Venous thromboembolism (VTE) is a common cardiovascular disease that frequently recurs and is associated with significant numbers of death annually. The influence of the hereditary risk factors is not yet firmly established but twin and family studies suggest that heritability is about 50%. Several genetic risk factors have been identified by genomeHwide association studies (GWAS) but they do not explain all of the missing heritability of VTE. NextHgeneration sequencing (NGS) has revolutionized the genetic analysis of disease and has been used to discover the genes underlying unsolved Mendelian disorders. It has also been used to identify rare alleles which may help explain the missing heritability for complex diseases. The study population of this study consisted of 32 randomly chosen VTE patients from the MATSHstudy (Malmö Thrombophilia Study). The seventeen genes that in earlier studies have been shown to be associated with VTE were examined and the identified VTEHrelated mutations were compared to the general population. The results showed that Ion TorrentHsequencing effectively provided good coverage and read depth in all of the sequenced genes. Optimization of the primer panels resulted in higher and more balanced coverage and the quality of the results in this study was on an overall high level. A total of 215 variants were detected – 62 in exons, 8 in splice and 145 in introns. One Mendelian mutation was detected in PROC and rare variants were found in F2 and FGG. The most common risk factor (F5 Leiden) was highly enriched with 25% in this study compared to 3% in a background population. / Venös tromboembolism (VTE) är en vanlig, ofta återkommande, kardiovaskulär sjukdom som associeras med åtskilliga dödsfall årligen. De ärftliga riskfaktorernas påverkan är inte fullständigt kartlagda ännu men tvillingH och familjestudier antyder att ärftligheten kan vara runt 50%. Ett flertal genetiska riskfaktorer har identifierats genom genome$wide association studies (GWAS) men de förklarar inte hela den saknade ärftlighetskomponenten för VTE. NästaHgenerationsHsekvensering (NGS) har revolutionerat den genetiska sjukdomsanalysen och har använts för att upptäcka de gener som ligger bakom tidigare olösta Mendelska sjukdomstillstånd. Man har även använt NGS för att identifiera rara alleler som kan hjälpa till att förklara de saknade ärftlighetskomponenterna för nedärvning av komplexa sjukdomar. Studiepopulationen I den här undersökningen utgjordes av 32 slumpmässigt utvalda VTEHpatienter från Malmö Thrombophilia Study (MATS). De sjutton gener som I tidigare studier har visat sig vara associerade med VTE undersöktes och de identifierade VTEHrelaterade mutationerna jämfördes med en normalpopulation. Resultaten visade att Ion TorrentHsekvensering ger bra täckningsgrad och läsdjup i alla de sekvenserade generna. Optimering av primerHpanelerna resulterade i en mer balanserad täckningsgrad och resultatkvaliteten i den här studien var på en generellt hög nivå. Totalt 215 varianter detekterades – 62 i exon, 8 i splice och 145 i introner. En Mendelsk mutation detekterades I PROC och rara varianter hittades i F2 och FGG. Den starkaste och vanligaste riskfaktorn (F5 Leiden) var högt anrikad i den här studien med 25% jämfört med 3% i en bakgrundspopulation.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:hkr-17128 |
| Date | January 2017 |
| Creators | Lucchesi, Patrik |
| Publisher | Högskolan Kristianstad, Sektionen för lärande och miljö |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0023 seconds