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Conception et mise en oeuvre d'un outil déclaratif pour l'analyse des réseaux génétiques discrets

Une demande croissante d'outils pour construire et décrypter des réseaux génétiques contrôlant des processus cellulaires est ressentie en biologie. Nous soutenons que l'utilisation de l'approche déclarative est pertinente et applicable pour répondre aux questions des biologistes sur ces réseaux, en général partiellement connus. L'idée principale est de modéliser des connaissances portant à la fois sur la structure et la dynamique d'un réseau par un ensemble de contraintes représentant l'ensemble des solutions, de vérifier sa cohérence, de réparer une incohérence éventuelle par un relâchement automatique, et d'inférer des propriétés sur la structure et la dynamique du réseau. Pour montrer la faisabilité de l'approche, nous formalisons les réseaux discrets de R. Thomas et les propriétés biologiques pertinentes, proposons un outil reposant sur la programmation logique par contraintes en coopération avec un solveur SAT, et la validons sur des applications biologiques significatives.

Identiferoai:union.ndltd.org:CCSD/oai:tel.archives-ouvertes.fr:tel-00388776
Date08 December 2008
CreatorsCorblin, Fabien
Source SetsCCSD theses-EN-ligne, France
Languagefra
Detected LanguageFrench
TypePhD thesis

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