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Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo HIV se caracteriza pela existência de um período de latência clínica (ou período assintomático) entre a infecção aguda e a fase de AIDS, cuja duração é extremamente variável, gerando distintos perfis de progressão entre os indivíduos infectados pelo HIV. Uma pequena fração de indivíduos infectados (5-10%), denominados não progressores de longo termo (LTNP), permanece clinicamente assintomática e com altos valores de TCD4+ (>500 cells/\F06Dl) durante mais de 8 anos de infecção na ausência de tratamento. Alguns desses indivíduos conseguem ainda bloquear quase totalmente a replicação e a evolução viral, gerando uma verdadeira latência evolutiva. O objetivo do presente estudo foi analisar o perfil mutacional do HIV-1 e a dinâmica de emergência e manutenção de mutantes virais de escape da resposta imune em pacientes HIV-1 positivos classificados como LTNPs com diferentes níveis de controle da replicação viral. Para tal, utilizou-se uma casuística de 12 indivíduos LTNPs, classificados como controladores virêmicos (VC) e controladores de elite com (ECB) e sem Blips (EC) de acordo com os seus níveis de controle da infecção. Para cada indivíduo, foram extraídas amostras de DNA a partir de PBMCs obtidos durante a visita mais antiga (V1) e mais recente (VX) disponíveis. O DNA extraído foi utilizado para amplificação e sequenciamento, através de uma metodologia de NGS, dos genes Gag e Nef. As sequências obtidas permitiram o mapeamento do gene nef inteiro (cobertura média de 212.674 seqs/pb) e dos primeiros 1000pbs de Gag (cobertura média de 286.463 seqs/pb)
Os consensos de cada mapeamento foram utilizados para as análises de divergência entre V1 e VX e variantes com frequências maior que 0,5% em cada pb mapeado foram consideradas verdadeiras. As análises de evolução evidenciaram o baixo nível de diversidade e divergência dos genes Gag e Nef entre os indivíduos controladores. Indivíduos ECs apresentaram menor perfil mutacional em ambos os genes analisados quando comparados com indivíduos ECB e VC. Enquanto Gag apresentou maior conservação que Nef em VCs, ambos os genes apresentaram semelhante variabilidade in ECs, indicando que o maior controle da viremia limita a evolução em nas duas regiões. Em alguns indivíduos ECBs, evidências de superinfecção e hipermutação mediada por APOBEC3G foi observada. As análises das mutações em regiões de epítopos restritos por CTL demonstraram a presença de mutações indicativas de escape da resposta imune surgidas entre V1 e VX na maioria dos indivíduos. Mutações não sinônimas foram encontradas em baixas frequências para todos os indivíduos, incluindo ECs, indicando que tais variantes surgem, mas a grande maioria não obtém sucesso evolutivo / The HIV infection is characterized by the existence of a clinical latency period (os asymptomatic period) between the acute infection and the AIDS phase, whose duration is extremely variable, generating distinct progression profiles between Hiv infected individuals. A small fraction of infected individuals (5-10%), named long term non progressors (LTNP), remains clinically asymptomatic and with high TCD4+ levels (>500cells/ul) during more than 8 years of infection in absence of treatment. Some of these individuals can even block almost all the viral replication and evolution, generating an evolutionary latency. The objective of this study was to analyze the mutational profile of HIV-1 and the emergency and maintenance dynamic of immune response escape mutants in HIV-1 positive patients classified as LTNPs and with different levels of viral replication control. For this end, a group of 12 LTNP patients, classified as viremic controllers (VC) and Elite Controllers with (ECB) and without Blips (EC) according to their level of viremia control, was used. For each individual, DNA samples were extracted from PBMCs obtained during the earliest (V1) and most recent visits (VX) available. The extracted DNA was used to amplification and sequencing, through a NGS methodology, of the Gag and Nef genes. The sequences obtained allowed to map the whole Nef gene (medium coverage of 286.463 reads/pb) and the first 1000bps of Gag (medium coverage of 212.674 reads/pb)
The consensus sequences of each mapping were used to divergence analyses between V1 and VX and variants with frequencies higher than 0,5% in each mapped bp were considered real. The evolution analyses showed a lower degree of diversity and divergence of Gag and Nef genes between controllers. EC individuals presented lower mutational profile in both genes when compared with ECB and VC patients. While Gag presented higher conservation than Nef in VCs, both genes had showed similar variability in ECs, indicating that a higher viremia control limit the evolution in both regions. In some ECB individuals, evidence of superinfection and APOBEC3g mediated Hypermutation was observed. The analyses of mutation along regions of CTL-restricted epitopes had showed the presence of mutations arised between V1 and VX, which were indicative of imune response escape, in most individuals. Non synonymous mutations had been found in lower frequencies in all individuals, including ECs, indicating that those escape variantes arise, but most don\2019t manage to obtain evolutionary success
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.arca.fiocruz.br:icict/15377 |
| Date | January 2016 |
| Creators | Caetano, Diogo Gama |
| Contributors | Vicente, Ana Carolina Paulo, Alves, Carlos Roberto, Santos, André Felipe Andrade dos, Araújo, Nathalia Motta de, Costa, Luciana Jesus da, Morgado, Mariza Gonçalves |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, instname:Fundação Oswaldo Cruz, instacron:FIOCRUZ |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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