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Previous issue date: 2018-08-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Stryphnodendron adstringens presents a wide geographical distribution, being
predominant in regions of Cerrado sensu stricto and is popularly known as
"barbatimão". It is a species widely used in herbal medicine because of its anti-inflammatory,
antibacterial and antiulcerogenic potential. The Cerrado’s removal of vegetation cover
reduces significantly the number of several native species, among them S. adstringens.
Thus, it is important that efficient strategies for the use and conservation of this species are
drawn. In order to provide molecular tools for studies of genetic diversity and conservation of
S. adstringens, the present work had the objective of developing microsatellite markers
for the species. Genomic DNA was obtained from leaf tissue using the CTAB protocol. The
identification of the microsatellite regions and the design of the primers were performed using
the QDD program modules. From the identified microsatellite regions, 20 pairs of primers
were designed, 14 of which flank microsatellite regions composed of dinucleotides, four by
tetranucleotides and two by pentanucleotides. Initially, four individuals were used for the
standardization tests of the PCR protocol and annealing temperatures. Subsequently, 48
individuals were selected, distributed in three populations, to evaluate polymorphism via 6%
polyacrylamide gel. Of the 20 pairs of primers evaluated, 16 presented polymorphic
amplification products and four monomorphic amplification products. Considering the 16
polymorphic markers, the number of alleles varied between two (SadH19) and 13 (SadH13),
with a mean of seven alleles per locus. The observed heterozygosity (Ho) and expected (He)
and PIC values were 0.506, 0.543, 0.635, respectively. The mean Hmax value founded
(65,519) indicates values of genetic diversity that can be considered medians for this set of
loci evaluated in three populations of S. adstringens. On the other hand, although genetic
diversity is median, this set of 16 polymorphic markers exhibited a ombined probability of
paternity exclusion high (0.9999983) and combined probability of genetic identity low
(3,49x10-15). The analysis of variance of allelic frequencies presented significant values for
two of the three estimated statistics with f not significant 0.050, significant θ equal to 0,329
and F in the overall value also significant 0.360. Thus, it can be concluded that the panel of
polymorphic markers developed for S. adstringens is highly informative and indicated for
population genetic studies for the species. Another important factor is that these markers can
be tested in other evolutionarily close species for the availability of microsatellite markers,
without the need to develop new primers. / Stryphnodendron adstringens apresenta ampla distribuição geográfica, sendo predominante
em regiões de Cerrado stricto sensu e é conhecida popularmente como “barbatimão”. É uma
espécie utilizada na medicina fitoterápica por seu potencial anti-inflamatório, antibacteriano e
antiulcerogênico. A retirada de cobertura vegetal do Cerrado diminui significativamente o
número de diversas espécies nativas, dentre elas S. adstringens. Dessa forma, é importante
que sejam traçadas estratégias eficientes para o uso e a conservação dessa espécie. A fim de
disponibilizar ferramentas moleculares para estudos de diversidade genética e conservação de
S. adstringens, o objetivo desse estudo foi desenvolver marcadores microssatélites e estimar
o potencial informativo desses marcadores para subsidiar estudos de genética populacional da
espécie. A identificação das regiões microssatélites e o desenho dos primers foram realizados
usando o programa QDD. Inicialmente, foram utilizados quatro indivíduos para os testes de
padronização do protocolo de PCR e temperaturas de anelamento. Posteriormente, foram
selecionados 48 indivíduos, provenientes de três populações, para avaliação de polimorfismo
via gel de poliacrilamida a 6%. A partir das regiões microssatélites identificadas, foram
desenhados 20 pares de primers, sendo que 14 flanqueiam regiões microssatélites compostas
por dinucleotídeos, quatro por tetranucleotídeos e dois por pentanucleotídeos. Dos 20 pares
de primers avaliados, 16 apresentaram produtos de amplificação polimórficos e quatro
monomórficos. Considerando os 16 marcadores polimórficos, o número de alelos variou entre
dois (SadH19) e 13 (SadH13), com uma média igual a sete alelos por loco. Os valores das
médias da heterozigosidade observada (Ho) e esperada (He) e do PIC foram iguais a 0,506,
0,543, 0,635 respectivamente. A proporção da diversidade máxima encontrada foi de 65%, o
que indica valores de diversidade genética que podem ser considerados medianos para esse
conjunto de locos avaliados em três populações de S. adstringens. Por outro lado, embora a
diversidade genética seja mediana, esse conjunto de 16 marcadores polimórficos exibiu uma
probabilidade de exclusão de paternidade combinada alta (0,999983) e uma probabilidade de
identidade combinada baixa (3,49x10-15). A análise de variância das frequências alélicas
apresentou valores significativos para duas das três estatísticas estimadas com f não
significativo 0,050, θ significativo igual a 0,329 e F no valor global também significativo
0,360. Assim, pode-se concluir que o painel de marcadores polimórficos desenvolvidos para
S. adstringens é altamente informativo e indicado para estudos genéticos populacionais
para a espécie. Outro fator importante é que esses marcadores podem ser testados em outras
espécies próximas evolutivamente para possível disponibilização de marcadores
microssatélites, sem a necessidade de desenvolvimento de novos primers.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.bc.ufg.br:tede/9034 |
| Date | 27 August 2018 |
| Creators | Barateli, Luciana Oliveira |
| Contributors | Telles, Mariana Pires de Campos, Brito, Cíntia Pelegrineti Targueta de Azevedo, Soares, Thannya Nascimento, Telles, Mariana Pires de Campos |
| Publisher | Universidade Federal de Goiás, Programa de Pós-graduação em Genética e Melhoramento de Plantas (EA), UFG, Brasil, Escola de Agronomia - EA (RG) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFG, instname:Universidade Federal de Goiás, instacron:UFG |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -6265679607231828330, 600, 600, 600, 600, -6046953723502374070, -3091138714907603907, 2075167498588264571 |
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