L’Splicing de les molècules d’ARN és el procés pel qual les seqüències interposades
(“introns”) s’eliminen, i les seqüències restants es concatenen
per a formar l’ARN madur. La investigació recent mostra que gairebé tots
els gens amb splicing es veuen afectats per splicing alternatiu. Aquí, en
primer lloc definim la longitud mínima d’un oligomer d’ARN per a funcionar
com a lloc d’unió d’un factor d’splicing. A continuació, explorem la
capacitat d’aquests oligomers per a predir estructures completes exó-intró.
Destaquem els oligomers que són més informatius per a això, i demostrem
que la mateixa precisió com en enfocaments anteriors es pot aconseguir amb
menys oligomers. L’observació de que aquest enfocament és lluny de predir
amb exactitud tota l’estructura exó-intró ens va portar a investigar els factors
que juguen un paper en l’splicing co-transcripcional. Demostrem que els nucleosomes
es col.loquen preferentment en els exons i plantegem la hipòtesi
que juguen un paper en les decisions de l’splicing. A continuació, introduïm
el “completed splicing index” i concluem que l’splicing co-transcripcional
és molt generalitzat. A més, l’splicing co-transcripcional mostra vincles
amb l’organització de la cromatina. A la llum d’aquests resultats, es van
supervisar els canvis de la cromatina en exons diferencialment inclosos en
dos teixits. Hem descobert una varietat de marques de les histones, però
no totes, mostrant un comportament significativament diferent en els exons
més inclosos i més exclosos. Las marques més destacades que apareixen
són H3K9ac i dos estats de metilació de lisina 4. / Splicing of RNA molecules is the process, by which intervening sequences (“introns”)
in the primary transcript are excised, and the remaining sequences (“exons”)
are concatenated to form the mature RNA. Recent evidence shows that almost
all spliced genes are affected by alternative splicing. Here, we define the
minimal length of RNA oligomers that can sensibly be called splicing factor binding
sites. Then, we explore the capacity of these oligomers to predict complete
exon-intron structures. We highlight those oligomers that are most informative for
this and show, that equal accuracy as in previous approaches can be achieved with
less RNA oligomers. The observation, that this approach falls short of accurately
predicting the entire exon-intron structure, led us to investigate determinants linked
to co-transcriptional splicing. We show that nucleosomes are preferentially positioned
on exons and hypothesize that they play a role in splicing decisions. We
then introduce the “completed splicing index” and conclude that co-transcriptional
splicing is very wide-spread in humans. Furthermore co-transcriptional splicing
exhibits links to chromatin organization. In the light of these results, we go on
to monitor chromatin changes on differentially included exons in pair-wise tissue
comparisons. We find a variety of histone marks, but not all, showing significantly
different behavior on up- and downregulated exons. The most prominently appearing
marks are H3K9ac and two lysine 4 methylation states.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:TDX_UPF/oai:www.tdx.cat:10803/85056 |
| Date | 02 June 2011 |
| Creators | Tilgner, Hagen, 1980- |
| Contributors | Guigó Serra, Roderic, Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut |
| Publisher | Universitat Pompeu Fabra |
| Source Sets | Universitat Pompeu Fabra |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| Format | 210 p., application/pdf |
| Source | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess, ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs. |
Page generated in 0.0029 seconds