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Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Introdução e objetivos: Polimorfismos naturais de resistência aos agentes antivirais de atuação direta (DAAs) no vírus da hepatite C (HCV) podem representar um fator limitante para a eficácia dessa terapia. A análise de sequências virais de regiões geográficas distintas pode apresentar diferenças significativas nas frequências de mutações de resistência aos DAAs. Neste contexto, o objetivo deste estudo foi investigar as mutações associadas à resistência aos DAAs nos genes nãoestruturais (NS) do HCV em isolados virais que circulam no Brasil. Métodos: Foram estudados um total de 390 sequências do genótipo 1 do HCV de pacientes brasileiros virgens de tratamento cronicamente infectados. O RNA viral foi extraído, e as regiões abrangendo os genes NS3, NS4 e NS5 foram amplificadas por RT-PCR e sequenciadas. Resultados: No domínio NS3/4A protease, a variação V36L foi encontrada em 5,60% dos isolados do subtipo 1b, e a substituição T54S em 4,16% das sequências do subtipo 1a; na posição 55, 4,16% dos isolados continham a variação V55A, responsável por causar constrição no sítio de ligação do inibidor de protease boceprevir. Em relação à proteína NS4B, um isolado do subtipo 1b apresentou a substituição F98L, responsável por conferir resistência aos inibidores AP80978, PTC725 e silibina. Na proteína NS5A, 3,84% das sequências do subtipo 1a mostraram as mutações de resistência M28T ou Y93H, e 13,46%, as mutações secundárias H58P e E62D. Dentre os isolados do subtipo 1b, 3,70% continham a mutação Y93H, e 14,8%, as mutações secundárias R30Q, L31M, P58S e I280V
Em NS5B, 25% das sequências do subtipo 1b brasileiras apresentaram a variação L159F na população viral dominante, mas nenhuma sequência do subtipo 1a exibiu tal substituição. Além disso, em 15 isolados do subtipo 1b (29%), foi observado o variante C316N, responsável por conferir resistência a inibidores não-nucleosídeos, enquanto que apenas 2,12% das sequências do isolado do subtipo 1a mostraram a substituição C316Y. A caracterização do subtipo 1a em clados 1 e 2 revelou que as sequências brasileiras das regiões NS3 e NS5A formaram um grupo distinto dentro do clado 1. Adicionalmente em NS3, esse clado apresentou uma característica fenotípica incomum em relação à presença de mutações de resistência aos inibidores macrocíclicos; em particular, a mutação Q80K foi encontrada na maioria das sequências de clado 1, mas não nas amostras brasileiras. Conclusões: Estes dados demonstram que as substituições de resistência a diferentes DAAs podem ser encontradas em isolados circulando no Brasil em pacientes virgens de tratamento antiviral. Além disso, os isolados brasileiros do HCV apresentam um padrão distinto de diversidade genética, reforçando a importância destas informações em futuras abordagens terapêuticas / Natural resistance polymorphisms to direct antivi
ral agents (DAAs)
in hepatitis C virus (HCV) may represent a limiting
factor for therapy efficacy. Analysis of viral
sequences from distinct geographical regions may sh
ow significant differences in the frequencies of
resistance mutations to DAAs. In this context, the
aim of this study was to investigate mutations
associated with resistance to DAAs of HCV non-struc
tural genes (NS) in viral isolates circulating in
Brazil.
Methods
: A total of 390 HCV genotype 1 sequences from ther
apy-naive Brazilian patients
chronically infected. Viral RNA was extracted, and
the region encompassing the non-structural
genes NS3, NS4, and NS5 was RT-PCR amplified and se
quenced.
Results
: In the NS3/4A protease
domain, a V36L variation was found in 5,60% of subt
ype 1b isolates and a T54S substitution in
4,16% of subtype 1a sequences; at position 55, 4,16
% of strains contained the V55A variation
which is responsible to cause constriction in the b
inding site of the protease inhibitor boceprevir.
Concerning the NS4B protein, one subtype 1b isolate
showed the F98L substitution, responsible for
conferring resistance to inhibitors AP80978, PTC725
and Silybin. In the NS5A protein, 3,84% of
subtype 1a sequences showed the resistance mutation
s M28T and Y93H, while 13,46%, the
secondary mutations H58P and E62D. Among subtype 1b
isolates, 3,70% of patients showed the
Y93H mutation, while 14,8% the secondary mutations
R30Q, L31M, P58S and I280V. For NS5B,
25% of Brazilian subtype 1b sequences presented the
L159F variation in the dominant viral
population, but none of subtype 1a sequence showed
such substitution. Moreover, 15 subtype 1b
isolates (29%), were observed the C316N variant, re
sponsible to confer resistance to non-nucleoside
inhibitors, while only 2,12% of subtype 1a isolates
showed the C316Y substitution.
Characterization of subtype 1a in clades 1 and 2 re
vealed that Brazilian sequences of NS3 and
NS5A regions formed a distinct group inside clade 1
. Additionally to NS3, this clade presented an
unusual phenotypic characteristic in relation to th
e presence of resistance mutations to macrocyclic
inhibitors; in particular, the mutation Q80K was fo
und in the majority of clade 1 sequences, but not
in the Brazilian isolates.
Conclusions
: These data demonstrate that substitutions conferr
ing
resistance to different DAAs can be found in isolat
es circulating in Brazil in treatment-naive
patients. Moreover, Brazilian HCV isolates display
a distinct pattern of genetic diversity,
reinforcing the importance of this informations in
future therapeutic approaches.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.arca.fiocruz.br:icict/12183 |
| Date | January 2014 |
| Creators | Silva, Allan Peres da |
| Contributors | Martins, Regina Maria Bringel, Leon, Luciane Almeida Amado, Paula, Vanessa de, Pinto, Marcelo Alves, Motta, Fernando Couto, Lampe, Elisabeth |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, instname:Fundação Oswaldo Cruz, instacron:FIOCRUZ |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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