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000864406.pdf: 1440504 bytes, checksum: bcb86a989b42a092299f6a4f6fb01464 (MD5) / HLA-F é um gene de classe I não clássico do Complexo Principal de Histocompatibilidade humano. Este locus difere-se dos genes clássicos pelo baixo polimorfismo e diferente padrão de expressão. A exata função do gene HLA-F ainda permanece desconhecida. Acredita-se que o HLA-F possua uma função tolerogênica e imunomodulatória. Atualmente, há pouca informação acerca da variabilidade do gene HLA-F e os estudos disponíveis avaliaram apenas pequenos segmentos do gene e/ou buscaram por variantes já conhecidas. Neste estudo apresentamos uma estratégia para a avaliação completa da variabilidade do gene HLA-F, incluindo suas regiões regulatórias, usando sequenciamento de segunda geração (ou nova geração). Esta estratégia foi aplicada para descrever a variabilidade de uma amostra de 196 indivíduos oriundos do estado de São Paulo. Os resultados indicam que o gene HLA-F é muito conservado, considerando-se as diferentes moléculas codificadas, sendo que todas as sequências encontradas codificam apenas 4 moléculas HLA-F distintas. Uma dessas moléculas, associada ao grupo de alelos F*01:01, representa 82,45% das proteínas codificadas pelas sequências de HLA-F encontradas no Brasil. No entanto, a variabilidade nucleotídica e haplotípica encontrada no presente estudo mostrou-se muito superior a já descrita na literatura, embora a maioria das sequências detectadas apresenta mutações sinônimas ou intrônicas. A região 3' não traduzida do gene HLA-F mostrou-se pouco variável, com haplótipos bem definidos associados aos alelos de região codificadora. Esta baixa variabilidade proteica está provavelmente associada ao papel crítico do HLA-F na fisiologia do sistema imunitário / HLA-F is a non-classical HLA class I gene and is distinguished from its classical counterparts by low allelic polymorphism and distinctive expression patterns. The exact function of HLA-F remains unknown. It is believed that HLA-F has tolerogenic and immune modulatory features. Currently, there is little information regarding the HLA-F allelic variation among humans and the available studies have evaluated only a fraction of the HLA-F gene segment and/or have searched for known alleles only. Here we present a strategy to evaluate the complete HLA-F variability including its regulatory segments (promoter and 3'UTR) by using massive parallel sequencing (or second generation sequencing) procedures. HLA-F variability was surveyed on 196 individuals from the Southeast of Brazil. The results indicate that the HLA-F gene is indeed conserved at the protein level, in which the three coding haplotypes detected encode for only four different HLA-F molecules, and one of these molecules represent 82.45% of all. However, HLA-F worldwide haplotype variability is much higher than our current knowledge. The 3'UTR presented few variable sites and well-defined haplotypes that are usually associates with the same coding alleles. This protein conservation is probably a consequence of the HLA-F's key role in the immune system physiology
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.unesp.br:11449/139390 |
| Date | 02 October 2015 |
| Creators | Lima, Thalitta Hetamaro Ayala [UNESP] |
| Contributors | Universidade Estadual Paulista (UNESP), Castelli, Erick da Cruz [UNESP] |
| Publisher | Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | 56 f. |
| Source | Aleph, reponame:Repositório Institucional da UNESP, instname:Universidade Estadual Paulista, instacron:UNESP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -1, -1 |
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