Submitted by Angelo Silva (asilva@icict.fiocruz.br) on 2016-07-20T13:42:38Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71854.pdf: 3870328 bytes, checksum: e6d51ee1222bd1369079ed339e270c1b (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-08-24T19:10:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 71854.pdf: 3870328 bytes, checksum: e6d51ee1222bd1369079ed339e270c1b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-24T19:10:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 71854.pdf: 3870328 bytes, checksum: e6d51ee1222bd1369079ed339e270c1b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo HIV se caracteriza pela existência de um período de latência clínica (ou período assintomático) entre a infecção aguda e a fase de AIDS, cuja duração é extremamente variável, gerando distintos perfis de progressão entre os indivíduos infectados pelo HIV. Uma pequena fração de indivíduos infectados (5-10%), denominados não progressores de longo termo (LTNP), permanece clinicamente assintomática e com altos valores de TCD4+ (>500 cells/\F06Dl) durante mais de 8 anos de infecção na ausência de tratamento. Alguns desses indivíduos conseguem ainda bloquear quase totalmente a replicação e a evolução viral, gerando uma verdadeira latência evolutiva. O objetivo do presente estudo foi analisar o perfil mutacional do HIV-1 e a dinâmica de emergência e manutenção de mutantes virais de escape da resposta imune em pacientes HIV-1 positivos classificados como LTNPs com diferentes níveis de controle da replicação viral. Para tal, utilizou-se uma casuística de 12 indivíduos LTNPs, classificados como controladores virêmicos (VC) e controladores de elite com (ECB) e sem Blips (EC) de acordo com os seus níveis de controle da infecção. Para cada indivíduo, foram extraídas amostras de DNA a partir de PBMCs obtidos durante a visita mais antiga (V1) e mais recente (VX) disponíveis. O DNA extraído foi utilizado para amplificação e sequenciamento, através de uma metodologia de NGS, dos genes Gag e Nef. As sequências obtidas permitiram o mapeamento do gene nef inteiro (cobertura média de 212.674 seqs/pb) e dos primeiros 1000pbs de Gag (cobertura média de 286.463 seqs/pb) Os consensos de cada mapeamento foram utilizados para as análises de divergência entre V1 e VX e variantes com frequências maior que 0,5% em cada pb mapeado foram consideradas verdadeiras. As análises de evolução evidenciaram o baixo nível de diversidade e divergência dos genes Gag e Nef entre os indivíduos controladores. Indivíduos ECs apresentaram menor perfil mutacional em ambos os genes analisados quando comparados com indivíduos ECB e VC. Enquanto Gag apresentou maior conservação que Nef em VCs, ambos os genes apresentaram semelhante variabilidade in ECs, indicando que o maior controle da viremia limita a evolução em nas duas regiões. Em alguns indivíduos ECBs, evidências de superinfecção e hipermutação mediada por APOBEC3G foi observada. As análises das mutações em regiões de epítopos restritos por CTL demonstraram a presença de mutações indicativas de escape da resposta imune surgidas entre V1 e VX na maioria dos indivíduos. Mutações não sinônimas foram encontradas em baixas frequências para todos os indivíduos, incluindo ECs, indicando que tais variantes surgem, mas a grande maioria não obtém sucesso evolutivo / The HIV infection is characterized by the existence of a clinical latency period (os asymptomatic period) between the acute infection and the AIDS phase, whose duration is extremely variable, generating distinct progression profiles between Hiv infected individuals. A small fraction of infected individuals (5-10%), named long term non progressors (LTNP), remains clinically asymptomatic and with high TCD4+ levels (>500cells/ul) during more than 8 years of infection in absence of treatment. Some of these individuals can even block almost all the viral replication and evolution, generating an evolutionary latency. The objective of this study was to analyze the mutational profile of HIV-1 and the emergency and maintenance dynamic of immune response escape mutants in HIV-1 positive patients classified as LTNPs and with different levels of viral replication control. For this end, a group of 12 LTNP patients, classified as viremic controllers (VC) and Elite Controllers with (ECB) and without Blips (EC) according to their level of viremia control, was used. For each individual, DNA samples were extracted from PBMCs obtained during the earliest (V1) and most recent visits (VX) available. The extracted DNA was used to amplification and sequencing, through a NGS methodology, of the Gag and Nef genes. The sequences obtained allowed to map the whole Nef gene (medium coverage of 286.463 reads/pb) and the first 1000bps of Gag (medium coverage of 212.674 reads/pb) The consensus sequences of each mapping were used to divergence analyses between V1 and VX and variants with frequencies higher than 0,5% in each mapped bp were considered real. The evolution analyses showed a lower degree of diversity and divergence of Gag and Nef genes between controllers. EC individuals presented lower mutational profile in both genes when compared with ECB and VC patients. While Gag presented higher conservation than Nef in VCs, both genes had showed similar variability in ECs, indicating that a higher viremia control limit the evolution in both regions. In some ECB individuals, evidence of superinfection and APOBEC3g mediated Hypermutation was observed. The analyses of mutation along regions of CTL-restricted epitopes had showed the presence of mutations arised between V1 and VX, which were indicative of imune response escape, in most individuals. Non synonymous mutations had been found in lower frequencies in all individuals, including ECs, indicating that those escape variantes arise, but most don\2019t manage to obtain evolutionary success

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-30Bitstream added on 2015-05-14T16:58:44Z : No. of bitstreams: 1 000821815.pdf: 1270059 bytes, checksum: ef8d7e3254bb731ed69002da19f56d46 (MD5) / Introdução: Os medicamentos antirretrovirais têm a finalidade de impedir a replicação viral, mantendo indiretamente a contagem de linfócitos T CD4+ estável, com isso, as infecções oportunistas diminuem, havendo melhora da qualidade de vida do indivíduo infectado pelo HIV, porém, inibidores de proteases e da transcriptase reversa também estão associados a efeitos adversos e risco de desenvolvimento de resistência medicamentosa. Além disso, ainda não está claro o efeito dessas terapias na microbiota bucal. Objetivo: O objetivo desse estudo foi investigar, em biofilme supra e subgengival de pacientes HIV positivos com diferentes condições periodontais e imunológicas, o efeito da terapia antirretroviral sobre microrganismos que podem estar associados a infecções oportunistas locais ou sistêmicas. Materiais e métodos: Foram obtidos dados sobre as condições de saúde, uso antirretrovirais e amostras de biofilme supra e subgengival de 118 pacientes HIV positivos de ambos os sexos divididos em dois grupos (usuários e não usuários de HAART). Essas amostras foram submetidas à detecção de microrganismos por PCR. Cálculos de Odds ratios foram realizados para determinar a relevância de inter-relações entre diferentes microrganismos e a significância dos parâmetros clínicos e microbiológicos foi determinada através de regressão logística multivariada. Resultados: Foram encontrados principalmente Tannerella forsythia, Campylobacter rectus, Acninomyces israelli, Staphylococcus sp, Citomegalovírus e Enterobacteriaceae nos pacientes. Treponema denticola, Fusobacterium nucleatum, Mollicutes, Actinomyces israelli e Staphylococcus sp em biofilme subgengival tiveram correlação significativa com os grupos de antirretrovirais (p < 0,05). Na comparação entre os grupos, somente Enterococcus faecalis e Pseudomonas... / Introduction: Antiretrovirals are used in order to prevent viral replication while maintaining CD4 + T lymphocytes stable and low viral load, thus the occurrence of opportunistic infections decreases with an improvement in the quality of life of HIV-infected individual. As is known, protease inhibitors and reverse transcriptase are also associated with risk of adverse effects and development of drug resistance, however, it remains unclear the effect of these therapies on oral microbiota. Objective: The aim of this study was to investigate, in biofilm supra and subgingival in HIV - positive patients with different periodontal and immunological conditions, the effect of HAART on microorganisms that may be associated with local or systemic opportunistic infections. Materials and methods: Data on health conditions, use or nonuse of antiretroviral and biofilm samples supra and subgingival of 118 HIV - positive patients of both sexes, divided into two groups (users and nonusers of HAART), were obtained. These samples were subjected to PCR for detection of microorganisms. Odds ratio calculations were performed to determine the relevance of inter - relations between different microorganisms and the significance of clinical and microbiological parameters were determined using multivariate logistic regression. Results: Mainly T. forsythia, C. rectus, A. israelli, Staphylococcus sp and CMV were found. T denticola, F nucleatum, mollicutis, A. israelli and Staphylococcus sp in subgingival biofilm showed significant correlation (p <0.05) with antiretrovirals groups. Only E. faecalis and P. aeruginosa were significant with higher incidence in no HAART users group. Conclusion: There were no significant differences in...

Orientador: Ana Maria Pires Soubhia / Co-orientador: Elerson Gaetti Jardim Júnior / Banca: Ana Cláudia Okamoto / Banca: Alvimar Lima de Castro / Banca: Diurianne Caroline Campos França / Banca: Luís Fernando Landucci / Resumo: Introdução: Os medicamentos antirretrovirais têm a finalidade de impedir a replicação viral, mantendo indiretamente a contagem de linfócitos T CD4+ estável, com isso, as infecções oportunistas diminuem, havendo melhora da qualidade de vida do indivíduo infectado pelo HIV, porém, inibidores de proteases e da transcriptase reversa também estão associados a efeitos adversos e risco de desenvolvimento de resistência medicamentosa. Além disso, ainda não está claro o efeito dessas terapias na microbiota bucal. Objetivo: O objetivo desse estudo foi investigar, em biofilme supra e subgengival de pacientes HIV positivos com diferentes condições periodontais e imunológicas, o efeito da terapia antirretroviral sobre microrganismos que podem estar associados a infecções oportunistas locais ou sistêmicas. Materiais e métodos: Foram obtidos dados sobre as condições de saúde, uso antirretrovirais e amostras de biofilme supra e subgengival de 118 pacientes HIV positivos de ambos os sexos divididos em dois grupos (usuários e não usuários de HAART). Essas amostras foram submetidas à detecção de microrganismos por PCR. Cálculos de Odds ratios foram realizados para determinar a relevância de inter-relações entre diferentes microrganismos e a significância dos parâmetros clínicos e microbiológicos foi determinada através de regressão logística multivariada. Resultados: Foram encontrados principalmente Tannerella forsythia, Campylobacter rectus, Acninomyces israelli, Staphylococcus sp, Citomegalovírus e Enterobacteriaceae nos pacientes. Treponema denticola, Fusobacterium nucleatum, Mollicutes, Actinomyces israelli e Staphylococcus sp em biofilme subgengival tiveram correlação significativa com os grupos de antirretrovirais (p < 0,05). Na comparação entre os grupos, somente Enterococcus faecalis e Pseudomonas... / Abstract: Introduction: Antiretrovirals are used in order to prevent viral replication while maintaining CD4 + T lymphocytes stable and low viral load, thus the occurrence of opportunistic infections decreases with an improvement in the quality of life of HIV-infected individual. As is known, protease inhibitors and reverse transcriptase are also associated with risk of adverse effects and development of drug resistance, however, it remains unclear the effect of these therapies on oral microbiota. Objective: The aim of this study was to investigate, in biofilm supra and subgingival in HIV - positive patients with different periodontal and immunological conditions, the effect of HAART on microorganisms that may be associated with local or systemic opportunistic infections. Materials and methods: Data on health conditions, use or nonuse of antiretroviral and biofilm samples supra and subgingival of 118 HIV - positive patients of both sexes, divided into two groups (users and nonusers of HAART), were obtained. These samples were subjected to PCR for detection of microorganisms. Odds ratio calculations were performed to determine the relevance of inter - relations between different microorganisms and the significance of clinical and microbiological parameters were determined using multivariate logistic regression. Results: Mainly T. forsythia, C. rectus, A. israelli, Staphylococcus sp and CMV were found. T denticola, F nucleatum, mollicutis, A. israelli and Staphylococcus sp in subgingival biofilm showed significant correlation (p <0.05) with antiretrovirals groups. Only E. faecalis and P. aeruginosa were significant with higher incidence in no HAART users group. Conclusion: There were no significant differences in... / Doutor

INTRODUÇÃO E OBJETIVOS: Uma fonte secundária e não convencional de peptídeos que se ligam as moléculas MHC de classe I tem sido descrita como responsável por produzir peptídeos crípticos. Esses peptídeos são imunogênicos e portanto, capazes de induzir uma resposta imunológica por células T e assim, contribuir com a resposta total exercida pelas células T CD8+, colaborando na pressão que leva HIV-1 ao processo de mutação, e consequentemente ao escape viral. Alguns pacientes, que correspondem a menos de 5% da população infectada, são capazes de naturalmente controlar a progressão da doença, mantendo a contagem de célula T CD4+ acima de 500 células/uL ou mantendo a carga viral abaixo de 2.000 cópias/mL, por ao menos 12 meses, sem ser submetido a tratamento com antirretrovirais ou esquema HAART. Avaliar a resposta imunológica destes pacientes, controladores da infecção, contra peptídeos crípticos pode nos fornecer informações importantes que colaborem com o desenvolvimento de novas estratégias preventivas. METODOLOGIA: A resposta imunológica contra peptídeos crípticos, estes derivados da transcrição da seqüência consenso e da seqüência inversa do gene do HIV-1, foram avaliados em vários conjuntos (pools), utilizando amostras coletadas de pacientes controladores, tanto avirêmicos, também conhecidos como controladores de elite (carga viral < limite de detecção), bem como virêmicos (carga viral < 2.000 cópias/mL) e, de pacientes progressores. Foi observada que a resposta imunológica contra peptídeos crípticos é mais freqüente, com maior amplitude e magnitude entre os pacientes controladores comparados ao que foi observado entre pacientes progressores. Esta resposta, entretanto, parece inverter ao longo da infecção, como observada utilizando as amostras coletadas em momento tardio da infecção, onde os controladores parecem perder sua capacidade de responder aos peptídeos crípticos, enquanto que os progressores desenvolveram resposta, ressaltando que os pools indutores de resposta nas duas fases foram diferentes. Sugerindo que a resposta imunológica contra peptídeos crípticos pode exercer papel importante de pressão sobre o vírus, levando-o ao processo de escape viral. CONCLUSÔES E IMPORTÂNCIA: Peptídeos crípticos são capazes de induzir resposta imunológica e colaborar para explicar como ocorre a seleção de alguns vírus, seja este devido à mudança na expressão das proteínas principais do HIV-1, seja diretamente gerando vírus defeituoso e não infectante. Os peptídeos crípticos podem ser incluídos em desenhos de vacina, com o intuito de aumentar a amplitude e a magnitude da resposta imunológica por células T e consequentemente, aumentar a proteção contra infecção ou progressão da infecção pelo HIV-1 / BACKGROUND: A second and unconventional source of peptides that bind to MHC class I molecule has been described to produce cryptic peptides, which are immunogenic and are able elicit T cell response, that contributes to total CD8+ T cell immune response and then exert mutation pressure on HIV-1, leading to virus escape. Some rare patients, less than 5% of infected population, are naturally able to control disease progression, either maintaining CD4+ T cells over 500 cells/uL or viral load under 2,000 copies/mL, without being treated with HAART, for at least 12 months. Understanding their immune response to cryptic peptides might be a great value to help on developing better prevention strategies. METHODOLOGY: Immune response to cryptic peptides, derived from sense and antisense transcription of HIV-1, was evaluated in pools using samples from Elite (aviremic) or HIV (viremic, < 2,000 copies/mL) controllers and progressors. Immune response to cryptic peptides are more frequent, with a larger breadth and of greater magnitude in controllers than in progressors, and this response is inversed seen in a later time point, when controllers seems to lose this response, while progressors developed it, showing cryptic peptides immune response to different pools, suggesting that immune response to cryptic peptides might play some role in pressuring the virus mutation escape. CONCLUSIONS AND SIGNIFICANCE: cryptic peptides can elicit immune response and help to explain how some virus selection happens, either by changing expression of crucial HIV-1 proteins or generating defective virus. They can be included in vaccine design for enhancing the magnitude and breadth of T cell immune response and consequently the protection against infection or progression of HIV-1 infection

INTRODUÇÃO E OBJETIVOS: Uma fonte secundária e não convencional de peptídeos que se ligam as moléculas MHC de classe I tem sido descrita como responsável por produzir peptídeos crípticos. Esses peptídeos são imunogênicos e portanto, capazes de induzir uma resposta imunológica por células T e assim, contribuir com a resposta total exercida pelas células T CD8+, colaborando na pressão que leva HIV-1 ao processo de mutação, e consequentemente ao escape viral. Alguns pacientes, que correspondem a menos de 5% da população infectada, são capazes de naturalmente controlar a progressão da doença, mantendo a contagem de célula T CD4+ acima de 500 células/uL ou mantendo a carga viral abaixo de 2.000 cópias/mL, por ao menos 12 meses, sem ser submetido a tratamento com antirretrovirais ou esquema HAART. Avaliar a resposta imunológica destes pacientes, controladores da infecção, contra peptídeos crípticos pode nos fornecer informações importantes que colaborem com o desenvolvimento de novas estratégias preventivas. METODOLOGIA: A resposta imunológica contra peptídeos crípticos, estes derivados da transcrição da seqüência consenso e da seqüência inversa do gene do HIV-1, foram avaliados em vários conjuntos (pools), utilizando amostras coletadas de pacientes controladores, tanto avirêmicos, também conhecidos como controladores de elite (carga viral < limite de detecção), bem como virêmicos (carga viral < 2.000 cópias/mL) e, de pacientes progressores. Foi observada que a resposta imunológica contra peptídeos crípticos é mais freqüente, com maior amplitude e magnitude entre os pacientes controladores comparados ao que foi observado entre pacientes progressores. Esta resposta, entretanto, parece inverter ao longo da infecção, como observada utilizando as amostras coletadas em momento tardio da infecção, onde os controladores parecem perder sua capacidade de responder aos peptídeos crípticos, enquanto que os progressores desenvolveram resposta, ressaltando que os pools indutores de resposta nas duas fases foram diferentes. Sugerindo que a resposta imunológica contra peptídeos crípticos pode exercer papel importante de pressão sobre o vírus, levando-o ao processo de escape viral. CONCLUSÔES E IMPORTÂNCIA: Peptídeos crípticos são capazes de induzir resposta imunológica e colaborar para explicar como ocorre a seleção de alguns vírus, seja este devido à mudança na expressão das proteínas principais do HIV-1, seja diretamente gerando vírus defeituoso e não infectante. Os peptídeos crípticos podem ser incluídos em desenhos de vacina, com o intuito de aumentar a amplitude e a magnitude da resposta imunológica por células T e consequentemente, aumentar a proteção contra infecção ou progressão da infecção pelo HIV-1 / BACKGROUND: A second and unconventional source of peptides that bind to MHC class I molecule has been described to produce cryptic peptides, which are immunogenic and are able elicit T cell response, that contributes to total CD8+ T cell immune response and then exert mutation pressure on HIV-1, leading to virus escape. Some rare patients, less than 5% of infected population, are naturally able to control disease progression, either maintaining CD4+ T cells over 500 cells/uL or viral load under 2,000 copies/mL, without being treated with HAART, for at least 12 months. Understanding their immune response to cryptic peptides might be a great value to help on developing better prevention strategies. METHODOLOGY: Immune response to cryptic peptides, derived from sense and antisense transcription of HIV-1, was evaluated in pools using samples from Elite (aviremic) or HIV (viremic, < 2,000 copies/mL) controllers and progressors. Immune response to cryptic peptides are more frequent, with a larger breadth and of greater magnitude in controllers than in progressors, and this response is inversed seen in a later time point, when controllers seems to lose this response, while progressors developed it, showing cryptic peptides immune response to different pools, suggesting that immune response to cryptic peptides might play some role in pressuring the virus mutation escape. CONCLUSIONS AND SIGNIFICANCE: cryptic peptides can elicit immune response and help to explain how some virus selection happens, either by changing expression of crucial HIV-1 proteins or generating defective virus. They can be included in vaccine design for enhancing the magnitude and breadth of T cell immune response and consequently the protection against infection or progression of HIV-1 infection