INTRODUÇÃO E OBJETIVOS: Uma fonte secundária e não convencional de peptídeos que se ligam as moléculas MHC de classe I tem sido descrita como responsável por produzir peptídeos crípticos. Esses peptídeos são imunogênicos e portanto, capazes de induzir uma resposta imunológica por células T e assim, contribuir com a resposta total exercida pelas células T CD8+, colaborando na pressão que leva HIV-1 ao processo de mutação, e consequentemente ao escape viral. Alguns pacientes, que correspondem a menos de 5% da população infectada, são capazes de naturalmente controlar a progressão da doença, mantendo a contagem de célula T CD4+ acima de 500 células/uL ou mantendo a carga viral abaixo de 2.000 cópias/mL, por ao menos 12 meses, sem ser submetido a tratamento com antirretrovirais ou esquema HAART. Avaliar a resposta imunológica destes pacientes, controladores da infecção, contra peptídeos crípticos pode nos fornecer informações importantes que colaborem com o desenvolvimento de novas estratégias preventivas. METODOLOGIA: A resposta imunológica contra peptídeos crípticos, estes derivados da transcrição da seqüência consenso e da seqüência inversa do gene do HIV-1, foram avaliados em vários conjuntos (pools), utilizando amostras coletadas de pacientes controladores, tanto avirêmicos, também conhecidos como controladores de elite (carga viral < limite de detecção), bem como virêmicos (carga viral < 2.000 cópias/mL) e, de pacientes progressores. Foi observada que a resposta imunológica contra peptídeos crípticos é mais freqüente, com maior amplitude e magnitude entre os pacientes controladores comparados ao que foi observado entre pacientes progressores. Esta resposta, entretanto, parece inverter ao longo da infecção, como observada utilizando as amostras coletadas em momento tardio da infecção, onde os controladores parecem perder sua capacidade de responder aos peptídeos crípticos, enquanto que os progressores desenvolveram resposta, ressaltando que os pools indutores de resposta nas duas fases foram diferentes. Sugerindo que a resposta imunológica contra peptídeos crípticos pode exercer papel importante de pressão sobre o vírus, levando-o ao processo de escape viral. CONCLUSÔES E IMPORTÂNCIA: Peptídeos crípticos são capazes de induzir resposta imunológica e colaborar para explicar como ocorre a seleção de alguns vírus, seja este devido à mudança na expressão das proteínas principais do HIV-1, seja diretamente gerando vírus defeituoso e não infectante. Os peptídeos crípticos podem ser incluídos em desenhos de vacina, com o intuito de aumentar a amplitude e a magnitude da resposta imunológica por células T e consequentemente, aumentar a proteção contra infecção ou progressão da infecção pelo HIV-1 / BACKGROUND: A second and unconventional source of peptides that bind to MHC class I molecule has been described to produce cryptic peptides, which are immunogenic and are able elicit T cell response, that contributes to total CD8+ T cell immune response and then exert mutation pressure on HIV-1, leading to virus escape. Some rare patients, less than 5% of infected population, are naturally able to control disease progression, either maintaining CD4+ T cells over 500 cells/uL or viral load under 2,000 copies/mL, without being treated with HAART, for at least 12 months. Understanding their immune response to cryptic peptides might be a great value to help on developing better prevention strategies. METHODOLOGY: Immune response to cryptic peptides, derived from sense and antisense transcription of HIV-1, was evaluated in pools using samples from Elite (aviremic) or HIV (viremic, < 2,000 copies/mL) controllers and progressors. Immune response to cryptic peptides are more frequent, with a larger breadth and of greater magnitude in controllers than in progressors, and this response is inversed seen in a later time point, when controllers seems to lose this response, while progressors developed it, showing cryptic peptides immune response to different pools, suggesting that immune response to cryptic peptides might play some role in pressuring the virus mutation escape. CONCLUSIONS AND SIGNIFICANCE: cryptic peptides can elicit immune response and help to explain how some virus selection happens, either by changing expression of crucial HIV-1 proteins or generating defective virus. They can be included in vaccine design for enhancing the magnitude and breadth of T cell immune response and consequently the protection against infection or progression of HIV-1 infection

INTRODUÇÃO E OBJETIVOS: Uma fonte secundária e não convencional de peptídeos que se ligam as moléculas MHC de classe I tem sido descrita como responsável por produzir peptídeos crípticos. Esses peptídeos são imunogênicos e portanto, capazes de induzir uma resposta imunológica por células T e assim, contribuir com a resposta total exercida pelas células T CD8+, colaborando na pressão que leva HIV-1 ao processo de mutação, e consequentemente ao escape viral. Alguns pacientes, que correspondem a menos de 5% da população infectada, são capazes de naturalmente controlar a progressão da doença, mantendo a contagem de célula T CD4+ acima de 500 células/uL ou mantendo a carga viral abaixo de 2.000 cópias/mL, por ao menos 12 meses, sem ser submetido a tratamento com antirretrovirais ou esquema HAART. Avaliar a resposta imunológica destes pacientes, controladores da infecção, contra peptídeos crípticos pode nos fornecer informações importantes que colaborem com o desenvolvimento de novas estratégias preventivas. METODOLOGIA: A resposta imunológica contra peptídeos crípticos, estes derivados da transcrição da seqüência consenso e da seqüência inversa do gene do HIV-1, foram avaliados em vários conjuntos (pools), utilizando amostras coletadas de pacientes controladores, tanto avirêmicos, também conhecidos como controladores de elite (carga viral < limite de detecção), bem como virêmicos (carga viral < 2.000 cópias/mL) e, de pacientes progressores. Foi observada que a resposta imunológica contra peptídeos crípticos é mais freqüente, com maior amplitude e magnitude entre os pacientes controladores comparados ao que foi observado entre pacientes progressores. Esta resposta, entretanto, parece inverter ao longo da infecção, como observada utilizando as amostras coletadas em momento tardio da infecção, onde os controladores parecem perder sua capacidade de responder aos peptídeos crípticos, enquanto que os progressores desenvolveram resposta, ressaltando que os pools indutores de resposta nas duas fases foram diferentes. Sugerindo que a resposta imunológica contra peptídeos crípticos pode exercer papel importante de pressão sobre o vírus, levando-o ao processo de escape viral. CONCLUSÔES E IMPORTÂNCIA: Peptídeos crípticos são capazes de induzir resposta imunológica e colaborar para explicar como ocorre a seleção de alguns vírus, seja este devido à mudança na expressão das proteínas principais do HIV-1, seja diretamente gerando vírus defeituoso e não infectante. Os peptídeos crípticos podem ser incluídos em desenhos de vacina, com o intuito de aumentar a amplitude e a magnitude da resposta imunológica por células T e consequentemente, aumentar a proteção contra infecção ou progressão da infecção pelo HIV-1 / BACKGROUND: A second and unconventional source of peptides that bind to MHC class I molecule has been described to produce cryptic peptides, which are immunogenic and are able elicit T cell response, that contributes to total CD8+ T cell immune response and then exert mutation pressure on HIV-1, leading to virus escape. Some rare patients, less than 5% of infected population, are naturally able to control disease progression, either maintaining CD4+ T cells over 500 cells/uL or viral load under 2,000 copies/mL, without being treated with HAART, for at least 12 months. Understanding their immune response to cryptic peptides might be a great value to help on developing better prevention strategies. METHODOLOGY: Immune response to cryptic peptides, derived from sense and antisense transcription of HIV-1, was evaluated in pools using samples from Elite (aviremic) or HIV (viremic, < 2,000 copies/mL) controllers and progressors. Immune response to cryptic peptides are more frequent, with a larger breadth and of greater magnitude in controllers than in progressors, and this response is inversed seen in a later time point, when controllers seems to lose this response, while progressors developed it, showing cryptic peptides immune response to different pools, suggesting that immune response to cryptic peptides might play some role in pressuring the virus mutation escape. CONCLUSIONS AND SIGNIFICANCE: cryptic peptides can elicit immune response and help to explain how some virus selection happens, either by changing expression of crucial HIV-1 proteins or generating defective virus. They can be included in vaccine design for enhancing the magnitude and breadth of T cell immune response and consequently the protection against infection or progression of HIV-1 infection

Objetivo: Retrovirus Endógeno Humano (HERV) compreende ao redor de 8% do genoma humano. Apesar do fato de que em sua maioria são genes não-funcionais devido a processos de mutação ou perda de material genético no processo de retrotransposição, existem evidências do aumento da expressão de HERVs em tecido de câncer de próstata. Nós estudamos e comparamos a imunogenicidade de peptídeos da família HERV em 2 coortes de pacientes com câncer de próstata. Posteriormente examinamos o estado de ativação e senescência linfocitária nestas coortes. Desenho Experimental: Células Mononucleares de Sangue Periférico (CMSP) de 65 pacientes com câncer localizado da próstata em situação de hormônio-sensibilidade e de 24 pacientes com câncer de próstata metastático e em situação de resistência à castração, comparados a um grupo controle de 12 indivíduos normais foram avaliados em relação ao seu estado de resposta imune pela técnica de ELISPOT contra um conjunto de peptídeos derivados dos exons gag e env do gene da família HERV-K HML-2. Como parte de nosso estudo, foi realizado de forma preliminar uma análise genômica in silico de 500 pacientes com câncer de próstata sequenciados e disponíveis para análise pública do banco de dados TCGA, com o objetivo de reforçar o racional de nossa interrogação científica. Além disso , como estudo de correlação, fizemos uma análise por citometria de fluxo da ativação celular de linfócitos T de nossas coortes para determinarmos a imunofenotipagem e ontogenia linfocitária em nossos indivíduos investigados, no momento de nossa pesquisa de sua resposta imune. Resultados: Nossa análise da resposta imune contra peptídeos de HERV-K HML-2 por ELISPOT-Interferon Gama não mostrou nenhum resultado significativo. Nenhum paciente apresentou dados significativos de resposta de acordo com nossos critérios, apesar de nossos dados preliminares de expressão gênica terem mostrado expressão gênica em torno de 17% em pacientes com doença localizada. Nossos dados de ativação linfocitária mostraram maior ativação e senescência nos pacientes com doença disseminada e resistente à castração. Conclusões: Este parece ser o primeiro estudo a interrogar a presença de resposta celular imune contra peptídeos de HERV-K em pacientes com câncer de próstata. Nosso achados não mostraram resposta imune relevante em doença localizada ou disseminada e em diferentes estados de ativação linfocitária ou status de integridade hormonal. Apesar destes resultados, pesquisa posterior poderia utilizar diferente metodologia, como por exemplo a utilização de citometria de fluxo bem como a busca de diferentes citoquinas envolvidas, tais como as relacionadas a resposta Th2, ao invés de Th1 / Purpose: Human Endogenous Retrovirus (HERV) comprises 8% of human genome. Despite the fact that most of it is non-functional due to mutations or loss of genetic material in the process of retrotransposition, there are some evidence of increased expression of HERV in prostate cancer tissue. We studied the cellular immunogenicity of peptides from HERV-K family in 2 cohorts of prostate cancer patients. Experimental Design: PBMCs from 65 patients with hormone-intact localized prostate cancer and 24 patients with castrate-metastatic disease, matched with 12 normal controls were evaluated for cellular immune response by ELLISPOT against a pool of gag and env peptides from HERV-K family of HML-2 type. As an independent supportive study we did in silico genomic analysis of 500 prostate cancer patients from TCGA database to give another evidence of the prevalence of HERV-K gene expression in prostate cancer genome, reinforcing the rational of our questions. Results: Our analysis of cellular immune response against HERV-K HML-2 peptides by Interferon-gama ELISPOT did not show any meaningful results. No patient showed any minimal criteria of response, despite the fact that in our preliminary genomic analysis we obtained HERV expression in about 17% of a cohort of 500 patients with localized prostate cancer. In regards to the flow cytometry data of the lymphocytes we showed stronger activation and senescence status in the cohort of patients with castration sensitive and resistant disseminated disease, compared to the localized disease cohort. Conclusions: To the authors\'s knowledge this is the first study to look for cellular immune response against peptides derived from coding HERV-K transcripts in prostate cancer patients. Our findings did not show relevant immune response in neither localized nor metastatic castrate prostate cancer patients. Despite those results, further research could continue using different methodology, like flow cytometry as well as looking for different cytokines involved, such as those related to a Th2 response, instead of Th1

Objetivo: Retrovirus Endógeno Humano (HERV) compreende ao redor de 8% do genoma humano. Apesar do fato de que em sua maioria são genes não-funcionais devido a processos de mutação ou perda de material genético no processo de retrotransposição, existem evidências do aumento da expressão de HERVs em tecido de câncer de próstata. Nós estudamos e comparamos a imunogenicidade de peptídeos da família HERV em 2 coortes de pacientes com câncer de próstata. Posteriormente examinamos o estado de ativação e senescência linfocitária nestas coortes. Desenho Experimental: Células Mononucleares de Sangue Periférico (CMSP) de 65 pacientes com câncer localizado da próstata em situação de hormônio-sensibilidade e de 24 pacientes com câncer de próstata metastático e em situação de resistência à castração, comparados a um grupo controle de 12 indivíduos normais foram avaliados em relação ao seu estado de resposta imune pela técnica de ELISPOT contra um conjunto de peptídeos derivados dos exons gag e env do gene da família HERV-K HML-2. Como parte de nosso estudo, foi realizado de forma preliminar uma análise genômica in silico de 500 pacientes com câncer de próstata sequenciados e disponíveis para análise pública do banco de dados TCGA, com o objetivo de reforçar o racional de nossa interrogação científica. Além disso , como estudo de correlação, fizemos uma análise por citometria de fluxo da ativação celular de linfócitos T de nossas coortes para determinarmos a imunofenotipagem e ontogenia linfocitária em nossos indivíduos investigados, no momento de nossa pesquisa de sua resposta imune. Resultados: Nossa análise da resposta imune contra peptídeos de HERV-K HML-2 por ELISPOT-Interferon Gama não mostrou nenhum resultado significativo. Nenhum paciente apresentou dados significativos de resposta de acordo com nossos critérios, apesar de nossos dados preliminares de expressão gênica terem mostrado expressão gênica em torno de 17% em pacientes com doença localizada. Nossos dados de ativação linfocitária mostraram maior ativação e senescência nos pacientes com doença disseminada e resistente à castração. Conclusões: Este parece ser o primeiro estudo a interrogar a presença de resposta celular imune contra peptídeos de HERV-K em pacientes com câncer de próstata. Nosso achados não mostraram resposta imune relevante em doença localizada ou disseminada e em diferentes estados de ativação linfocitária ou status de integridade hormonal. Apesar destes resultados, pesquisa posterior poderia utilizar diferente metodologia, como por exemplo a utilização de citometria de fluxo bem como a busca de diferentes citoquinas envolvidas, tais como as relacionadas a resposta Th2, ao invés de Th1 / Purpose: Human Endogenous Retrovirus (HERV) comprises 8% of human genome. Despite the fact that most of it is non-functional due to mutations or loss of genetic material in the process of retrotransposition, there are some evidence of increased expression of HERV in prostate cancer tissue. We studied the cellular immunogenicity of peptides from HERV-K family in 2 cohorts of prostate cancer patients. Experimental Design: PBMCs from 65 patients with hormone-intact localized prostate cancer and 24 patients with castrate-metastatic disease, matched with 12 normal controls were evaluated for cellular immune response by ELLISPOT against a pool of gag and env peptides from HERV-K family of HML-2 type. As an independent supportive study we did in silico genomic analysis of 500 prostate cancer patients from TCGA database to give another evidence of the prevalence of HERV-K gene expression in prostate cancer genome, reinforcing the rational of our questions. Results: Our analysis of cellular immune response against HERV-K HML-2 peptides by Interferon-gama ELISPOT did not show any meaningful results. No patient showed any minimal criteria of response, despite the fact that in our preliminary genomic analysis we obtained HERV expression in about 17% of a cohort of 500 patients with localized prostate cancer. In regards to the flow cytometry data of the lymphocytes we showed stronger activation and senescence status in the cohort of patients with castration sensitive and resistant disseminated disease, compared to the localized disease cohort. Conclusions: To the authors\'s knowledge this is the first study to look for cellular immune response against peptides derived from coding HERV-K transcripts in prostate cancer patients. Our findings did not show relevant immune response in neither localized nor metastatic castrate prostate cancer patients. Despite those results, further research could continue using different methodology, like flow cytometry as well as looking for different cytokines involved, such as those related to a Th2 response, instead of Th1