Made available in DSpace on 2014-12-17T14:05:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1
DelanneCSSF_TESE.pdf: 5733269 bytes, checksum: db8ba3b543c1bd1c178d56cb6e6335bb (MD5)
Previous issue date: 2011-09-08 / The sequencing of the genome of Chromobacterium violaceum identified one single
circular chromosome of 4.8 Mb, in which approximately 40% of the founded ORFs
are classified as hypothetical conserved or hypothetical. Some genic regions of
biotechnological and biological interest had been characterized, e. g., environmental
detoxification and DNA repair genes, respectively. Given this fact, the aim of this
work was to identify genes of C. violaceum related to stress response, as the ones
involved with mechanisms of DNA repair and/or genomic integrity maintenance. For
this, a genomic library of C. violaceum was built in Escherichia coli strain DH10B
(RecA-), in which clones were tested to UVC resistance, resulting in five candidates
clones. In the PLH6A clone were identified four ORFs (CV_3721 to 3724). Two
ORFs, CV_3722 and CV_3724, were subcloned and a synergic complementation
activity was observed. The occurrence of an operon was confirmed using cDNA from
C. violaceum in a RT-PCR assay. Further, it was observed the induction of the
operon after the treatment with UVC. Thus, this operon was related to the stress
response in C. violaceum. The mutagenesis assay with rifampicin after the treatment
with UVC light showed high frequency of mutagenicity for the ORF CV_3722 (Pol III
? subunit). In this way, we propose that the C. violaceum ? subunit can act in DH10B
in the translesion synthesis using Pol IV in a RecA independent-manner pathway. In
growth curve assays other four clones (PLE1G, PLE7B, PLE10B and PLE12H) were
able to complement the function at the dose 5 J/m2 and in mutagenicity assays
PLE7B, PLE10B and PLE12H showed frequencies of mutation with significant
differences upon the control (DH10B), demonstrating that in some way they are
involved with the stress response in C. violaceum. These clones appear to be
interrelated, probably regulated by a messenger molecule (eg., nucleotide c-di-GMP)
and/or global regulatory molecule (eg., ?S subunit of RNA polymerase).The results
obtained contribute for a better genetic knowledge of this specie and its response
mechanisms to environmental stress. / O seq?enciamento do genoma da esp?cie Chromobacterium violaceum identificou
um cromossomo simples circular de 4.8 Mb, no qual aproximadamente 40% das
ORFs encontradas s?o classificadas como hipot?ticas conservadas ou hipot?ticas.
Algumas regi?es g?nicas de interesse biotecnol?gico e biol?gico v?m sendo
caracterizadas, como por exemplo, genes de detoxifica??o ambiental e genes de
reparo de DNA, respectivamente. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi
identificar genes de C. violaceum envolvidos com a resposta ao estresse, como por
exemplo, mecanismos de reparo de DNA e/ou manuten??o da integridade
gen?mica. Para tanto, foi constru?da uma biblioteca gen?mica de C. violaceum na
cepa DH10B de Escherichia coli (RecA-), a qual foi testada para clones resistentes a
UVC, resultando na sele??o de cinco clones candidatos. Foram identificadas quatro
ORFs (CV_3721 a 3724) no clone PLH6A. Das quais, as ORFs CV_3722 e
CV_3724, foram subclonadas e uma atividade sin?rgica de complementa??o foi
observada. A ocorr?ncia de um operon foi confirmada usando cDNA de C. violaceum
em ensaio de RT-PCR. Adicionalmente, foi observada a indu??o do operon ap?s
tratamento com UVC, dessa forma, esse operon foi relacionado ? resposta ao
estresse em C. violaceum. Ensaios de mutag?nese com rifampicina ap?s tratamento
com luz UVC mostraram alta freq??ncia de mutagenicidade para a ORF CV_3722,
subunidade ? da Polimerase III. Assim, propomos que esta subunidade de C.
violaceum pode agir em DH10B na s?ntese transles?o utilizando Pol IV em uma via
RecA independente. Em ensaios de viabilidade outros quatro clones (PLE1G,
PLE7B, PLE10B e PLE12H) foram capazes de complementar a fun??o na dose de 5
J/m2. E em ensaios de mutagenicidade PLE7B, PLE10B e PLE12H apresentaram
freq??ncias de muta??o com diferen?as significativas em rela??o ao controle
(DH10B), demonstrando que de alguma forma eles est?o envolvidos na resposta ao
estresse em C. violaceum. Estes clones parecem estar inter-relacionados,
provavelmente, regulados por mol?cula mensageira (como o nucleot?deo c-di-GMP)
e/ou mol?cula regulat?ria global (como a subunidade ?S da RNA Polimerase). Os
resultados obtidos contribuem para um melhor conhecimento da gen?tica desta
esp?cie e de seus mecanismos de resposta ao estresse ambiental. / 2020-01-01
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufrn.br:123456789/12639 |
| Date | 08 September 2011 |
| Creators | Fontinele, Delanne Cristina Souza de Sena |
| Contributors | CPF:00297997750, http://lattes.cnpq.br/1083882171718362, Lajus, Tirzah Braz Petta, CPF:03254085485, http://lattes.cnpq.br/9979644969955564, Bessa, Keronninn Moreno de Lima, CPF:02691210480, http://lattes.cnpq.br/7785864265725862, Uchoa, Adriana Ferreira, CPF:58024867320, http://lattes.cnpq.br/6644671747055211, Rocha, Hugo Alexandre de Oliveira, CPF:76111830449, http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4799567J8&dataRevisao=null, Lima, Lucymara Fassarela Agnez |
| Publisher | Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Programa de P?s-Gradua??o em Biotecnologia, UFRN, BR, Biotecnologia Industrial; Biotecnologia em Agropecu?ria; Biotecnologia em Recursos Naturais; Biotecn |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFRN, instname:Universidade Federal do Rio Grande do Norte, instacron:UFRN |
| Rights | info:eu-repo/semantics/embargoedAccess |
Page generated in 0.0015 seconds