Bancos de tumores foram criados para organizar a coleta, arm azenamento e distribuição de amostras biológicas de pacientes oncológicos, favorecendo seu uso nas pesquis as sobre o cân cer. Amostras ade quadas devem ter RNA, DNA e proteínas de boa qualidade. RNA de boa qualidade deve estar íntegro e puro e DNA deve ter boa c oncentração e pur eza. Basea do em norm as in ternacionais, f oi elaborado e implantado um abrangente sistema de controle de qualidade no banco de tumores do Hospital de Câncer de Barretos, que para fins de estudo foi dividido em banco pré-controle de qu alidade (den ominado b anco pré) e em ban co pós- controle de qualidade (denominado banco pós). Objetivando comparar a qualidade das amostras n os dois bancos, atra vés d a extração d e R NA total e d e DNA (utilizando-se homogeneizador de tecidos e Kits), selecionou-se de forma aleatória 200 a mostras tumorais, distribuídas ig ualitariamente entre mama, co lorreto, estômago, pulmão e tireóide, sendo 100 do banco pré e 100 do banco pós. Para se avaliar a influência do tempo de isquemia fria (tempo entre a excisão do e spécime cirúrgico e o congelamento rápido da amostra armazenada) na qualidade do RNA total de amostras tumorais do banco pós, foram coletadas 200 amostras tumorais, distribuídas igualitariamente entre mama, co lorreto, estômago, pulmão e ti reóide, de 100 doadores diferentes, metade com o tempo de isquemia fria (TIF) de até 30 minutos e a o utra metade do mesmo espécime com TIF de 45 minutos. Extraiu-se RNA total dessas amostras (com maceração manual e Trizol) e comparou-se a sua qualidade, através do núm ero de i ntegridade do RNA (RIN), dentr o dos d ois intervalos de tempo e nas diferentes top ografias. Ao c omparar-se amostras com RIN acima de 7 (consideradas ideais para experimentos de microarray), do banco pré e do b anco pó s, for am enc ontrados 73 (73%) no p rimeiro e 87 (87%) no segundo (p=0,013). Ao comparar-se o intervalo de TIF de até 30 minutos com o de 45 minutos, encontrou-se respectivamente 63 (64,3%) e 3 6 (36%) amostras com RNA total intacto, 11 (11,2%) e 17 (17 %) com RNA tot al parcialmente degradado e 24 (24, 5%) e 47 (47%) com RNA t otal degradado (p<0,001). Amostras tireoidianas e colorretais f oram mais sensíveis ao a umento d o T IF (p=0,006 e p=0,03, respectivamente), e as de estômago e pulmão menos sensíveis (p=0,919 e p=0,384, resp ectivamente). Ao comparar-se a s 200 amostras dos dois ban cos, constatou-se que a grande maioria apresentava boa qualidade, porém o banco pós se destacou ao avaliar-se o número de amostras ideais para estudos de microarray, por provável interferência d o TIF, ainda não controlado no banco pr é. Constatou-se também que algumas amostras do banco pré, armazenadas há mais de ci nco anos em freezer a -80ºC, apresentaram excelente qualidade. O presente estudo também mostrou que o TIF é muito importante para a preservação da qualidade do RNA total, por isso, deve-se sempre respeitar o tempo máximo de 30 minutos. Ainda se observou que a de gradação do RNA é tecido dependente e qu e amostras processadas com homogeneizador de tecidos e extraídas com RNeas y Mini Kit apresentaram melhor q ualidade do RNA, qu e as macer adas manualmente e extraídas com Trizol / Tumor banks were created to or ganize the collection, storage and d istribution of biological samples of cancer pa tients, favoring it\'s use in cancer rese arches. Appropriate samples should have good quality of RNA, DNA and p roteins. RNA of good quality should be intact and pure and DNA should have good concentration and pu rity. Ba sed on international sta ndards, we elabo rated and imp lanted an comprehensive s ystem of qu ality control in the tu mor bank of Ba rretos Cancer Hospital, w hich was divided for st udy purposes i n pre bank quality control (denominated pre bank) and post bank qu ality control (denominated post bank). Aiming to compare the quality of the samples in two banks, through the extraction of total RNA and DNA (b y tissue homogenizer and Kits), we se lected 200 tumor samples in a random way, distributed equally among breast, colorectal, stomach, lung and thyroid, being 100 of the pre-bank and 100 of the post bank. To evaluate the influence o f cold ischem ia time (time b etween t he ex cision o f the su rgical specimen and the fast freezing of the stored sample) in the quality of total of RNA tumor sa mples of th e po st bank , we collected 2 00 t umor s amples, distrib uted equally among breast, colorectal, stom ach, lung and th yroid, fro m 100 different donors, half with the cold ischemia time (CIT) up to 30 minutes and the other ha lf of the sam e specimen with CIT exact ly 45 minutes. We ex tracted total RNA of these samples (with manual maceration and T rizol) and c ompared their qu ality, through the RNA integri ty number (RIN), ins ide tw o intervals of time a nd in different topographies. Comparing samples with RIN above 7 (considered ideals for microarray experiments), of the pre bank and of the post bank, we found 73 (73%) in the first and 87 (87%) in the second (p=0,013). Comparing the interval of CIT up to 30 m inutes with the ex actly 45 minutes, we found respectively 63 (64,3%) and 36 (36%) samples with total RNA intact, 11 (11,2%) and 17 (17%) with total RNA partially degraded and 24 (2 4,5%) and 47 (47%) wit h total RNA de graded (p<0,001). Thyroid and colorectal samples were more sensitive to the increase of CIT (p =0,006 and p=0,03, respectively), a nd s tomach and lun g samples less sensitive (p=0,919 and p=0,384, respectively). C omparing the 200 samples from the two b anks, we v erified that the great ma jority had good qu ality; however the post bank stood out the evaluating number of the id eal samples for m icroarray studies, for probable interference of CIT, still n o controlled in the pre bank. We also verified that some samples of the pre bank, stored more than 5 years in freezer at -80 ºC presented e xcellent qu ality. T he stu dy still sho wed that CIT is ver y important to preserve the quality of total RNA, for that, we sh ould always respect the maximum time of 30 minutes. We still observed that the degradation of RNA is tissue dependent and that samples processed with tissue homogenizer and extracted using RNeasy Mini Kit showed better quality of RNA that macerated manually and extracted with Trizol
| Identifer | oai:union.ndltd.org:usp.br/oai:teses.usp.br:tde-28052013-105525 |
| Date | 11 April 2013 |
| Creators | Viana, Cristiano Ribeiro |
| Contributors | Siqueira, Sheila Aparecida Coelho |
| Publisher | Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
| Source Sets | Universidade de São Paulo |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | Tese de Doutorado |
| Format | application/pdf |
| Rights | Liberar o conteúdo para acesso público. |
Page generated in 0.0025 seconds