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Análise dos efeitos do HSV-1 sobre fatores de restrição à replicação in vitro do HIV-1

Andrade, Viviane Machado de Mello January 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2016-03-28T12:39:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 viviane_andrade_ioc_mest_2014.pdf: 2228142 bytes, checksum: da0fd6680c74fa05fb6671ad6d8bfc07 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo herpes é causada pelo HSV-1, o qual representa o agente etiológico de uma das infecções mais prevalentes na população mundial. Indíviduos imunodeprimidos, como aqueles infectados pelo HIV-1, possuem maior susceptibilidade de contrair infecções oportunistas, como aquelas causadas por herpesvírus, enfatizando a necessidade de estudos mais profundos à cerca da co-infecção HIV-1/HSV-1. Estudos in vitro mostram que a infecção pelo HSV-1 pode modular a replicação do HIV-1 através de ativação transcricional. A partir do ano 2000, diversos estudos sobre fatores de restrição (FRs) à replicação do HIV-1 tem surgido. No entanto, o impacto do HSV-1 sobre os FR\2019s é desconhecido. Observamos um aumento na produção de HIV-1 na co-infecção com HSV-1. Este último vírus levou a redução nos níveis do FR IFITM3. Baseado nesse resultado, nós analisamos as mudanças na expressão de IFITM3 durante as primeiras 24 h de infecção por HSV-1. Durante as primeiras horas, os níveis de IFITM3 encontraram-se ligeiramente aumentados; no entanto, em fases tardias da infecção, seus níveis reduziram significativamente Em seguida, macrófagos infectados com HSV-1 foram tratados com Acyclovir ou IFN-2\03B1, a fim de monitorarmos o conteúdo de IFITM3. Nós observamos que a capacidade do HSV-1 de modular negativamente os níveis de IFITM3 foi prevenida em ambos os tratamentos, indicando que a replicação viral e a capacidade de induzir sinalização por IFN é crítica para produzir esse fenômeno. Diversas proteínas de fase tardia do HSV-1 prejudicam a sinalização por IFN, como a ICP34.5, Us3, Us11 e VHS. Realizamos então o knockdown desses transcritos e observamos que os dois últimos foram capazes de previnir a redução do conteúdo de IFITM3 induzida por HSV-1. Além disso, o aumentos da replicação do HIV-1 na co-infecção foi previnida pelos siRNAs para Us11 e VHS. Uma vez que a co-infecção HIV-1/HSV-1 é bastante comum e a presença desse tipo de co-infecção pode definer a progressão clínica para a AIDS, nosso trabalho fornece evidências adicionais relacionadas à imunopatogênese desses virus em co-infecções / Herpes infection is caused by HSV - 1 virus, which is one of the most prevalent infection worldwide . Immunocompromised individuals, such as those infected with HIV - 1 , have an increased susceptibility to contract opportunistic infection s , such as those caused by herpesvirus h ighlighting the necessity of more in - depth investigations on HIV - 1/HSV - 1 co - infections. In vitro studies have shown that HSV - 1 can mod ulate the replication of HIV - 1, mainly by means of transcriptional activation. S ince the 2000 ’s , several studies on restriction factors (RFs) to HIV - 1 replication have emerged . The impact of HSV - 1 on such RF is unknown . We observed an increase d HIV - 1 production during co - infection with HSV - 1. This last virus led to a reduction in the levels of the RF IFITM 3 . Based on that, we analyzed the changes in IFITM 3 levels over time, during the first 24 h of HSV - 1 infection. During the first hours , IFITM 3 levels were found slightly increased ; however, at late phase of infection, IFITM3 content decline d s ignificantly . Next , HSV - 1 - infected macrophages were treated with Acyclovir or IFN - 2α to monitor IFITM3 content. We observed that the ability of HSV - 1 to downregulate IFITM 3 was prevented by both treatments, meaning that viral replication and ability to overcome IFN signaling are critical to produce the observed phenomena. Several HSV - 1 late proteins impair IFN signaling, such as ICP34.5, Us3, US11, and VHS . W e performed knock down of th ese t ranscripts and observed that the last two prevented HSV - 1 - induced IFITM 3 reduction . Consistently, HSV - 1 - induced enhancement of HIV - 1 replication was prevented by the siRNA against US11 and VHS. Since HIV - 1/HSV - 1 co - infection is very common a nd the presence of co - infections such as this may dictate the clinical progression to AIDS, our work provides additional evidence on the immunopathogenesis of these viruses on co - infection s
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Caracterização de variantes virais de HIV-1 em indivíduos soropositivos com perfil de controle da progressão para a AIDS e da replicação viralavaliação da ocorrência de variantes de escape da resposta imune

Caetano, Diogo Gama January 2016 (has links)
Submitted by Angelo Silva (asilva@icict.fiocruz.br) on 2016-07-20T13:42:38Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71854.pdf: 3870328 bytes, checksum: e6d51ee1222bd1369079ed339e270c1b (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-08-24T19:10:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 71854.pdf: 3870328 bytes, checksum: e6d51ee1222bd1369079ed339e270c1b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-24T19:10:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 71854.pdf: 3870328 bytes, checksum: e6d51ee1222bd1369079ed339e270c1b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo HIV se caracteriza pela existência de um período de latência clínica (ou período assintomático) entre a infecção aguda e a fase de AIDS, cuja duração é extremamente variável, gerando distintos perfis de progressão entre os indivíduos infectados pelo HIV. Uma pequena fração de indivíduos infectados (5-10%), denominados não progressores de longo termo (LTNP), permanece clinicamente assintomática e com altos valores de TCD4+ (>500 cells/\F06Dl) durante mais de 8 anos de infecção na ausência de tratamento. Alguns desses indivíduos conseguem ainda bloquear quase totalmente a replicação e a evolução viral, gerando uma verdadeira latência evolutiva. O objetivo do presente estudo foi analisar o perfil mutacional do HIV-1 e a dinâmica de emergência e manutenção de mutantes virais de escape da resposta imune em pacientes HIV-1 positivos classificados como LTNPs com diferentes níveis de controle da replicação viral. Para tal, utilizou-se uma casuística de 12 indivíduos LTNPs, classificados como controladores virêmicos (VC) e controladores de elite com (ECB) e sem Blips (EC) de acordo com os seus níveis de controle da infecção. Para cada indivíduo, foram extraídas amostras de DNA a partir de PBMCs obtidos durante a visita mais antiga (V1) e mais recente (VX) disponíveis. O DNA extraído foi utilizado para amplificação e sequenciamento, através de uma metodologia de NGS, dos genes Gag e Nef. As sequências obtidas permitiram o mapeamento do gene nef inteiro (cobertura média de 212.674 seqs/pb) e dos primeiros 1000pbs de Gag (cobertura média de 286.463 seqs/pb) Os consensos de cada mapeamento foram utilizados para as análises de divergência entre V1 e VX e variantes com frequências maior que 0,5% em cada pb mapeado foram consideradas verdadeiras. As análises de evolução evidenciaram o baixo nível de diversidade e divergência dos genes Gag e Nef entre os indivíduos controladores. Indivíduos ECs apresentaram menor perfil mutacional em ambos os genes analisados quando comparados com indivíduos ECB e VC. Enquanto Gag apresentou maior conservação que Nef em VCs, ambos os genes apresentaram semelhante variabilidade in ECs, indicando que o maior controle da viremia limita a evolução em nas duas regiões. Em alguns indivíduos ECBs, evidências de superinfecção e hipermutação mediada por APOBEC3G foi observada. As análises das mutações em regiões de epítopos restritos por CTL demonstraram a presença de mutações indicativas de escape da resposta imune surgidas entre V1 e VX na maioria dos indivíduos. Mutações não sinônimas foram encontradas em baixas frequências para todos os indivíduos, incluindo ECs, indicando que tais variantes surgem, mas a grande maioria não obtém sucesso evolutivo / The HIV infection is characterized by the existence of a clinical latency period (os asymptomatic period) between the acute infection and the AIDS phase, whose duration is extremely variable, generating distinct progression profiles between Hiv infected individuals. A small fraction of infected individuals (5-10%), named long term non progressors (LTNP), remains clinically asymptomatic and with high TCD4+ levels (>500cells/ul) during more than 8 years of infection in absence of treatment. Some of these individuals can even block almost all the viral replication and evolution, generating an evolutionary latency. The objective of this study was to analyze the mutational profile of HIV-1 and the emergency and maintenance dynamic of immune response escape mutants in HIV-1 positive patients classified as LTNPs and with different levels of viral replication control. For this end, a group of 12 LTNP patients, classified as viremic controllers (VC) and Elite Controllers with (ECB) and without Blips (EC) according to their level of viremia control, was used. For each individual, DNA samples were extracted from PBMCs obtained during the earliest (V1) and most recent visits (VX) available. The extracted DNA was used to amplification and sequencing, through a NGS methodology, of the Gag and Nef genes. The sequences obtained allowed to map the whole Nef gene (medium coverage of 286.463 reads/pb) and the first 1000bps of Gag (medium coverage of 212.674 reads/pb) The consensus sequences of each mapping were used to divergence analyses between V1 and VX and variants with frequencies higher than 0,5% in each mapped bp were considered real. The evolution analyses showed a lower degree of diversity and divergence of Gag and Nef genes between controllers. EC individuals presented lower mutational profile in both genes when compared with ECB and VC patients. While Gag presented higher conservation than Nef in VCs, both genes had showed similar variability in ECs, indicating that a higher viremia control limit the evolution in both regions. In some ECB individuals, evidence of superinfection and APOBEC3g mediated Hypermutation was observed. The analyses of mutation along regions of CTL-restricted epitopes had showed the presence of mutations arised between V1 and VX, which were indicative of imune response escape, in most individuals. Non synonymous mutations had been found in lower frequencies in all individuals, including ECs, indicating that those escape variantes arise, but most don\2019t manage to obtain evolutionary success
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Estudo da resposta inflamatória associada à apoptose em células dendríticas derivadas de monócitos humanos induzida pela infecção de vírus Degue Soropositivo 3.

Silveira, Guilherme Ferreira 04 July 2011 (has links)
Resumo: A Dengue (DEN) representa atualmente um dos mais graves problemas de saude publica no mundo. A OMS estima que cerca de 80 milhoes de pessoas se infectem anualmente em mais de 100 paises. A DEN e causada por um dos quatro sorotipos do virus dengue (DENV 1-4), sendo transmitida ao homem atraves da picada de mosquitos do genero Aedes spp. As apresentacoes clinicas decorrentes da infeccao por qualquer um dos sorotipos de DENV podem variar desde a Febre da Dengue (FD), a Febre Hemorragica da Dengue (FHD), podendo progredir para a Sindrome do Choque da Dengue (SCD). A FD e caracterizada por sintomas inespecificos como cefaleia, febre, artralgia, mialgia, nauseas, vomitos e exantemas. Ja a FHD, alem dos sintomas da FD, se caracteriza tambem por hemorragias, trombocitopenia e extravasamento de soro dos vasos sanguineos para o tecido basal, o que e atribuido ao aumento da permeabilidade vascular. As celulas dendriticas (DCs do ingles dendritic cells) sao alvo primario da infeccao pelos DENV, sendo ainda as mais eficientes celulas apresentadoras de antigenos (APCs do ingles Antigen Presentation Cells), realizando um papel essencial na captura, processamento e transporte de antigenos ate os linfonodos. Com o intuito de obter novos conhecimentos sobre a interacao de DENV e celulas hospedeiras, este trabalho objetivou o estudo da resposta de celulas dendriticas derivadas de monocitos humanos (mdDCs), infectadas com diferentes cepas de DENV-3. Inicialmente, o isolado clinico rec nte PAR DENV3/5532-02, foi utilizado para infectar mdDCs em diferentes tempos. As analises demonstraram que as infeccoes destas celulas modulam uma serie de genes, pertencentes principalmente as seguintes ontologias: resposta imune, atividade catalitica, adesao e proliferacao celular. Com o intuito de expandir os conhecimentos relacionados a resposta das mdDCs a infeccao, outro isolado clinico, o BR DENV3/290-04, foi incluido no estudo. Os resultados mostraram que a cepa PAR DENV3/5532-02 infecta e induz apoptose em uma porcentagem maior de celulas, induz a uma maior producao de citocinas pro-inflamatorias (TNF-ƒ¿ e IL-6), em relacao a cepa BR DENV3/290-04, em 72h. Foi tambem demonstrado que a inducao de apoptose nestas elulas ocorreria tanto pela replicacao viral como por um efeito bystander, e nao pela acao direta do TNF-ƒ¿. Neste caso o TNF-ƒ¿ apresentou um efeito protetor nas culturas infectadas pelo DENV. Noss s dados sugerem que o isolado clinico PAR DENV3/5532-02 pode modular a sobrevivencia e funcao das mdDCs.
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Ecologia, prevalência e caracterização molecular de Chelonid fibropapilloma-associated herpesvirus (CFPHV) em Tartarugas-Verdes (Chelonia mydas) em áreas da costa brasileira / Ecology, prevalence and molecular characterization of Chelonid fibropapilloma-associated herpesvirus (CFPHV) in Chelonia mydas of Brazilian coast areas

Gattamorta, Marco Aurélio 03 February 2016 (has links)
Os herpesvírus são normalmente adaptados a um único grupo de hospedeiros, e esta associação parasita-hospedeiro está ligada à sua seleção e coevolução. Estes agentes podem causar infecções latentes, onde normalmente o vírus não se replica. Durante o ciclo lítico, no entanto, outras células são infectadas e liberam partículas virais capazes de infectar outros indivíduos. O CFPHV (Chelonid fibropapilloma-associated herpesvirus) tem sido apontado como principal agente infeccioso ligado a fibropapilomatose em tartarugas-marinhas. A doença caracteriza-se por uma proliferação cutânea benigna mas que, dependendo da sua severidade, pode comprometer a sobrevivência do indivíduo afetado, sendo por isso apontada como importante ameaça a conservação de tartarugas-marinhas, particularmente de tartarugas verdes (Chelonia mydas), a principal espécie acometida pela doença. Alguns aspectos da biologia do CFPHV e sua relação com as tartarugas verdes foram estudados no presente trabalho. Primeiramente, a capacidade deste agente em se disseminar pelo ambiente e infectar outros indivíduos, e as possíveis vias envolvidas nesta dispersão. Em seguida, avaliou-se os possíveis tecidos em que o herpesvírus pode estabelecer a infecção latente. Por fim, determinou-se a prevalência de indivíduos de Chelonia mydas infectados pelo CFPHV em duas áreas de alimentação (Ubatuba-SP e Vitória-ES) e em uma áreas mista - de alimentação e reprodução (Fernando de Noronha-PE). No primeiro estudo, observou-se que a prevalência de CFPHV nas amostras de secreções de Chelonia mydas variou entre 0%, no Espírito Santo, a 25%, em São Paulo. Os haplótipos afetados foram CMA-3 e CMA-8, e a variante viral encontrada não havia sido detectada anteriormente no Brasil, mas possui elevada similaridade com vírus provenientes do Golfo da Guiné e de Porto Rico. Os resultados sugerem que estes vírus podem ser transmitidos por secreções e também circular entre diferentes regiões. No segundo estudo, detectou-se a presença de CFPHV no cérebro de 5 animais necropsiados e também na pele e em lesões fibropapilomatosas. Em um dos animais foi detectada a presença de uma única variante de CFPHV no cérebro, pele e tumores. Esta variante ainda não havia sido detectada no Brasil e apresentou 100% de identidade com a variante detectada nas secreções. Para avaliar a relação entre haplótipos e variantes virais, o terceiro estudo determinou a prevalência de CFPHV em pele e tumores de 136 indivíduos - 9,56% de indivíduos sadios apresentavam o agente em tecido epitelial e 45,58% dos animais foram positivos para CFPHV, quando considerados também animais com fibropapilomatose. Duas novas variantes de herpesvírus foram encontradas: Var. 7, em Ubatuba-SP e Vitória-ES e Var. 8, em Vitória-ES. Não houve associação entre uma variante viral e um haplótipo. Os resultados observados permitem apontar que o CFPHV pode estabelecer infecções latentes; o vírus pode \"migrar\" entre diferentes regiões, junto com seus hospedeiros; partículas virais podem ser liberadas por secreções; duas novas variantes foram identificadas. Altas taxas de substituição de nucleotídeos em CFPHV podem indicar o surgimento das variantes destas áreas, mas a alta similaridade entre as variantes detectadas e àquelas de Porto Rico e Golfo da Guiné sugerem também a entrada de novas variantes na costa brasileira. / Herpesviruses are usually adapted to a single group of hosts, and this host-parasite association is linked to its selection and co-evolution. These agents can cause latent infections, where the virus usually does not replicate. During the lytic cycle, however, other cells are infected and release viral particles capable of infecting other individuals.The CFPHV (Chelonid fibropapilloma-associated herpesviru) has been indicated as the main infectious agent linked to fibropapillomatosis on sea turtles. The disease is characterized by a benign skin proliferation, but, depending on its severity, can compromise the survival of the affected individual, therefore considered an important threat to the conservation of sea turtles, especially green turtles (Chelonia mydas), the main species affected by the disease. Some aspects of the CFPHV biology and its relation to green turtles were studied in this work. Firstly, the ability of this agent to spread in the environment and infect other individuals, and the possible pathways involved in this dispersion. Then, potential tissues wherein the herpesvirus can establish latent infection were assessed. Finally, we determined the prevalence of Chelonia mydas individuals infected by CFPHV in two feeding areas (Ubatuba-SP and Vitória-ES) and in a mixed area of feeding and reproduction (Fernando de Noronha-PE). In the first study, it was observed that the prevalence of CFPHV in samples of Chelonia mydas secretions ranged from 0% in Espírito Santo, to 25% in São Paulo. Affected haplotypes were CM-A3 and CM-A8, and viral variant found had not been previously detected in Brazil, but it is significantly similar to viruses found in the Gulf of Guinea and Puerto Rico. The results suggest that these viruses can be transmitted by secretions and can also circulate among different regions. Considering the low maintenance of the agent within the environment, they are probably brought by individuals with the latent virus, being capable of releasing viral particles during the herpesvirus replication cycle. In the second study, the presence of CFPHV was detected inside the brain of 5 necropsied animals, besides the detection of the virus on the skin and fibropapillomatosis lesions. In one of the animals, it was possible to characterize the CFPHV and the presence of a single viral variant inside the brain, tumors and on the skin of the same animal was detected. This variant had not yet been detected in Brazil and showed 100% identity with the variant detected in secretions. These results indicate that the virus may establish a latent infection in nerve tissue. To evaluate the relationship between haplotypes and viral variants, the third study determined the prevalence of CFPHV on skin and tumors of 136 individuals - 9.56% of healthy individuals showed the agent in epithelial tissue and 45.58% of the animals were positive for CFPHV, when also considered animals with fibropapillomatosis. Two new variants of the herpesvirus were found, Var. 7 in Ubatuba-SP and Vitória-ES and Var. 8 only in Vitória-ES. C. mydas individuals of different haplotypes were infected, and there was no association between a viral variant and a haplotype. The observed results permitted to point that CFPHV can establish latent infections in Chelonia mydas; the virus can \"migrate\" among different regions, along with its hosts; viral particles can be released by secretion; viral variants previously detected were not found in these areas, but two new variants were detected. The high nucleotide substitution rates observed in CFPHV may indicate the emergence of these variants in these areas, but the high similarity among the detected variants and those identified in Puerto Rico and Gulf of Guinea also suggest the entry of new variants into the Brazilian coast.
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Avaliação da resposta de células T frente aos peptídeos de GAG e NEF do HIV-1 e de parâmetros imunológicos e genéticos associados ao controle da replicação viral

Côrtes, Fernanda Heloise January 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2016-03-10T13:18:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 fernanda_cortes_ioc_dout_2014.pdf: 5719125 bytes, checksum: 6db914d863efd13cbfcacc7296b02027 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A pandemia do HIV-1 é a infecção emergente mais importante das últimas décadas. O desenvolvimento de uma vacina é colocado como a melhor estratégia para o controle da pandemia. No entanto, entre os candidatos vacinais que evoluíram para testes clínicos de eficácia, apenas um mostrou resultados positivos, mas com uma modesta eficácia (31,2%). Além da busca por uma vacina eficiente contra a infecção pelo HIV-1, o desenvolvimento de estratégias para se atingir a cura também é essencial. Considerando esses dois objetivos principais, diversos fatores são colocados como obstáculos, sendo a enorme diversidade genética do HIV-1 e a falta de correlatos de proteção contra a doença ou a infecção, os pontos centrais e nos quais focamos nossa atenção. No primeiro trabalho, foi avaliada a resposta de células T frente a peptídeos derivados de sequências consensos e sequências de isolados virais mais próximos ao consenso (CVI) dos três subtipos prevalentes no Brasil, B, C e F1 e do grupo M. O estudo incluiu 32 indivíduos infectados com o HIV-1, subtipo B (n = 13), subtipo C (n = 11) e subtipo F1 (n = 8). As respostas específicas frente a Gag e Nef foram avalidas usando o ensaio de ELISpot IFN-\03B3. Peptídeos baseados nas sequências CVI apresentaram capacidade de redução da distância genética e de detecção da resposta de células T similar ao observado para as sequências consenso Em geral, o nível de reatividade cruzada entre os subtipos B e F1 foi maior do que entre os subtipos B e C ou entre os subtipos C e F1. Esses resultados sugerem que o obstáculo imposto pela diversidade genética no desenho de vacinas é dependente dos subtipos envolvidos. No segundo trabalho foi avaliada a resposta de células T de indivíduos controladores da replicação viral frente aos peptídeos consenso, derivados do primeiro estudo. Além disso, foi feita uma avaliação de fatores genéticos e imunológicos nesse grupo de controladores. O estudo incluiu três grupos de controladores: 1) Controladores de Elite (EC, n=7) com carga viral (CV) <80 cópias/mL em todos os pontos; 2) Controladores de Elite com Blips (EEC, n=5) com CV>80 cópias/mL em apenas 30% dos pontos e 3) Controladores Virêmicos (VC, n=7) com CV <5.000 cópias/mL e >80 cópias/mL em mais de 30% dos pontos. Indivíduos infectados pelo HIV-1 não tratados (NC) ou em tratamento antirretroviral (HAART) e indivíduos não infectados pelo HIV-1 foram analisados como controles. A coorte de controladores foi enriquecida em alelos protetores HLA-B, B*27 e B*57, mas não foi observada diferenças significativas entre os três grupos de controladores. O DNA viral circular (2-LTR) foi detectado nos EEC (3/5) e nos VC (6/7), mas não nos EC Uma frequência maior de células T CD8+ ativadas foi observada em EEC e VC quando comparada a indivíduos não infectados. Os EC demonstraram uma resposta de células T de menor magnitude frente a Gag/Nef e uma proporção de anticorpos IgG anti-HIV significativamente menor (P < 0,05) que os grupos de EEC, VC e NC. Esses resultados demonstram que EEC e VC são capazes de montar uma resposta imune específica mais forte frente a estímulos do HIV-1, mas paralelamente, apresentam maiores níveis de ativação imune, translocação microbiana e maior reservatório viral, quando comparados aos EC. Esses resultados destacam a heterogeneidade dos indivíduos capazes de controlar a replicação viral e reforçam a necessidade de uma classificação mais precisa de indivíduos infectados pelo HIV-1 com diferentes níveis de controle / The HIV - 1 pandemic bas been the most relevant infections that has emerged in the last decades. V accine developmen t has been considered as the best strategy to control th is pandemi c, h owever, the candidate vaccines that have evolved to the stage of efficacy clinical trials , only one presented positive results and even that with very modest efficacy (31,2%). As such, s trategies to find a cure is essential though has been hindered by several obstacles such as t he enormous genetic diversity of HIV - 1 and lack of correlates of protection against disease or infection . These two obstacles were investigated in the present stu dy by evaluating the T cell response against peptides based on consensus and closest viral isolate sequences (CVI) from the three prevalent subtypes in Brazil, B, C and F1 and from group M consensus. The study included 32 subjects infected with HIV - 1 subty pe B (n = 13), C (n = 11), and F1 (n = 8). Gag and Nef - specific T cell responses were evaluated by IFN - γ - ELISpot assay. Peptides based on CVI sequences were similar to consensus in both reducing genetic distance and detecting T cell responses . Overall, the level of cross - subtype response between su btypes B and F1 was higher than between subtype C and B or C and F1. Our results suggest that the barrier of genetic diversity in HIV - 1 group M for vaccine design may be dependent on the subtypes involved. The second study evaluated the T cell response fr om controllers against peptides derivate d from the first study. In addition , we performed an evaluation of the genetics and immunologic patterns in this cohort of controllers. The study included three controller groups: 1) Elite Controllers (EC, n = 7) wit h VL <80 copies/mL in all determinations; 2) Ebbing Elite Controllers (EEC, n = 5) with transient viremia (blips); and 3) Viremic Controllers (VC, n = 7) with plasma viremia <5,000 copies/mL. HIV - 1 infected subjects u ntreated non - controllers (NC), patients under suppressive HAART and HIV - 1 negative healthy individuals were also analyzed as controls. This cohort was enriched by the protective HLA - B alleles B*27 and B*57, but no significant differences were observed among distinct groups of controllers. 2 - LTR circles were detected in EEC (3/5) and VC (6/7) , but not in EC. A higher frequency of activated CD8 + T cells was observed in EEC and VC than in HIV negative subjects. EC displayed a weaker Gag/Nef IFN - γ T cell response and a significantly lower proportion (p < 0.05) of anti - HIV IgG antibodies than EEC, VC and NC groups. These data showed that EEC and VC are able to mount a stronger HIV - specific immune response, but experience increases in the level of immune activation, microbial translocation and size of the HIV - 1 DNA reservoir compared to EC. These results highlight the heterogeneity of the HIV controllers and reinforce the needs for a precise classification of patients with different levels of viral suppression.
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Ecologia, prevalência e caracterização molecular de Chelonid fibropapilloma-associated herpesvirus (CFPHV) em Tartarugas-Verdes (Chelonia mydas) em áreas da costa brasileira / Ecology, prevalence and molecular characterization of Chelonid fibropapilloma-associated herpesvirus (CFPHV) in Chelonia mydas of Brazilian coast areas

Marco Aurélio Gattamorta 03 February 2016 (has links)
Os herpesvírus são normalmente adaptados a um único grupo de hospedeiros, e esta associação parasita-hospedeiro está ligada à sua seleção e coevolução. Estes agentes podem causar infecções latentes, onde normalmente o vírus não se replica. Durante o ciclo lítico, no entanto, outras células são infectadas e liberam partículas virais capazes de infectar outros indivíduos. O CFPHV (Chelonid fibropapilloma-associated herpesvirus) tem sido apontado como principal agente infeccioso ligado a fibropapilomatose em tartarugas-marinhas. A doença caracteriza-se por uma proliferação cutânea benigna mas que, dependendo da sua severidade, pode comprometer a sobrevivência do indivíduo afetado, sendo por isso apontada como importante ameaça a conservação de tartarugas-marinhas, particularmente de tartarugas verdes (Chelonia mydas), a principal espécie acometida pela doença. Alguns aspectos da biologia do CFPHV e sua relação com as tartarugas verdes foram estudados no presente trabalho. Primeiramente, a capacidade deste agente em se disseminar pelo ambiente e infectar outros indivíduos, e as possíveis vias envolvidas nesta dispersão. Em seguida, avaliou-se os possíveis tecidos em que o herpesvírus pode estabelecer a infecção latente. Por fim, determinou-se a prevalência de indivíduos de Chelonia mydas infectados pelo CFPHV em duas áreas de alimentação (Ubatuba-SP e Vitória-ES) e em uma áreas mista - de alimentação e reprodução (Fernando de Noronha-PE). No primeiro estudo, observou-se que a prevalência de CFPHV nas amostras de secreções de Chelonia mydas variou entre 0%, no Espírito Santo, a 25%, em São Paulo. Os haplótipos afetados foram CMA-3 e CMA-8, e a variante viral encontrada não havia sido detectada anteriormente no Brasil, mas possui elevada similaridade com vírus provenientes do Golfo da Guiné e de Porto Rico. Os resultados sugerem que estes vírus podem ser transmitidos por secreções e também circular entre diferentes regiões. No segundo estudo, detectou-se a presença de CFPHV no cérebro de 5 animais necropsiados e também na pele e em lesões fibropapilomatosas. Em um dos animais foi detectada a presença de uma única variante de CFPHV no cérebro, pele e tumores. Esta variante ainda não havia sido detectada no Brasil e apresentou 100% de identidade com a variante detectada nas secreções. Para avaliar a relação entre haplótipos e variantes virais, o terceiro estudo determinou a prevalência de CFPHV em pele e tumores de 136 indivíduos - 9,56% de indivíduos sadios apresentavam o agente em tecido epitelial e 45,58% dos animais foram positivos para CFPHV, quando considerados também animais com fibropapilomatose. Duas novas variantes de herpesvírus foram encontradas: Var. 7, em Ubatuba-SP e Vitória-ES e Var. 8, em Vitória-ES. Não houve associação entre uma variante viral e um haplótipo. Os resultados observados permitem apontar que o CFPHV pode estabelecer infecções latentes; o vírus pode \"migrar\" entre diferentes regiões, junto com seus hospedeiros; partículas virais podem ser liberadas por secreções; duas novas variantes foram identificadas. Altas taxas de substituição de nucleotídeos em CFPHV podem indicar o surgimento das variantes destas áreas, mas a alta similaridade entre as variantes detectadas e àquelas de Porto Rico e Golfo da Guiné sugerem também a entrada de novas variantes na costa brasileira. / Herpesviruses are usually adapted to a single group of hosts, and this host-parasite association is linked to its selection and co-evolution. These agents can cause latent infections, where the virus usually does not replicate. During the lytic cycle, however, other cells are infected and release viral particles capable of infecting other individuals.The CFPHV (Chelonid fibropapilloma-associated herpesviru) has been indicated as the main infectious agent linked to fibropapillomatosis on sea turtles. The disease is characterized by a benign skin proliferation, but, depending on its severity, can compromise the survival of the affected individual, therefore considered an important threat to the conservation of sea turtles, especially green turtles (Chelonia mydas), the main species affected by the disease. Some aspects of the CFPHV biology and its relation to green turtles were studied in this work. Firstly, the ability of this agent to spread in the environment and infect other individuals, and the possible pathways involved in this dispersion. Then, potential tissues wherein the herpesvirus can establish latent infection were assessed. Finally, we determined the prevalence of Chelonia mydas individuals infected by CFPHV in two feeding areas (Ubatuba-SP and Vitória-ES) and in a mixed area of feeding and reproduction (Fernando de Noronha-PE). In the first study, it was observed that the prevalence of CFPHV in samples of Chelonia mydas secretions ranged from 0% in Espírito Santo, to 25% in São Paulo. Affected haplotypes were CM-A3 and CM-A8, and viral variant found had not been previously detected in Brazil, but it is significantly similar to viruses found in the Gulf of Guinea and Puerto Rico. The results suggest that these viruses can be transmitted by secretions and can also circulate among different regions. Considering the low maintenance of the agent within the environment, they are probably brought by individuals with the latent virus, being capable of releasing viral particles during the herpesvirus replication cycle. In the second study, the presence of CFPHV was detected inside the brain of 5 necropsied animals, besides the detection of the virus on the skin and fibropapillomatosis lesions. In one of the animals, it was possible to characterize the CFPHV and the presence of a single viral variant inside the brain, tumors and on the skin of the same animal was detected. This variant had not yet been detected in Brazil and showed 100% identity with the variant detected in secretions. These results indicate that the virus may establish a latent infection in nerve tissue. To evaluate the relationship between haplotypes and viral variants, the third study determined the prevalence of CFPHV on skin and tumors of 136 individuals - 9.56% of healthy individuals showed the agent in epithelial tissue and 45.58% of the animals were positive for CFPHV, when also considered animals with fibropapillomatosis. Two new variants of the herpesvirus were found, Var. 7 in Ubatuba-SP and Vitória-ES and Var. 8 only in Vitória-ES. C. mydas individuals of different haplotypes were infected, and there was no association between a viral variant and a haplotype. The observed results permitted to point that CFPHV can establish latent infections in Chelonia mydas; the virus can \"migrate\" among different regions, along with its hosts; viral particles can be released by secretion; viral variants previously detected were not found in these areas, but two new variants were detected. The high nucleotide substitution rates observed in CFPHV may indicate the emergence of these variants in these areas, but the high similarity among the detected variants and those identified in Puerto Rico and Gulf of Guinea also suggest the entry of new variants into the Brazilian coast.
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AVALIAÇÃO DA EXPRESSÃO DA PROTEÍNA HspBP1 EM INFECÇÕES VIRAIS

Ceccim, Adrianne Del Fabro 29 March 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2018-06-27T18:56:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Adrianne Del Fabro Ceccim.pdf: 4991781 bytes, checksum: d1128fe71a2a03c2beaa42a7847dfedb (MD5) Adrianne Del Fabro Ceccim.pdf.jpg: 3245 bytes, checksum: 583d4670e00da5b265b326517cddf626 (MD5) Previous issue date: 2011-03-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Thousands of people die annually due to infections caused by some kind of virus, despite the large investment on development of technologies that improve the diagnostics and prognostics of virus diseases. However, there is a lack of methods for diagnosis that are more accurate, low cost and that handle problems such as the immunologic window, the bounds of different infection phases, as well as the low amount of virions. The Hsps 70 are molecular chaperones that are expressed in various situations of stress or heat, forming a highly preserved immunologic system. They are highly expressed in different kind of tumors and in some in almost all viral infections. In the same way, its co-chaperona, the heat chock protein 70 linked to protein 1 (HspBP1) is involved in tumors processes, such as the lung cancer and the neuroblastoma. Recently, it was identified as a marker for the prognostic of breast cancer. Despite having studies related to the expression of HspBP1 on cancers and on its prognostics, the studies of its expression in viral infections are rare. Due to the fact that this protein can be used as an indicator of cellular metabolic alteration and that the viral infection will induce the cellular stress, the modification of its expression during the viral cycle can predict a higher or lower replicative index. This property can be used as a tool in the viral diagnostic. The mainly objective of this study was to determine the pattern of expression of protein HspBP1 in cells that hosts HSV-1 (vero cells) in vitro using the Western-blotting and determine increasing or reduction on its expression. In addition, the levels of HspBP1 and antibodies agains HspBP1 in the serum of HIV infected people were analized by ELISA. The results in vitro showed that after the viral infection there was no different in the pattern of expression of the total protein, when analyzed by SDS-PAGE. However, using the Western-Blotting the expression of HspBP1 increased in the 48 hours after the infection, comparing with non-infected Vero cells. Seventy-two hours after infection the expression decreased. The results of HspBP1 protein by ELISA showed a significant increasing of this protein in the HIV infected group that also presented a high viral load and low number of T CD4+ lymphocytes, when compared with the groups with an undetected load of HIV infected and uninfected. Regarding the research of anti-HspBP1 the results showed an increase in serum protein from HIV infected people. In conclusion these results suggest that the expression of HspBP1 is increased in HIV infected people and it is followed by an increasing in antibody production against HspBP1 and decreasing in T CD4+ lymphocytes for high viral load. / Milhares de pessoas morrem anualmente por infecções causadas por algum tipo de vírus, mesmo que, nos últimos anos, se invista muito no desenvolvimento de tecnologias para aprimorar o diagnóstico e prognóstico de viroses. Entretanto, ainda existe uma carência de métodos diagnósticos mais sensíveis, de baixo custo, que contornem problemas como a janela imunológica, os limites de detecção em determinadas fases da infecção, assim como a baixa quantidade de vírions. As Hsps 70 são chaperonas moleculares que se expressam em várias situações de estresse e ou calor, constituindo um sistema genético altamente conservado, sendo altamente expressas em diversos tipos de tumores e em certos tipos de viroses. Do mesmo modo, a sua co-chaperona, a proteína de choque térmico 70 ligada à proteína 1 (HspBP1), está envolvida em processos tumorais, como no câncer de pulmão e no neuroblastoma, e recentemente, foi identificada como um marcador de prognóstico no câncer de mama. Embora existam estudos relacionando à expressão da HspBP1 no câncer e o prognóstico deste, os estudos de sua expressão em infecções virais são raros. Em razão dessa proteína poder ser utilizada como um indicador de alteração metabólica celular, e a infecção viral induzir estresse celular, a alteração de sua expressão durante o ciclo viral pode predizer um maior ou menor índice replicativo. Assim, essa propriedade pode ser utilizada como ferramenta no diagnóstico viral. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo determinar o padrão de expressão da proteína HspBP1 em células hospedeiras do vírus HSV-1 (células Vero) in vitro através da técnica de Western-blotting, avaliando um provável aumento ou diminuição da sua expressão. Além disso, quantificar a proteína HspBP1 e os anticorpos IgG anti-HspBP1 no soro de indivíduos HIV positivos através da técnica de ELISA. Os resultados demonstraram que após a infecção viral não houve diferença no padrão de expressão de proteína total, quando analisados por SDS-PAGE. No entanto, pela técnica de Western-Blotting, a expressão de HspBP1 apresentou aumento nas 48 horas após a infecção em comparação com células Vero não infectadas. Setenta e duas horas após a infecção, a expressão diminuiu. Os resultados da pesquisa da proteína HspBP1 pelo teste ELISA mostraram que houve um aumento significativo dessa proteína no grupo dos indivíduos infectados pelo HIV apresentando carga viral alta e contagem de linfócitos T CD4+ baixos quando comparado com os grupos dos infectados pelo HIV com carga viral indetectável e com os não infectados. Em relação a pesquisa de anticorpos IgG anti-HspBP1 os resultados mostraram que houve um aumento da proteína em indivíduos infectados pelo HIV. Assim, esses resultados sugerem que a expressão HspBP1 está aumentada em indivíduos infectados pelo HIV, seguidos por um aumento na produção de anticorpos contra a HspBP1 e redução dos linfóctios T CD4+ para uma carga viral elevada.
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Caracterização epidemiológica e molecular do vírus da hepatite C (HCV) em candidatos à doação de sangue do hemocentro de Roraima

Fortes, Iaci Gama 29 September 2015 (has links)
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Desenvolvimento de plasmídeos replicativos artificiais para transformação de Mycoplasma pulmonis, M. capricolum e M. mycoïdes subsp. mycoïdes, e dirupção do gene da hemolisina A de M. pulmonis por recombinação homóloga / Development of artificial replicative plasmids for transformation of Mycoplasma pulmonis, M. capricolum and M. mycoïdes subsp. mycoïdes, and disruption of the M. pulmonis hemolysin A gene by homologous recombination

Cordova, Caio Mauricio Mendes de 28 June 2002 (has links)
Os micoplasmas são os menores microrganismos capazes de autoreplicação conhecidos na natureza, responsáveis por uma série de doenças no homem e nos animais, infectando ainda plantas e insetos. Constituem um grande grupo de bactérias, ordenadas em diferentes gêneros na classe Mollicutes, cuja principal característica em comum, além do genoma reduzido, é a ausência de parede celular. Mycoplasma mycoïdes subsp. mycoïdes SC, responsável pela Pleuropneumonia Contagiosa Bovina, foi o primeiro microrganismo desta classe de bactérias a ser identificado. Esta é uma doença bastante grave, com altas taxas de morbidade e mortalidade. A variedade Mycoplasma mycoïdes subsp. mycoïdes LC é responsável principalmente por casos de Pleuropneumonia Contagiosa Caprina, mastite no gado bovino, e ainda artrite em ovinos e caprinos em menor extensão. M. capricolum é um patógeno caprino, responsável principalmente por casos de artrite com grande importância econômica na medicina veterinária. M. pulmonis é um patógeno de roedores, considerado como o melhor modelo experimental para o estudo das micoplasmoses respiratórias. M. genitalium, o menor microrganismo conhecido capaz de se autoreplicar, é um patógeno humano responsável por casos de uretrite não gonocócica, cujo seqüenciamento completo do cromossomo tornou-se um marco na era da genômica. O estudo funcional do genoma destes micoplasmas, para a compreensão de sua biologia e patogenicidade, requer o desenvolvimento de ferramentas genéticas eficientes. No presente trabalho, análises in silico das seqüências na região das prováveis origens de replicação cromossômica (oriC) destes micoplasmas demonstraram a existência de possíveis DnaA boxes localizados em torno do gene dnaA. Estas regiões oriC foram caracterizadas funcionalmente após sua clonagem em vetores artificiais e a transformação dos micoplasmas com os plasmídeos recombinantes resultantes. O plasmídeo pMPO1, contendo a região oriC de M. pulmonis, sofreu integração no cromossomo do micoplasma por recombinação homóloga após poucas passagens in vitro. A redução desta oriC para o fragmento contendo somente os DnaA boxes localizados nas estremidades 5´ou 3´do gene dnaA não foi capaz de produzir plasmídeos replicativos em M. pulmonis, exceto quando estes dois fragmentos foram clonados no mesmo vetor, espaçados pelo determinante de resistência à tetraciclina tetM. Um fragmento interno do gene da hemolisina A (hlyA) de M. pulmonis foi clonado nestes plasmídeos oriC, e os vetores resultantes foram utilizados para transformar o micoplasma. A integração destes vetores por um crossing-over com o gene hlyA, causando a sua dirupção, foi documentada. Deste modo, estes plasmídeos oriC podem vir a se tornar ferramentas genéticas valiosas para o estudo do papel de genes específicos, notadamente aqueles potencialmente envolvidos na patogênese. / Mycoplasmas are the smallest microorganisms capable of self replication known to date, responsible for many diseases in man and animals, infecting also plants and insects. They constitute a large group of bacteria, classified in different genera in the class Mollicutes, which main common characteristic, besides the small genome, is the absence of a cell wall. Mycoplasma mycoïdes subsp. mycoïdes SC, responsible for the Bovine Contagious Pleuropneumonia, was the first microorganism of this class of bacteria to be identified. That is a quite severe disease, with high morbidity and mortality rates. Mycoplasma mycoïdes subsp. mycoïdes LC is responsible mainly for cases of Caprine Contagious Pleuropneumonia, mastitis in cattle, and also arthritis in goats and sheep in less extension. M. capricolum is a pathogen of goats, responsible mainly by cases of arthritis with large economic impact in veterinary medicine. M. pulmonis is a rodent pathogen, considered to be the best experimental model for studying respiratory mycoplasmoses. M. genitalium, the smallest microorganism capable of self replication, is an human pathogen responsible for cases of non gonococcal urethritis, which complete chromosome sequencing has become a benchmark in the era of genomics. Functional studies of these mycoplasma genomes, for comprehension of their biology and pathogenicity, requires the development of efficient genetic tools. In the present work, in silico analysis of sequences of the putative origin of chromosome replication (oriC) region of these mycoplasmas demonstrates the existence of putative DnaA boxes located around the dnaA gene. These oriC regions were functionally characterized after cloning into artificial vectors and transformation of mycoplasmas with the resulting recombinant plasmids. The plasmid pMPO1, which contains the M. pulmonis oriC region, has integrated into the mycoplasma chromosome by homologous recombination after a few in vitro passages. Reduction of this oriC to the fragment containing only the DnaA boxes located upstream or downstream the dnaA gene could not produce plasmids able to replicate in M. pulmonis, except when these two fragments were cloned in the same vector, spaced by tetracycline resistance gene tetM. An internal fragment of the M. pulmonis hemolysine A gene (hlyA) was cloned into these oriC plasmids, and the resulting vectors were used to transform the mycoplasma. Integration of these disruption vectors by one crossing-over with the hlyA gene could be documented. Therefore, these oriC plasmids may become valuable genetic tools for studying the role of specific genes of mycoplasmas, specially those potentially involved in pathogenesis.
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Análise da competência vetorial para o vírus dengue em populações naturais de Aedes aegypti e Aedes albopictus de Pernambuco / Analysis of vector competence for dengue viruses of Aedes aegypti and Aedes albopictus natural populations from Pernambuco

Guedes, Duschinka Ribeiro Duarte January 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2015-06-12T13:55:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 378.pdf: 2569017 bytes, checksum: a251ac616bcce584ad81bcd947e3562a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Os mosquitos Aedes aegypti e Aedes albopictus são considerados os principais vetores da dengue, doença que afeta mais de 100 países e atinge, a cada ano, mais de 50 milhões de pessoas. Para que uma espécie seja incriminada como vetor de uma doença, ela deve ser capaz de se infectar com um determinado patógeno via oral, resistir à replicação deste no seu interior e transmiti-lo a um hospedeiro susceptível. Esta habilidade é denominada competência vetorial. Os rápidos avanços da biologia molecular têm facilitado o surgimento de novas abordagens que podem ser utilizadas para avaliar quantitativamente alguns aspectos da competência vetorial. Neste sentido, a RT-PCR quantitativa (qRT-PCR) tem sido amplamente usada em estudos sobre a interação vírus-vetor. O presente estudo visou avaliar o processo de infecção do vírus Dengue (DENV) em amostras de intestinos e glândulas salivares Ae. aegypti e Ae. albopictus, através da quantificação de partículas virais de três sorotipos de DENV via PCR em tempo real. Os resultados mostraram que as três populações de Ae. aegypti (RecLab, Recife e Petrolina) analisadas no presente estudo foram suscetíveis à infecção com DENV-1, DENV-2 e DENV-3. De uma maneira geral, as populações de Ae. aegypti de campo (Recife e Petrolina) foram mais competentes para a infecção do que a colônia de laboratório (RecLab). Considerando a espécie Ae. albopictus, as duas populações (laboratório e campo) também foram suscetíveis à infecção com os três sorotipos, porém a colônia de laboratório foi mais suscetível à infecção do que a população de campo. Os dados obtidos no presente estudo indicam que diferenças na carga viral usada durante a alimentação artificial podem influenciar nas taxas de infecção do vírus no intestino, porém não influenciam a disseminação dos vírus para as glândulas salivares. Outro aspecto importante foi o curto período de incubação extrínseco (PIE) apresentado pelas duas espécies, exceto na população de Ae.aegypti de Petrolina, diferente do que é descrito na literatura. Este resultado tem uma grande importância epidemiológica, pois quanto menor o PIE, maior será o tempo que a espécie vai ser capaz de transmitir o vírus para um hospedeiro sadio, aumentando assim as chances de transmissão de dengue. Além disso, revela a necessidade da implementação de estratégias mais rápidas para bloquear a transmissão da doença. Estas informações serão necessárias para os estudos de avaliação de risco de transmissão da dengue

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