CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O cajueiro (Anacardium occidentale L.) à uma planta nativa do Brasil com grande valor comercial. Isso contribui com a geraÃÃo de milhares de empregos diretos e indiretos, especialmente na RegiÃo Nordeste, em Ãpoca de estiagem. Programas de melhoramento genÃtico vem selecionando cultivares de cajueiro melhores adaptados ao ambiente semiÃrido a fim de colocÃ-lo em um mercado cada vez mais competitivo. A busca por marcadores microssatÃlites pode auxiliar os programas de melhoramento no que diz respeito ao acesso à diversidade genÃtica da espÃcie. O presente trabalho tem como objetivo a identificaÃÃo de marcadores SSR em cajueiro com base no transcriptoma de sementes e folhas, bem como sua validaÃÃo por PCR em diferentes genÃtipos comerciais. Utilizando ferramentas de bioinformÃtica foram encontrados motivos SSRs do tipo di- tri- tetra- penta- e hexanucleotÃdeos, onde o motivo do tipo trinucleotÃdeo foi o mais representativo nos transcritos do cajueiro anÃo CCP 76 e comum variando de 60 a 65%, respectivamente. Os transcritos de cajueiro comum e anÃo CCP 76 compartilham um total de 298 marcadores SSR, destes, 29 foram escolhidos para amplificaÃÃo por PCR, os quais 9 mostraram polimorfismo nos genÃtipos testados. As sequÃncias situadas prÃximas aos marcadores SSR codificam proteÃnas, que em sua maioria pertencem a famÃlias gÃnicas. Pode-se concluir que foram encontrados regiÃes contendo marcadores SSRs na regiÃo transcrita de nove genÃtipos de cajueiro, podendo ser uma ferramenta Ãtil nas anÃlises genÃticas e abrindo perspectivas para o papel endÃgeno dos SSRs na funÃÃo proteica. / The cashew tree is a native plant from Brazil with high market value. This contributes to the generation of thousands direct and indirect jobs, especially in the Northeast region, during dry season. Breeding programs have been selecting cashew cultivars that best adapt to semi-arid environment in order to fit it in the increasingly competitive market. The search for microsatellite markers can assist breeding programs regarding to access to genetic diversity of the species. This study aims to identify SSR markers in the cashew tree based on seeds and leaves transcriptome, as well as assess its validation by PCR technique in different commercial genotypes. Using bioinformatics tools, SSRs motifs from types di- tri- tetra- penta- and hexanucleotides were found. Trinucleotide-type motif was the most representative in transcripts both from dwarf cashew CCP 76 and common cashew, ranging from 60 to 65%, respectively. Transcripts from common cashew and dwarf cashew CCP 76 share a total of 298 SSR markers. 29 of these were selected for amplification by PCR, in which 9 showed polymorphism in genotypes tested. The sequences located near to the SSR markers encode proteins, which mostly belong to gene families. It can be concluded that regions containing SSRs markers were found in the transcribed region of nine cashew genotypes, and can be a useful tool in genetic analysis and open up prospects for endogenous role of SSRs in protein function.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.teses.ufc.br:11032 |
| Date | 12 February 2016 |
| Creators | VitÃria VirgÃnia MagalhÃes Soares |
| Contributors | Rodrigo Maranguape Silva da Cunha, JoÃo Garcia Alves Filho, Victor Alves Carneiro |
| Publisher | Universidade Federal do CearÃ, Programa de PÃs-GraduaÃÃo em Biotecnologia (Campus da UFC em Sobral-CE), UFC, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFC, instname:Universidade Federal do Ceará, instacron:UFC |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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