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Análise e caracterização in silico de polimorfismos de base única dos genes Toll Like Receptor: consequências estruturais e funcionais associadas ao desenvolvimento do câncer

Submitted by Isaac Francisco de Souza Dias (isaac.souzadias@ufpe.br) on 2015-05-19T16:34:38Z
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Previous issue date: 2014-02-20 / CAPES / O aumento da informação proveniente do sequenciamento de alta performance
(NGS), e de projetos como o 1000 genomas e HapMap, permitiram a descoberta de
milhões de variações. Entretanto, o maior desafio é a identificação da relação entre
o genótipo e o fenótipo, proporcionando informações que possam ajudar a definir os
polimorfismos que podem ou não causar doenças. Ferramentas computacionais tem
auxiliado na predição das modificações estruturais geradas pelos polimorfismos, e
as consequentes alterações funcionais sofridas pelas proteínas. Os receptores Toll
Like (TLR) são proteínas do sistema imunológico que estão envolvidas na regulação
da inflamação e em alguns casos no desenvolvimento do câncer. O objetivo deste
projeto foi analisar, através de ferramentas in silico, os polimorfismos de base única
nos genes das TLRs, buscando por polimorfismos que possam estar relacionados
com a predisposição ao câncer e com alterações da via de sinalização das TLRs.
Foram encontrados 37 genes que estão envolvidos na via de sinalização e podem
ser utilizados como marcadores genéticos (biomarcadores) para o diagnóstico e
predição das alterações na expressão dos genes relacionados à esta via. Estes
genes, se regulados, podem ser utilizados como inibidores. Em relação aos
polimorfismos foram coletados no banco de dados dbSNP/NCBI 5.839 SNPs entre
os 10 genes das TLRs. Destes, 1.017 variações foram classificadas como missense
e analisadas para avaliar as consequências estruturais pela troca dos aminoácidos.
Para isso quatro ferramentas preditoras (SIFT, Polyphen, MutationAssessor e SDM)
foram utilizadas gerando informações sobre as modificações e associando-as com
possíveis danos nas proteínas. Dos polimorfismos analisados 223 foram
classificados como danosos baseados na troca de aminoácido e podem causar uma
desregulação funcional na proteína. Entre eles está o rs5743708 (TLR2), rs3775291,
(TLR3) e rs11466653 (TLR10) que já foi estudado in vitro e tiveram associação com
câncer colorectal (TLR2 e 3) e carcinoma da tireóide (TLR10). A predição prévia, in
silico, das alterações funcionais pode auxiliar na interpretação das variações
gênicas, neste caso associadas com o câncer, e também na caracterização precisa
dos fatores que levam a estas alterações, contribuindo no diagnóstico, na prevenção
e em melhores respostas aos tratamentos oferecidos.

Identiferoai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpe.br:123456789/13999
Date20 February 2014
CreatorsSimões, Carolina da Rocha
ContributorsLima Filho, José Luiz de, Castelletti, Carlos Henrique Madeiros
Source SetsIBICT Brazilian ETDs
LanguageBreton
Detected LanguagePortuguese
Typeinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis
Sourcereponame:Repositório Institucional da UFPE, instname:Universidade Federal de Pernambuco, instacron:UFPE
RightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/, info:eu-repo/semantics/openAccess

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