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Previous issue date: 2018-03-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Population genomics studies in Neotropical species are scarce, however, they are of great
importance for the understanding of the neutral and adaptive variations, in order to develop
strategies of management and conservation for the species. In this context our objective was
to verify the role of natural selection in the distribution of populations diversity in
Handroanthus serratifolius and Tabebuia aurea. Here, we study population genomics based in
sequence capture using 24,751 pre-developed probes. For H serratifolius were sampled c.
64,000 SNPs in 144 individuals from 16 populations. For T aurea were sampled c. 18,000 SNPs
in 48 individuals from 6 populations. Genetic differentiation was high (FST = 0.194, p <0.001)
in H. serratifolius and intermediate (FST = 0.144, p <0.001) in T. aurea. The inbreeding
coefficient was low in both species, however, in three populations of H. serratifolius it was
intermediate or high. The genetic structure of populations presented two genetic groups for
the populations sampled in the two species. H. serratifolius with high genetic differentiation
and T. aurea with admixture in all populations. We did not find SNPs outliers in the distribution
of FST values, due to the wide distribution of values found for the populations of the two
species. In the search for correlation between environmental variables and changes in allelic
frequency H. serratifolius presented only three SNPs, inside six genes and T. aurea presented
16 SNPs, inside 25 genes. The functional annotation of these genes showed relationship with
molecular processes, transposable elements and one in T. aurea related to resistance to
diseases. In conclusion, our data show a selection signal in H. serratifolius for only three loci
with local adaptation signal. In T. aurea our data show a greater number of locos (16 locos)
with local adaptation signal. / Estudos de genômica de populações em espécies Neotropicais são escassos, no entanto,
apresentam grande importância para o entendimento das variações neutras e adaptativas, a
fim de desenvolver estratégias de manejo e conservação das espécies. Nesse contexto nosso
objetivo foi verificar o papel da seleção natural na distribuição da diversidade de populações
de Handroanthus serratifolius e Tabebuia aurea. Aqui, nós estudamos a genômica de
populações baseado em sequence capture utilizando 24.751 sondas previamente
desenvolvidas. Para H serratifolius foram amostrados c. 64.000 SNPs em 144 indivíduos de
16 populações. Para T aurea foram amostrados c. 18.000 SNPs em 48 indivíduos de 6
populações. A diferenciação genética foi alta (FST = 0,194, p < 0,001) em H. serratifolius e
intermediária (FST = 0,144, p < 0,001) em T. aurea. O coeficiente de endogamia foi baixo nas
duas espécies, no entanto, em três populações de H. serratifolius foi intermediária ou alta. A
estrutura genética das populações apresentou dois grupos genéticos para as populações
amostradas nas duas espécies. H. serratifolius com alta diferenciação genética e T. aurea com
mistura em todas as populações. Nós não encontramos SNPs outliers na distribuição de valores
de FST, devido a ampla distribuição de valores encontrada para as populações das duas
espécies. Na busca por correlação entre variáveis ambientais e mudanças na frequência alélica
H. serratifolius apresentou apenas três SNPs, presentes em seis genes e T. aurea apresentou
16 SNPs, presentes em 25 genes. A anotação funcional desses genes mostrou relação com
processos moleculares, elementos transponíveis e um em T. aurea ligado a resistência a
doenças. Concluindo, nossos dados apresentam sinal de seleção em H. serratifolius para
apenas três locos com sinal de adaptação local. Em T. aurea nossos dados mostram maior
número de locos (16 locos) com sinal de adaptação local.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.bc.ufg.br:tede/8320 |
| Date | 09 March 2018 |
| Creators | Vieira, Lucas Donizetti |
| Contributors | Novaes, Evandro, Collevatti, Rosane Garcia, Silva, Daniela de Melo e, Lima, Natácia Evangelista de |
| Publisher | Universidade Federal de Goiás, Programa de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular (ICB), UFG, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas - ICB (RG) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Unknown |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFG, instname:Universidade Federal de Goiás, instacron:UFG |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -3983316729959641468, 600, 600, 600, 600, -3872772117827373404, -5518144268585252051, 2075167498588264571 |
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