Panther Fusion® system är ett fullständigt automatiserat in vitro diagnostiksystem som har högt flöde av prov-till-resultat och tillåter utförandet av in vitro diagnostiska tester genom användning av realtids Polymerase Chain Reaction (realtids-PCR). Syftet med detta projekt är att validera om det finns möjlighet att använda ett kit från Amplidiag på Panther fusion open access för att diagnostisera vankomycin resistenta enterokocker (VRE) samt att utvärdera analys direkt på E-swab prover istället för anrikningsbuljong. Det är viktigt att kunna detektera vanA-och vanB-generna i prover för att VRE hyser dessa gener. Sensitivitet och effektivitet av Panther fusion open access undersöktes genom att analysera proverna parallellt med Bio-Rad CFX384/96-PCR som är rutinmetoden för VRE-diagnostik på Klinisk mikrobiologi i Lund. Specificitet av en tidigare publicerad PCR-mix (PCR-mix) som kan detektera vanA och vanB i prover jämfördes med Amplidiag assay mix 2 som används i rutinmetoden. För att kunna utvärdera skillnaden av specificiteten och känsligheten mellan E-swab och anrikningsbuljong utfördes analysen på både E-swab och anrikningsbulong med både Panther fusion open access och Bio-Rad CFX384/96-PCR. MgCl2- koncentration optimerades till 3,0 mM. Sensitivitet och effektivitet av Panther fusion open access var högre med PCR-mix än Amplidiag assay mix 2 och uppvisade optimalt linjäritet. Specificitetstest av PCR-mixen visade att den bara kunde detektera vanA och vanB. Resultaten av spikade VRE-negativa patientprover (E-swab) visade sig vara orimliga då flera av proverna och kontrollerna gav resultat för båda generna. För att ersätta VRE-diagnostik på Bio-Rad CFX384/96 med Panther fusion open access behöver ytterligare experiment genomföras direkt på E-swab och vankomycine variabla enterokocker (VVE)-prover på Panther fusion open access. / Panther Fusion® system is a fully automated in vitro diagnostic system that has a high flow of sample-to-results and allows the performance of in vitro diagnostics tests using real-time Polymerase Chain Reaction (real-time PCR). The purpose of this project is to validate whether it is possible to use a kit from Amplidiag on Panther fusion open access to diagnose vancomycin resistant enterococcus (VRE). In addition, this project aims to evaluate and analyze E-swab samples directly instead of enrichment broth. It is important to be able to detect VanA and VanB genes in samples because VRE harbors these genes. Sensitivity and efficiency of Panther fusion open access were tested by analyzing the samples simultaneously with Bio-Rad CFX384/96 which is the routine method for VRE diagnostic at Clinical Microbiology in Lund. Specificity of a previously published PCR-mix (PCR-mix) that can detect VanA and VanB genes in samples was compared with Amplidiag assay mix 2 used in the routine method. In order to evaluate the difference in specificity and sensitivity between E-swab and enrichment broth, the analysis was performed on both E-swab and enrichment broth with both Panther fusion open access and Bio-Rad CFX384/96-PCR. MgCl2 concentration was optimized to 3,0 mM. Both sensitivity and efficiency of Panther fusion open access were higher with PCR-mix than those with Amplidiag assay mix 2 and it showed optimal linearity. Specificity test of PCR-mix detected only VanA and VanB genes. The results of inoculated the negative VRE-patient samples (E-swab) indicated that they were unreasonable because some of the samples and controls gave results of both genes. Replacement of the VRE-diagnostic method on Bio-Rad CFX384/96 with Panther fusion open access requires performing additional experiments directly on E-swab and vancomycin variable enterococcus (VVE) samples using Panther fusion open access.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:mau-53544 |
| Date | January 2022 |
| Creators | Wared, Mary |
| Publisher | Malmö universitet, Institutionen för biomedicinsk vetenskap (BMV) |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | Swedish |
| Detected Language | English |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0028 seconds