerar att regleringen är komplex för kloratreduktas och dess operon. Värdcellen Escherichia coli RM101 kan ha varit en dålig värdstamför experimentuppställningen eller så saknades nödvändiga sekvenser för transkription och reglering i regionerna som infogats i reportervektorn. Det här arbetet föreslår sex möjliga promotorsekvenser som finns uppströms kloratreduktas tillsammans med två möjliga bindningsäten för transkriptionsfaktorn NnrR.

Identiferoai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kau-90294
Date January 2022
CreatorsHartzell, Alexander
PublisherKarlstads universitet, Institutionen för ingenjörs- och kemivetenskaper (from 2013)
Source SetsDiVA Archive at Upsalla University
LanguageEnglish
Detected LanguageEnglish
TypeStudent thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text
Formatapplication/pdf, application/pdf
Rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess, info:eu-repo/semantics/openAccess

Page generated in 0.0034 seconds